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[期刊] 中国农业大学学报  [作者] 李家乐   金涛   朱国志   陈沈峻   杨林   刘心雨   李升和   赵春芳  
为鉴定MD淋巴瘤转化细胞中gga-miR-130b-3p调控的肿瘤相关基因,本研究在MDV转化的鸡淋巴细胞系MDCC-MSB1中过表达该miRNA,转染48 h后收集并提取RNA,利用高通量测序获得过表达gga-miR-130b-3p组和阴性对照组(Negative control, NC)的转录组数据,筛选这些数据中的差异表达基因(Differential expressed genes, DEGs),对DEGs进行基因本体GO功能富集分析、信号通路分析以及基因集富集分析,筛选过表达ggamiR-130b-3p前后基因表达变化可能参与的信号通路,并对两组中的差异可变剪切进行分析。结果表明:1)与NC组相比,过表达gga-miR-130b-3p组中共鉴定出117个DEGs,其中83个DEGs显著上调,34个DEGs显著下调。其中MCM10、KCNA3、PTK2、FGL2、GPAM、BMP4、LOXL3、DDO和KRAS等基因可能影响MD肿瘤转化。2)DEGs注释到46个GO条目中,其中生物过程包含免疫系统过程等在内的22个条目,分子功能包括10个条目,细胞组分包括14个条目。3)mimics NC和mimics转染组中的DEGs以及微效基因富集到7个与肿瘤发生相关的通路,其中主要是通过甲状腺激素信号途径、胆碱代谢等通路发挥抑癌作用。4)过表达gga-miR-130b-3p后差异可变剪切类型最多的是外显子跳跃(Exon skipped,ES),其次是内含子滞留(Intron retained,IR),最少的是外显子互斥(Mutually exclusive exon,MXE)。综上,gga-miR-130b-3p高表达会引起MSB1细胞中的部分基因差异表达,这些DEGs通过抑癌信号通路抑制MD的肿瘤发展进程,该研究可为解析miRNA在MD肿瘤转化过程中的作用机制提供理论依据。
[期刊] 中国农业大学学报  [作者] 杨苗苗   向海   李瑞瑞   赵振华   王钱保   黄正洋   李春苗   梁忠   吴兆林   黄华云  
为探究gga-miR-17-5p在鸡脂肪沉积和肌肉发育中的作用,本研究以矮小品系S3(DW)和隐性白羽鸡(RR)为试验素材,分析gga-miR-17-5p在不同时期腿肌、肝脏、腹脂组织及细胞中的表达差异,并通过KEGG及蛋白互作分析筛选关键靶基因。结果表明:1)gga-miR-17-5p在腹脂、肝脏和腿肌组织中均可表达。在腹脂中,ggamiR-17-5p在0周表达有品种差异(P<0.05),且2个品种在0周时显著高于其他周龄(P<0.05);在肝脏中,ggamiR-17-5p在16周有品种差异(P<0.05),S3系在16周显著高于其他周龄(P<0.05),隐性白羽肉鸡在16周显著高于0周和8周(P<0.05);在腿肌中,gga-miR-17-5p在0周有品种差异(P<0.05),S3系在0周和2周显著于其它周龄(P<0.05),隐性白羽肉鸡在0周显著高于其他周龄(P<0.05)。2)在脂肪细胞中,gga-miR-17-5p在肌内脂肪细胞诱导分化6 d后的表达显著高于增殖期和分化1 d(P<0.05);腹脂细胞分化1 d的表达最低,显著低于增殖期、分化4 d和分化6 d(P<0.05)。3)在成肌细胞中,gga-miR-17-5p的表达量随分化时间的延长而升高,且分化6 d的表达显著高于增殖期(P<0.05)。4)KEGG及蛋白互作分析表明,PTEN、MAPK3、PIK3R1、BECN1和PLCB4是gga-miR-17-5p重要的靶基因。RT-qPCR结果表明,PTEN和PIK3R1在成肌细胞增殖期的表达显著高于分化期(P<0.05)。综上,gga-miR-17-5p的表达存在显著的品种和组织差异性,miR-17-5p很可能通过PTEN、MAPK3、PIK3R1、BECN1和PLCB4来影响肌肉发育和脂肪沉积,其中PTEN和PIK3R1尤为关键。本研究为深入研究gga-miR-17-5p的功能和机制提供了坚实的理论基础和数据支撑。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 赵芳  丁强  夏淑雯  高运东  兰国成  林志平  王慧利  仲跻峰  
