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[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈姝 钱正强 宫霞 赵榕 杨明挚
本研究分别应用SSR和RAPD 2种分子标记技术对来自云南昆明西山5个近距离群体的41份野生蘡薁葡萄(Vitis bryoni-aegoliaBge)样品进行遗传结构分析,以比较2种方法评价同种野葡萄各群体间遗传多样性的差异。结果发现,2种分子标记得到的基因分化系数(Gst)均小于0.5,基因流较大(Nm>1),表明在较小的地理范围内,同一物种不同群体间存在的遗传分化小,遗传变异发生在群体内的概率远大于在群体间。但RAPD分子标记能更灵敏的体现各个近距离群体间的差异,得到的遗传距离与实际群体间的物理距离呈正相关(r=0.981,P=0.019<0.05)。对远距离的同种野生葡萄以及栽培葡萄进行...
[期刊] 华北农学报
[作者]
翟亚辉 马蓉丽 成妍 吴海涛 张光星
利用RAPD和SSR方法研究了37份洋葱种质资源间的遗传多样性,并对这2种分子标记方法进行了比较。结果表明,从15个RAPD引物中,检测到61条有多态性的带;利用筛选出的8对SSR引物,检测到41条多态性带;RAPD和SSR标记均有很高的多态性,RAPD多态性带所占比例为84.7%,SSR位点检测出的平均有效等位基因数为3.75;SSR标记的有效等位基因数、Nei's基因多样性指数及Shannon信息指数的平均值均高于RAPD标记。UPGMA聚类分析表明,2种标记均可将37份洋葱种质资源划分为四大类,聚类结果相似。RAPD和SSR标记均适于洋葱种质的遗传多样性研究,但SSR标记效果较好。
关键词：
洋葱 RAPD SSR 遗传多样性
[期刊] 华北农学报
[作者]
徐影 詹秋文 董书军 李杰勤 林平
利用RAPD和SSR分子标记技术,旨在探讨来自不同地区的20份甜高粱杂交种和品种资源遗传多态性及亲缘关系。试验结果表明,筛选出31条RAPD引物在20份甜高粱的DNA中产生稳定清晰条带数为202条,其中多态性片段167条,多态率为82.67%,品种间的遗传相似系数(GS)为0.613～0.870,平均值为0.744;筛选出91对SSR引物在20份品种资源的DNA中扩增片段数为297条,其中多态性片段267条,多态率为89.90%,品种间的遗传相似系数(GS)为0.555～0.837,平均值为0.695;20份甜高粱的2种分子标记的单独聚类分析结果表现出一定差异,但2种趋势大致相近;结合RAPD...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张蕊 于琳 李国庆 张静
采用RAPD分子标记对我国15个地区2种寄主植物(铁苋菜和蓖麻)上分离得到的葡萄孢属类似真菌Amphobotrys ricini的81个菌株以及来自美国的1个A.ricini菌株进行了遗传多样性分析。结果显示:筛选出的8条RAPD引物共扩增出63条DNA带,其中有49条DNA条带为多态性条带,多态性条带比率(PPB)为77.8%。多态性信息含量(PIC)值变化范围在0.47~0.84,平均值为0.72,观测等位基因数(Na)的均值为2.000 0、有效等位基因数(Ne)的均值为1.357 7、Nei’s基因多样性指数(H)的均值为0.227 5,Shannon信息指数(I)的均值为0.363 1。UPGMA聚类分析表明,遗传相似系数变化范围在0.55~1.00,以遗传相似系数0.70为阈值时,可分为5个类群(A、B、C、D、E),在遗传相似系数0.74处,B类群又可以分为B1和B2两个亚群。分析结果表明,A.ricini群体内遗传变异与菌株地理来源、寄主植物有一定相关。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
房守敏 余泉友 李斌 代方银 苗雪霞 黄勇平 鲁成
