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[期刊] 中国农业科学
[作者]
王晋鹏 罗仍卓么 李彦霞 冯芬 王正兴 潘传英 蓝贤勇 王兴平
【背景】奶牛乳腺炎是奶牛中危害最严重的疾病之一，严重影响乳品质，不仅造成经济损失，甚至危及人类健康。已有研究表明，lncRNAs广泛参与人和动物的炎症和免疫调节。lncRNA RRAS2-AS1是我们在前期研究中新发现的差异表达lncRNA，其表达模式和功能尚不清楚。【目的】通过探究lncRNA RRAS2-AS1在奶牛乳腺上皮细胞（bovine mammary epithelial cells, bMECs）炎症反应中的作用机制，为奶牛乳腺炎的分子调控机制解析和抗乳腺炎分子选育提供理论依据。【方法】利用RT-PCR和RACE等技术进行了lncRNA RRAS2-AS1的克隆，并通过生物信息学方法进行lncRNA RRAS2-AS1的靶基因预测及功能富集分析；利用细胞免疫荧光技术鉴定bMECs，利用细胞核质分离及半定量PCR技术检测了lncRNA RRAS2-AS1的亚细胞定位情况；采用qRT-PCR检测了lncRNA RRAS2-AS1在脂多糖（lipopolysaccharide, LPS）诱导bMECs炎症反应和乳腺炎奶牛乳腺组织中的表达模式；利用LPS诱导bMECs构建了炎症细胞模型，在此基础上，通过lncRNA超表达、qRT-PCR和ELISA等技术研究了lncRNA RRAS2-AS1对炎性bMECs内的促炎细胞因子基因、增殖相关基因和凋亡相关基因在mRNA和（或）蛋白质水平表达的影响，同时采用EdU、CCK-8和流式细胞术进一步验证了lncRNA RRAS2-AS1对bMECs增殖、活力和凋亡的影响。【结果】lncRNA RRAS2-AS1基因的长度为363 bp，主要定位于细胞质中。表达量检测结果表明，与对照组相比，lncRNA RRAS2-AS1在LPS诱导炎症的bMECs和乳腺炎组织中的表达量显著下调（P<0.05）;lncRNA RRAS2-AS1超表达试验结果表明，与对照组相比，lncRNA RRAS2-AS1超表达组的炎症信号通路关键基因（TLR4和NF-κB1）、促炎细胞因子基因（IL-1β、IL-6和IL-8）、促凋亡基因（BAD、CASP3和BAX等）的表达量显著下调（P<0.01），而增殖标志基因（CDK2、CDK4和PCNA）的表达量显著上调（P<0.05）。此外，lncRNA RRAS2-AS1超表达组的细胞活力显著增加（P<0.05），而bMECs的凋亡率极显著降低（P<0.01）。【结论】lncRNA RRAS2-AS1在LPS诱导bMECs的炎症反应和乳腺炎奶牛的乳腺组织中均显著下调；超表达lncRNA RRAS2-AS1可下调促炎细胞因子IL-6、IL-8和IL-1β在mRNA和蛋白质水平的表达，并促进细胞活力和增殖、抑制细胞凋亡，从而减轻LPS诱导的bMECs炎症反应，该结果可为解析奶牛乳腺炎的分子调控网络奠定了基础。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
董益闻 罗仍卓么 王兴平 王晋鹏 周力
