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[期刊] 中国水产科学
[作者]
吕爱军 胡秀彩 薛军 王艺 李槿年
研究旨在筛选与鱼类皮肤免疫相关的功能基因,试图解释鱼类皮肤局部免疫应答的分子机制。采用斑马鱼(Danio rerio)基因cDNA芯片(affymetrix),以葡萄球菌(Staphylococcus sp.)感染诱导的成体斑马鱼为实验动物模型,从斑马鱼皮肤组织中提取总RNA,经Biotin荧光标记与拥有15 617个cDNA片段的基因芯片杂交,对斑马鱼皮肤组织中基因表达谱进行初步分析。在斑马鱼皮肤组织中共检测出175个差异表达基因,其中有150个上调表达基因(ratio>2.0)和25个下调表达基因(ratio>0.5);在皮肤组织150个上调基因中,91个为已知功能基因,59个为未知功能基...
关键词：
斑马鱼 皮肤 基因表达 基因芯片
[期刊] 水产学报
[作者]
吕爱军 胡秀彩 朱静榕 薛军 王艺 程超
从草鱼肠道中分离到1株细菌,通过形态学观察、生理生化特征和16S rDNA序列分析等鉴定为弗氏柠檬酸杆菌,动物试验结果表明,该菌对斑马鱼有致病性;从感染诱导的斑马鱼皮肤组织中提取总RNA,经Biotin荧光标记与拥有15 617个cDNA片段的斑马鱼基因芯片(affymetrix)杂交筛选分析,获得斑马鱼皮肤免疫相关差异表达基因88个,其中有74个上调表达基因和14个下调表达基因;进一步根据基因功能聚类(GO)分析,初步将88个差异表达基因分为8个生物学功能,其中主要参与补体激活、急性期反应、应激防御反应、细胞凋亡、抗原加工提呈、细胞迁移粘附、凝血因子和血小板激活等免疫应答过程;同时进行信号通...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
邱超达 鲍宝龙
利用CRISPR/Cas9基因编辑技术构建感紫光短波视蛋白(short-wave-sensitive 1,sws1)基因缺失的斑马鱼突变品系sws1~(-/-)。检测紫光照射后野生型AB品系和sws1~(-/-)突变品系在背腹皮肤中黑色素细胞的数量、黑色素合成相关基因pomc和asip、视黄酸合成相关基因raldh2和raldh3的表达量。结果显示:在紫光照射60和100 d后,sws1~(-/-)斑马鱼背部皮肤黑色素细胞数量显著少于野生型斑马鱼(P
[期刊] 水产学报
[作者]
曾勇 陆承平 朱建中
以克氏原螯虾做为对虾白斑综合征病毒(WSSV)的增殖模型,试验组接种WSSV,对照组接种PBS。分别以试验组为检测组(tester)、对照组为驱逐组(driver),进行正向抑制性差减杂交;以对照组为tester、试验组为driver,进行反向SSH。将获得的正、反向差减杂交产物克隆入质粒载体PinPointTM Xa-1T-Vector,再转化大肠杆菌DH5α,共构建了2个分别含1620和400个克隆的正、反向差减文库。经PCR扩增,1514个差减克隆得到产物,其中正向差减克隆1221个,反向差减克隆293个。获得的PCR产物经浓缩、变性处理,用自动点样仪点制于尼龙膜载体上,制成cDNA芯片...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙伟 倪蓉 殷金凤 丁家桐 张有法 陈玲 吴文忠 周洪
【目的】旨在了解中国特有的白色羔皮羊品种—湖羊不同花纹及其毛囊形成的分子遗传学机理。【方法】利用安捷伦基因芯片技术筛选初生湖羊大花和小花皮肤组织差异表达基因。【结果】差异表达分析显示,3对大花和小花组分别筛选出1 069、2 071和3 879个差异表达基因,共有137个共同基因;差异基因经GO分类显示,主要参与细胞分化、增殖、凋亡、发育、免疫应答、离子转运等生物学过程;另外,所验证的4个差异表达基因的荧光定量PCR结果与芯片结果基本一致。【结论】筛选出了BMP7、MMP2、SNAI1、SFXN1、CDKNIC、MT3、POU1F1等对湖羊大花、小花性状形成可能具有重要影响的候选基因。
关键词：
湖羊 毛囊 基因芯片
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
白东义 拉希玛 图格琴 赵若阳 陶娜拉 韩海格 丁文淇 贾紫洁 刘慧莹 王文兴 黄博光 芒来
