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[期刊] 华北农学报
[作者]
李娜 宁程程 郭蕴 季春辉 王立霞 张亚萍 孟庆玲 乔军 才学鹏
为探究鼠伤寒沙门菌sRNA STnc1220的分子特征、生物学功能及对细菌毒力的影响，通过PCR扩增了鼠伤寒沙门菌sRNA STnc1220基因，分析了其分子特征，利用TargetRNA2网站预测STnc1220基因可能调控的靶基因；利用λ-Red同源重组技术构建沙门菌(STM)-基因缺失突变株，并与亲本SL1344比较，对其生长特性、生化特性、遗传稳定性、生物被膜(BF)形成能力、在不同应激环境中(pH值、H_2O_2、高盐和乙醇胁迫环境)的适应性、通过黏附侵染巨噬细胞和小鼠感染试验对致病力进行研究。结果显示，STnc1220基因全长73 bp、其上游5′-UTR存在-10和-35启动子结合位点，预测其潜在的靶基因为barA基因；试验成功构建缺失株STM-ΔSTnc1220,且具有良好的遗传稳定性；与SL1344亲本株相比，缺失株的生长速度、生化特性及生物被膜形成能力没有发生改变；在pH=4.8,pH=9和H_2O_2条件下生长速率差异不显著，但在4%NaCl环境下，缺失株在7 h后生长速率明显高于亲本株，在3.8%乙醇环境中缺失株在对数期的生长速率显著升高(P<0.05);其对巨噬细胞中黏附和侵袭能力极显著降低(P<0.01),小鼠LD_(50)显著升高，对小鼠的肝脏和脾脏的病理损伤致病力减弱。表明STnc1220基因在环境适应性和毒力调控中发挥了重要的作用。为阐明鼠伤寒沙门菌的致病机制提供理论依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
宁程程 李娜 郭蕴 季春辉 王立霞 李志远 乔军 孟庆玲 才学鹏
【目的】鼠伤寒沙门菌（STM）是一种可感染人和多种动物的重要人兽共患病原菌，研究STM小RNA（sRNA）STnc290基因的分子特征和在细菌的细胞侵染及小鼠致病性中的作用。【方法】通过PCR扩增STM sRNA STnc290基因，并利用生物信息学软件分析STnc290基因的序列特征、二级结构分子特征及预测潜在靶基因。同时，利用λ-Red同源重组系统构建STnc290基因缺失株及回补株；通过分析STM-SL1344、STM-ΔSTnc290及△STnc290/STnc290在侵染细胞、小鼠半数致死剂量、小鼠存活率、致病小鼠肝脾载菌量和小鼠肝脾病理变化差异，利用qRT-PCR检测STnc290基因调控的潜在靶基因转录水平。【结果】sRNA STnc290基因大小为79 bp，其上游序列含有-10 box和-35 box的启动子核心序列TGATATATA和CTGACA，并且还存在σ因子rpoD16结合位点AAATAATT；STnc290基因的二级结构含有典型的茎环结构；通过在线软件预测发现STnc290基因两个潜在的靶基因为pqaA和narX基因。STM-SL1344、STM-ΔSTnc290及ΔSTnc290/STnc290菌株生长测定显示，与STM-SL1344和ΔSTnc290/STnc290回补株相比，STnc290基因缺失株在生长特性上无明显差异（P>0.05）；与STM-SL1344株相比，STM-ΔSTnc290对小鼠巨噬细胞RAW264.7的黏附、侵袭能力均显著减弱（P<0.05）；STM-ΔSTnc290株感染小鼠半数致死剂量显著升高（P<0.05）；STM-ΔSTnc290株感染的小鼠存活率显著高于亲本株（P<0.05）；STM-ΔSTnc290株感染小鼠肝脾载菌量在感染后第7、9天显著降低（P<0.05）。qRT-PCR检测表明，STnc290基因缺失株靶基因pqaA和narX转录水平均显著下调（P
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
张家莉 潘永 段世宇 令狐远凤 郑如雯 杨琦
细菌的Ⅲ型分泌系统(T3SS)与毒力密切相关。为探究鼠伤寒沙门菌sRNA GcvB和伴侣蛋白Hfq对T3SS相关基因spaP、invC、invG、prgH、prgI、prgJ、prgK的调控，利用Red同源重组技术构建了上述基因与lacZ的融合菌株，在此基础上利用P22噬菌体转导技术分别构建上述融合菌株与gcvB、hfq的单缺失菌株，通过qPCR和β-半乳糖苷酶试验分别检测gcvB、hfq缺失后各基因的转录水平和蛋白水平的变化。结果显示：与标准菌株相比，gcvB缺失后，spaP、invC、prgH、prgI、invG的转录水平和蛋白水平均上调；prgJ、prgK的转录水平上调，蛋白水平下调。hfq缺失后，spaP、invC、prgH、prgI、invG的转录水平和蛋白水平均上调，prgH、prgI、prgJ、prgK的蛋白水平下调。表明Hfq和GcvB均可对spaP、invC、invG、prgH、prgI、prgJ、prgK进行调控。上述结果可为鼠伤寒沙门菌sRNA GcvB和Hfq的作用机理研究提供参考。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
张家莉 杨阳 潘永 段世宇 令狐远凤 杨琦
为探究sRNA GcvB与伴侣蛋白Hfq对靶基因stm4351的调控作用，通过λred同源重组、FLP/FRT重组和转导构建了基因缺失菌株Δstm4351∷lacZ、stm4351ΔgcvB∷cat、stm4351Δhfq∷tetRA、stm4351Δhfq∷tetRAΔgcvB∷cat,并通过β-半乳糖苷酶(LacZ)试验和荧光定量PCR试验测定了gcvB与hfq缺失后LacZ活性和stm4351转录水平的变化情况.β-半乳糖苷酶试验结果显示：gcvB或hfq缺失菌株的LacZ活性均升高，表明stm4351基因的蛋白表达水平升高；hfq缺失菌株的LacZ活性高于gcvB缺失菌株；hfq和gcvB同时缺失后，LacZ活性比单缺失菌株高.荧光定量PCR结果显示：hfq缺失后，stm4351的转录量极显著下降；而gcvB缺失及hfq和gcvB同时缺失对stm4351转录量的影响不显著.以上结果说明：GcvB、Hfq均对stm4351的表达存在抑制作用；在Hfq的辅助作用下，GcvB对stm4351表达的抑制作用增强；Hfq协同GcvB对stm4351的调控途径可能有2种或更多；同时，Hfq对stm4351的保护或激活作用可能受到GcvB的影响.
