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[期刊] 中国农业科学
[作者]
张旸 吴佳岩 吴雅妮 汤明威 解莉楠
被子植物表皮细胞的形态学建成是目前研究工作中较为流行的生物学现象，其大致包括：表皮细胞形状的改变、表皮细胞附属衍生物的形成、根毛和毛状体的分化等方面，根据大量的试验结果总结发现ＭＩＸＴＡ及其同源基因的生物学功能与该现象密切相关。ＭＩＸＴＡ是编码一个具有Ｒ２Ｒ３ ＭＹＢ结构域的转录因子，自从１９９４年首次报道在金鱼草中被克隆以来，已经受到广泛的关注并在不同种属试验材料中被更深入地研究和讨论。ＭＩＸＴＡ最早被证实的调节功能是促进金鱼草花瓣表皮细胞发生锥形化，使花瓣内表皮具有天鹅绒状质感，野生型金鱼草花瓣表面的锥形细胞在ＭＩＸＴＡ突变时形状发生显著扁平化，花瓣内表皮的天鹅绒状质感消失，异位表达的ＭＩ．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
韩萌萌 盛安琪 李海峰
AGAMOUS LIKE6(AGL6)基因家族是植物MADS-BOX基因中一个古老的亚家族,近几年关于AGL6基因研究已取得了很多新进展,特别是对水稻、玉米、矮牵牛等物种的AGL6基因功能解析。文章从AGL6基因的起源、进化及表达模式和生物学功能等方面,综述了近年来有关AGL6的主要研究进展,并对该基因家族的研究趋势进行了展望。
关键词：
MADS-BOX AGL6 水稻 玉米
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
冯延芝 李芳东 王璐 魏琦琦 何潇 赵广 张悦 傅建敏
ＬＥＡＦＹ（简称ＬＦＹ）同源基因是一个调控植物花分生组织和花器官形成的特征基因，它是启动开花的枢纽，而且还可防止花分生组织的逆转。本文分别利用软件ＶＥｃｔｏｒ ＮｔＩ ｓｏＦｔｗＡｒＥ（Ｉ ＮＶＩｔｒｏｇ ＥＮ）和ＭＥｇＡ５．１对３６种植物ＬＦＹ基因编码的氨基酸序列特征、系统进化等进行分析，结果表明，其蛋白质平均含有３９７个氨基酸，分子量为４４．３５ ｋＤＡ，等电点为７．３２；多序列比对显示它们有３７个完全保守的氨基酸残基，另外还存在丙氨酸、赖氨酸、组氨酸等氨基酸富集区；系统进化显示裸子植物与单子叶植物聚为一类，后与双子叶植物聚在同一进化树中。上述研究不仅对植物成花机理的研究具有重要的参考价值．．．
关键词：
LFY同源基因 系统进化 表达 功能
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
裴梦甜 王鑫潇 余庆 鲁国东 李亚
【目的】MYB（V-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog）转录因子MoIsw2对稻瘟病菌的生长发育和致病性至关重要。为了深入理解MoIsw2的作用机制，对其调控的稻瘟病菌基因进行鉴定和功能分析。【方法】对野生型稻瘟病菌菌株Ku80和突变体ΔMoisw2进行RNA-seq分析，选择突变体中表达发生明显变化的7个基因（MoEGH16L1、MoEGH16L2、MoSTART1、MoGH61A、MoCTR1、MoFRO1和MoGH31A）作为MoIsw2的候选调控基因，通过基因敲除对其表型和致病性进行分析。【结果】RNA-seq分析表明，突变体ΔMoisw2中差异表达的基因主要涉及氧化还原、细胞膜合成、氨基酸代谢和基因组DNA修复等过程。7个候选调控基因的敲除试验表明，这些基因在稻瘟病菌的营养生长、孢子发育和致病过程中发挥重要作用，各基因突变体表型与突变体ΔMoisw2均具有相似之处。【结论】MoIsw2通过调控多个靶基因参与稻瘟病菌的生长发育和致病过程。
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘雅洁 薛翀 邱诗蕊 李想 唐丽雯 曾淑华
为揭示Blind基因在普通烟草中的功能,通过同源克隆的方法从普通烟草K326的基因组中克隆得到1个Blind-like基因,即NtBL1,用PROSITE(ExPASy)、Sopma和Swissmodel等软件对NtBL1进行蛋白质结构域分析和高级结构预测,用Mega 7.0和MEME软件对NtBL1及其同源蛋白进行了进化树构建和结构分析,用半定量PCR分析了NtBL1基因在花、叶、根、茎、苗中的表达模式,用qRT-PCR技术分析了ABA、NaCl和PEG处理下NtBL1基因的表达模式。结果表明,NtBL1的开放阅读框长度为1 014 bp,编码337个氨基酸。半定量PCR结果表明,NtBL1在烟草的大部分组织和各时期普遍表达,但是根中的表达量最高。蛋白质结构域分析显示NtBL1是典型的R2R3 Myb家族蛋白,含有2个Myb-type HTH类型的DNA结构域。蛋白质高级结构预测表明,NtBL1蛋白高级结构主要由无规则卷曲和α-螺旋组成。进化和结构分析结果表明,NtBL1基因与番茄Blind等基因的进化距离较近,且具有相似的模体结构。qRT-PCR的结果显示NtBL1基因的表达受ABA的诱导,在处理24 h达到最高表达量;NtBL1基因的表达受NaCl处理的抑制,在24 h出现最低表达量。因此,NtBL1基因可能参与激素和盐胁迫调控下的侧生分生组织的发育。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