【目的】为探究2个候选lncRNA（lncRNA TCONS-72171和lncRNA TCONS-62349）在奶牛乳腺上皮细胞炎症模型中的表达与功能分析。【方法】利用基因克隆和测序技术验证候选lncRNA的真实性；并进行候选lncRNA序列同源性、亚细胞定位、靶基因预测及KEGG信号通路分析。此外，利用脂多糖（lipopolysaccharide，LPS）诱导奶牛乳腺上皮细胞产生炎症反应；采用RT-qPCR技术检测LPS诱导0、3、6和12 h的奶牛乳腺上皮细胞内上述2个候选lncRNAs的表达情况。【结果】奶牛lncRNA TCONS-72717和lncRNA TCONS-62349真实存在，且在部分物种间高度保守；上述2个lncRNA在LPS诱导的奶牛乳腺上皮细胞中表达均呈极显著上调（P＜0.01），且分别主要位于细胞质与细胞核。靶基因预测与KEGG信号通路分析预测结果显示，上述2个lncRNA的潜在靶基因（LCP2、ALOX12和ASGR1等）可能通过JAK-STAT、NF-κB和MAPK等炎症相关的信号通路而发挥调控细胞炎症的作用。【结论】表达上调的lncRNA TCONS-72171和lncRNA TCONS-62349可能在LPS诱导的奶牛乳腺上皮细胞炎症中发挥重要的调控作用，该结果可为深入研究奶牛乳腺炎分子调节机制奠定基础。
[期刊] 水产学报
[作者]
宋飞彪 俞贞贞 董在杰 王兰梅 田雪 吴利敏 董传举 李学军
长链非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）是一类全长超过200个核苷酸的RNA，其转录本缺少开放阅读框和保守密码子，无编码能力。lncRNA能够与RNA、DNA或蛋白质相互作用来介导靶基因的调控，可以在转录水平、转录后水平和表观遗传水平发挥作用。大量研究表明，lncRNA在生殖、胚胎发育、性别分化、免疫和代谢等方面起着关键作用。近年来，关于lncRNA在水产动物上的研究也取得一定成果，但是国内外尚缺乏对其进行全面总结的报道。鉴于此，本文主要对lncRNA的定义及分类、生物学特性、作用机制及在水产动物中的研究进展等方面进行综述，并对其在水产动物中的研究前景进行了展望，以期为以后深入开展lncRNA在水产动物上的功能研究提供参考。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
陈燕涛 赵坤 祖良鹏 景梦娜 张艳红 郭锋
[目的]探讨长链非编码RNA (lncRNA)在脂多糖(LPS)诱导的肉鸡系统性炎症反应中的表达情况及与促炎细胞因子白介素1β(IL-1β)和白介素6 (IL-6)基因表达的相关性。[方法]选取21日龄Ross肉鸡10只,随机平均分为LPS组和对照组(CK),分别腹腔注射0.5 mg/kg LPS及相应体积生理盐水,于处理后2 h采集肌肉、肝脏及脾脏组织备用。以β-actin为内参基因,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测3种组织样品中IL-1β、IL-6mRNA的相对表达量。依据已报道的数据,选择肉鸡14个高表达lncRNA,采用RT-qPCR检测其相对表达量,并分析其与IL-1β和IL-6基因mRNA表达量的相关性。[结果]LPS处理后2 h,肉鸡各组织中IL-1β和IL-6基因mRNA表达量均极显著高于CK组。与CK组相比,LPS组肉鸡肌肉中lnc0035、lnc0181和TCO873的相对表达量显著或极显著升高,lnc0119和lnc0151的相对表达量显著或极显著降低;肝脏中lnc0035、lnc0181、lnc0202、TCO354、TCO873和pouBW1的相对表达量显著或极显著升高,lnc0119、lnc0151、TCO501和lncDHCR24的相对表达量显著或极显著降低;脾脏中lnc0181、lnc0202、TCO619和TC0873的相对表达量显著升高,lnc0035、lnc0119、lnc0128和lncDHCR24的相对表达量显著或极显著降低。