【背景】牛胚胎干细胞(bovine embryonic stem cells,BESCs)因具备较高的多能性,在牛品种保存、品种选育及研究家畜胚胎发育调控机制方面具有重要的应用价值。然而,BESCs多能性维持及分化调控的研究相对缺乏,很多机制仍不清楚。【目的】探究不同浓度Pladienolide B(PlaB)对BESCs多能标记基因、全能标记基因、胚胎细胞谱系基因表达及细胞活力的影响,为提高BESCs多能性提供参考和理论依据。【方法】利用免疫荧光检测牛BESCs多能标记基因的表达,利用实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,RT-qPCR)检测不同浓度PlaB对BESCs剪接体、全能标记基因及胚胎细胞谱系基因表达的影响,利用RT-qPCR和Western Blot分别检测不同浓度PlaB对BESCs多能标记基因mRNA和蛋白表达的影响,利用CCK8和EDU染色检测不同浓度PlaB对BESCs增殖的影响。【结果】RT-qPCR结果显示,PlaB浓度为0.5—1.5 nmol·L~(-1)时显著下调EPSCM-BESCs中SF3B1和SF3B2的mRNA表达水平;PlaB浓度为1.5nmol·L~(-1)时,CTFR-BESCs中SF3B1和SF3B2的mRNA表达下降;PlaB浓度范围为0.5—1.5 nmol·L~(-1)时,CTFR-BESCs和EPSCM-BESCs的SF3B4和SF3B5的mRNA表达水平呈剂量依赖性增加。此外,PlaB显著下调CTFR-BESCs中SF3B6的mRNA表达。PlaB浓度为0.5—1.5 nmol·L~(-1)时,EPSCM-BESCs和CTFR-BESCs中剪接体LSM4的mRNA表达显著下调。PlaB浓度为0.5—1.5 nmol·L~(-1)时,显著下调CTFR-BESCs的EFTUD2 mRNA表达水平;PlaB浓度为1—1.5 nmol·L~(-1)时能显著下调BEPSCM-BESCs的EFTUD2 mRNA表达水平。浓度为0.5—1.5 nmol·L~(-1)范围内,PlaB均以剂量依赖性上调CTFR-BESCs和EPSCM-BESCs中多能标记基因OCT4、SOX2及NANOG的mRNA表达水平和蛋白水平。在PlaB浓度为0.5—1.5 nmol·L~(-1)范围内,PlaB以剂量依赖性上调CTFR-BESCs和EPSCM-BESCs中全能标记基因MDM2、PID1及BTG2的mRNA表达水平,而下调DDIT4和PDRG1的mRNA表达水平。CTFR-BESCs中添加PlaB均上调胚胎细胞谱系基因的表达,而EPSCM-BESCs中添加PlaB显著降低GATA4、GATA6、SOX7等胚胎细胞谱系基因的表达,但是对于ZIC1没有显著影响。随着PlaB剂量增加和处理时间延长,CTFR-BESCs和EPSCM-BESCs细胞活力均呈下降趋势,但CTFR-BESCs比EPSCM-BESCs更敏感。【结论】PlaB显著上调CTFR-BESCs和EPSCM-BESCs中多能标记基因和部分全能标记基因的表达;降低EPSCM-BESCs中胚胎细胞谱系基因的表达和细胞活力。PlaB对两种BESCs发挥作用的浓度及对基因表达的影响并不完全一致。由于PlaB降低BESCs的细胞活力,仍需要进一步研究以优化培养体系。
[期刊] 中国农业大学学报  [作者] 李文韬  周丽娟  刘子嶷  王鹏  储明星  刘玉芳  
为探讨miR-376b-5p靶向调控IGF1影响绵羊多羔性状的分子机制,本研究根据产羔记录选取高、低产羔数小尾寒羊各5只,同期发情处理后,采集卵泡期卵巢及其他6个组织,通过RT-qPCR、Western blot和双荧光素酶报告基因检测系统分析miR-376b-5p与IGF1在高、低产羔数小尾寒羊各组织中的表达量;并确定二者之间的靶向关系;随后,将体外合成的miR-376b-5p模拟物(mimic)和抑制物(inhibitor)转染至绵羊卵巢颗粒细胞中,检测miR-376b-5p对IGF1表达水平的调控情况,同时对多羔性状TGF-β信号通路中TGFβ1和PTGS2标志因子的表达进行分析。结果表明:1)组织表达谱显示,IGF1在绵羊卵巢组织中的表达量显著高于其他组织(P<0.01);miR-376b-5p定量结果显示其表达趋势与IGF1相反(P<0.05),而抑制miR-376b-5p后则相反,表明miR-376b-5p可显著抑制IGF1的表达;4)在绵羊卵巢颗粒细胞中过表达miR-376b-5p后,TGF-β信号通路中TGFβ1、PTGS2的表达量均显著低于阴性对照组(P
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 孙文星  南文婷  谷淑华  韩海银  李艳  褚维伟  陈杰  
[目的]探讨过氧化物酶体增殖物激活受体γ(peroxisome proliferator activated receptorγ,pparγ)在肌内和皮下脂肪细胞中的差异表达及其与脂质差异沉积的关系,并从mirNas角度阐述pparγ基因差异表达的机制。[方法]用油红o染色法检测肌内前体脂肪细胞与皮下前体脂肪细胞的分化聚脂能力;采用qrt-pcr与WesterN blot检测pparγ在肌内脂肪细胞和皮下脂肪细胞中的表达水平;通过生物信息学预测靶向pparγ的mirNas,利用qrt-pcr检测候选mirNas在肌内脂肪细胞和皮下脂肪细胞中的表达水平;用双荧光素酶报告系统鉴定候选mirNas与...
