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[期刊] 草业科学
[作者]
张永峰 顾亚荣 马兰花 阎萍
本研究旨在探究m~6A RNA甲基化酶METTL3和WTAP在牦牛(Bos grunniens)不同组织、前体脂肪细胞增殖与分化过程中的表达模式和前体脂肪细胞分化过程m RNA m~6A的变化水平。采用qRT-PCR检测牦牛皮下脂肪、肌肉、心、肝、脾、肺、肾和皮下脂肪不同时期(18和30月龄) METTL3及WTAP的mRNA表达水平。应用I型胶原酶消化法获取牦牛前体脂肪细胞，油红O染色和脂肪分化标志基因的检测建立牦牛前体脂肪细胞分化模型，以及qRTPCR检测前体脂肪细胞增殖分化阶段METTL3和WTAP的m RNA表达水平。结果表明，肝脏组织中METTL3表达最高(P
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨昕冉 马鑫浩 杜嘉伟 昝林森
【目的】近年来，RNA m~6A甲基化修饰在肌肉发育中的作用不断被发现，通过探究m~6A甲基化酶相关基因，包括METTL3,METTL14,WTAP,FTO和ALKBH5，在牛肌肉组织以及骨骼肌卫星细胞（skeletal muscle satellite cells, SMSCs）增殖和分化过程中的表达，同时分析体外成肌分化过程中m~6A甲基化水平的变化，为阐明m~6A修饰在骨骼肌发育中的作用及机制提供参考。【方法】使用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测m~6A甲基化酶相关基因在新生和成年牛不同部位骨骼肌中的表达。随后在秦川牛肉用新品系背最长肌中分离SMSCs，通过生长曲线、免疫荧光和RT-qPCR技术验证SMSCs的增殖和成肌分化功能，使用RT-qPCR检测m~6A甲基化酶相关基因在SMSCs增殖期24、36、48、60、72 h和分化第0、2、4、6、8天中的时序表达谱。最后利用LC-MS/MS和Dot blot技术检测SMSCs分化过程中m~6A甲基化水平的变化。【结果】METTL3、METTL14和WTAP等m~6A甲基化转移酶基因在成年牛背最长肌、前腿肌和后腿肌中的表达量均显著低于新生牛（P<0.01）。FTO和ALKBH5等m~6A去甲基化酶基因在成年牛后腿肌中的表达更高（P<0.01）,ALKBH5在成年牛背最长肌中的表达也较高（P<0.01）。【结论】m~6A甲基转移酶和去甲基化酶在新生牛和成年牛骨骼肌中的表达变化存在较为明显的差异，表明m~6A修饰可能对秦川牛骨骼肌的发育具有重要作用。同时，这些m~6A相关甲基化酶可能参与调控牛骨骼肌卫星细胞的增殖和分化。这一发现为研究m~6A甲基化修饰调控骨骼肌生成的作用及机制提供理论依据。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘亮 苏晓彤 李慧贤 胡康瑶 陆宏辉 许新松 万永杰
[目的]本文旨在探究玉米赤霉烯酮(zearalenone, ZEA)对湖羊睾丸间质细胞(leydig cells, LC)的毒性作用。[方法]用200μmol·L~(-1) ZEA处理湖羊LC 8 h,通过EdU法检测细胞增殖情况，RT-qPCR和Western blot分别检测与细胞增殖和凋亡、氧化应激、m~6A甲基化修饰相关基因和蛋白的表达变化。[结果]与对照组相比，ZEA处理组LC活性和增殖数量极显著下降(P<0.01);细胞增殖相关基因pcna及其蛋白表达水平均极显著下降(P<0.01);促凋亡基因表达水平(bax、caspase3,P<0.01;tp53、caspase9,P<0.05)均显著升高，相对应蛋白表达水平(TP53、CASPASE9,P<0.01)极显著升高；抗凋亡基因bcl-2及蛋白表达水平显著降低(P<0.05);氧化应激相关基因相对表达水平(cat,P<0.05;gsh-px、sod2,P<0.01)显著或极显著上升，其相关蛋白表达水平(SOD2,P<0.01)极显著上升；m~6A相关基因alkbh5的相对表达水平显著降低(P<0.05),mettl3和ythdc1水平极显著升高(P<0.01),ythdf3水平显著升高(P<0.05)。[结论]ZEA可抑制湖羊LC增殖，促进湖羊LC凋亡，导致LC发生氧化损伤，产生毒性作用，且其毒性作用可能跟m~6A甲基化修饰相关。
