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[期刊] 华北农学报
[作者]
张秀秀 黄万龙 郭云涛 苗向阳
通过对ｓｓｃ－ｍｉＲ－４８６进行靶基因预测及生物信息学分析，以探索其影响猪脂肪沉积的作用机制。首先利用实时荧光定量ＰｃＲ技术对脂肪沉积能力相差较大的莱芜猪和大白猪皮下脂肪组织中ｓｓｃ－ｍｉＲ－４８６表达情况进行比较研究，然后利用ｍｉＲＢａｓｅ、ｅｎｓｅｍＢｌ、ｎｃＢｉ等数据库及ｍｉＲａｎｄａ、ＰｉＴａ、ＲｎａｈｙＢＲｉｄ、ｃｙＴｏｓｃａＰｅ、ＪａｓＰａＲ、ＰＲｏｍｏＴｅＲ ｓｃａｎ等软件对ｓｓｃ－ｍｉＲ－４８６进行生物信息学分析，包括保守性分析、转录因子结合位点预测、靶基因预测、Ｇｏ富集分析和ＫｅＧＧ信号通路富集分析。结果表明，ｓｓｃ－ｍｉＲ－４８６在脂肪沉积能力较强的莱芜猪皮下脂肪组织中发生．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘宝宝 孟桂智 刘祖江 贾晶莹 段红娟 马云 蔡小艳
【目的】分析苜蓿miR156（mtr-miR156）基因家族的序列组成及基因表达功能，为mtr-miR156跨界调控的研究提供理论基础。【方法】应用PmiREN数据库检索并分析mtr-miR156家族成员成熟序列、茎环序列和成熟序列染色体定位信息，weblogo在线网站对mtr-miR156家族成熟序列、茎环序列进行保守性分析，DNAMAN软件分析茎环序列同源性，同时利用联川生物云平台和TargentScan在线网站预测并下载获得mtr-miR156a的靶基因、靶基因GO功能富集分析和KEGG通路富集分析，通过RNAhybrid在线网站比对预测到的所有靶基因与mtr-miR156a的结合位点和结合自由能值，选择符合自由能值的靶基因进行靶基因功能分析。【结果】PmiREN数据库共检索到10个mtr-miR156家族成员；10个成员成熟序列共定位在3条染色体上；10个成员中有8个成员成熟序列完全一致，其余2个成员成熟序列高度保守；10个成员茎环序列中位于成熟序列位置的碱基与成熟序列完全一致；茎环序列同源树分析结果显示10个成员共分为3个分支，mtr-miR156g与其他成员的亲缘关系最远；经过GO功能富集分析发现，预测到牛体内的靶基因显著富集于转录调控功能、细胞膜组成以及ATP合成等；利用KEGG通路注释表明，预测到牛体内的靶基因显著集中于脂肪酸降解通路和Ras信号通路调节等通路中。【结论】苜蓿miR156基因家族可能会通过相关靶基因跨界调控奶牛体内脂肪酸降解、ATP合成、细胞炎症、乳脂乳蛋白合成代谢等作用。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
张迪 刘佳敏 禹保军 李德生 顾亚玲 温万 张娟
旨为探索bta-miR-2285f和宿主基因TANK结合激酶1(TANK binding kinase 1,TBK1)的生物学功能，以及bta-miR-2285f与靶基因互作调节奶牛乳脂代谢的潜在机制，本研究通过生物信息学方法分析bta-miR-2285f在不同物种间的保守性，并通过上游序列CPG岛分析、启动子预测、进一步进行组织表达谱分析，预测靶基因并进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用双荧光素酶报告试验验证bta-miR-2285f调控的下游靶基因钙结合蛋白39(Calcium binding protein 39,CAB39),并在乳腺上皮细胞水平探究bta-miR-2285f的功能作用。结果表明：1)bta-miR-2285f是牛特异性miRNA,属于内含子miRNA;2)bta-miR-2285f与宿主基因TBK1上游序列2 kb处均不含有CPG岛。bta-miR-2285f在上游586 bp处为转录起始位点。宿主基因TBK1在上游105 bp处为转录起始位点；3)TargetScan和miRWalk预测miR-2285f有172个交集靶基因，主要参与新陈代谢、遗传信息传递、信号分析和细胞的相互作用，并且显著富集到mTOR信号通路、PI3K-AKT信号通路、ErbB信号通路、Hippo信号通路以及甘油酯代谢等乳脂代谢相关的信号通路并在STRING数据库中构建bta-miR-2285f靶基因之间的互作网络图；4)bta-miR-2285f在奶牛乳腺组织中的表达水平最高，与其他组织存在显著差异(P