陈露露 王建飞
[目的]本研究旨在发掘糖基转移酶在水稻中的生物学功能,为明确其作用的分子机制奠定基础。[方法]以糖基转移酶(glycosyltransferase,GT,EC 2.4.x.y)GT43家族OsGT43B(Os03g0287800)基因T-DNA插入突变体osgt43b为材料,调查纯合株系的主要农艺性状,利用分离株系分析性状的遗传模式;采用荧光定量PCR分析OsGT43B在水稻不同组织中表达特征;通过构建重组质粒转化水稻原生质体,分析OsGT43B及其上游调控因子OsKNOX在细胞中位置;采用双分子荧光素酶报告基因系统检测OsKNOX在水稻原生质体中的转录活性和对OsGT43B的调控作用。[结果]2个独立的osgt43b突变体籽粒长度、宽度、厚度、千粒质量和糙米率显著减小,其性状变异由OsGT43B基因变异引起,为隐性突变;OsGT43B在水稻灌浆籽粒中高表达,在穗和根中的表达次之,表达量随穗发育和籽粒灌浆进程逐渐提高;亚细胞定位结果显示,OsGT43B-GFP融合蛋白在高尔基体中表达,OsKNOX-GFP荧光位于细胞核中。转录活性分析结果显示:OsKNOX具有转录激活功能,能激活OsGT43B表达。[结论]糖基转移酶基因OsGT43B正向调控水稻籽粒大小,其表达受OsKNOX调控。
关键词：
水稻 糖基转移酶 粒型
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
苏奇倩 李林 丁豪杰 李晓锋 徐其静 RENSING Christopher 刘雪
苹果果色主要由花青素等色素控制,花青素是植物的一类黄酮类次生代谢物,赋予植物各种颜色,转录因子MYB110基因参与植物花青素合成调控.本研究通过对MYB110转录因子扩增测序,检测MYB110在22种苹果属植物中的多态性.结果表明,MYB110基因编码区长度均为602 bp,扩增出新疆野苹果和西府海棠等7种材料的基因序列,其多态性位点共有52个,翻译成蛋白质后多态性位点为28个,且多态性位点主要位于非功能结构域,不同苹果果色间存在基因调控差异.
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
徐田军 陈松林
MHC广泛存在于脊椎动物中,在鱼类中由于其高度的多态性,使其在遗传进化、免疫相关、抗病育种等方面倍受关注。本文综述了国内外关于鱼类MHC基因的遗传结构、功能特性及系统学方面的研究进展,并展望了将此类基因应用于遗传育种中的前景,以及制约研究所存在的问题。
关键词：
鱼类 MHC 基因
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
於丙军 刘振 卫培培
植物盐害的阴离子毒害主要由Cl-造成,盐逆境下植物体内Cl-吸收、运输及其调控的分子机制已成为植物耐盐性研究不可忽视的重要方面,但有关Cl-毒害问题相对Na+毒害和适应的研究在过去较少受到关注。Cl-通道(chloride channels,CLCs)是一类广泛分布于原核和真核生物细胞膜(主要是内膜系统),以介导Cl-为代表的阴离子运输的重要转运蛋白家族。本文对目前已报道的包括拟南芥、大豆、水稻等多种植物的CLC同源基因及其编码蛋白进行了系统的生物信息学分析,并对植物CLC同源基因参与耐氯(盐)功能解析方
[期刊] 西南农业学报
[作者]
姚运法 练冬梅 林碧珍 赖正锋 洪建基
【目的】探索外源硒对冰菜转录组相应机制影响及相关功能基因挖掘。【方法】利用高通量测序技术,构建冰菜硒响应转录组数据库。【结果】硒处理对冰菜植物激素信号转导途径影响:除油菜素类固醇外,其它7个激素代谢途径均产生重要影响。硒处理浓度的增加,能够促进生长素信号转导,激活下游基因表达;细胞分裂素信号转导途径中,AHP对硒处理敏感,A-ARR受硒处理呈显著上调作用,但均对硒浓度变化不敏感;硒处理浓度增加,使得赤霉素信号转导下游TF得到激活;脱落酸信号转导途径中,低硒处理(10 mmol/L)导致SnRK2表达量显著降低,抑制气孔关闭,导致冰菜易脱水;硒处理(100 mmol/L)SnRK2蛋白表达量显著恢复;乙烯信号转导途径中ETR和ERF1/2表达量随着硒处理浓度的提高而降低;硒处理(10 mmol/L)促进茉莉酸信号途径中JAZ和MYC2表达量上调,调节硒对冰菜的逆境胁迫,硒处理(10 mmol/L)对JAZ和MYC2表达量影响不显著;水杨酸信号转导途径中TGA和PR-1在硒处理(10 mmol/L)表达量无上下调表达,硒处理(100 mmol/L)TGA表达量下调,PR-1表达量上调,激活冰菜硒响应能力。经实时定量PCR分析,7个DEGs相对表达量与转录组表达谱分析趋势完全一致。【结论】本研究为冰菜硒关键基因挖掘和遗传育种奠定了一定基础。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘小红