lnc0035、lnc0119、lnc0181、TCO873 4种lncRNA在3种组织中的表达量与IL-1β、IL-6 mRNA表达量的相关性分析结果显示,肌肉中,除lnc0035与IL-6 mRNA表达量无显著相关性外,其他3个lncRNA均与IL-1β和IL-6 mRNA的表达量呈显著或极显著相关;肝脏中,lnc0035、TCO873与IL-1β和IL-6的mRNA表达量均呈显著正相关;脾脏中,TC0873表达与IL-1β和IL-6的mRNA表达量呈极显著正相关,其余3个lncRNA均与IL-6 mRNA表达量呈显著或极显著相关。[结论]LPS能诱导肉鸡不同组织中多个lncRNA的表达产生差异,且lncRNA的表达与促炎细胞因子的IL-1β和IL-6基因表达存在显著或极显著相关性,提示lncRNA可能参与了LPS诱导的全身性炎症反应。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
夏雪平 连子童 田海峰 李忠 孙敬锋 胡乔木
利用黄鳝(Monopterus albus)卵巢、间性性腺以及精巢转录组测序数据分析结果，筛选获得表达差异的LncRNA 54770.30。为探究黄鳝LncRNA 54770.30的生物学特性及其在性逆转过程中的功能和作用，本研究分析了黄鳝LncRNA 54770.30在不同组织与不同阶段性腺的表达。结果表明：LncRNA 54770.30在各组织均有表达，在肌肉中表达量最高，精巢与肝脏次之；LncRNA 54770.30在黄鳝卵巢至精巢转变过程中表达量呈上升趋势，卵巢与间性性腺中表达量无显著性差异，但卵巢、间性性腺与精巢中表达量呈显著性差异。利用原位杂交技术对LncRNA 54770.30在不同阶段性腺中表达进行定位分析，结果显示LncRNA 54770.30在黄鳝各阶段性腺中均有阳性信号，卵巢中主要在卵细胞的细胞质与颗粒细胞以及体细胞中表达；精巢中主要在初级精母细胞和次级精母细胞中表达。对黄鳝幼体进行甲基睾酮处理后，实验组卵巢结构出现明显退化，卵泡数量减少，出现中空小叶；荧光定量PCR分析显示，LncRNA 54770.30在实验组退化卵巢中的表达量较对照组显著下降。以上研究表明，LncRNA 54770.30可能参与黄鳝性腺发育过程，并在黄鳝性逆转中发挥重要作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
曾灵 张岩峰 李承隆 丁燕玲 周小南 明文轩 苏总华 曲畅 徐俊杰 史远刚 康晓龙
牛肉大理石花纹特征是由多基因调控的重要肉质性状，是衡量高档牛肉品质的条件之一。LncRNA是一种重要的非编码RNA,在调节脂肪沉积的相关生物学过程中发挥重要作用。为了解lncRNA在肉牛不同大理石花纹表型中的潜在生物学作用，采集高(A5)、低(A1)2种极端等级大理石花纹的杂交和牛背最长肌组织，利用高通量测序方法检测与肉质大理石花纹相关的差异lncRNA,预测差异lncRNA反式作用靶基因，并对其进行功能富集分析。结果表明，在2个等级大理石花纹牛肉组织中共筛选出45个显著差异lncRNA,其中在高等级大理石花纹组织中分别有21,24个显著上调及下调的lncRNA,包括MSTRG.9509.3、ENSBTAT00000077612、ENSBTAT00000072841等与脂肪沉积相关的lncRNA。对反式作用靶基因的功能富集分析表明，预测靶基因显著富集到脂多糖结合、脂肪分解等脂肪沉积相关的生物学过程。差异lncRNA可能通过反式作用靶向脂肪沉积相关基因(FABP4、PLIN1、LIPE等)参与调节肉牛大理石花纹表型特征。检测到的牛肉大理石花纹相关差异lncRNA、预测靶基因及其富集通路将为拓展对非编码RNA生物学功能的认识及其与牛肉大理石花纹特征的关系奠定基础，也为农业家畜的优质性状解析与新品种培育提供参考。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李燕 陈明明 张俊星 张林林 李新 郭宏 丁向彬 刘新峰