【目的】探讨RAPD、AFLP和SSR标记系统在家蚕遗传学研究中各自适用领域,为其在种质资源研究中选择适合的分子标记系统提供参考。【方法】利用RAPD、AFLP和SSR3种分子标记方法研究了15个家蚕品种的遗传多样性指数,同时对3种标记系统进行了比较分析。【结果】SSR标记位点的期望异质性(He)最大(0.40),AFLP标记位点的He最小(0.25),但AFLP有最高标记指数(MI,15.60)和最高的多态性检测效率(Ai,74.75)。【结论】SSR比AFLP和RAPD的信息含量高,使得它最适合用于种质资源的遗传多样性分析;AFLP的检测效率高即能够在1次PCR扩增反应中检测到最多的DNA...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
沙爱华 张端品
用水稻、玉米、棉花和油菜的干种子作材料进行了分离DNA的试验。试验结果表明,从4种作物的干种子中都能分离到质量较好的DNA,得到的DNA可以用于RAPD和SSR分析。这一方法最显著的特点是充分利用了DNA分离的原理,只保留了细胞裂解、DNA沉淀和溶解等关键步骤,而省略了一些诸如去除蛋白质及有机物的中间步骤,因而具有简便、快速等优点,特别适合于一些需要快速得到研究结果的分析,如种子纯度鉴定、分子标记辅助选择等。
关键词：
种子 DNA提取 RAPD SSR
[期刊] 中国农业科学
[作者]
连帅 陆平 乔治军 张琦 张茜 刘敏轩 王瑞云
【目的】从分子水平研究国内外黍稷种质资源的遗传多样性差异，为黍稷种质资源的研究、保护和利用提供依据。【方法】用不同地理来源且性状差异显著的６份黍稷种质资源对来自高通量测序技术开发的黍稷基因组ＳＳＲ引物进行筛选，从而获得条带清晰，稳定性好的６３对ＳＳＲ黍稷基因组引物，利用这６３对ＳＳＲ多态性引物对来自国内外的１９２份黍稷地方品种和野生种质进行遗传多样性分析。统计各试材在同一引物中的条带情况，并以此来分析试材的遗传多样性与所在群体间的亲缘关系。【结果】６３对ＳＳＲ引物共检测出１６１个等位变异位点，平均每个ＳＳＲ位点２．５６个；平均Ｓｈａｎｎｏｎ－ＷｅａｖｅＲ指数（Ｉ）为０．６２７５，平均基因多样度．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨维泽 左应梅 张金渝 杨天梅 杨绍兵 杨美权 邓先能 许宗亮 陈秀花 李新华
【目的】利用EST-SSR标记分析云南省珠子参野生资源的遗传多样性。【方法】利用17对人参属EST-SSR引物对云南省珠子参主要分布区的19个珠子参野生居群进行遗传多样性分析。【结果】在物种水平,17对人参属EST-SSR引物在19个珠子参居群中共检测到346个位点,其中多态位点296个,平均为17. 4个,珠子参的等位基因数(A)为1. 8555,Nei’s基因多样性(H)为0. 2023、Shannon指数(I)为0. 3230;在居群水平,19个居群的等位基因数(A)为1. 0954～1. 2977,Nei’s基因多样性(H)为0. 1043～0. 1387,Shannon指数(I)为0. 0309～0. 1077,多态位点数(PPB)为8. 67%～29. 77%。居群间的遗传分化系数(Gst)为0. 6357,居群每代迁移数(Nm)为0. 2866。遗传相似度和聚类分析的结果表明,19份珠子参居群被划分为2个大类群,其中第二类群16个居群被分为4个小类群。【结论】珠子参总体上具有丰富的遗传多样性,但各个居群的遗传多样性不高,居群间缺乏基因交流;居群间遗传分化水平高,遗传差异主要存在于居群间;聚类分析显示,不同表型的珠子参虽然形态差异较大,但遗传差异不大。
关键词：
珠子参 EST-SSR标记 遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
胡中会 赵立华 孔宝华 陈海如 范静华 刘飞 李小鹏 蔡红 杨根华 秦西云 方敦煌
