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[期刊] 中国农业科学
[作者]
王松文 刘霞 王勇 徐才国 施利利 张欣 丁得亮
目的揭示籼粳基因组的多态性。方法选用分布于水稻12条染色体上的RFLP对多个水稻品种进行分析,结合生物信息学方法分析这些籼粳特异性标记的籼粳特异性及其序列分子的生物学基础。结果筛选到28个RFLP籼粳特异性探针,籼粳特异性标记的生物信息学分析表明,这些标记在基因组水平上存在差异。结论这些标记能对水稻品种进行籼粳稻分子分类。水稻基因组序列图的完成和释放,使得这些籼粳特异性标记揭示的基因组多态性可以在基因组序列水平上进行分析和验证。
关键词：
水稻 RFLP 基因组多态性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
薛运波 李兴安 葛凤晨 蒋滢 历延芳 李志勇 王志
【目的】比较和揭示12个长白山中蜂(长白山地方采样点中华蜜蜂)基因组多态性的分布规律。【方法】采用RAPD-PCR技术选择性扩增基因组RAPD位点分子,以NTsys-PC方法建立基因组分子标记系统树状结构和计算基因组分子标记相似系数。【结果】1104号等6个蜂基因组分子标记多态性图谱同时具有240、400、700、和1 500 bp等4个条带,其系统树状结构在相似系数值为0.568时呈现相对独立的一个分支;1083号等6个蜂基因组分子标记多态性图谱同时具有240、400、600和1 200 bp等4个条带,其系统树状结构在相似系数值为0.586时呈现相对独立的另一个分支;相似系数值二维矩阵与系...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李祥栋 石明 陆秀娟 潘虹 魏心元 陆平
从分子水平研究国内外薏苡属种质资源的遗传多样性差异,为薏苡属种质资源的保护、发掘和利用提供依据。从38对cpSSR引物中筛选出33对多态性引物,对93份薏苡属资源的遗传多样性、群体结构和亲缘关系进行了比较分析。33对cp SSR共扩增出153个等位基因,每个位点等位基因数目3～8个,平均4. 64个,Nei’s多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)平均为0. 368 8和0. 720 2,种质资源的遗传多样性丰富。野生和栽培类群之间遗传分化不明显,北方早熟生态型、长江中下游中熟生态型和南方晚熟生态型类群之间的遗传距离相对较近、一致度高,但是与国外类型的遗传差异大。小珠薏苡种和窄果薏苡种独立分支,表现出明显的分化差异;台湾薏苡变种、念珠薏苡变种、薏苡变种和薏米变种4个类群之间的遗传差异较小;种质遗传距离与地理距离不存在绝对相关性,而不同类群之间可能存在基因渐渗现象。
[期刊] 水产学报
[作者]
赵莲 李志辉 张培 薛蓓 赖晓芳 高焕 阎斌伦
为获得三疣梭子蟹线粒体全基因组(mt DNA)SNP突变位点,本研究针对其mt DNA全序列设计了179对引物,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对SNP进行了筛查。在179对引物中,有89对引物具有特异性扩增结果;进一步研究表明,89对引物中共有22对引物的扩增区域含有SNP突变位点,共包含24个SNPs。统计结果显示,三疣梭子蟹线粒体基因组中的SNP分布频率为0.15/100 bp,其中转换突变比例为79.1%、颠换突变比例为16.6%;C/T(G/A)突变比率为79.1%、G/T(C/A)突变比
[期刊] 西南农业学报
[作者]
苟本富
采用单酶切和双酶切AFLP技术分别对5种不同蔷薇品种基因组DNA的遗传多态性进行了检测,比较了2种方法的多态性比率。单酶切采用10条人工设计的与接头序列相识别的AFLP选择性引物,用PstⅠ酶切,共获得108个AFLP标记,片段大小在100~2000 bp,得到33个多态位点,多态性位点百分率为30.56%;双酶切采用25对双酶切AFLP引物,在50~600 bp扩增出清晰条带658条,得到182个多态位点,占总扩增带的27.6%。对多态性片段进行统计,计算出不同品种间的相似系数和遗传距离。结果表明:硕苞蔷薇同其它4种蔷薇的遗传距离偏远,且其它四种蔷薇的遗传距离均较近,这与蔷薇品种来源和培育史...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
常亚青 丁君 邢荣莲 宋林生 倪多娇
利用随机扩增多态DNA技术对紫海胆(Anthocidariscrassispina)、海刺猬(Glyptocidariscrenularis)、马粪海胆(Hemicentrotuspulcherrimus)、光棘球海胆(Strongylocentrotusnudus)和中间球海胆(Strongylocentrotusintermedius)等我国最主要的5种经济类海胆基因组DNA的多态性进行初步研究。经20个随机引物扩增,共得到377条扩增片段,片段长度为200～1600bp。根据片段的共享度计算出平均遗传距离并采用UPGMA和NJ两种聚类分析方法进行处理得到系统树。从聚类图可得知长海胆科与疣...
