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[期刊] 西南农业学报
[作者]
王继雪 孙延鸣
【目的】为扩增巴什拜羊的肺表面活性物质相关蛋白A(Pulmonary surfactant-associated protein A,SP-A)基因cDNA全长序列并对该序列进行分析。【方法】根据已报道的GenBank中绵羊SP-A基因的开放阅读框序列来设计RACE引物,后用RACE法对巴什拜羊SP-A基因的3’端和5’端序列进行扩增,经华大公司测序和DNAMAN软件拼接最终得到巴什拜羊的SP-A基因cDNA序列全长。【结果】克隆得到SP-A基因的cDNA其全长为1962 bp,其开放阅读框序列长度为789 bp,编码的氨基酸数量为262,经DNASTAR软件分析其蛋白的分子量为27.53 kDa,等电点4.949。分析系统进化树后发现巴什拜羊与绵羊氨基酸的序列同源性最高。【结论】本研究结果可为后续更加深入研究新疆巴什拜羊SP-A基因的功能奠定基础。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨文 沈文 郭海英 陈冬梅 陈凯丽 孙延鸣
【目的】克隆巴什拜羊杀菌/通透性增强蛋白(BPI)的cDNA序列,为研究该蛋白的结构和功能奠定基础。【方法】采集巴什拜羊外周血液,从中分离得到中性粒细胞后提取RNA。根据GenBank中牛BPI基因的cDNA序列设计兼并引物,用RT-PCR方法扩增巴什拜羊BPI基因部分序列,再根据已知的巴什拜羊BPI基因部分序列设计RACE引物,分别扩增出5′和3′端目的片段,分别回收克隆的目的基因片段,再与pMD18-T载体连接,分别转化到大肠杆菌DH5α中,筛选阳性克隆,将重组菌测序后进行拼接,获得巴什拜羊BPI基因全长cDNA序列,并对序列进行分析。【结果】克隆的巴什拜羊BPI基因cDNA序列全长1 9...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
乔新安 杨国宇 朱彦彩 王月影 韩立强 王艳玲
基于电子延伸序列,设计1对克隆引物,从绵羊回肠黏膜组织中提取总RNA,进行RT-PCR,将PCR产物与pMD19-T载体连接后转化E.coliJM109感受态细胞、检测阳性克隆、测序并进行序列分析。克隆的绵羊Granulysin基因与人、牛该基因的同源性分别为56.2%和87.2%,推导的氨基酸序列信号肽为1~22氨基酸,SapB结构域为64~138氨基酸,结构特征与人、牛的一致。结果提示,绵羊Granulysin基因克隆成功。
关键词：
绵羊 颗粒溶解素 克隆 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
姜维 薛鹏 何永新 陈玉林
【目的】克隆山羊Eda基因CDS区全序列,并对其进行序列分析,研究Eda基因在毛囊生长周期不同阶段皮肤组织中的表达规律。【方法】以太行黑山羊为研究对象,采集其毛囊生长休止期、生长期和退行期背部皮肤组织,采用RT-PCR技术克隆山羊Eda基因,通过在线软件Blastn进行基因cDNA序列分析,用SMART进行氨基酸序列分析,利用SWISS-MODEL软件进行蛋白质结构分析;以β-actin为看家基因,采用实时荧光定量PCR技术对Eda mRNA在毛囊生长不同时期皮肤组织中的表达规律进行分析。【结果】太行黑山羊Eda-A1基因CDS区全长1 176bp,编码391个氨基酸;Eda-A2比Eda-A...