【目的】探讨长链非编码RNA LncRNA-133a对牛骨骼肌卫星细胞增殖分化过程的影响。【方法】利用测序样品3、6、9月龄胎牛及24月龄成年和牛骨骼肌肌肉组织,qRT-PCR法检测LncRNA-133a的组织时序表达谱。构建牛骨骼肌卫星细胞的体外成肌诱导分化模型,模拟牛骨骼肌的生长发育过程,qRT-PCR法检测LncRNA-133a和肌细胞分化标记因子MyoG、MHC的细胞时序表达谱。利用过表达LncRNA-133载体(pCDNA3.1-EGFP-LncRNA-133a)或LncRNA-133a抑制物(si-LncRNA 133a)转染牛骨骼肌卫星细胞,qRT-PCR法检测转染效率以及各转染处理组LncRNA-133a、MyoD、MyoG及MHC基因mRNA的表达水平,Western blotting检测MHC基因的蛋白表达水平;同时,通过EdU细胞增殖检测、免疫荧光蛋白染色技术检测牛骨骼肌卫星细胞增殖阶段的细胞增殖量和分化阶段的肌管融合程度。【结果】组织表达谱分析发现LncRNA-133a在3月龄胎牛肌肉组织中表达量最高,6月龄胎牛肌肉组织中次之,9月龄胎牛及成年牛肌肉组织中表达量最低,时序表达呈下降趋势;利用成功构建的牛骨骼肌卫星细胞体外诱导分化模型,进行LncRNA-133a、MyoG、MHC的细胞时序表达谱分析,结果发现在牛骨骼肌卫星细胞分化过程中(D0-D3),肌分化标记因子MyoG、MHC的表达水平逐渐升高,LncRNA-133a的表达在分化阶段呈上升趋势,且分化48 h时(D2)表达量最高;成功构建的过表达LncRNA-133a或抑制LncRNA-133a的牛骨骼肌卫星细胞模型,在增殖期(D0):与对照组相比,过表达LncRNA-133a处理组EdU增殖染色检测得到EdU阳性细胞数显著增加(P<0.01),而LncRNA-133a抑制处理组EdU阳性细胞数显著减少(P<0.01),且MHC蛋白的免疫荧光蛋白染色检测观察到融合肌管的体积占比更大;而LncRNA-133a抑制处理组MyoD、MyoG及MHC的mRNA表达水平均降低,其中MyoG显著降低(P<0.01),同时MHC蛋白融合肌管的体积占比也降低。【结论】研究证实LncRNA-133a具有促进牛骨骼肌卫星细胞增殖及分化的作用,为进一步挖掘LncRNA-133a调节牛骨骼肌卫星细胞增殖分化调控网络机制奠定了基础。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
赵洁 史陈博 杨花 王锋 张艳丽
[目的]探究lncRNA-NAS对湖羊睾丸间质细胞（LCs）睾酮分泌的影响。[方法]首先利用qRT-PCR对湖羊lncRNA-NAS进行组织表达谱分析；然后利用ELISA、Western blot、CCK-8、qRT-PCR等技术分析其干扰lncRNA-NAS对睾丸间质细胞睾酮分泌、细胞增殖和凋亡的影响；并在前期测序结果上对lncRNA-NAS可能作用的靶基因进行分析。[结果]lncRNA-NAS在湖羊心脏、肝、脾、肾、空肠、睾丸组织中均有表达，但其在睾丸中的表达量显著高于其它组织（P0.05）；相比对照组，干扰lncRNA-NAS后，睾丸间质细胞中睾酮分泌水平显著升高（P<0.05），睾酮分泌相关基因和蛋白表达量显著升高（P<0.05），细胞增殖活力增强（P<0.05）；通过分析lncRNA-NAS潜在的9个靶基因，其中有2个为未知基因，后续针对7个已知基因进行研究，当lncRNA-NAS干扰后，发现只有生殖细胞发育相关基因Nanos3表达水平发生变化，表现为显著升高（P<0.05），结果提示其可能为lncRNA-NAS作用的靶基因Nanos3。[结论]lncRNA-NAS可能通过调控靶基因Nanos3影响湖羊睾丸间质细胞睾酮的分泌。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张冬杰 马守正 汪亮 刘娣
