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[期刊] 华北农学报
[作者]
温立斌 何孔旺 杨汉春 郭容利 周俊明 钟书霖
该研究旨在建立快速、敏感和特异的检测类猪圆环病毒因子P1的SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR法,用于P1的早期诊断。以感染P1的猪血清DNA提取物为模板,采用PCR扩增P1 101 bp的基因片段,将其克隆至pMD18-T载体,重组质粒测序并进行同源性分析;以阳性质粒为模板,建立SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法,并进行敏感性和特异性检测。经测序证实扩增片段属于P1,所建立的SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测P1的反应在101~108拷贝/μL之间具有良好的线性关系,反应的检出下限为10拷贝/μL,而对猪伪狂犬病病毒、猪细小病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒等的检测为阴性,表...
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭慧娟 李秀丽 张国伟 鄢明华 王利丽 张莉 孙英峰
通过对荧光定量PCR反应条件的优化,建立了一种检测PCV2的SYBR Green荧光定量PCR方法。试验结果表明,该方法特异性强,与猪1型圆环病毒、猪流感病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病毒等均无交叉反应。该方法最低可检测到10拷贝/μL的DNA,比PCR检测方法敏感性高1 000倍;其标准曲线线性范围是6.84×102~6.84×107拷贝,且具有良好的重复性。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
贾艳艳 李明凤 王东方 崔保安 陈红英 魏战勇 吕晓丽 郭显坡
【目的】建立一种能够快速、灵敏地检测猪圆环病毒2型(PCV2)的SYBR-Green 1实时荧光定量PCR方法。【方法】根据已报道的PCV2ORF2基因组序列,设计并合成1对引物。通过常规PCR扩增PCV2ORF2基因,将鉴定正确的ORF2基因片段克隆入pTG19-T载体中,转化大肠杆菌JM109,经PCR及测序鉴定后得到阳性重组质粒,作为标准品模板建立SYBR-Green 1荧光定量PCR标准曲线和溶解曲线,并做灵敏性、特异性和重复性试验。【结果】PCV2荧光定量PCR标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,溶解曲线特异,相关系数为0.9988,最低检测的拷贝数为1拷贝/25μL,特异性...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
修金生 吴顺意 曾新斌 陈小权
参考GenBank上的猪圆环病毒2型(PCV2)全基因序列,根据其开放阅读框ORF1保守序列设计引物,建立基于SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法来检测PCV2.所建立的荧光定量PCR方法最低检测限为82.2拷贝.反应-1,与常规PCR相比,灵敏度高出100倍.扩增产物的融解曲线只出现1个单特异峰,无引物二聚体,溶解温度为(85.98±0.13)℃,对猪圆环病毒1型(PCV1)、猪细小病毒、猪流感病毒、猪繁殖与呼吸综合症病毒、猪伪狂犬病毒、猪瘟病毒无扩增,可重复性好,组内变异系数为0.29%-1.35%,组间变异系数为0.96%-2.42%,检测速度快,从样本处理到报告结果得出仅需3 h....
[期刊] 淡水渔业
[作者]
林而舒
为建立鳗鲡圆环病毒(Eel circovirus,EeCV)的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法，根据EeCV复制相关蛋白(replication-associated protein, RAP)基因的保守序列设计特异性引物，并评价其灵敏性、特异性、重复性和应用效果。qPCR的阈值循环数(Cycle threshold value,C_t值)与标准品的拷贝数线性关系良好，且线性范围广(1.0×10~8～10~2拷贝数/μL);可特异性检测EeCV,而对鳗鲡疱疹病毒(Anguillid herpesvirus)、猪圆环病毒(Porcine circovirus)、鸭圆环病毒(Duck circovirus)无扩增；重复性强，组内和组间变异系数均小于3%;灵敏性高于普通PCR法10倍。且qPCR检测后发现，在感染EeCV的鳗鲡体内重要器官均可检测到EeCV,其中鳃的病毒量显著高于其他组织；对保存的44份疑似鳗鲡病毒性感染病料进行检测，阳性检出率为98%,而普通PCR法的阳性检出率为73%。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张云 王亚宾 陈丽颖 张红英 侯贝贝 崔保安 胡慧