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
卢佳伟 赵鹏 刘媛 魏宗友 李惠侠
[目的]本文旨在探究热应激对羊成肌细胞部分miRNAs的影响，对miR-23a、miR-24、miR-27a-3p和miR-30a-5p进行生物信息学分析与靶基因预测，揭示热应激下miRNAs影响骨骼肌发育的调控机制。[方法]通过RT-qPCR技术研究热应激对羊成肌细胞miRNAs表达量的影响；利用miRBase数据库获取不同物种中miR-23a、miR-24、miR-27a-3p和miR-30a-5p的前体序列和成熟序列，再利用MegaX软件构建系统进化树，进行相似性分析；再通过TargetScan、miRDB、RNA22、miRWalk对上述miRNAs进行靶基因预测，使用DAVID对预测出的共同靶基因进行GO功能与KEGG通路富集分析；最后进行miRNAs、共同靶基因与KEGG通路的关联分析。[结果]热应激显著下调羊成肌细胞在增殖阶段与分化阶段miRNAs的表达；miR-23a、miR-24、miR-27a和miR-30a在不同物种间的保守性较高，除了牛的miR-24以外，成熟序列基本相同，种子序列完全一致；预测出的共同靶基因主要富集在细胞增殖、分化、周期、凋亡、迁移等GO条目，以及mTOR、TGFβ、MAPK、Ras、ErbB、FoxO和PI3K-Akt等KEGG通路；此外，关联分析表明miR-24和miR-27a-3p可能靶向NLK与TAOK1参与MAPK与FoxO信号通路，来调控骨骼肌的发育。[结论]miR-23a、miR-24、miR-27a和miR-30a在不同物种中保守性较高，热应激下调羊成肌细胞部分miRNAs的表达，可能影响骨骼肌的发育。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李中波 罗世民 杨甜 侯强红 舒鸣 黄翠琴
【目的】建立饱血状态雌性微小扇头蜱的microRNA文库，鉴定所含microRNA的种类，分析miR-275靶蛋白Vg-2的二、三级结构，检测其信号肽、跨膜结构域、磷酸化及糖基化位点，预测其优势抗原表位。【方法】以雌性、饱血状态的微小扇头蜱为研究对象，通过高通量测序技术建立其microRNA文库，利用软件miRDP及检索miRBase数据库，鉴定饱血状态雌性微小扇头蜱所含的microRNA种类；运用在线软件EXPASY、PRABI与SWISS-MODEL等分析Vg-2蛋白质理化性质，推断其二、三级结构；运用在线软件SignalP 5.0、TMHMM、NetPhos 3.1及NETCGlyc 1.0检测该蛋白的信号肽、跨膜结构域、磷酸化与糖基化位点；利用在线软件ABCpred Prediction、Scratch、IEDB和NetCTL预测Vg-2蛋白的B、T细胞优势抗原表位。【结果】获得成熟的microRNA 383个，其中67个为已被鉴定和注释的microRNA，316个为新发现的microRNA；微小扇头蜱的Vg-2基因序列全长5040 bp，共编码1679个氨基酸；Vg-2蛋白为亲水性酸蛋白，分子大小为189.89 kDa，理论等电点（pI）为6.08，其二级结构以无规则卷曲为主要结构成分，而其三级结构却以β-折叠为主要结构成分；Vg-2蛋白存在268个磷酸位点，20个糖基化位点，无信号肽和跨膜结构域，拥有58个B细胞优势抗原表位，8个T细胞优势抗原表位。【结论】在饱血状态雌性微小扇头蜱体内含有383个microRNA，受miR-275调控的Vg-2蛋白为结构不稳定的亲水性酸蛋白，具有良好的抗原性与免疫源性。