为了探究lncRNA2099对猪前脂肪细胞增殖分化的影响，采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测lncRNA2099在猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背肌和背脂及离体培养的前体脂肪细胞增殖和分化阶段的表达水平；利用核质分离技术确定lncRNA2099在脂肪细胞中的表达位置；构建真核表达载体pcDNA3.1-lncRNA2099,采用qRT-PCR技术检测在脂肪细胞内过表达该lncRNA后对脂肪细胞增殖、分化相关标志基因表达的影响。结果显示：lncRNA2099存在明显组织表达特异性，且在肾脏和背脂中高表达，在背肌中不表达；lncRNA2099在猪前脂肪细胞增殖阶段12 h表达量最高，随后逐渐降低。在分化阶段第2天表达量最高，随后逐渐降低。核质定位结果表明，lncRNA2099在细胞核与细胞质中均有表达；在脂肪细胞内过表达lncRNA2099后，增殖标志基因P21与成脂分化标志基因LPL表达量极显著升高。lncRNA2099可能作为转录调节因子抑制猪前脂肪细胞增殖、促进成脂分化。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王思琪 周春雪 李玉琦 杜星 潘增祥 李齐发
【目的】探索miR-34a诱导GCs凋亡的RNA激活机制，为揭示猪卵泡闭锁的分子机理、筛选调控母猪繁殖的小核酸调节物提供依据。【方法】利用生物信息学方法分析猪miR-34a特征及其与潜在靶基因lncRNA NORHA启动子的结合情况。利用核质分离技术分析猪GCs中miR-34a的亚细胞定位。qPCR检测miR-34a对猪GCs中NORHA、凋亡标志基因BCL-2和BAX表达的影响。利用荧光素酶活性分析验证miR-34a对NORHA启动子转录活性的靶向调控关系。利用染色质免疫沉淀（ChIP）检测miR-34a对猪GCs中NORHA启动子miRNA反应元件（MRE）处AGO2和组蛋白修饰因子富集情况。利用western blot和流式细胞术分析miR-34a通过NORHA对下游因子FOXO1的表达和细胞凋亡的调控作用。【结果】猪miR-34a为基因间miRNA，其序列在哺乳动物中具有高度保守性。亚细胞定位分析显示，miR-34a在猪GCs中细胞核与细胞质均有分布。生物信息学分析显示miR-34a的MRE位于NORHA启动子-194 nt至-173 nt处，且两者结合自由能为-23.9 kcal·mol~(-1)。qPCR结果表明miR-34a显著上调猪GCs中NORHA的表达。荧光素酶活性分析显示，miR-34a极显著上调NORHA启动子报告载体活性，而对MRE突变型启动子活性没有显著影响。ChIP试验显示，miR-34a可增加NORHA启动子MRE处RNA诱导转录激活（RITA）复合物核心成员AGO2和转录激活型组蛋白H3K4me3的富集，而减少转录抑制型组蛋白H3K9me3的富集。共转试验显示，敲减NORHA可显著或极显著逆转由miR-34a过表达引起的FOXO1蛋白水平和早期凋亡率的上调，以及BCL-2/BAX比值的下调。【结论】细胞核miR-34a是猪GCs中的内源性小激活RNA(saRNA)，通过靶向激活促凋亡lncRNA NORHA的转录，诱导猪GCs早期凋亡（细胞膜完整），可能参与猪卵泡闭锁的启动。