为建立猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法,根据GenBank收录的TGEV-Miller毒株的S基因序列,设计合成1对特异性引物,用RT-PCR方法从疫苗株中扩增TGEV S基因的部分保守片段,并克隆到pGEM-T Easy载体上,得到重组质粒作为荧光定量RT-PCR检测的标准模板,进行SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR扩增,并制作标准曲线,建立TGEV的荧光定量RT-PCR检测方法。结果表明:该方法检测灵敏度可达30拷贝/μL,与猪圆环病毒、猪乙型脑炎病毒、猪伪狂犬病毒、猪瘟病毒和猪流感病毒和猪细小病毒不发生交叉反应,具有重复性好、特异...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
赵丽 赵绪永 陈红英 崔保安
【目的】建立一种能够快速、灵敏地检测猪细小病毒(PPV)的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。【方法】根据GenBank中的PPVVP2基因序列,设计并合成1对引物。通过常规PCR,扩增猪细小病毒VP2基因,并将其纯化的PCR产物克隆入pGEM-T Easy载体中,构建重组质粒。对扩增程序中的荧光染料浓度、引物浓度和Mg2+浓度条件进行优化,建立最佳的荧光定量PCR反应体系和标准曲线。以阳性重组质粒为模板,建立SYBRGreenⅠ荧光定量PCR方法,对其灵敏性、特异性和重复性进行检验。应用建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,对临床60份疑似PPV病料进行检测,同时与血凝试...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘建越 邓欣 康林 余道坚 高必达 陈冬美
分别以RBCL基因和PRSV-CP基因、PRSV-RP基因为内源基因和目标基因,设计了3对特异性引物,对转基因番木瓜进行了SYBRGreen实时荧光PCR检测.结果表明,RBCL基因引物对所有供试样品成功扩增,Ct值为15～16,PRSV-CP引物对转PRSV-CP基因番木瓜样品成功扩增,Ct值为20～25,PRSV-RP引物对转PRSV-RP基因番木瓜样品成功扩增,Ct值为21～22.运用熔解曲线进行产物分析,验证了试验结果的特异性和准确性.
[期刊] 水产学报
[作者]
曹泽艺 周庆杰 陈凯 习丙文 谢骏 潘良坤 毛颖
为克服现有小瓜虫病的显微镜检和PCR诊断等方法在该寄生虫的感染早期阶段和环境样本检测中存在的缺陷，建立特异性强、灵敏度高的多子小瓜虫PCR检测方法，实验根据多子小瓜虫线粒体COⅠ序列设计和筛选了一对引物，经过PCR程序优化、特异性、灵敏性验证以及临床和环境样品检测分析，分别建立了普通PCR和荧光定量PCR检测方法。结果显示，本研究获得的检测引物对多子小瓜虫有较高的扩增特异性，对同属纤毛虫类的草履虫、四膜虫和肠袋虫以及常见养殖鱼类宿主异育银鲫、草鱼、尼罗罗非鱼和团头鲂等样本均无扩增；扩增特异性和灵敏度都优于文献报道的方法。其中，普通PCR最低检测的样本浓度为掠食体2.67个/μL，荧光定量PCR在掠食体0.02个/μL时依然能有效检出，荧光定量PCR检测灵敏度高于普通PCR。研究表明，在临床样本和养殖水环境样本检测应用中，基于该引物的两种PCR方法表现出很高的一致性，能有效检出潜伏感染鱼体和养殖水环境中的多子小瓜虫。本研究所建立的多子小瓜虫的检测方法特异性强、灵敏度高，适用于淡水养殖中小瓜虫病的早期诊断和病原体的检测。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
郑新添 黄翠琴 黄其春 戴爱玲 谭晓珺
【目的】建立检测胞内劳森菌的SYBR Green Ⅰ realtime PCR方法，为猪增生性肠炎的准确诊断奠定基础。【方法】针对胞内劳森菌16S rDNA序列设计引物，扩增16s rDNA，构建pTLI16S重组质粒。以pTLI16S为模板建立检测胞内劳森菌的SYBR Green Ⅰ realtime PCR方法，检测其特异性、敏感性和重复性，并用该方法对51份疑似增生性肠炎病例进行检测。【结果】建立的SYBR Green Ⅰ realtime PCR方法特异性强，与大肠杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌和副猪嗜血杆菌等无交叉反应；在标准质粒含量为1.0×102～1.0×108拷贝/μL时，质粒...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
郑新添 黄翠琴 黄其春 戴爱玲 谭晓珺
