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[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘庆慧 黄倢 韩文君 王清印
根据已测序的WSSV VAP1全基因序列设计1对引物,经PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳分析,扩增出约838bp的特异条带,将其回收后克隆入pGAPZαA载体中,并进行序列测定与分析。结果表明,扩增序列与GeneBank登录序列(GenBankNo AF411634)核苷酸同源性100%。序列分析表明,WSSV VAP1基因编码蛋白无跨膜区域,有多个蛋白激酶C、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和糖基化位点,并含有RGD序列,预示其为WSSV浸染中的一个重要蛋白。
[期刊] 华北农学报
[作者]
乔新安 杨国宇 王艳玲 王月影 韩立强 朱彦彩 都军霞 范沛
基于电子延伸序列,克隆并分析了绵羊Gastorkine-1基因。提取皱胃黏膜组织总RNA,利用设计的引物进行RT-PCR,PCR产物与pMD19-T载体连接后转化E.coliJM109感受态细胞,检测阳性克隆并测序。克隆的绵羊Gas-torkine-1基因长619 bp,编码185个氨基酸,与人、小鼠、猪、牛的同源性分别为82.0%,48.8%,85.4%,96.9%,推测的氨基酸序列信号肽为1~20 aa,BRICHOS结构域为54~150 aa,结构特征与人、小鼠、猪、牛的Gastorkine-1相一致。
关键词：
绵羊 胃黏膜保护因子 克隆 序列分析
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
刘凯 谭晓风 龙洪旭 陈鸿鹏 曾艳玲 张琳
DGAT酶是催化TAG合成途径即Kennedy途径中唯一的限速酶。根据已报道油茶DGAT1基因部分cDNA序列设计引物,利用RT-PCR和RACE技术,对油茶DGAT1基因进行克隆及序列分析。结果表明:该基因序列全长为2 046 bp,包含1个完整的1 548 bp ORF及269 bp 5’UTR和229 bp 3’UTR,编码515个氨基酸;该基因被命名为co-dagt1。经过比对分析,发现油茶的DGAT1基因具有DGAT1基因特有的保守序列和相关特征,而且与其他植物的DGAT1基因具有较高的相似性,并对其蛋白质序列和理化性质进行了分析。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
王鹤 张高华 王旭达 丰明 李怀梅 李树英
采用RT-PCR和RLM-RACE方法从单子叶盐生植物獐茅(Aeluropus littoralis(Gouan)Parl)中克隆了质膜Na+/H+逆向转运蛋白基因(AlSOS1,JN936862),并对其基因序列进行了分析。Southern杂交试验显示:AlSOS1基因在獐茅基因组中以单拷贝形式存在。AlSOS1基因cDNA全长3 641bp,其中编码区3 420bp,编码一个1 139氨基酸的蛋白。AlSOS1编码蛋白与芦苇、水稻质膜Na+/H+逆向转运蛋白亲缘关系最为接近,达到82%和77%,与双子叶植物拟南芥的亲缘关系仅为58%;系统发育分析显示AlSOS1基因编码蛋白与其他植物质膜型...