[期刊] 华北农学报
[作者]
霍文韬 周婷 余越 杨清澜 常馨丹 李键 熊显荣 熊燕
旨在克隆牦牛诱导细胞凋亡DNA片段化45样效应因子A(CIDEA)基因序列、分析其生物学特性及检测CIDEA基因在牦牛不同组织及脂肪细胞分化中的表达模式。以金川牦牛皮下脂肪组织的cDNA为模板,采用PCR技术克隆CIDEA基因的CDS序列(Coding sequence),对CDS区进行相关的生物信息学分析;设计特异引物,检测该基因在金川牦牛肺脏、心脏、肾脏、脂肪等组织的表达情况;同时分离原代前体脂肪细胞,分析CIDEA基因在脂肪细胞分化过程中的表达趋势。结果表明,金川牦牛CIDEA基因的序列长度为696 bp,其中CDS序列为684 bp,编码227个氨基酸;金川牦牛CIDEA基因与普通牛的同源性最高,核苷酸序列同源性为94.14%,氨基酸序列同源性为99.54%,与鸡的同源性最低,核苷酸序列同源性仅为63.38%,氨基酸序列同源性仅为59.05%,利用MEGA 5.0软件构建进化树显示金川牦牛与牛的亲缘关系最近,与鸡的亲缘关系最远。蛋白理化性质分析结果表明,CIDEA蛋白是一个不稳定的碱性亲水蛋白,不存在跨膜结构与信号肽;二级结构预测显示CIDEA蛋白中α螺旋占33.92%,无规则卷曲占51.98%。实时荧光定量PCR结果表明,CIDEA基因在金川牦牛脂肪组织中表达量最高,肺脏中表达量最低;在金川牦牛脂肪细胞分化过程中呈现上升的趋势。由此可推测金川牦牛CIDEA基因可能参与牦牛脂肪细胞分化与脂肪沉积。
[期刊] 华北农学报
[作者]
岳永起 华永琳 贾逸格 李键 熊燕 熊显荣
以牦牛为试验对象,旨在克隆牦牛CCAAT/Enhancer Binding Protein Alpha(CEBPα)基因,预测其蛋白结构和功能,同时分离得到牦牛脂肪细胞,并检测CEBPα在牦牛不同组织中的表达及牦牛脂肪细胞诱导分化过程中的表达。采集成年牦牛(4岁)的心、肝、脾、肾、胃、小肠、皮下脂肪、内脏脂肪和肌肉组织,利用PCR技术获得CEBPα基因序列,得到其CDS序列;生物信息学的方法预测该基因的序列同源性及蛋白结构;通过实时荧光定量PCR检测CEBPα在牦牛不同组织的表达;通过胶原酶消化法,分离得到牦牛前体脂肪细胞;RT-PCR检测CEBPα在诱导分化0,3,6,9 d的表达模式。结果表明,牦牛CEBPα基因的CDS序列长度为645 bp,编码214个氨基酸。牦牛CEBPα基因与普通牛(Bos taurus)的同源性相对较高,核酸同源性为99.73%,氨基酸同源性为99.19%。构建系统进化树的结果显示,牦牛与普通牛和绵羊的相似性较高。CEBPα蛋白为具有跨膜结构、发生磷酸化/去磷酸化的不稳定亲水性蛋白,蛋白质的二级结构以α螺旋(27.10%)和无规则卷曲(67.29%)为主。qRT-PCR结果显示,CEBPα基因在牦牛皮下脂肪组织中表达最高,在肾、脾和内脏脂肪组织中低表达。CEBPα在牦牛脂肪细胞诱导分化过程中表达量逐渐升高。本试验克隆获得了CEBPα的CDS区序列,确定了其在牦牛各个组织中的表达量并明确了该基因在牦牛脂肪细胞诱导分化过程中的表达模式。为揭示CEBPα基因在牦牛脂肪组织和脂肪细胞中的功能提供基础数据。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
谷淑华 孙文星 褚维伟 韩海银 党小勇 陈杰