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
王洪洋 胡利华
以pMycVec1/pMycVec2载体为基础,构建了筛选和鉴定细菌sRNA调控靶标的双质粒系统。对pMycVec2载体的多克隆位点进行改造,并加入强启动子rrnBp和有效转录终止子,获得可定向克隆和转录sRNA的质粒pMycVec2-D;对pMycVec1载体的多克隆位点进行改造,并加入弱启动子Pwk和有效转录终止子,获得了分别用报告基因lacZ和GFP来检测sRNA靶标序列翻译水平的质粒pMycVec1-lacZ和pMycVec1-GFP。最后,利用2对已知的sRNA与其调控靶标MicC/ompC m
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李振鹏 马春草 谢福莉 陈大松 李友国
基于前期对华癸中慢生根瘤菌（ＭｅｓｏｒｈｉｚｏｂｉｕＭ ｈｕａｋｕｉｉ）７６５３ｒｓｒＮａ（ｓＭａｌｌ ＮｏＮ－ｃｏｄｉＮｇ ｒＮａ，ｓｒＮａ）的生物信息学预测，经ＮｏｒｔｈｅｒＮ ｂｌｏｔ验证获得ｓｒａｇｓｒＮａ。本研究采用ｒａｃｅ与转录组高通量深度测序确定了ｓｒａｇ全长，并分别利用ｒＮａｆｏｌｄ软件和ｔａｒｇｅｔｒＮａ软件预测了ｓｒａｇ二级结构和靶位点，进而构建了Ｍ．ｈｕａｋｕｉｉ ７６５３ｒ的ｓｒａｇ插入失活突变体（Ｍ．ｈｕａｋｕｉｉ ｓｒａｇＭｕｔ），并对突变体接种紫云英的共生表型进行了检测。盆栽试验结果表明，与野生型菌株Ｍ．ｈｕａｋｕｉｉ ７６５３ｒ相比，接种突变株Ｍ．ｈｕａｋｕｉｉ．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
郑姚 吴开年 王利 魏勇
为探索枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)脱氮的分子机制，筛选枯草芽孢杆菌对氨氮的分子生态学应答相关候选基因及small RNA(sRNA)，本研究对处于富含氨氮环境和对照组的枯草芽孢杆菌R47进行原核链特异性转录组及sRNA分析，并采用Real-time PCR方法检测差异表达基因的相对表达量。结果显示，平均每个测序样本得到约1.40×10~(7)条reads。对照组与处理组DESeq2分析得到3918个差异表达基因，并富集在KEGG数据库中的176个信号通路，其中，包括8个与适应富含氨氮环境相关的信号通路(细菌双组分系统通路、精氨酸生物合成、嘌呤代谢等)，同时发现，epsA、tasA、sinR、glnR、glnA、tnrA和ureABC基因可能参与枯草芽孢杆菌对氨氮的应答过程。经sRNA分析获得已注释的枯草芽孢杆菌sRNA 62条。对sRNA靶基因的分析结果显示，其有3960个对应的潜在靶基因，主要参与碳水化合物运输和新陈代谢、氨基酸转运和代谢、转录过程，其中，sRNA2073和sRNA2182对应的靶基因分别为sinR和tnrA。Real-time PCR结果显示，argH、codY、argG、glnA和glnR基因的相对表达量变化与转录组测序结果一致。本研究为进一步探究枯草芽孢杆菌污水脱氮的分子机理提供参考数据。
[期刊] 华北农学报
[作者]
彭叶龙 乔军 孟庆玲 谢堃 陈诚 刘田莉 马玉 才学鹏 陈创夫
为克隆、表达单核细胞增生李斯特菌sRNA分子伴侣蛋白hfq基因,并纯化重组蛋白,通过PCR的方法从单核细胞增生李斯特菌基因组DNA中扩增出hfq基因,将扩增产物克隆于pMD18-T载体中,测序验证后,再将hfq基因亚克隆至表达载体pET-32a(+)中,成功构建pET-32a(+)-hfq原核表达载体。然后,转化至大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞中,通过IPTG进行诱导表达,对表达蛋白进行可溶性分析,并采用Ni-NTA纯化目的蛋白。结果显示:克隆的hfq基因全长234 bp,编码77个氨基酸,通过SDS-PAGE可以检测到27 kDa的蛋白特异性条带;并从上清中纯化得到了Hfq融合蛋白。为...
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