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
王正加 黄有军 夏国华 郑炳松 金松恒 黄坚钦
根据植物花分生组织及花器官形成过程中起重要作用的APETALA1(AP1)基因的高度保守区序列,设计合成一对长度为23 bp的聚合酶链式反应(PCR)引物,以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增出长为486 bp的DNA片段,克隆到pMD18-T载体。测序和序列分析结果表明,获得了山核桃AP1同源基因中的1个片段,该片段序列包含2个内含子,长度分别为86 bp和291 bp,编码区共编码36个氨基酸。其序列已在GenBank中注册(注册号为EU155118),在GenBank中进行同源性检索结果表明,其氨基酸序列与其他植物AP1同源基因的氨基酸序列同源...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李芒 雷朝亮
利用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和快速扩增cDNA末端(RACE)技术扩增得到肚倍蚜体内的1型漆酶基因(LAC-1)。基因全长为2 327 bp包含1 773 bp的完整开放阅读框(ORF),5′和3′末端非翻译区域(UTR)分别为449 bp和105 bp。根据序列推导出该基因由591个氨基酸残基构成,理论分子质量约为67 ku,等电点为6.31,该序列具有4个氨基酸保守区:HWHGHH、THFWHSH、HPFHLHGH和WLFHCHIEFH。系统发育分析表明,扩增出的基因与其他昆虫LAC基因有较高的同源性。
关键词：
肚倍蚜 漆酶 cDNA克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
柯晓静 郭润芳 于宏伟 贾英民
为了进一步研究多种植酸酶之间的相互作用,利用PCR技术,从黑曲霉WP1中克隆出植酸酶PhyB基因,该基因长1 560 bp,含有3段内含子,共编码460个氨基酸,与已报道的ALKO243的植酸酶Aph基因(GeneBank Acces-sion:L02420)相比较,编码的氨基酸序列同源性为99.13%,因此将其命名为PhyB1。该基因含有植酸酶保守序列“RHGXRXP”和“HD”。黑曲霉WP1植酸酶PhyB1基因序列已在国际基因库中注册,注册号为:DQ836360。
关键词：
黑曲霉 PhyB基因 PCR 序列分析
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈美玲 陈焕春 宋云峰 黄红亮
参照Genbank上公开发表的PCV1 全基因序列设计引物,以质粒pSK PCV为模板扩增出PCV1 ORF2基因,插入pMD18 T载体,对筛选出的阳性质粒进行测序,将测序结果同Genbank上发表的PCV1 基因序列相比较,同源性达97%,再与Genbank 上发表的PCV2 的ORF2 基因序列相比较发现PCV1 ORF2 和PCV2 ORF2的差异表现在两者在核苷酸序列的2个部位互相存在基因缺失现象。将推导出的PCV1 ORF2 的氨基酸序列同PCV2 ORF2进行比较,发现二者在几个功能区相当保守,尤其是N 末端的核定位序列、N 糖基化位点以及酪氨酸磷酸化位点。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王家庆 刘晓慧 李代宗 韩进诚 郭冉 王岳鸿 王志平
以虹鳟鱼(Oncorhynchus mykiss)为研究材料,使用RT-PCR和RACE法分离和克隆了虹鳟鱼NDK-1基因cDNA的全长序列(GenBank登录号:(FJ607868)。序列全长953 bp,其中5′端非翻译区(5-′UTR)长45 bp,3′端非翻译区(3′-UTR)长284 bp,开放性阅读框(ORF)长624 bp,编码207个氨基酸。虹鳟鱼NDPK蛋白序列与几种脊椎动物台湾樱花钩吻鲑、斑马鱼、西方爪蟾、非洲爪蟾、人和黑青斑河的同源性分别为95%,72%,68%,68%,65%和64%,表明NDK-1基因在进化过程中是高度保守的。
[期刊] 华北农学报
[作者]
祝俊鹏 杨彬 兰喜 柳纪省 马小军
为了深入研究嵴病毒(sw Ko V)主要结构蛋白基因VP1,根据Gen Bank中已发表的猪嵴病基因序列设计特异性引物,采用RT-PCR方法扩增猪嵴病毒CH441株VP1基因,并对其进行克隆与测序分析。结果表明,sw Ko V CH441株的VP1基因为762 bp,与Gen Bank已发表的嵴病毒属的15株嵴病毒序列的VP1基因相比较,sw Ko V CH441株的VP1基因与其他各毒株VP1基因的核苷酸同源性为81.5%~90.2%,氨基酸同源性为86.6%~96.9%,进化分析显示,sw Ko V CH441株与GS-1株之间的亲缘关系较近。生物信息学分析显示,VP1蛋白理论等电点(p ...