［目的］以新淮猪肌内脂肪和皮下脂肪为试验材料，探讨核受体辅激活蛋白３（ＮＣＯＡ３）启动子甲基化对其在肌内与皮下脂肪组织中差异表达的影响。［方法］采用ＲＴ－ＰＣＲ的方法检测ＮＣＯＡ３在肌内脂肪与皮下脂肪组织的表达水平。构建ＮＣＯＡ３启动子缺失报告载体，并采用双荧光报告基因系统分析启动子区域活性。预测ＮＣＯＡ３启动子区ＣＰ Ｇ岛，利用亚硫酸氢盐法（ＢＳＰ）检测２种脂肪组织ＮＣＯＡ３启动子区ＣＰ Ｇ岛甲基化水平，并通过甲基转移酶处理，以检测甲基化对ＮＣＯＡ３基因启动子活性的影响。［结果］ＮＣＯＡ３ ｍＲＮＡ在肌内脂肪组织中表达水平极显著低于皮下脂肪组织（Ｐ
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
苏晓彤 李慧贤 胡康瑶 刘亮 万永杰
[目的]本文旨在探究玉米赤霉烯酮（zearalenone， ZEA）对湖羊睾丸间质细胞（Leydig cells， LCs）的毒性作用。[方法]试验采用湖羊LCs为试验材料，用200 μmol·L~(-1) ZEA 处理8 h，通过Edu法检测细胞增殖情况，qRT-PCR 和Western blot分别检测与细胞增殖和凋亡、氧化应激、m~(6)A甲基化修饰相关基因和蛋白的表达变化。[结果]与对照组相比，ZEA处理组LCs细胞活性和细胞增殖数量极显著下降（P＜0.01）；细胞增殖相关基因pcna相对表达量及其相关蛋白表达水平极显著下降（P＜0.01）；促凋亡基因相对表达量升高（bax、caspase3，P＜0.01；tp53、caspase9，P＜0.05），其相关蛋白表达水平升高（TP53、CASPASE9，P＜0.01）；抗凋亡基因bcl-2相对表达量及其相关蛋白表达水平显著降低（P＜0.05）；氧化应激相关基因相对表达量上升（cat，P＜0.05；gsh-px、sod2，P＜0.01），其相关蛋白表达水平上升（SOD2，P＜0.01）；m~(6)A相关基因的相对表达量alkbh5显著降低（P＜0.05）、mettl3和ythdc1极显著升高（P＜0.01）、 ythdf3显著升高（P＜0.05）。[结论]ZEA可抑制湖羊LCs增殖、促进湖羊LCs凋亡，导致LCs发生氧化损伤，产生毒性作用，且其毒性作用可能跟m~(6)A甲基化修饰变化相关。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李晓晗 陈婧 钟翔 周斌
RNA分子上存在着多种修饰方式,如5-甲基胞嘧啶(m~5C)、6-甲基腺嘌呤(m~6A)、1-甲基腺嘌呤(m~1A)和假尿嘧啶(Ψ)等。而其中RNA分子腺嘌呤第6位氮原子上发生的甲基化修饰,即m~6A(N~6-methyladenosine)是一种非常重要的表观遗传修饰方式,在干细胞命运决定、肌肉发育、精子形成以及肿瘤发生中都起着重要的作用。在40多年前已经发现病毒RNA中含有m~6A修饰,m~6A功能的行使主要在甲基转移酶(编码器"Writers")、去甲基化酶(消码器"Erasers")和结合蛋白(读码器"Readers")的参与下进行,他们共同调控m~6A的发生。不同种类的病毒,在不同的细胞和组织中产生不同的m~6A修饰。而m~6A修饰对病毒和宿主RNA的调控机制不尽相同。m~6A修饰对宿主的影响在一定程度上与宿主的免疫系统有关。MeRIP-Northern blot和MeRIP-seq等技术的发展帮助加深对该领域的研究。本文综述了m~6A甲基化在甲型流感病毒(influenza A virus,IAV)、人类免疫缺陷病毒1型(Human immunodeficiency virus1,HIV-1)、猴空泡病毒(Simian vacuolating virus40/Simian virus 40,SV40)、卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒(Kaposi’s sarcoma-associated herpesvirus,KSHV)、丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)、乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)、肠道病毒71型(Enterovirus71,EV71)、呼吸道合胞病毒(Rous sarcoma virus,RSV)和植物病毒感染中的作用,探讨该甲基化修饰在病毒与宿主相互作用中扮演的重要角色。