[期刊] 华北农学报
[作者]
常怀成 罗未蓉 孙涌栋 李贞霞 王广印
为深入研究CsamiR399b对黄瓜果实膨大的影响,对CsamiR399b及其靶基因CsUBC24进行生物信息学分析,并通过实时荧光定量PCR分析了CsamiR399b的表达特性。结果发现,CsamiR399b前体序列含有完整的茎环结构; CsamiR399b在膨大的黄瓜果实中表达量高于开花当天子房和未膨大子房,证实其参与黄瓜果实膨大调控。对靶基因的生物信息学分析发现,CsUBC24蛋白二级结构主要由无规则卷曲和α-螺旋构成,该蛋白质无信号肽及跨膜结构,定位于细胞核,为可溶性蛋白。系统进化树表明,黄瓜CsUBC24与甜瓜、南瓜和苦瓜等物种UBC24遗传距离较近;通过序列比对和保守域分析发现,各物种UBC24蛋白序列和功能结构域表现出较高的保守性,说明UBC蛋白功能保守。推测CsamiR399b通过调控CsUBC24基因表达参与了黄瓜果实膨大。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
俞兆曦 连总强 吴旭东 杨忠礼 李力 张锋 肖伟 赛清云
为研究兰州鲇（ＳｉｌｕｒｕＳ ｌａｎｚｈｏｕｅｎＳｉＳ）生长性状相关基因，运用ｒＴ－ＰＣｒ、Ｔａ克隆和核酸测序等技术对兰州鲇ＭｙｏＤ基因的ＣＤＳ区及全基因进行克隆和生物信息学分析。获得兰州鲇ＭｙｏＤ基因的完整ＣＤＳ区序列８１０ ｂＰ（Ｇｅｎ ｂａｎｋ登录号：ｋＴ２７７５５１）及ＭｙｏＤ基因全序列１ ２１０ ｂＰ（Ｇｅｎ ｂａｎｋ登录号：ｋＴ３３９１７５），包括部分５＇端６３ ｂＰ和３＇端５８ ｂＰ；ｏｒＦ区含有３个外显子和２个内含子，外显子长度分别为５１０ ｂＰ、８０ ｂＰ和２２０ ｂＰ，内含子长度分别为１５６ ｂＰ和１２３ ｂＰ，编码２６９个氨基酸残基组成的可溶酸性蛋白质；预测亚细胞定位Ｍｙ．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
季舒涵 昝林森 王洪宝 刘艳妍
【目的】克隆秦川牛脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因,并对其进行生物信息学分析,为深入研究A-FABP基因与秦川牛肉质性状的关系奠定基础。【方法】以秦川牛脂肪组织为材料,采用RT-PCR方法对牛A-FABP基因进行克隆。使用DNAMAN、NCBI等一系列在线软件及工具,对所得到的序列及其编码蛋白质的结构和特性等进行生物信息学分析。【结果】秦川牛A-FABP基因含有15个酶切位点,编码的蛋白分子质量为14.7 ku,二级结构主要以α-螺旋、不规则盘绕和延伸链为结构元件,含132个氨基酸,其中强碱性氨基酸18个,强酸性氨基酸19个,疏水氨基酸45个,不带电荷的极性氨基酸32个;含有6个蛋白激...
关键词：
A-FABP基因 生物信息学 秦川牛
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张伟 方梅霞 聂庆华 张细权
利用生物信息学和比较基因组学方法,对猪TDRP1基因的结构、表达及功能进行分析,结果表明:(1)电子克隆获得猪TDRP1基因cDNA部分序列共776bp,包括119bp的5′UTR、561bp的编码区和96bp的3′UTR,共编码合成187个氨基酸多肽;(2)猪TDRP1基因CDS序列与人、小鼠和大鼠的同源性分别为85%、76.1%、77.1%.编码合成的猪TDRP1蛋白与人、小鼠、大鼠之间的同源性分别为82.5%、71.1%和70.1%;(3)猪TDRP1蛋白的相对分子质量为20489.8,不含信号肽,为1个可溶性蛋白,同时也是1个非分泌性蛋白,存在4个二级结构区段;(4)基于cDNA及ES...