[期刊] 华北农学报
[作者]
乔新安 杨国宇 王艳玲 王月影 韩立强 朱彦彩 都军霞 范沛
基于电子延伸序列,克隆并分析了绵羊Gastorkine-1基因。提取皱胃黏膜组织总RNA,利用设计的引物进行RT-PCR,PCR产物与pMD19-T载体连接后转化E.coliJM109感受态细胞,检测阳性克隆并测序。克隆的绵羊Gas-torkine-1基因长619 bp,编码185个氨基酸,与人、小鼠、猪、牛的同源性分别为82.0%,48.8%,85.4%,96.9%,推测的氨基酸序列信号肽为1~20 aa,BRICHOS结构域为54~150 aa,结构特征与人、小鼠、猪、牛的Gastorkine-1相一致。
关键词：
绵羊 胃黏膜保护因子 克隆 序列分析
[期刊] 水产学报
[作者]
甘为 方展强
硬骨鱼类ＣＹＰ１９基因与生物的性别分化和激素调节相关，因此可开发用来探究环境激素污染与基因表达的关系。本研究首次克隆和分析了食蚊鱼ＣＹＰ１９ａ ＣＤＮａ的全系列，为将ＣＹＰ１９基因作为监测环境激素生物标志物的研究提供了全面的实验数据。根据ＣＹＰ１９ａ基因Ｃ ＤＮａ保守区域设计引物，扩增保守区域并测序。采用ＲａＣＥ法扩增食蚊鱼ＣＹＰ１９ａ基因Ｃ ＤＮａ序列全长，对其蛋白序列进行同源性分析，并将序列应用于ＣＹＰ１９ａ ｍＲＮａ转录水平的ＲＴ－ＰＣＲ法检测中。成功克隆食蚊鱼ＣＹＰ１９ａ基因全长，获得ＣＹＰ１９ａ基因总长为２０２０ ｂＰ，ＯＲＦ为２３８～１７９１ ｂＰ，共编码５１８个氨基酸，对其编码的．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
占思远 董尧 李利 仲涛 王林杰 张红平
【目的】克隆获得南江黄羊ＩＧＦＢＰ－２（ＩｎｓｕｌＩｎ－ｌＩｋｅ Ｇｒｏｗｔｈ Ｆａｃｔｏｒ ＢＩｎｄＩｎＧ ＰｒｏｔｅＩｎ－２）基因的ｃｄｓ区全序列，对其进行生物信息学分析，并分析ＩＧＦＢＰ－２的ｍｒｎａ和蛋白组织表达特征，为深入研究该基因在出生后山羊生长和发育过程中的作用以及表达调控提供基础资料。【方法】下载ｎｃＢＩ的Ｇｅｎ Ｂａｎｋ数据库中公布的绵羊（ｏｖＩｓ ａｒＩｅｓ，ｎｍ＿００１００９４３６）和牛（Ｂｏｓ ｔａｕｒｕｓ，ｎｍ＿１７４５５５）的ＩＧＦＢＰ－２基因的ｍｒｎａ序列，经序列比对后采用保守区域序列并利用ＰｒＩｍｅｒ ＰｒｅｍＩｅｒ ６．０软件设计克隆引物，经Ｐｃｒ扩增后采用ｔ．．．
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
欧阳叙向 黄生强 施启顺 柳小春 张明军 刘鹤翔 邓灶福 何德肆 胡述光 谭胜国
为找寻山羊FSH受体基因的SNP突变位点,进行FSH受体基因的多态性分析和探索该受体基因在山羊多胎中的可能作用,利用比较基因组学的方法,根据绵羊FSH受体基因序列设计引物,以湖南湘东黑山羊基因组为模板,PCR扩增了FSH受体基因5' 端侧翼调控区,通过克隆进行了序列测定及分析,并与牛、绵羊该区段序列进行了比较.结果表明,PCR扩增获得的片段为844 bp,与中国西门塔尔牛该段序列相比,同源性为94.08%,在-364 bp处的左翼发生了多碱基插入,湘东黑山羊该序列有5个碱基的插入,另在-625~-619 bp处的7个碱基缺失;与澳洲绵羊的FSHR基因比较,同源性为93.60%,在-367 bp...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
石恒波 罗军 朱越 王紫骞 赵旺生
【目的】研究奶山羊硬脂酰辅酶A去饱和酶基因(stearoyl-CoA desaturase,SCD)在乳腺上皮细胞中对不饱和脂肪酸合成过程相关基因的调控及对细胞脂肪酸组成的影响。【方法】用RT-PCR方法从西农萨能羊乳腺组织中扩增SCD基因,进行序列分析和组织表达谱分析;构建重组腺病毒质粒,进行包装和扩增后,感染体外培养的奶山羊原代乳腺上皮细胞,实时定量检测相关基因的表达,western blotting检测蛋白变化,气相色谱-质谱联用分析细胞内脂肪酸组成变化。【结果】①获得了全长1 080 bp的山羊乳腺SCD基因CDS(GenBank登录号:GU947654)并对其进行了生物信息学分析;②...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马志杰 魏雅萍 钟金城 马蕊霞 陈雪梅 字向东 陈生梅
【目的】对藏绵羊生长激素(GH)基因进行了克隆和序列分析,以期为进一步开展藏绵羊GH基因与其生长发育性状的相关分析以及基因定位、表达调控等研究提供理论基础。【方法】用特定引物对藏绵羊GH基因进行PCR扩增、克隆和测序,使用DNAMAN4.0、BioEdit 7.0.0、DnaSP 4.10.1等生物信息学软件进行序列分析和比较基因组学研究。【结果】藏绵羊GH基因(GenBank登录号EF077162)由5个外显子和4个内含子组成,完整编码序列(Complete coding sequence,CDS)全长为654 bp。5个外显子大小分别为13,161,117,162和201 bp;4个内含子...
