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年份: 2014(1)

作者: 周(1); 宝(1); 汀(1); 良(1); 赵(1)

学科: 基因(1); 基因工程(1); 工程(1); 植(1); 植物(1); 物(1)

机构: 业大(1); 京(1); 传(1); 作物(1); 农(1); 农业(1); 农业大学(1); 创(1); 创新(1); 南京(1); 南京农业(1); 国家(1); 国家重点(1); 大学(1); 实验(1); 实验室(1); 室(1); 家(1); 新(1); 种质(1); 遗(1); 遗传(1); 重点(1)

基金: 109300(1); 2011(1); 2011cb109300(1); 973(1); cb(1); 划(1); 国家(1); 家(1); 计划(1); 项目(1)

期刊: 业大(1); 京(1); 农(1); 农业(1); 农业大学(1); 南京(1); 南京农业(1); 大学(1); 学学(1); 学报(1)

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Vector cleaner:一种新的去除测序目的基因载体序列的方法

[期刊] 南京农业大学学报 [作者] 赵汀周宝良

Sanger测序法测序目的基因常包含有目的基因和载体序列,为了快速去除测序目的基因载体序列,提出了一种新的目的基因载体序列去除方法并开发了程序Vector cleaner。首先利用该程序批量读取引物信息和目的基因测序序列;其次,程序在所读取的引物序列上建立引物半长的滑动窗口来产生种子,通过计数种子与测序序列的匹配次数,定位引物位置和删除引物两侧的载体序列;最后,程序通过比较上游引物序列和其反向互补序列分别与测序序列匹配种子数,判断和转换正义链。使用Vector cleaner对12条GhVIN1基因测序序列进行去载体测试,并与Seqclean和SeqMan软件相比较。结果表明:Vector c...

关键词：目的基因测序序列载体序列去除 Vector cleaner Perl语言

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