关键词：
m~6A甲基化 病毒 复制 相互作用
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周阳 骆骅 李伯江 贾超 谢庄 赵兴波 钟金城 李齐发
【目的】了解牦牛和犏牛睾丸组织中DDX4基因mRNA表达水平和启动子区甲基化状态。【方法】采用real-time PCR技术检测牦牛和犏牛睾丸组织DDX4基因mRNA表达水平,采用克隆测序技术获得牦牛和犏牛DDX4基因启动子区序列,采用亚硫酸氢钠测序法检测牦牛和犏牛睾丸组织中DDX4基因启动子区甲基化状态。【结果】牦牛睾丸组织中DDX4基因mRNA表达水平极显著高于犏牛(P<0.01)...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
占今舜 郭静 杨宏波 詹康 刘红 刘明美 赵国琦
为研究不同精粗比全价颗粒饲料对犊牛不同组织中SREBP-1、FASN、SCD1和ApoA1mRNA表达的影响,选取日龄和体重相近的中国荷斯坦断奶公犊牛12头,分为4组,每组3头,各试验组精粗比分别为75∶25(Ⅰ)、70∶30(Ⅱ)、65∶35(Ⅲ)和60∶40(Ⅳ),预试期14d,正试期56d。结果表明,试验Ⅱ组肝脏、十二指肠和瘤胃中的SREBP-1和ApoA1mRNA相对表达量显著高于试验Ⅳ组(P<0.05),而在瘤胃和肌肉中的结果与之相反;试验Ⅰ组犊牛肝脏和十二指肠以及试验Ⅲ组瘤胃中的SCD1mRNA...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
袁继红 龙欢 雷霆 陈小冬 杨在清
用不同种类、不同浓度游离脂肪酸(FFA)处理体外培养的成熟3T3-L1脂肪细胞,实时荧光定量PCR和Western-blotting分析FFA处理前后脂联素基因mRNA和蛋白质水平的表达差异。结果表明:各类脂肪酸对脂联素mRNA的表达均具有下调作用,且抑制效应呈时间、剂量依赖性;并且各种脂肪酸显著地影响脂联素蛋白的分泌作用。
关键词：
脂肪酸 脂联素 基因表达 脂肪细胞
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李艳 孙文星 徐春瑛 褚维伟 谷淑华 陈杰
为探讨核受体辅激活蛋白2(NCOA2)基因启动子区甲基化水平与其在肾周脂肪组织及皮下脂肪组织中差异表达的相关性,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法检测NCOA2基因在肾周脂肪组织和皮下脂肪组织中的表达水平;通过构建系列NCOA2基因5'侧翼区缺失表达载体,并采用双荧光素酶报告系统鉴定NCOA2基因核心启动子区;在分析核心启动子区CpG岛的基础上,采用亚硫酸氢盐测序(BSP)法测定NCOA2基因核心启动子区CpG岛甲基化水平。结果表明:肾周脂肪组织中NCOA2基因的mRNA表达水平显著低于皮下脂肪组织;NCOA2基因核心启动子区位于-483~-179 bp;预测发现该区域存在1个CpG...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
魏广莲 徐钢春 顾若波 杜富宽 徐跑