关键词：
VP1基因 克隆 DNA测序 序列分析
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
袁青妍 黄治国 谢庄 殷甫路 赵永华
根据α-珠蛋白基因起始密码子上游及终止密码子下游的保守序列设计引物,以牦牛基因组DNA为模板克隆并测定了α-珠蛋白基因序列。结果表明,所测的氨基酸序列与牦牛α1-珠蛋白链的氨基酸序列完全相同,即为牦牛α1-珠蛋白基因,长706 bp,编码141个氨基酸。通过与其他物种的同源性比较,发现牦牛α1-珠蛋白基因的核苷酸序列与黄牛和水牛的同源性分别为99.71%和98.58%,与山羊、绵羊、人和马的同源性只有96.03%、95.57%、68.55%和51.13%;氨基酸序列与黄牛和水牛的同源性分别为99.29%和96.45%,与山羊、绵羊、人和马的同源性只有92.90%、91.49%、87.23%和8...
关键词：
牦牛 α1-珠蛋白基因 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
王娟 田建保 杜俊杰 杨廷桢 王骞 孙俊杰 弓桂花
以Y系山定子为试材研究AP1基因,试图为缩短果树童期提供理论依据。根据已登录的苹果AP1基因保守序列设计引物,以Y系山定子的基因组DNA为模板进行PCR扩增,获得1 010 bp的基因片段;PCR产物纯化后,将其连接到pMD18-T载体上,连接产物转化大肠杆菌DH5α菌株感受态细胞,通过蓝白斑筛选、质粒长度和酶切鉴定,获得重组质粒并测序。测序结果表明,该序列有2个外显子、1个内含子及2个内含子的一部分,编码区共编码81个氨基酸;对氨基酸序列保守性分析发现,第13~81个氨基酸为MADS-box基因家族特有的K区域;其氨基酸序列在GenBank中同源性检索表明,Y系山定子与其他植物AP1同源基因...
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵福永 高震 严寒 田志宏
根据GenBank中脂肪酸延长酶基因fae1序列(AY 888037)设计了PCR扩增引物,以野芥总DNA为模板进行扩增得到了特异扩增条带。测序结果表明,该片段长1651 bp,序列分析表明其氨基酸编码区为55~1575 bp,不含内含子序列,共编码506个氨基酸。该基因序列已提交GenBank,登录号为FJ870905。BLASTn分析结果表明,野芥中fae1基因与其他芸薹属品系的fae1基因核苷酸同源性为76%~98%;BLASTp分析结果表明,野芥中的FAE1与油菜中FAE1存在32个位点差异,其中部分差异可能导致了芥酸含量的不同。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
汤程贻 殷晶晶 邹爱兰 戚金亮 杨永华
以硬紫草细胞为材料,采用快速扩增cDNA末端法(rapid amplification of cDNA ends,RACE)克隆了由抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)和cDNA芯片技术筛选获得的在黑暗条件下优先表达的LeEXT-1基因的全长cD-NA。生物信息学分析结果表明,该cDNA全长为1 077 bp,编码1个含247个氨基酸的蛋白,与编码伸展蛋白(extensin)的基因具有高度的同源性。基因表达分析结果表明,当紫草细胞从B5培养基转到M9培养基时,LeEXT-1基因在2 h内被快速诱导表达,随后又逐渐降低到一个较低的水平...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
施春霖 刘聪 肖旦望 陈社员 官春云 熊兴华
通过RT-PCR方法克隆了甘蓝型油菜湘油15号5个WRI1基因cDNA。测序结果显示,BnWRI1-1大小为1 248 bp,BnWRI1-2和BnWRI1-3大小为1 254 bp,BnWRI1-4、BnWRI1-5大小为1 242 bp;聚类分析结果显示,所克隆WRI1基因cDNA在进化关系上属于AP2/ERF转录因子家族,同拟南芥AtWRI1(At3G54320)同处1个分支,并且所克隆基因cDNA来自甘蓝型油菜不同的基因组;通过核苷酸序列比对分析,得到所克隆WRI1基因cDNA单核苷酸变异位点40个;特异性酶切位点分析显示,来源于A基因组的BnWRI1-1、BnWRI1-2、BnWRI...
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