采用ISSR和RAPD 2种分子标记方法对来自不同地区的28份烟草赤星病菌进行遗传多样性分析,筛选后选用10个ISSR引物和10个RAPD引物,ISSR扩增出多态性条带112条,多态性条带百分率为86.82%,菌株间相似性系数为0.53～0.97;RAPD引物扩增出多态性条带70条,多态性条带百分率为81.39%,菌株间相似性系数为0.57～0.94;用SPSS17.0软件对2种标记遗传距离进行相关性分析,发现2种分子标记结果呈显著正相关,表明2种分子标记方法都适合于烟草赤星病菌遗传多样性研究,ISSR是一种多态性优于RAPD的标记技术。根据2种标记的结果,利用NTSYS软件按UPGMA方法进...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张德双 张娜 于拴仓 张凤兰 隋光磊 余阳俊 赵岫云 汪维红 苏同兵 卢桂香
芥蓝的研究多集中在分类、常规种资源遗传多样性等方面。随着芥蓝杂交种的问世,杂交种的优势越来越突出,市场效果明显,因此,对芥蓝自交系的遗传多样性等研究尤为重要。选取分布在甘蓝9条染色体上的55对SSR引物,从中筛选出多态性好、分布均匀的15条SSR引物对98份芥蓝自交系进行分析,共得到65个多态性带型。采用UPGMA方法构建了一张聚类图,在相似系数为0.71时,将98份芥蓝自交系初步分为1,2,3,4,5组。研究结果为芥蓝育种中的亲本选配、杂交种鉴定和资源保护等提供了依据。在试配芥蓝新组合时,应选择遗传距离较远的自交系作为重点材料,后代的杂种优势会更显著。
关键词：
芥蓝 SSR 多样性
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘警 李扬 刘金利 张馨方 白仲奎 于秋香
为研究核桃种质资源涩味的遗传多样性,以4个不同核桃涩味群体共118份种质资源为材料,利用SSR毛细管电泳荧光标记技术进行遗传多样性研究,并构建树状聚类图。结果表明:12对引物共检测到93个等位变异位点,变异范围为2～18,平均每对SSR引物可检测到7.75个等位位点;多态性信息量(PIC)为0.357 9～0.785 2,平均0.541 1。4个群体的多态位点数Np为91、多态位点百分率PPB为97.85%、观测等位基因数Na为1.978 5、有效等位基因数Ne为1.198 5、Shannon′s信息指数I为0.209 7、Nei′s多样性指数H为0.126 3、总遗传多样性指数Ht为0.126 7、群体内遗传多样性指数Hs为0.122 2,说明4个核桃群体的遗传多样性和变异度不高。群体间遗传分化系数Gst为0.035 5,说明群体内遗传变异占总变异的96.45%。其中稍涩群体多态性位点百分率最大,为72.04%,说明稍涩群体在4个群体中遗传多样性最丰富。UPGMA聚类分析表明,4个群体的遗传相似系数在0.989 8～0.997 1,群体的整体相似系数高,说明这4个群体的遗传距离很近。当相似系数为0.993 4时,可将4个群体分成2组。其中,第1组包括不涩、稍涩和较涩3个群体,剩余涩群体单独为一组。通过计算不同群体93个位点的基因频率,发现12对引物的41个位点可将不同涩味等级的资源区分开。利用SSR分子标记技术对4个核桃群体进行与涩味相关的遗传多样性分析,根据转录组测序结果筛选出12对引物用于SSR分析,共扩增出93个SSR位点,多态位点百分率为97.85%,说明引物的多态性高,适用于核桃的遗传多样性分析,为培育轻涩味的优良品种提供技术指导,可用于后续核桃涩味的遗传多样性及育种研究。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
林开勤 李悦欣 魏杰 汪安然 喻云春 段长流 王枫 鄢东海
【目的】探明石阡茶树种质资源的遗传多样性和亲缘关系，为开发和保护石阡茶树资源提供理论依据。【方法】利用SSR分子标记技术，对贵州石阡7个茶树群体122份资源进行SSR位点多态性、遗传多样性及亲缘关系分析，并对不同地域来源的石阡茶树资源进行遗传距离分析。【结果】21对SSR引物共扩增出72个多态性位点，每对引物平均扩增3.43个位点，多态信息含量（PIC）为0.19～0.76，平均为0.51，等位基因在群体中分布均匀且多态性较高。7个茶树群体的Nei’s基因多样性指数（He）均值为0.22，Shannon信息指数（I）均值为0.33，多态位点百分率（PPB）均值为75%，遗传距离为0.017 7～0.103 6。