【目的】建立检测胞内劳森菌的ＳＹＢＲ ＧＲｅｅｎⅠＲｅａｌ－ｔｉｍｅ ＰＣＲ方法，为猪增生性肠炎的准确诊断奠定基础。【方法】针对胞内劳森菌１６ＳＲＤｎａ序列设计引物，扩增１６ＳＲＤｎａ，构建Ｐｔ－ｌｉ－１６Ｓ重组质粒。以Ｐｔ－ｌｉ－１６Ｓ为模板建立检测胞内劳森菌的ＳＹＢＲ ＧＲｅｅｎⅠＲｅａｌ－ｔｉｍｅ ＰＣＲ方法，检测其特异性、敏感性和重复性，并用该方法对５１份疑似增生性肠炎病例进行检测。【结果】建立的ＳＹＢＲ ＧＲｅｅｎⅠＲｅａｌ－ｔｉｍｅ ＰＣＲ方法特异性强，与大肠杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌和副猪嗜血杆菌等无交叉反应；在标准质粒含量为１．０×１０２～１．０×１０８拷贝／μｌ时，质粒含．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
马鹏 李林杰 常秋燕 王悦萦 郭富城 刘萍 马晓霞 马忠仁
利用SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法和RT-PCR方法建立2种有效地实验室检测牛病毒性腹泻病毒的方法。根据Gen Bank中登录的牛病毒性腹泻病毒基因序列,选取14株BVDVⅠ型和7株BVDVⅡ型,经序列比对后,设计合成1对特异性引物,建立了检测BVDV的RT-PCR方法和SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法。通过对RT-PCR方法和SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法的特异性、灵敏性和重复性进行检测。结果显示,该方法可从BVDV标准毒株Oregon C24V中扩增出250 bp的特异性片
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
邱驰 董薇 曹际娟 段玉玺
根据转基因油菜RT73品系转入的外源基因质粒图谱,设计品系鉴定的特异性引物,进行SYBR!Green I实时PCR检测,建立转基因油菜品系鉴定的SYBR Green I实时PCR方法。同时针对油菜FatA基因设计出内源基因。结果表明:应用实时PCR技术,利用SYBR Green I染料能选择性结合双链DNA的特点,可检测到RT73品系特异性靶序列扩增所产生的荧光信号,且通过溶解曲线确定其熔点值为80.2(±0.5)。SYBR Green I实时PCR能通过溶解曲线有效地区分特异性产物、非特异性产物以及引物二聚体,是鉴定转基因油菜RT73品系的新方法。
[期刊] 水产学报
[作者]
孔文迪 陈曦 杨金先 葛均青
为了建立美洲鳗鲡腺瘤病毒（AEAdoV）的检测方法，根据AEAdoV福建株（AEAdoV-FJ）的superfamily 3 helicases (S3H)序列，设计引物，建立了AEAdoV的普通PCR和qPCR检测方法；进一步评价检测方法的灵敏性、特异性及重复性，利用两种方法对美洲鳗鲡“出血性烂鳃”病料进行了检测，并对美洲鳗鲡体内不同组织的病毒含量进行了分析。结果显示，普通PCR扩增的目的片段长度约300 bp，利用其构建了qPCR质粒标准品，其拷贝数与qPCR的阈值循环数(C_(T))线性关系良好，线性范围广，标准曲线相关系数(R~(2))达到0.999，扩增效率为105.067％；建立的普通PCR法和qPCR的最低检测AEAdoV拷贝数分别为100个和10个。上述两种方法均可特异性检测AEAdoV，而对蛙虹彩病毒（RGV）、鳗鲡疱疹病毒（AngHV）、鲤疱疹病毒（KHV）、对虾白斑综合症病毒（WSSV）、日本鳗鲡内皮细胞坏死病毒(JEAdoV)和花鳗鲡腺瘤病毒(MEAdoV)均无扩增反应；qPCR法的组内和组间变异系数均小于2%，表明其重复性良好。临床应用结果显示，35份美洲鳗鲡“出血性烂鳃”病料，采用普通PCR法的AEAdoV检出率为82.8%，而qPCR法的AEAdoV检出率为97%。对美洲鳗鲡不同组织的病毒含量分析结果显示，心脏、肝脏、鳃、鳍的AEAdoV相对含量较高，而黏液、皮肤和脾的病毒含量相对较低。研究表明，建立了AEAdoV的灵敏度高、特异性强的普通PCR和qPCR检测方法，证实AEAdoV与美洲鳗鲡“出血性烂鳃”病密切相关，且在感染鳗鲡主要组织中都存在。上述结果对于研究AEAdoV的致病性，开展其流行情况和病原学情况分析具有重要意义。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张晓君 姚东瑞 阎斌伦 秦蕾 毕可然 梁利国
基于霍乱弧菌lolB基因保守序列设计1对特异性引物,建立了SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测霍乱弧菌的方法。常规PCR检测仅霍乱弧菌扩增出大小为519bp的目的片段,其他3种病原弧菌均为阴性;SYBR GreenⅠ实时定量PCR,在Tm为86.5～87℃,扩增产物的熔解曲线只出现1个单特异峰,无引物二聚体,表明该引物具有较好的特异性。SYBR GreenⅠ实时定量PCR扩增曲线反映了PCR的指数增长阶段和平台阶段;所制作的标准曲线在2.59×108～2.59×100拷贝数之间有较好的线性关系,相关系数为0.993,能对霍乱弧菌进行准确的定量分析。该方法检测时间从核酸抽提到结果分析仅需4～...
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