关键词：
藏绵羊 生长激素基因 克隆 序列分析
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
夏润玺 张曼夫
为对犬干扰素-β(IFN-β)进行研究,用PCR技术从犬血细胞基因组DNA中扩增了牧羊犬IFN-β基因,并克隆到pGEM-T载体,转化大肠杆菌JM109感受态细胞,阳性克隆经PCR和酶切鉴定后进行测序。结果表明:牧羊犬IFN-β基因含561bp,编码186个氨基酸,前21个为信号肽。成熟蛋白理论分子量为20kD,等电点为5.737,有2个潜在磷酸化位点、5个N糖基化位点和4个半胱氨酸残基,大部分为亲水区。二、三级结构预测显示,蛋白主要由5段α螺旋组成。犬IFN-β基因与赤狐的完全相同,与貉、雪貂和猫的同源性很高(85%～98.4%),在进化树中处于同一分支,而与禽类和鱼类的同源性仅为2.9%～...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘长国 罗军 郑新民 杨公社 苟德明
比较生长激素(GH)基因在不同物种间的相似性,设计引物,用PCR方法从波尔山羊基因组中扩增出一条长约2.0kb的DNA片段,然后用PMD-18T载体在感受态DH5α株大肠杆菌中获得GH基因克隆子。DNA测序结果表明,波尔山羊GH基因DNA序列全长1951bp(不含引物序列),含完整的5个外显子编码区。应用ClustalW软件进行同源性分析,结果表明,波尔山羊GH基因与Tokara山羊、澳洲美利奴羊和黄牛的GH基因的相似度分别为98.5%,97.0%和95.4%;内元比外元的变异程度高,在5个外元中,第一外元的保守性最高,其他区域的变异程度随物种亲缘关系的增大而升高,在分子水平上符合物种进化原...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李昊 郭虎 王春生 宋红卫 朴善花 安铁洙
为探明绵羊Ｏｃｔ４基因启动子的结构特点，用ＰｃＲ方法克隆获得了绵羊Ｏｃｔ４基因启动子，并对绵羊、牛和猪Ｏｃｔ４基因的上游调控序列进行对比分析。结果显示，成功扩增获得长度为２ ９５１ ｂＰ的绵羊Ｏｃｔ４基因启动子；绵羊、牛和猪Ｏｃｔ４基因的上游调控序列均含有４个保守区域（ｃＲ１–ｃＲ４），且４个保守区域在３个物种间具有高度同源性；ｃＲ１区域富含Ｇｃ碱基对，且序列上的ＳＰ１／ＳＰ３位点与激素反应元件ＨＲＥ在３个物种中具有１００％的同源性；绵羊和牛、猪的上游调控序列富含Ｇｃ，并存在大量的ｃｃｃ（Ａ／ｔ）ｃｃｃ位点。
[期刊] 华北农学报
[作者]
叶雪凌 周宝利
野生茄托鲁巴姆高抗黄萎病,是研究茄子黄萎病抗性的理想试材。胚胎发育晚期丰富蛋白(LEA蛋白)是植物在逆境条件下生成的一类应激蛋白。研究以1个受黄萎病菌诱导的托鲁巴姆EST为种子序列,结合电子克隆及RT-PCR验证的策略,获得了LEA蛋白基因的全长cDNA序列,命名为StLEA1。该基因的完整开放阅读框为291 bp,编码96个氨基酸,编码蛋白的分子量为10.748 kDa,等电点为9.913。经序列分析,StLEA1为水溶性蛋白,不存在信号肽,具有LEA5家族的典型结构域和保守序列,预测含有多个磷酸化位点。表达分析表明,托鲁巴姆受黄萎病菌侵染后,StLEA1在根系中上调表达。为探讨野生茄托鲁巴...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
郑腾 程龙飞 李志方 柯美峰 黄瑜 李文杨 施少华
采用RT-PCR方法对猪源新城疫病毒(NDV)SP13株的F基因进行了扩增与克隆,并测定出F基因的核苷酸全序列,推导出氨基酸序列.F基因全长为1662 bp,单一的开放阅读框,编码553个氨基酸的长肽,裂解位点的氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117,与弱毒株在这一区域的序列(112G-R/K-Q-G/S-R-L117)相符;F蛋白有6个潜在的糖基化位点和13个Cys残基位点,其疏水构型有3个强疏水区.通过同源率、系统发育、致病性、疏水性和抗原性等比较分析的结果表明,SP13与LaSota、Clone 30株不但同源性达到99.9%,而且在致病性、疏水性和抗原性等方面也极为相似.
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