[期刊] 中国科学技术大学学报
[作者]
吴琦 刘一鸣 胡青松 吴慧慧
长链非编码RNA(lncRNA)被认为是肿瘤微环境和肿瘤免疫微环境中至关重要的分子。巨噬细胞作为免疫系统的重要成员，与M1型巨噬细胞功能相关的lncRNA依然需要进一步的探讨。本文基于肿瘤微环境中M1型巨噬细胞浸润程度高和低的队列样本的转录组差异构建了lncRNA签名。该lncRNA签名包含7个lncRNA∶LINC01494,ZDHHC20-IT1,LINC01450,LINC00871,EVX1-AS,KIF25-AS和AADACL2-AS1。这些lncRNA均在M1巨噬细胞缺乏型病人样本中高表达，表明它们在抑制巨噬细胞浸润和极化为M1亚型过程中的潜在作用，进而导致免疫排斥型的肿瘤微环境，而这已被证明与不良预后密切相关。该lncRNA签名不仅预测了不理想的临床预后，也与抗原处理和递呈障碍所导致的免疫抑制性环境相关。此外，我们也评估了该lncRNA签名在免疫检查点抑制疗法中的预测价值，这进一步丰富和增强了lncRNA在预测免疫治疗响应情况的价值。
[期刊] 华北农学报
[作者]
苏总华 周小南 王晓薇 杨朝云 丁燕玲 张岩峰 李承隆 曾灵 明文轩 史远刚 康晓龙
剩余采食量(RFI)是用于评价家畜饲料利用效率的重要指标之一，其受消化代谢、肠道免疫、运动及下丘脑采食中枢等多种因素调控。lncRNA是一类参与众多生物学过程的非编码RNA分子，在疾病等表型研究中得到广泛研究，但有关下丘脑lncRNA表达特征及其与牛采食量调控存在何种联系仍不明确。旨在筛选下丘脑中与RFI相关的lncRNA,探究lncRNA与饲料利用率之间的调控关系。选择极端高、低RFI安格斯牛为材料，采集下丘脑组织样本，经总RNA提取、文库构建及高通量测序后开展RFI相关差异表达lncRNA筛选及调控通路分析。共鉴定出105个差异表达lncRNA,其中46个lncRNA在LRFI组下调，59个上调，这些差异lncRNA预测靶基因主要富集于线粒体相关的氧化磷酸化及生热作用等通路；同时上述通路中相关基因(ATP酶、呼吸链复合物)主要与差异表达lncRNA(LNC＿006637、LNC＿007569、LNC＿012079、LNC＿005449)相关；蛋白互作网络分析构建的网络中的一些基因(NDUFA4、SDHD、UQCRH)也已被报道为与家畜饲料效率相关。以上结果表明，牛剩余采食量相关的下丘脑组织可能主要通过生热作用及氧化磷酸化信号通路对机体线粒体功能及能量利用进行调节，但这需要更多的细胞试验进行验证。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄赛男 金澄艳 鲍建军 王悦 陈炜昊 吴天弋 王利宏 吕晓阳 高雯 王步忠 朱国强 戴国俊 孙伟
【目的】通过筛选对大肠杆菌(E.coli)F17菌毛非腹泻型与腹泻型的绵羊脾脏中差异表达的lncRNA,来探究lncRNA对绵羊抗腹泻的作用。【方法】本研究通过对湖羊羔羊口服E.coli F17菌株获得非腹泻和腹泻型个体,利用羔羊肠道细菌计数、病理组织切片验证攻毒成功性;构建非腹泻组和腹泻组羔羊脾脏的cDNA文库,使用Illumina HiSeq 2500平台进行配对测序;通过Gene Ontology(GO)和KEGG Pathway富集分析对差异表达转录本功能描述和细胞通路分析,利用FPKM法估计lncRNA和mRNA转录物的表达水平,并用高通量测序技术RNA-seq筛选出非腹泻和腹泻个体脾脏中的差异表达lncRNA;然后利用荧光定量PCR技术检测了非腹泻组和腹泻组羔羊脾脏组织中DE lncRNA和DE mRNA的表达水平,来验证筛选的DE lncRNA在非腹泻组过程中发挥作用。【结果】羔羊口服E.coli F17菌株后,出现非腹泻和腹泻两种表型,腹泻组羔羊肠道中的细菌数量显著高于非腹泻组(P