以水杉原生种为材料，提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA，经m RNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程，再采用SMRT技术测定其全长转录本序列，运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。结果显示：提取的总RNA符合建库要求；全长转录组测序共获得了包含5 914 711个亚读段(subreads)的14.0 Gb的数据，质量控制处理后包括236 130个全长非嵌合读段(reads)和97 626个一致性reads；转录本经去冗余处理后共获得61 057个全长一致性读段(unigenes)，其中有54 099个被成功注释到7个数据库中，注释比达88.60%；对水杉unigenes作CDS(coding sequence)长度分布及转录因子分析，其CDS长度范围为144～6477 nt，平均长度约为679 nt；共检测到2386个转录因子，这些转录因子可以归类为29个家族。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘小红
以水杉原生种为材料，提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA，经m RNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程，再采用SMRT技术测定其全长转录本序列，运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。结果显示：提取的总RNA符合建库要求；全长转录组测序共获得了包含5 914 711个亚读段(subreads)的14.0 Gb的数据，质量控制处理后包括236 130个全长非嵌合读段(reads)和97 626个一致性reads；转录本经去冗余处理后共获得61 057个全长一致性读段(unigenes)，其中有54 099个被成功注释到7个数据库中，注释比达88.60%；对水杉unigenes作CDS(coding sequence)长度分布及转录因子分析，其CDS长度范围为144～6477 nt，平均长度约为679 nt；共检测到2386个转录因子，这些转录因子可以归类为29个家族。
[期刊] 华北农学报
[作者]
彭陈 王瑞 李万昌 郭士伟
TALEN(Transcription activator-like effector nuclease)和CRISPR/Cas系统(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR.CRISPR-associated,Cas)是近年来发现的基因功能研究的新方法,且已经成功地在动物、植物及微生物等多个领域得到成功应用。它们可以对DNA双链进行切割,从而启动细胞内的DNA修复机制,以此来实现对靶位点的基因修饰。相较于传统方法,它们具有特异性高、操作简便及打靶效率高等特点。主要从结构、功能及作用机制等方面阐述这2种新基...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李立 汪鹏 彭梦珺 李友国
二甲基硫(DMS,dimethyl sulfide)是海洋排放的占优势地位的生源硫气体,其在大气中的氧化产物能够引起环境酸化和气候变化,因而DMS已成为全球气候变化研究的热点之一。二甲基巯基丙酸内盐(DMSP,dimethylsulfoniopropionate)是DMS形成的主要前体,该化合物在海洋环境中广泛存在,它是很多浮游植物以及少数陆地被子植物中的可溶性溶质。本文综述了驱动海洋DMS产生的微生物类群;总结了最新报道的6个DMS产生相关功能基因,即dddD、dddL、dddP、dddQ、dddY、dddW,介绍了它们编码的蛋白质功能及活性特征。最后,对红树林生境中DMS产微生物、相关功能...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
张双 王学君 曾炳山 许志茹 范春节
[目的]解析转录因子ZF-HD在桉树生长发育中的作用，进而深入了解其在桉树中如何发挥功能。[方法]在本研究中利用生物信息学鉴定巨桉ZF-HD基因家族成员，并对其染色体定位、理化性质、基因结构、蛋白保守结构域和表达模式进行分析。[结果]桉树中共发现10个基因家族成员，编码78～343个氨基酸，几乎所有成员都属于碱性蛋白质，主要定位于细胞核，且motif1在ZF-HD家族中非常保守，其启动子顺式作用元件主要为激素应答、生长发育和逆境应答等响应元件。ZF-HD基因家族成员在不同组织、不定根诱导和不定芽诱导过程中的表达分析表明，大多数家族成员在不同组织中存在着差异表达，且家族成员主要在顶端等初生生长阶段表达。且巨桉ZF-HD家族部分成员在不定根和不定芽诱导阶段表达量显著上升，亚细胞定位分析与预测结果相同。同时EgrZHD2定位于细胞核，且在茎尖的表达量较高，随着茎顶端向下其表达量显著下降。[结论]巨桉ZF-HD基因家族成员在桉树不定根和不定芽诱导等发育中起着重要的调控作用。EgrZHD2作为重要的转录因子作用于桉树的初生生长以及不定根诱导等生物学过程。
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