[期刊] 华北农学报  [作者] 陆玉建  吴信明  管宇  张松林  李树芳  韩文瑜  沈志强  
为了提高MDCK细胞表面禽流感病毒(AIV)受体的水平,以12日龄的SPF鸡胚为试材,通过反转录PCR扩增唾液酸转移酶Ⅰ基因(St3gAlⅠ),并将回收的片段插入到PMD18-t载体中。酶切PMD18-t-St3gAlⅠ和PCI-neo质粒,将目的片段进行连接,构建含有St3gAlⅠ基因的真核表达载体。利用脂质体介导法转染MDCK细胞,在g418的筛选下,获得具有抗性的转基因细胞系。通过细胞克隆化培养和PCR检测,筛选可稳定表达St3gAlⅠ基因的细胞株。结果表明,从鸡胚中克隆的St3gAlⅠ基因成功的插入到PCI-neo质粒,从而实现真核表达载体PCI-neo-St3gAlⅠ的构建。在g41...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 马淑慧  薛霖莉  徐刚  侯亚琴  耿建军  曹靖  赫晓燕  王海东  董常生  
【目的】证明miR-137通过调控MITF而间接影响小鼠黑色素细胞TYRP-1和TYRP-2的表达,从而影响黑色素的生成。【方法】通过细胞转染技术在细胞水平过量表达miR-137,对黑色素细胞中黑色素含量进行了测定,经RT-PCR以及western blot检测转染后细胞TYRP-1和TYRP-2在mRNA和蛋白水平的变化。【结果】黑色素含量明显减少,在mRNA水平,TYRP1显著降低至0.4倍,TYRP-2显著降低至0.6倍。在蛋白水平,TYRP-1显著降低至0.61倍,TYRP-2显著降低至0.73倍。【结论】过量表达miR-137会通过调控MITF而使黑色素细胞TYRP-1和TYRP-2...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 安磊  孙婵  解芸菲  王勇  吕彬  孙超  
【目的】探讨SOCS3对3T3-L1细胞凋亡的影响。【方法】以小鼠脂肪组织提取的RNA为模板,用RT-PCR扩增SOCS3基因,将其克隆至pMD18-T Simple,构建pMD18-T-SOCS3重组质粒,经测序验证后,以pMD18-T-SOCS3为模板扩增SOCS3基因,将其克隆至pEGFP-N1,构建真核重组质粒pEGFP-N1-SOCS3,测序正确后,将重组质粒pEGFP-N1-SOCS3转染3T3-L1细胞,荧光下观察GFP的表达,RT-PCR和Western blotting检测细胞内SOCS3mRNA和蛋白的表达,观察细胞凋亡的变化。【结果】测序表明,pMD18-T-SOCS3和...