关键词：
大肠杆菌F17 lncRNA 湖羊羔羊
[期刊] 华北农学报
[作者]
宋昀静 田彦梅 孟科 尤科梅 冯登侦
旨在从基因水平分析LncRNA对公母滩羊肌肉发育的影响，因肌肉的生长发育是养殖业经济效益的重要指标，而骨骼肌的发育与产肉性能显著相关。为初步揭示影响肌肉发育差异的分子机理，从而进行转录组测序分析，筛选与绵羊肌肉发育相关的LncRNA。通过对公母滩羊各3头(8月龄)的背最长肌组织进行全转录组测序(RNA-seq)和分析，从而筛选出可能与滩羊肌肉发育相关的LncRNA。结果显示：鉴定到的8 513个LncRNAs中共筛选出45个组间差异表达LncRNAs,其中18个上调，27个下调。预测DELncRNA的co＿location靶基因并进行GO功能富集分析结果显示：靶基因显著富集在268个GO条目中，其中有促生长激素分泌细胞分化、典型的Wnt受体信号通路参与对细胞凋亡过程的负向调节、对生长激素分泌的正向调节、cAMP介导的信号传递等条目；KEGG通路富集分析结果表明，DEGs富集在AMPK、NF-KB、PI3K-AKT、MAPK、cAMP、FOXO等信号通路，进一步筛选出TCONS＿00017263、TCONS＿00147966、TCONS＿00163484、TCONS＿00079802、TCONS＿00079803这5个可能参与肌肉发育相关的LncRNA。对随机挑选的6个DELs进行实时荧光定量PCR验证，其结果的表达趋势与转录组测序结果趋势一致，进一步验证了测序结果的准确性。研究获得的这些DELncRNA可能造成了滩羊公母肌肉生长发育上的差异，同时这些相关LncRNA为调控肌肉发育提供了更多信息，并为今后宁夏地区不同性别滩羊肉用性能的分子育种提供了科学依据。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
贾纯琰 付绍印 丽春 张文广
为分析绒山羊皮肤中受Hippo信号通路调控的绒生长候选基因集，本研究选取6只罕山白绒山羊随机分为对照组和褪黑素处理组，每组设3个重复。以自然年为试验周期，每月采集皮肤样本进行RNA测序，使用Bowtie、TopHat、Cufflinks、Cuffmerge、Cuffdiff、Cuffcompare、CPAT和CPC软件分析DE-mRNA和DE-lncRNA,联合PCA分析它们对次级毛囊生长周期的应答，利用WGCNA挖掘调控山羊绒生长的基因模块，GSEA分析候选基因集的生物学功能。结果表明：1)筛选得到组间DE-mRNA 2 024个和DE-lncRNA 329个，它们应答了绒山羊皮肤次级毛囊的生长周期。2)获得有生物学意义的对照组7个和试验组9个基因模块。3)深入分析富集到平衡哺乳动物皮肤生长分化、毛囊形态发生的Hippo信号通路基因模块，揭示了外源褪黑素诱导下调控山羊绒生长候选基因集191个mRNA和49个lncRNA的共表达调控网络关系。4)发现候选基因集与皮肤发育生物学过程(|NES|>1且FDR1且FDR1且FDR1且FDR<25%)显著关联。综上，确定了调控山羊绒生长的关键通路Hippo信号通路，在组学水平从基因集角度解析了调控山羊绒生长的mRNA和lncRNA的共表达调控关系，为进一步研究外源褪黑素促山羊绒生长的机制提供参考。
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