关键词：
海胆 基因组DNA RAPD 亲缘关系
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
申璐 沈火林 柴敏 王银磊 杨文才
番茄(Solanum lycopersicum L.)基因组序列的出现为开发InDel标记提供了基础。本研究选用18个InDel和22个SSR标记对我国的59个和美国的23个鲜食番茄品种的基因组DNA多态性进行比较分析,以探讨InDel标记在分子育种中应用的可行性。结果表明:在82个品种中InDel标记比SSR标记的多态性低;InDel与SSR标记扩增到的条带数在我国的品种中差异显著,但在美国的品种中差异不显著;InDel标记扩增到的条带数在我国的品种和美国的品种间差异极显著。聚类分析发现我国育成的番茄品种间遗传差异非常小,而我国品种与国外品种间遗传差异较大。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
冯敏 王春晓 刘延琳
【目的】利用微卫星标记技术对来自新疆和宁夏的48株酿酒酵母菌株进行区分,并分析其亲缘关系。【方法】选择4个微卫星位点:SCAAT1、SCYOR267c、C11和YPL009c,用其多态性对48个菌株进行分析。【结果】4个微卫星标记在48株菌中共检测到87个等位基因,39种基因型;4个位点多态信息含量为0.8593—0.9115,均为高度多态位点;期望杂合度(heterozygosity expected,He)和观测杂合度(heterozygosity observed,Ho)分别为0.8803—0.9268和0.8333—0.9792。【结论】宁夏和新疆地区酿酒酵母菌株生物多样性丰富。
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘凤丽 刘永斌 王峰 王瑞 田春英 刘美霞 魏建民 荣威恒
为了研究骨形态发生蛋白受体(BMPR-IB)基因对绵羊排卵控制的作用,进一步寻找与多胎绵羊相关的遗传标记,为中国地方绵羊品种繁殖性状的标记辅助选择提供一定的理论基础。以影响Booroola Merino高产性能的BM-PR-IB基因为候选基因,采用PCR-RFLP方法分析内蒙古地方品种,蒙古羊、呼伦贝尔羊、内蒙古细毛羊与中国美利奴多胎品系共206只绵羊个体的基因多态性,以及BMPR-IB基因多态性与绵羊进化的关系。结果表明:高繁殖力的中国美利奴羊多胎品系BMPR-IB基因编码序列第746位碱基处发生了与Booroola Merino绵羊相同的突变(A746G),而低繁殖力的蒙古羊、呼伦贝尔羊、...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
吴珍芳 熊远著 邓昌彦 蔡更元 Harbitz
激素敏感脂肪酶 (HSL)是动物体脂肪分解的关键酶。本研究采用PCR RFLP法研究了 5个不同品种猪HSL基因部分 5’端区域和第 6内含子至第 9外显子区域DNA多态性。结果在对应于基因第 7内含子的DNA扩增片段中发现一AluI酶切位点多态性 ,梅山猪和湖北白猪中表现 3种等位基因型 (PP、PQ和QQ) ,等位基因P和Q的频率分别为 0 .6 5、0 .35和 0 .1 5和 0 .85,而通城猪中全部表现为PP基因型 ,大白猪和长白猪中全部表现为QQ基因型
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
芦运超 邱军强 胡鲲
为了揭示嗜水气单胞菌的耐药潜力，运用微量肉汤稀释法和比较基因组学方法对其进行了分析。结果显示：恩诺沙星、硫酸新霉素、氟苯尼考、盐酸多西环素对3株菌株有抑制作用，而磺胺间甲氧嘧啶对3株菌株均无抑制作用。菌株的耐药表型未与耐药基因一一对应，某些菌株虽然未注释到耐药基因，也可以表现出相关耐药表型；自测的3株菌株基因组大小差异较大，亲缘关系非近缘，但耐药基因数量基本一致；经ANI（平均核苷酸一致性）计算后，基因组比较分析发现嗜水气单胞菌基因组具有较强的可变性，即使是近缘菌株，其基因组间仍有较大差异；系统发育分析显示，不同宿主来源的菌株在进化树上呈现分散分布，近缘菌株分布在不同国家和地区；所有菌株在CARD（综合抗生素耐药性数据库）中共注释到21种耐药基因，其中7种耐药基因为所有菌株共享。造成这一现象的原因，很可能是由于嗜水气单胞菌基因组较强的可变性以及其宿主分布的广泛性，菌株间进行频繁的基因交流，促进了耐药基因在整个物种的快速扩散，所以即使菌株间基因组变化较大，但耐药基因在菌株间的变化较小。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈大庆 张春霖 鲁成 张信