[期刊] 水产学报  [作者] 卢荣华  张文雅  张玉茹  杨丽萍  王俊丽  孟晓林  聂国兴  
外泌体是具有磷脂双分子膜结构的纳米级囊泡,能够参与机体多种生理过程。实验探讨了草鱼肝细胞外泌体的分离鉴定方法,并初步研究外泌体对草鱼肝细胞中miRNAs及免疫相关基因表达的影响。实验以草鱼肝细胞L8824为材料,通过超速离心获得外泌体,利用电子显微镜观察外泌体形态,采用纳米颗粒示踪分析(nanoparticle tracking analysis,NTA)技术检测外泌体粒径和数量,同时利用Western blot分析其标志蛋白CD63的表达,最后用正常肝细胞和油酸诱导的脂肪肝细胞源外泌体孵育草鱼肝细胞,通过Real-time qPCR技术检测两种不同来源的外泌体对草鱼肝细胞中miR-122/33及免疫相关基因(TNF-α,NF-κB,IL-1β,IL-6和IL-10)转录水平的影响。结果显示,草鱼肝细胞外泌体为30~150 nm的不均匀囊泡,呈圆形或椭圆形,有完整的膜结构;外泌体标志蛋白CD63呈阳性表达;NTA技术检测显示外泌体囊泡占所有囊泡的50%以上;脂肪肝细胞源外泌体显著提高了肝细胞中miR-122及炎症因子TNF-α、IL-1β和IL-6的mRNA转录水平。研究表明,通过超速离心法可成功分离草鱼肝细胞外泌体,且脂肪肝细胞源外泌体在草鱼肝细胞免疫调节中可能发挥重要作用。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 辛晓萍  王家迎  张爱玲  钟玉宜  何颖婷  陈赞谋  张哲  张豪  李加琪  袁晓龙  
【目的】预测母猪Kiss1(GenBank Gene ID:100145896)上游区域潜在的转录因子结合位点,并验证部分转录因子在猪卵巢颗粒细胞中对Kiss1基因的调控作用,为研究Kiss1基因在母猪卵巢颗粒细胞中的分子调控机制提供理论基础。【方法】参考NCBI数据库中Kiss1基因上游区域的序列,通过生物信息学网站预测的Kiss1基因上游区域潜在转录因子结合的位点,结合文献阅读与资料查询,在转录因子CEBPα和p53与Kiss1基因上游区域潜在结合位点附近设计引物,利用染色质免疫共沉淀(ChIP)技术,验证转录因子CEBPα和p53与Kiss1基因上游区域的结合情况;参照NCBI数据库相关转录因子CEBPα和p53的mRNA序列,使用软件Primer Premier5设计引物,PCR分别扩增转录因子CEBPα(带有Kpn I和Xho I限制性内切酶的酶切位点)和p53(带有Kpn I和Hind III限制性内切酶的酶切位点)的CDS区序列,并进行测序鉴定,连接到真核表达载体pcDNA3.1(+)上,构建含有潜在转录因子CEBPα和p53 CDS区序列的真核表达载体,并获得无内毒素质粒,分别命名为pcDNA3.1-CEBPα和pcDNA3.1-p53;化学合成目标转录因子CEBPα和p53的干扰siRNA片段。屠宰场采集猪的卵巢,快速分离并培养原代猪的卵巢颗粒细胞,阳离子脂质体转染法分别将转录因子CEBPα和p53真核表达载体(pcDNA3.1-CEBPα和pcDNA3.1-p53)或siRNA片段(CEBPα-siRNA和p53-siRNA)转染进母猪卵巢颗粒细胞,使用实时荧光定量PCR和Western Blot技术分别验证预测的转录因子CEBPα和p53对Kiss1基因mRNA水平和蛋白水平的影响。【结果】生物信息学预测结果表明,Kiss1基因上游区域(-850—+221)存在p53(肿瘤抑制蛋白,tumor protein p53,p53)、CCAAT增强子结合蛋白(CCAAT/enhancer binding protein, CEBP)、信号传导及转录活化家族Stat4(signal transducer and activator of transcription 4, Stat4)等转录因子的潜在结合位点,其中转录因子p53(GenBank Gene ID:397276,NM_213824.3)可能结合在Kiss1基因上游区域-533—-523 bp处,转录因子CEBPα(GenBank Gene ID:397307,XM_003127015.4)可能结合在Kiss1基因上游区域-744—-733bp处;ChIP结果表明,转录因子p53和CEBPα可以特异性的结合在Kiss1基因上游区域-533—-523 bp和-744—-733 bp处;在母猪卵巢颗粒细胞中超表达转录因子p53或CEBPα后,Kiss1基因的mRNA的表达水平显著下降(P<0.05),蛋白水平显著下降(P<0.05);在母猪卵巢颗粒细胞中,干扰转录因子p53或CEBPα后,Kiss1基因的mRNA的表达水平显著升高(P<0.05),蛋白水平显著升高(P<0.05)。【结论】在猪卵巢颗粒细胞里,转录因子p53和CEBPα能结合到Kiss1基因的上游区域降低其启动子转录活性,进而降低其mRNA和蛋白表达水平。