利用RT-PCR和RACE技术获得刀鲚(Coilia nasus)Δ6脂肪酸去饱和酶(Δ6 fatty acyl desaturase,FAD6)的全长cDNA序列2 032 bp,开放阅读框(ORF)为1 338 bp,编码445个氨基酸。其具有3个保守的组氨酸簇(HDXGH、HXXHH和QXXHH)、2个跨膜区和含亚铁血红素结合基序(HPGG)的细胞色素b5结构域等典型的Δ6脂肪酸去饱和酶结构特点。氨基酸同源性分析显示,刀鲚FAD6与海鳗(Muraenesox cinereus)和军曹鱼(Rachycentron canadum)等海水鱼类的相似性达75%~79%,而与淡水鱼类的相似性较低...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
史明艳 苗志国 郭燕杰 易力 张沛 周新雨 杨学义 赵旭升
【目的】筛选牛肌肉脂肪组织中差异表达的circRNAs,为进一步探索circRNAs在牛肌内脂肪沉积和代谢过程中的潜在作用及肉牛改良提供理论基础。【方法】采集安格斯牛和南阳牛右侧背部最长肌第12/13肋骨间肌肉,分离其脂肪组织并提取RNA,采用RNA-seq和生物信息学方法分析2种牛肌内脂肪组织中circRNAs的表达情况,筛选差异表达的circRNAs,并对其进行GO和KEGG富集分析。选取4个差异表达的circRNA(circRNA.9560、circRNA.7431、circRNA.2083、circRNA.6528),对其表达水平进行qRT-PCR验证。【结果】在所有牛样本肌内脂肪组织中共检测到14 649个circRNAs,从中筛选并初步鉴定出111个安格斯牛与南阳牛差异表达的circRNAs,其中有75个在安格斯牛肌内脂肪组织中表达上调,36个表达下调。差异表达的circRNAs主要富集于细胞进程、单有机体进程、代谢过程、细胞、细胞部分、细胞器、分子结合、催化活性、核酸结合转录因子活性的GO条目中。KEGG富集分析结果发现,差异表达的circRNAs共富集到66条信号通路中,其中具有显著差异(P<0.05)的信号通路有10个。qRT-PCR验证结果显示,circRNA.9560和circRNA.7431表达量显著下调,circRNA.2083和circRNA.6528表达量显著上调,与测序结果一致。【结论】筛选出111个安格斯牛与南阳牛差异表达的circRNAs,这些circRNAs可能在牛脂肪沉积和脂质代谢过程中发挥着一定的调控作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨勤 柴志欣 王吉坤 王会 钟金城
为了探究骨骼肌α肌动蛋白1(ACTA1)基因在肌肉和脂肪等6个组织中的甲基化状态及mRNA表达水平,以类乌齐牦牛、麦洼牦牛为研究对象,成功克隆了牦牛ACTA1基因启动子区序列,且采用重亚硫酸氢盐测序法(BSP)检测ACTA1基因启动子区甲基化模式,并通过实时荧光定量PCR检测ACTA1基因在臀大肌、心脏、肾脏、肺脏、肝脏和脂肪组织中的mRNA表达水平。结果显示,牦牛ACTA1基因转录起始位点上游及第一外显子区部分序列总长为1 028 bp;BSP法分析发现肌肉组织DNA甲基化水平最低,脂肪组织甲基化率最高,其中,类乌齐牦牛臀大肌、心脏、肾脏、肺脏、肝脏和脂肪的甲基化概率分别为6.25%,6.88%,20.00%,16.25%,26.25%,29.38%,麦洼牦牛臀大肌、心脏、肾脏、肺脏、肝脏和脂肪的甲基化概率分别为5.00%,7.50%,18.13%,20.00%,26.25%,28.75%;ACTA1基因mRNA表达量在肾脏、肺脏、肝脏和脂肪均极显著低于臀大肌(P<0.01),且显著低于心脏(P<0.05),类乌齐牦牛和麦洼牦牛心脏mRNA表达量具有显著性差异(P<0.05),类乌齐牦牛肺脏组织甲基化率显著低于麦洼牦牛(P0.05),各组织甲基化水平与ACTA1基因mRNA表达量呈极显著负相关(r=-0.797,P=0.002)。结果表明,ACTA1基因DNA甲基化模式对肌肉发育具有一定的调控作用,可为牦牛遗传育种表观遗传标记提供部分数据支持。
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