为确定相关候选基因在毛色产生过程中的差异,以及相互之间的关系,试图解析胎儿期蒙古马毛色形成的分子机制,为今后保护和开发利用蒙古马(斑点)奠定基础,本研究以蒙古马(斑点)胎儿为研究对象,首先对胎儿期蒙古马体躯白色和黑色区域皮肤组织制作石蜡切片,进行组织学观察,其次对胎儿期蒙古马白色和黑色区域皮肤进行RNA-seq,构建mRNA表达谱,筛选相关差异表达基因,进行GO和KEGG功能富集分析。结果表明:1)通过组织学观察,黑色素在胎儿黑色皮肤组织表皮里沉积很明显,毛乳头、毛母质部位均有黑色素沉积。相反,白色皮肤组织中没有黑色素沉淀;2)RNA-seq筛选毛色产生差异的相关基因,共鉴定出660个基因,其表达量在黑白2个不同颜色皮肤组织中存在显著差异(P<0.05),其中197个基因在蒙古马胎儿黑色皮肤组织表达量较高,59个基因在蒙古马胎儿白色皮肤组织表达量较高。差异表达基因TYR、TYRP1、DCT、PAX3和DAPL1等富集到了黑色素生成通路。综上,胎儿时期蒙古马的毛色形成主要由黑色素形成相关基因决定,可为后期蒙古斑点马选育环节中对毛色的筛选提供科学理论依据。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李育媚 廖永冠 鲍宝龙
2-甲基异茨醇（2-methylisoborneol， 2-MIB）是由多种放线菌土壤生物、蓝细菌等产生的一种挥发性有机物，在水体中广泛存在。为探究2-MIB对鱼类会产生哪些影响，本研究将斑马鱼饲养在2-MIB浓度为42 ng/L的水中24 h后，进行鳃组织的转录组测序分析，发现2-MIB处理组中有163个基因显著上调，565个基因显著下调。KEGG通路富集显示氧化磷酸化相关的生化过程上调，而免疫相关信号通路发生下调，RT-qPCR进一步显示，2-MIB显著上调氧化磷酸化相关基因ndufb7、mt-cyb、mt-nd4、mt-nd6、mt-co2和mt-atp6的表达，而Toll-like receptor signaling pathway相关免疫基因rela、cd40、ikbkb、mapk8b、mapk3、ripk1l显著下调。2-MIB暴露后，鳃和肝脏组织中超氧化物歧化酶SOD活性升高。本研究表明2-MIB会提高斑马鱼氧化磷酸化水平，同时降低Toll样受体信号通路相关基因的表达。
[期刊] 水产学报
[作者]
王立新 郑尧 李锋刚 李雯娟 刘小林
以本实验室构建的大鲵皮肤cDNA文库为材料,通过文库质量检测、随机测序、ESTs拼接、COG软件进行基因注释等对文库进行了分析,并从中分离获得了大鲵胞质动力蛋白轻链2(dynein light chain,LC8-type 2,Dynll 2)基因的cDNA序列,对Dynll 2基因进行了生物信息学分析及组织表达研究。结果表明,本实验室构建的大鲵cDNA文库初级库容为1.50×106 cfu,文库重组率为94.8%,插入片段平均长度约为1 kb。400个随机克隆测序共获得343个有效ESTs,其中214条ESTs序列E-值<10-6,经COG软件归为9大类,其中与分泌蛋白、细胞代谢、细胞骨架以...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱芷葳 贺俊平 于秀菊 程志学 董常生
【目的】克隆羊驼皮肤组织表达的Mitf-M CDS序列,比较分析羊驼皮肤组织Mitf-M的特征,进一步定位分析Mitf-M蛋白表达的位置,为深入研究羊驼毛色基因表达机制奠定基础。【方法】采用RT-PCR扩增方法分段扩增Mitf-M CDS区,分别利用Clustal X和BioEdit生物学软件对氨基酸序列进行多重序列比较分析,免疫组织化学技术对Mitf-M蛋白定位分析。【结果】羊驼皮肤组织表达的Mitf-M的CDS区由419个氨基酸组成,具有bHLH-zip转录家族的保守结构域,该基因与牛和犬亲缘关系最近,Mitf-M蛋白主要分布于羊驼皮肤组织毛球基底层细胞之间与毛乳头周围的黑色素细胞中。【结...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
范瑞文 董常生 游蓉丽 朱芷葳 张伟业 曹靖 董彦君 杜红阳 刘一飞 栗艳
【目的】研究羊驼皮肤功能发生的规律和机理以及发现新的功能基因。【方法】用SMART技术构建白色青年羊驼皮肤cDNA文库,随机挑取13800个克隆进行规模测序。预处理后,获取高质量的表达序列。用CAP3对高质量序列进行拼接;BLAST对拼接序列进行同源比较,以注释功能;CLUSTER对已知序列进行聚类;根据标准基因词汇体系,并结合人组织基因表达谱分类标准,对具有注释信息的基因聚类进行分类,构建羊驼皮肤的基因表达谱。【结果】cDNA文库库容量达106PFU,从中获得高质量序列7286条(在GenBank中命名为ASCD)。拼接成5837条一致性序列,包括446条重叠群和5391条单一序列。1732...