[期刊] 华北农学报  [作者] 王燕飞  红格日其其格  王光霞  王瑞刚  李国婧  
为研究NAC转录因子在非生物胁迫条件下的表达,以中间锦鸡儿为材料,克隆并分析了NAC转录因子家族CiATAF1基因。该基因ORF全长为873 bp,编码291个氨基酸,由2个内含子和3个外显子构成,具有典型NAC结构域。染色体步移法获得CiATAF1基因启动子826 bp,该启动子含有光、激素、厌氧诱导等多种响应元件。经拟南芥叶片原生质体瞬时表达分析亚细胞定位,CiATAF1基因主要定位于细胞核中。荧光定量分析表明:CiATAF1基因表达具有组织特异性,相比于中间锦鸡儿根和茎,在叶部表达量最高;在干旱、盐、冷、ABA处理下,CiATAF1基因表达量增加,推测该基因可能与非生物胁迫应答相关。CiATAF1同模式植物拟南芥及豆科其他植物的同源基因做多重序列分析,序列一致性为81.14%,表明ATAF1基因序列结构相对保守。生物信息学分析CiATAF1蛋白质属于不稳定的亲水蛋白,二级结构主要由α-螺旋、β折叠、无规则卷曲构成。研究结果对挖掘中间锦鸡儿抗非生物胁迫的基因和深入分析逆境胁迫机理具有重要意义。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 刘艳利  党燕娜  段玉兰  杨小军  
【目的】腹脂沉积是目前家禽养殖过程中的一个普遍现象。与哺乳动物不同,家禽的脂质代谢主要发生在肝脏,前人很多研究发现叶酸和IGF2均参与调控动物的脂质代谢,因此,试验旨在建立鸡原代肝细胞培养条件,并研究叶酸对鸡原代肝细胞脂质代谢相关基因表达的影响,为体外探究叶酸调控家禽脂质代谢机制提供依据。【方法】采用胶原酶消化配合鸡淋巴细胞分离液纯化法分离得到鸡原代肝细胞,用高碘酸希夫氏染色方法进行肝细胞鉴定;同时分离得到的肝细胞用正常培养基培养36 h后,更换含不同叶酸浓度的培养基(0,1,5,10,15,和20 mg
[期刊] 中国水产科学  [作者] 符贵红  杨先乐  喻文娟  胡鲲  章海鑫  黄宣运  
采用基因克隆技术获取草鱼(Ctenopharyngodon idellus)细胞色素P450 3A(CYP3A)cDNA序列长1 849 bp,包含完整开放阅读框(open reading frame,ORF)1 542 bp,1个终止密码和含polyA信号3′UTR;ORF编码514个氨基酸,含信号肽(29 aa),2个跨膜螺旋区(23 aa,23 aa),血红素结合域(21 aa)和6个底物识别位点(SRS1-6);与其他脊椎动物CYP3A氨基酸序列相似度达60%~92%。用实时定量PCR和分光光度计法分别研究了草鱼肾细胞系(Ctenopharyngodon idellus kidney ...
[期刊] 中国农业大学学报  [作者] 姚华  林德贵  乔富强  田克恭  遇秀玲  胡冬梅  
为便于确定肿瘤的组织学来源,推测其在兽医临床诊断中的鉴别意义,研究p63和Calponin蛋白在20例犬乳腺肿瘤(canine mammary tumor,CMT)病例中的表达,采用免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)SP染色方法和光学显微镜观察进行确诊。结果表明,鼠抗人单克隆抗体p63和Calponin可用于犬乳腺肿瘤病例中肌上皮的表达研究,在乳头状瘤、混合瘤及腺肌上皮瘤等犬良性乳腺肿瘤组织中p63与Calponin表达为阳性或强阳性;在乳头状癌、浸润性导管癌等恶性肿瘤组织中p63与Calponin蛋白表现为阴性或局灶阳性。选择p63与Calponin作为犬乳腺肿...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 金鑫  张曼  范燕茹  王佩  杨银凤  
【目的】探索益生性酿酒酵母菌对绵羊瘤胃上皮细胞β-防御素-1(sheep beta-defensin-1,SBD-1)表达的调节作用,为在分子水平上揭示益生菌对防御素的调控机理提供一定的理论基础及依据。【方法】首先将新鲜的绵羊瘤胃组织用PBS和抗生素处理后进行瘤胃上皮细胞原代培养,当原代细胞数量长到细胞培养瓶的85%以上时,将细胞传于12孔板用于细胞刺激试验。同时将活化并纯化后的酿酒酵母菌25℃、180 r/min有氧培养48 h后,进行5次平行平板计数试验,根据平板计数的数据处理方法,得到浓度为5.2×108 CFU·m L-1的酿酒酵母菌液,再通过倍比稀释把所得菌液依次稀释成浓度为5.2×...
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