利用PCR技术扩增青海湖3个不同地区(黑马河,布哈河,沙柳河)的青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii(Kessler))线粒体D-loop基因片段,测定该基因片段1 005 bp序列。通过线粒体基因组D-loop区序列比较分析,对比3个不同地区的83尾青海湖裸鲤的遗传结构进行研究,共检测出多态性位点65个,其中有1个插入位点(b3,nt-569),2个缺失位点(s6和b37,nt-169、nt-170),多态性位点数62。3个群体内的多态性位点分别为黑马河51个、布哈河38个、沙柳河39个,平均核苷酸位点差异数分别为9.377、7.782和7.510。结果表明,不同地区的...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
马骞 吴雨薇 王刘永 赵晓龙 周启苓 陈刚 黄建盛
为更好地开发军曹鱼(Rachycentron canadum)高多态性微卫星分子标记，本研究基于军曹鱼全基因组测序结果，利用MISA1.0软件对其简单重复序列(simple sequence repeat， SSR)的位点信息进行检索及分析。结果显示，基因组中共筛选出1～6个核苷酸为重复单元的SSR位点344 820个，其中以单核苷酸重复序列最多(174 146个)，占SSR总数的50.50%；其次为二核苷酸重复和三核苷酸重复序列，分别占SSR总数的30.23%和14.02%。在SSR包含的重复单元中，单核苷酸重复以A/T类型为主，AC/GT是二核苷酸的优势重复单元类型。军曹鱼基因组SSR核心序列重复次数在4～275次范围内波动，单核苷酸SSR重复数为10的最多，二核苷酸SSR重复次数为6的最多。本研究设置长度≥12 bp为筛选高多态性SSR位点的标准，共获得361 684个位点。在上述位点中随机选取100个候选位点进行基因分型检测，利用从中筛选到多态性较高的10个SSR标记分别对北海、陵水、硇洲、徐闻和三亚5个养殖群体进行遗传多样性分析，145尾个体中共检测到69个等位基因，观测杂合度(H_(o))、期望杂合度(H_(e))及多态信息含量(PIC)平均值分别为0.628、0.706及0.653。相关研究结果表明，军曹鱼基因组中SSR位点类型较为丰富、多态性潜能较高，从中筛选获得的多态性SSR标记可为军曹鱼分子标记辅助育种、群体遗传多样性评价等研究提供有力支持。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
强强 畅引东 孙瑛健 贾仡伟 张作刚
【目的】探究玉米大斑病菌（Exserohilum turcicum）基因组简单重复序列（SSR）位点信息特征，并筛选和验证多态性引物，为后续玉米大斑病菌遗传多样分析及遗传图谱的构建奠定基础。【方法】利用MISA软件对已有玉米大斑病菌基因组序列进行SSR位点检索；采用Primer 3.0设计SSR引物，通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对SSR引物多态性进行筛选和验证。【结果】玉米大斑病菌30条染色体基因组中共搜索到12 046个SSR位点，SSR位点平均密度为276.9个·Mb-1。其中：三核苷酸重复型SSR最多，占总SSR数量的31.38%；五核苷酸重复型SSR最少，占总SSR数量的2.10%。全基因组中共检测到203种碱基重复类型，其中，C/G重复类型最多，SSR位点数量为2 299个，占比19.09%，AC/GT次之（1 669个，占比13.86%）。SSR位点的重复次数主要集中在5～16次，占总SSR数量的91.38%；重复次数为10次的SSR位点数量最多，占总SSR数量的18.40%；SSR序列长度范围为10～300 bp，其中，10～20 bp占比最多，占总SSR数量的72.12%。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，从78对引物中筛选出25对扩增性好且多态性高的SSR引物。【结论】玉米大斑病菌基因组含有丰富的SSR位点，具有开发多态性SSR引物的潜力；筛选的25对扩增性好且多态性高的SSR引物可用于后续玉米大斑病菌的鉴定、遗传多样性分析及遗传图谱构建等研究。
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