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[期刊] 中国农业科学
[作者]
倪学勤 Joshua Gong Hai Yu Shayan Sharif 曾东
【目的】研究蛋鸡MHC(Major Histocompatibility Complex,主要组织相容性复合物)基因对不同周龄和不同部位肠道细菌种群结构的影响。【方法】使用基于16S rDNA的PCR-DGGE技术,结合特异性和共性条带割胶回收DNA进行克隆和测序,对2,4,6和8周龄商品蛋鸡和15I5系蛋鸡嗉囊、十二指肠、空肠、回肠和盲肠内含物细菌群落的结构和多样性进行比较,鉴定8周龄蛋鸡部分特异性和共性群落成员。【结果】商品蛋鸡和15I5系蛋鸡盲肠细菌的多样性最高,其次是回肠和空肠,嗉囊和十二指肠的细菌多样性比较低,且随着蛋鸡周龄增加,各肠段细菌多样性呈上升趋势,MHC基因对细菌多样性无显...
关键词：
肠道菌群 MHC 变性梯度凝胶电泳 蛋鸡
[期刊] 淡水渔业
[作者]
吴康 胡俊 黄晓声 夏虎 陈亮 李男 张学振
为探讨饲喂蚕豆(Vicia faba)对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肠道菌群的影响,采用PCR-DGGE技术比较了饲喂蚕豆的草鱼(脆肉鲩组)及饲喂配合饲料的草鱼(普通草鱼组)肠道微生物菌群的异同。结果显示,DGGE图谱上出现了20条明显条带,表明脆肉鲩组及普通草鱼组肠道中均存在大量细菌群落。对这20条条带测序后,获得了其中17条条带的序列,这17条条带中有9条是尚未被培养的细菌。经分析发现,这17条条带分属于变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)及未...
[期刊] 水产学报
[作者]
夏耘 郁二蒙 谢骏 余德光 王广军 李志斐 王海英 龚望宝
在草鱼养殖过程中添加碳源(葡萄糖)维持水体C∶N为20∶1以培养生物絮团,通过对生物絮团细菌群落构成进行种类鉴定来评价生物絮团中功能微生物的组成。采用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术分析生物絮团形成第5、10和15天的细菌群落结构。DGGE指纹图谱结果分析表明:第5天和第10天的相似性最高,达67.4%;第5天和第15天相似性系数最低仅为40.5%。第10天时微生物多样性最高,第15天时多样性最低。对DGGE指纹图谱特征条带进行回收、克隆测序,结果表明,生物絮团培养过程主要微生物类群隶属于以下6个纲:α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammapro...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高菲 孙慧玲 许强 谭杰 燕敬平 王清印
利用PCR-DGGE技术研究刺参(Apostichopus japonicus)前肠、中肠和后肠内含物的细菌群落组成。通过软件Bio-rad Quantity one分析DGGE指纹图谱,发现刺参后肠内含物的条带数目显著高于前肠和中肠(P=0.003,P=0.016),表明刺参后肠内含物的细菌多样性最高,其次是中肠;前肠内含物的细菌多样性最低。UPGMA聚类分析发现,不同刺参个体其后肠的细菌群落组成差异最小,前肠的细菌群落差异最大。经DGGE分离、条带切割和序列测定,共获得了13条序列,系统发育分析表明,刺参消化道内含物的细菌群落可主要归属于5大类群,即α-变形菌纲(α-proteobacte...
[期刊] 林业科学
[作者]
王娇莉 南小宁 任争争 明洁 唐光辉
【目的】了解危害核桃果实青皮的核桃举肢蛾和桃蛀螟幼虫肠道细菌群落结构与多样性。【方法】采用基于１６ＳｒｒＮＡ基因的变性梯度凝胶电泳（ＰＣｒ－ＤＧＧＥ）和末端限制性片段长度多样性（Ｔ－ｒＦＬＰ）技术分析２种害虫幼虫肠道细菌群落特征。【结果】１）ＰＣｒ－ＤＧＧＥ分析显示核桃举肢蛾幼虫肠道细菌主要有沃尔巴克氏体属、肠球菌属、肠杆菌属、根瘤菌属和假单胞菌属，其中沃尔巴克氏体属是优势菌群，占测得序列的４０．０％；桃蛀螟幼虫肠道细菌主要有沃尔巴克氏体属、肠球菌属、根瘤菌属和假单胞菌属，其中肠球菌属是优势菌群，占测得序列的６２．９％。２）ＤＧＧＥ条带的系统发育分析显示，核桃举肢蛾幼虫肠道中，７２．５％的菌株．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙豪 时云朵 倪学勤 刘倩 曾东
采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)和荧光定量-聚合酶链式反应(Q-PCR)技术分析高体重(high weight,HW)和低体重(low weight,LW)斑点叉尾鮰鮰(Ietalurus punetaus)皮肤、鳃和胃肠道菌群多样性,为斑点叉尾鮰微生态研究及筛选斑点叉尾鮰源益生菌提供理论依据。结果显示,斑点叉尾鮰菌群丰富度由低到高依次为鳃、皮肤、前肠、后肠和胃。肠杆菌科(Enterobacteriaceae)和气单胞菌属(Aeromonas)是皮肤的优势菌群;肠杆菌科(Enter
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王轶南 朱世伟 常亚青