关键词：
猪 TDRP1基因 电子克隆 生物信息学
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
洪艳云 黄志刚 易图永
南荻是一种高木质纤维素含量的禾本科多年生草本植物,但其中的高木质素含量严重制约了它作为能源植物的开发利用。采用RT-PCR及RACE方法从南荻中分离到G木质素单体形成的关键酶CCoAOMT家族的一个基因,将该基因序列递交到GenBank,登录号为JF965572。该基因全长工1206bp,含有一个786bp的阅读框,编码一个261aa的蛋白,分子量约为29kD。通过NCBI在线比对发现该基因的预测蛋白与同为禾本科玉米的CCoAOMT酶蛋白有很高的同源性,最高达到94.0%;氨基酸序列多重比较的结果表明,该基因编码肽链含有CCoAOMT类基因全部的保守序列元件;系统进化树分析表明,该基因与玉米的...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
高坤 张林巧 熊琴 王奎杰 徐晶 王克荣
寻找栗疫菌的凋亡抑制蛋白(inhibitor of apoptosis proteins,IAPs)类蛋白,明确该蛋白与其他物种IAPs的进化关系,并对CpIAP基因功能进行初步研究。以IAPs家族的典型结构域"BIR"为靶标,对栗疫菌基因组数据库进行BLAST搜索。运用生物信息学对预测的CpIAP蛋白结构进行分析并构建系统进化树;采用同源重组的策略,构建CpIAP基因缺失突变体,并重新导入该基因全长片段获得互补株。结果从栗疫菌中鉴定了1个IAP基因,Southern blot验证为单拷贝。生物信息学分析表明:CpIAP基因全长2 997 bp,编码920个氨基酸,具有2个BIR结构域;进化关...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郝爱平 韩雪杨 薛巨坤 魏继承 任如意
【目的】系统地鉴定和分析水稻DBB基因家族，为水稻DBB基因家族的功能研究奠定基础。【方法】基于水稻的全基因组数据，利用生物信息学方法综合分析水稻DBB基因家族的染色体位置、蛋白质的理化性质、进化关系、保守基序、顺式调控元件和表达模式。【结果】从水稻中共鉴定出13个DBB基因，命名为OsDBB1～OsDBB13，这些OsDBB基因在12条水稻染色体中的7条上分布不均。系统发育分析发现，水稻DBB基因家族可分为4个亚族：Group 1～ Group 4，并且同一亚族中DBB基因的内含子和外显子具有相似的数量和排列。水稻的13个OsDBB基因包含10个保守基序，其中Motif 1是这些基因共有的保守基序，推测其与保守结构域相关。OsDBB基因的启动子序列含有与生长发育、激素、应激反应以及光响应有关的调控元件。不同的OsDBB基因在不同组织中表达各不相同，具有一定的特异性。【结论】水稻OsDBB基因在植物生长发育和响应非生物胁迫具有重要作用。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
崔丽婷 李文彦 包横 詹亚光 齐凤慧
结合茶条槭转录组数据库,利用RT-PCR的方法克隆得到茶条槭SDH基因,命名为AgSDH,并对该基因及其蛋白进行了生物信息学分析。结果显示,AgSDH基因的ORF全长为1 563 bp,共编码520个氨基酸,推测蛋白相对分子量为57.219 k Da,理论等电点为5.61,无信号肽,预测亚细胞定位于细胞质中。生物信息学分析表明AgSDH蛋白为亲水性蛋白,没有跨膜结构。蛋白质二级结构α-螺旋占35.38%,延伸链占18.65%,无规则卷曲占45.96%;三级结构预测表明AgSDH蛋白以单体形式存在。与目前已
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈玲 邱显钦 张颢 晏慧君 王其刚 唐开学
应用比较基因组学和生物信息学方法,比较了从藻类到高等植物Mlo基因的CDS序列,并对该基因的遗传多样性、氨基酸功能结构及分子系统发育进行分析。结果表明,85条基因序列共检测到57个多态位点,生成70个单倍型。物种间及物种内Mlo基因存在丰富的遗传多态性;氨基酸结构域分析发现,20个物种含有一段特定的Mlo结构域,其中低等植物的跨膜螺旋区域(1～5)明显比高等植物的跨膜螺旋区域(6～8)少;分子系统进化树结果显示,不同物种的聚类情况与植物学分类系统基本一致。本研究为进一步探索Mlo基因的生物学功能和确定该基因作为分子标记提供了基础依据。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
荣玉萍 张文香 邓娇 石桃雄 梁成刚 汪燕 张晓娜 李洪有 孟子烨 黄娟
以苦荞基因组数据库为基础,利用比对程序,经鉴定和筛选,共获得72个苦荞NAC家族基因的序列,对其进行生物信息学分析。基因结构分析表明,除FtPinG0002967400.01.T01基因外,苦荞NAC家族其余71个基因均含有内含子。蛋白质理化性质预测分析表明,72条蛋白序列具有NAC结构域。72个NAC基因共有7个保守基序,在苦荞8条染色体上均有分布。有33个NAC基因在种子发育过程中差异表达。系统进化分析表明,苦荞NAC蛋白序列与拟南芥的可以分为9个亚家族。
关键词：
苦荞 NAC基因家族 生物信息学
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