关键词：
羊驼 cDNA文库 基因表达 皮肤
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘海芳 王凡 姚卫云
为探究三氯生(TCS)对于硬骨鱼类的凋亡相关基因表达的影响,以雄性斑马鱼(Danio Rerio)为试验动物,采用半静态水体接触染毒法,将斑马鱼分别置于质量浓度为17、34和68μg/L的TCS溶液中,并设计空白对照组,42 d后,对鳃组织进行采样,利用普通PCR和RT-qPCR技术分析雄性斑马鱼鳃组织凋亡基因Bcl-2、Bax、MDM2、p53的表达量。研究发现,与空白对照组相比,Bax和p53基因在TCS处理组中的表达量都出现了下调趋势,且在68μg/L的TCS处理组中表达水平显著下调;Bcl-2在各TCS处理组中无显著变化;MDM2基因在34μg/L和68μg/L TCS处理浓度组中表现为极显著上调。研究结果表明:高浓度TCS对雄性斑马鱼鳃组织凋亡相关基因的表达具有一定的影响。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘飞 王凡 郑雅婷 李萌萌 冉娜娜 高晓杨 石亚男 朱娜娜 程惠敏 杨瑞
为了探讨邻苯二甲酸二(2-乙基)己酯(DEHP)对斑马鱼早期生命阶段下丘脑-垂体-性腺轴(HPG)和下丘脑-垂体-肾上腺轴(HPA)相关功能基因表达的影响，将斑马鱼的受精卵暴露于10、30和300μg/L DEHP溶液中，同时设置空白对照，96 h后，利用实时荧光定量PCR技术，测定斑马鱼仔鱼HPG和HPA轴上12个功能基因的表达。结果显示，与对照组相比，30μg/L DEHP处理组的Cyp19b、GnRH3、Era和ERβ基因表达量显著升高，GnRH2、Pomc、Mr、Mc2r、Crh、Gr和Crhbp基因在各DEHP处理组表达量显著降低，FSH-β和Crhbp基因表达量无显著变化。以上研究结果表明：DEHP对斑马鱼胚胎/仔鱼阶段的2个主要内分泌分子通路产生了显著影响，将会导致内分泌功能的改变，从而可能影响斑马鱼的后期生长发育。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵国红 王晟 贾银华 孙君灵 王杰 杜雄明
【目的】筛选亚洲棉短绒分化发育相关基因。【方法】利用cDNA芯片技术在棉纤维发育前期开花前3天(-3DPA)、开花当天(0DPA)、开花后3天(+3DPA)、5天(+5DPA)、7天(+7DPA)筛选野生型DPL971与其短绒突变体DPL972的差异基因。通过与模式植物拟南芥数据库相结合,找到与棉纤维起始发育相关基因,并通过RT-PCR和Real-TimePCR(QRT-PCR)验证部分侯选基因。【结果】筛选出与亚洲棉纤维起始分化发育相关基因8个,其中相对应的与拟南芥同源性较高的蛋白有7个,分别为KAK(DR461366)、MYB5(ES812048)、TTG1(ES811600)、MYB23...
关键词：
亚洲棉 cDNA芯片 棉纤维 光籽
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王燕飞 徐义平 鲍宝龙
蛋白生物素酰化发挥重要的生理作用,羧化酶和组蛋白生物素酰化主要依赖于羧化全酶合成酶(holocarboxylase synthetase,HCS)。首次克隆了HCS基因全长序列2 942 bp,其编码829个氨基酸,含有BirA功能结构域。利用RNA整体原位杂交技术,检测HCS基因在斑马鱼早期发育过程中的空间表达,发现HCS基因在脑、脊髓、鳃、心脏、肠道和肌肉等组织中表达。在肌肉组织中,HCS基因在初孵仔鱼的肌节表达,而在孵化后第6天仔鱼中,HCS基因则集中在每一肌节的中部表达。这些结果,为进一步了解HCS的功能奠定了基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李岩 廖和荣 李知勉 孙杰 李大全
目的为探讨外源性IGF-Ⅰ对绵羊皮肤中毛囊生长调控的影响。方法选取36只新疆细毛羊,随机分成6组。在每只绵羊的左、右两侧肩胛前部分别进行拔毛、剃毛处理。同时在左侧肩胛前部的拔毛、剃毛和正常区的交叉处注射0.5ml IGF-Ⅰ(10ng.ml-1),然后在第0、3、6、9、12、50天采取皮样。用RT-PCR方法,测定各皮肤中GHR、IGF-Ⅰ、IGF-ⅠR、KAP3.2和KAP6-1的mRNA相对丰度。结果(1)IGF-Ⅰ可以下调正常皮肤中GHR基因的表达,对IGF-Ⅰ、IGF-ⅠR的表达没有显著的影响,能显著提高KAP3.2和KAP6-1的转录水平;(2)IGF-Ⅰ在3 d内可降低拔毛皮肤中...
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