采用基于16S rDNA的PCR-DGGE指纹图谱技术对黄海北部刺参养殖池塘(底泥、海水)及刺参肠道的菌群组成进行了初步分析。结果显示,从刺参肠道、底泥及海水样品分别获得41、31及41条扩增条带,其中优势条带分别为12、9及10条;三者具20条共有条带,其中4条为各样品的优势条带,共有条带在各样品中的丰度不同;三者分别具5、2及13条特异条带,其中肠道中的第34、42条带以及海水中的第25、46条带丰度均较高;肠道与底泥的菌群组成相似性系数(戴斯系数)为77.8%,二者与海水菌群组成的相似性系数分别为65.9%和55.6%。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李永洙
研究依莎褐蛋鸡和艾维茵肉鸡发育正常及迟缓鸡群的盲肠细菌种群结构和多样性变化。使用基于16S rDNA的PCR-DGGE技术,结合割胶回收DNA进行克隆和测序,分别对4、6、10、16、20和40周龄蛋鸡及1、2、4、6、7和8周龄肉鸡发育正常、迟缓鸡群盲肠内容物的细菌群落进行特异性引物图谱指纹和聚类分析,鉴定特异性和共性群落。结果表明,Lactobacillus属在两品种发育正常鸡群盲肠内容物细菌的相似性均高于迟缓鸡群,两品种各周龄和发育正常、迟缓鸡群间指纹图谱平均条带数差异显著(P<0.05)。而Bacteroides属在发育正常鸡群盲肠内容物细菌的相似性与迟缓鸡群较为相近;发育正常、迟缓鸡...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张艳 李秋芬 孙雪梅 陈聚法 赵俊
通过生态模拟实验,利用分子生态学技术,对浒苔(Enteromorpha prolifera)腐烂过程中水体细菌群落结构的变化进行了研究。将3.0 kg完全死亡的浒苔置于容积为500 L的实验容器中,定期取水样,进行化学需氧量(COD)、溶解氧(DO)、好氧性异养菌数量测定及细菌种群结构的分析。实验结果表明,随着浒苔腐烂程度的增加,水中的DO呈逐渐减少趋势,COD和好氧性异养菌数量均呈先增加后减少的变化趋势;水体细菌主要由拟杆菌门黄杆菌纲和变形菌门α-、γ-、ε-变形菌纲的细菌组成,其优势菌群在浒苔腐烂不同时期有较大程度的改变,初期黄杆菌纲细菌为主要优势细菌,后期则以α-、γ-、ε-变形菌纲细菌...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
曾燕 倪学勤 曾东 简平 王剑 唐雨蕊
为探讨蒙古羊瘤胃液相和固相细菌的多样性,采用变性梯度凝胶电泳技术结合聚合酶链式反应(PCRDGGE)及条带的克隆测序,比较瘤胃液相和固相细菌的差异,同时采用聚类分析和主成分分析(PCA)方法分析瘤胃液相和固相细菌的多样性。结果表明:1)瘤胃液相和固相样品均含有物种丰富的细菌菌群,但液相比固相具有更高的平均条带数,分别为30条和24条;2)瘤胃液相样品比固相样品具有更高的多样性指数、均匀度和丰富度,其数值分别为3.45、0.90和30.20及3.23、0.84和24.62;3)同一动物个体瘤胃液相样品和固相样品聚类在一起,相似性系数均高达0.81;4)共性条带测序结果表明瘤胃的优势细菌主要是Un...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘芳 王道营 徐为民 诸永志 曹建民
利用传统平板培养和变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱相结合的方法,对盐水鸭在4℃贮藏期间的细菌多样性进行了分析。传统培养方法结果显示:盐水鸭在贮藏期间细菌数量增加迅速。PCR-DGGE对盐水鸭及平板培养物中的细菌组成分析结果显示:腐生葡萄球菌(Staphylococci saprophyticus)、溶酪大球菌(Macrococcus caseolyticus)、魏斯氏菌(Weissellasp.)、中度嗜盐菌(Halomonas sp.)和盐单胞菌(Cobetia sp.)是盐水鸭的主要细菌,而腐生葡萄球菌、溶酪大球菌和魏斯氏菌是平板培养物中的主要细菌。
[期刊] 水产学报
[作者]
李秋芬 傅雪军 张艳 马绍赛
通过模拟实验对循环水养殖系统中不同初始NH4+-N浓度的生物滤池中生物膜上和水中的细菌数量及群落种类组成进行了研究。对成熟生物膜及水体样品中的异养菌、氨氧化菌、亚硝酸盐氧化菌的培养计数结果表明,随着生物滤池初始氨氮浓度增大,除异养细菌数量逐渐下降外,生物膜上的氨氧化菌和亚硝酸盐氧化菌数量呈逐渐增加趋势,且均高出水样3～4个数量级;同时对上述样品的16S rRNA基因片段的PCR扩增产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析及其序列同源性分析的结果表明,生物膜和水中都有较高的细菌多样性,同一初始氨氮浓度的滤池中生物膜上的细菌多样性高于水中的。生物滤池中的细菌主要由拟杆菌门的黄杆菌纲和变形菌门的α-...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵旺 姜敬哲 王江勇 陈韬 刘广锋 王瑞旋 杨蕊
附着基是苗期杂色鲍(Haliotis diversicolor Reeve)生活的主要场所,其表面藻际细菌对幼体的生长有重要的影响,然而对附着基藻际细菌多样性的研究较为少见。本研究在杂色鲍育苗期间定期采集附着基样品,再利用PCR-DGGE技术对藻际细菌群落进行多样性及变化规律分析。相似性和UPGMA聚类结果表明,藻际细菌群落结构随时间变迁呈现出连续性变化,相邻两天细菌群落的戴斯相似性系数Cs高达80.9%~96.1%,但育苗前期与育苗后期的藻际细菌群落组成差异较大。多样性指数分析显示,育苗前期藻际细菌多样性随时间变化趋于丰富,之后多样性稍有下降但仍维持较高水平。受附着基上藻类生长状况及鲍摄食活...
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