122份石阡茶树资源的遗传距离为0.10～0.67，当遗传距离为0.21时，分为3个大类群：第I类群包含113份资源，第Ⅱ类群仅有1份茶树资源(SWXD009)，第Ⅲ类群包含8份茶树资源，分别是SWXD-B、SWXD-F、SWXD-H、SWXD-M、SQT3、SQT4、SWX005和SWX006；在3个大类群中均有五德镇长兴村的茶树资源。【结论】贵州石阡茶树群体间的遗传差异较小，但群体内个体单株之间具有一定的遗传差异，尤其是五德长兴茶树群体内的遗传背景较丰富，筛选优异资源的基础较好。
[期刊] 华北农学报
[作者]
史红丽 韩明玉 赵彩平
采用相关序列扩增多态性(SRAP)和简单序列重复多态性(SSR)分子标记,对47份桃(Prunus persica)品种的遗传多样性进行了分析。选用带型清晰的19对SRAP引物和5对SSR引物对47份桃品种的基因组DNA进行扩增,共检测到82个多态性位点。平均每对引物组合产生3.4个多态性位点。应用NTSYS-PC(Version 2.1)软件采用平均距离法(UPGMA)进行聚类分析。结果表明,47份桃品种的相关系数为0.501~0.842,从总体来看,所选取的47个桃品种相关系数相对较低,遗传多样性比较丰富。对聚类结果分析显示,大部分具有亲缘关系的品种及形态学、生物学特征相近的品种聚在一类,...
关键词：
桃 SRAP SSR 遗传多样性
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
冷春晖 娄永峰 谢三秀 朱柯帆 宋晓琛 肖复明
【目的】从表型和分子2个角度评估江西信丰县国家杉木良种基地杉木2代种子园的遗传多样性，明确种子园的遗传背景，为后期种子园的改良（去劣疏伐）、重建（亲本选择与配置）等提供依据，同时为开展杂交育种提供遗传信息。【方法】以江西信丰杉木2代种子园内51个建园无性系为研究对象，通过分析8个种实表型性状掌握种子园不同无性系间种实性状的差异，同时利用SSR标记从DNA水平进行遗传多样性评估。【结果】供试51个无性系在种实表型性状和DNA水平上均存在明显的变异和较丰富的遗传多样性。8个表型性状变异系数为10.53%～37.04%，其中球果和种子的平均变异系数分别为18.99%和14.01%，种子的变异系数较小，表明种子的稳定性要比球果的高；种实性状的Shannon-Weaver多样性信息指数平均为2.060，表明种实性状的多样性较丰富。在DNA水平，14个SSR标记在51个无性系中共扩增出68个等位位点，平均Shannon’s信息指数、平均Nei’s遗传多样性指数、平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.925、0.506、0.486和0.511，表明信丰杉木2代种子园遗传多样性较丰富。基于种实表型性状和SSR标记均可将51个无性系分为两大类群，但两者的具体聚类结果存在较大差异，Mantel检验显示种实性状与SSR标记之间不存在相关性（r=0.064,P=0.870> 0.05）。【结论】信丰杉木2代种子园遗传多样性较丰富，具有再选择空间和改良潜力。
[期刊] 华北农学报
[作者]
李鸿雁 卢新雄 辛霞 李志勇 李俊 黄帆 刘磊
为了筛选出优异的扁蓿豆育种新材料,本研究采用AFLP和SSR分子标记技术对来自于中国7个省市自治区的15份扁蓿豆种质资源进行遗传多样性的比较分析,结果表明:18对SSR引物扩增出109个多态位点,8个AFLP引物组合扩增出640条带,其中472条多态带。AFLP标记的平均Nei's遗传多样性指数、Shannon多样性指数和遗传分化系数均高于SSR标记。15份扁蓿豆种质的遗传距离和遗传相似系数与地理类群很接近。AFLP和SSR数据的聚类分析显示:15份扁蓿豆种质分为4大类,但是聚类结果与地理类群不完全相符,
关键词：
扁蓿豆 遗传多样性 AFLP SSR
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