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[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄勋和 陈洁波 何丹林 张细权 钟福生
【目的】探讨ＣＯＩ基因作为标准ＤＮＡ条形码技术鉴定外形差异较小的地方鸡品种的可行性。【方法】以华南地区９种优质地方鸡（怀乡鸡、清远麻鸡、惠阳胡须鸡、中山沙栏鸡、阳山鸡、杏花鸡、五华三黄鸡、文昌鸡和广西三黄鸡）和国外引进品种隐性白羽鸡为试验材料，测定标准的ＤＮＡ条形码技术的线粒体细胞色素Ｃ氧化酶亚基Ｉ（ＣｙｔＯＣｈｒＯｍｅ Ｃ ＯｘＩＤＡｓｅ ｓｕｂｕＮＩｔ Ｉ，ＣＯＩ），同时下载已发表的３１条家鸡和原鸡及绿头鸭的ＣＯＩ基因序列，分析品种遗传多样性与遗传距离，构建单倍型中介网络图和系统发生邻接树，界定区分品种特异的单倍型。【结果】除去ＰＣｒ引物序列，获得了６９５ ｂＰ ＣＯＩ基因片段。根据标准的．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
赵新宁 牟铭 李昂 柳淑芳 庄志猛
“三文鱼”是鲑鳟鱼类的统称，是国际公认的高档水产品。近年来，养殖虹鳟的大量供给对世界三文鱼贸易带来较大冲击，引发了一场“真假三文鱼”大战。因三文鱼食材品质考究且市场价格昂贵，人工养殖的淡水虹鳟与公众印象中来自大西洋的名贵三文鱼难以相提并论。虹鳟的三文鱼冠名之争引起消费者对市场上三文鱼真实身份的高度关注。水产品市场上流通的三文鱼究竟包含哪些种类？其商品标识是否真实？然而对普通消费者来说，仅凭感官甄别市售三文鱼是大西洋鲑或虹鳟难度很大。广泛应用于物种分类学研究的DNA条形码为物种快速准确鉴定提供了强有力的技术支撑。本文采用DNA条形码技术对青岛市六个城区大型商超和农贸市场的三文鱼商品标识与实际物种信息进行了调查。在采集的74份三文鱼样品中，成分为大西洋鲑(Salmo salar)的样品有61份，占比为82.43%；成分为虹鳟(Oncorhynchus mykiss)的样品有11份，占比为14.86%；另外青岛市售三文鱼商品中还含有一定比例的大麻哈鱼(Oncorhynchus keta)和银大麻哈鱼(Oncorhynchus kisutch)，共占比为1.35%。虽然调查数据显示青岛市场流通的三文鱼商品以大西洋鲑为主，但核对商品标识与实际物种信息发现，14.86%的三文鱼外包装标识商品名称与检测结果不一致，且有四成多的三文鱼商品未标注产地信息。可见，三文鱼水产品仍存在一定的掺杂使假风险和食品安全风险，这一国际公认的高端水产品的市场监管还有待于加强，建议相关部门应尽快制定产品标准和检测标准，确保三文鱼水产品质量安全可溯源。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
张程飞 于文涛 李敏 张慧 邢冬昊 陈清西 沈建国
以进口荷兰黄水仙、多花水仙和中国水仙为研究对象,进行DNA提取、PCR扩增和数据分析,来评估mat K基因、rbc L基因、trn H-psb A片段和ITS片段4个候选DNA条形码的鉴定能力.建树法分析结果显示:叶绿体基因片段具有鉴定黄水仙品种的能力,但中国水仙与黄水仙聚为一支;核基因片段ITS序列可以准确区分出中国水仙和黄水仙,但在区分黄水仙品种时支持率较低;4种基因片段的组合条形码具有较强的鉴定能力,能准确鉴定出中国水仙和黄水仙,也能识别出不同黄水仙品种间的亲缘关系.距离分析法的结果显示,ITS+mat K、ITS+trn H-psb A、ITS+rbc L和ITS+mat K+trn H-psb A+rbc L 4种组合条形码鉴定的成功率较高,适用于黄水仙品种的鉴定.
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
吴志刚 李文欣 赵紫华 伍祎 张涛 曹阳 李福君 李志红
为一步提升我国储粮害虫快速、准确鉴定能力,采用微软产品技术解决方案,应用SQL SERVER 2008数据库和C#编程语言,研制了中国储粮害虫DNA条形码鉴定系统(Grain Pests DNA Barcode Identification System,GPDBIS)。GPDBIS收集了我国将近40种储粮昆虫及仓储螨类的基础信息和mtDNACOⅠ条形码信息,提供了基于DNA条形码的相似度比对鉴定功能和系统发育树分析鉴定功能、基础信息查询及管理功能。GPDBIS初步应用效果显示,该系统界面友好、功能稳定,
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张楠 吴娜 郭华阳 朱克诚 刘永 李纯厚 杨静文 江世贵 张殿昌
以江门沿岸海域夏季采集到的鱼卵研究对象,利用DNA条形码技术分析鉴定鱼卵种类。本研究获得鱼卵个体有效线粒体COI序列信息217个,测序成功率为68.5%。经BOLD数据库比对分析,成功鉴定鱼卵5目14科19属20种(未知种2种);种内遗传距离为0~0.006,平均遗传距离为0.002,种间遗传距离为0.149~0.325,平均遗传距离为0.255,种间遗传距离为种内遗传的128倍;鱼卵样品以鲈形目数量最多,占51.8%;鲱形目次之,占24.8%;其中鱼卵优势种为黄斑鲾(Photopectoralis bindus)、日本鳀(Engraulis japonicus)、大甲鲹(Megalaspis cordyla)、粗鳞鮻(Chelon subviridis)、金钱鱼(Scatophagus argus)、龙头鱼(Harpadon nehereus)、亚洲(Sillago asiatica)。本次调查川山群岛东部海域获得鱼卵数量、鱼卵种类数均最多,是江门沿岸海域日本鳀、龙头鱼的主要产卵场;黄茅海、镇海湾西部水域均未获得鱼卵,可能与水域环境变化及陆源污染导致产卵环境破坏、亲体量减少有关。该研究结果揭示了江门沿岸海域夏季鱼卵分布格局,为其制定有效的产卵场保护措施提供依据,同时表明DNA条形码技术能有效地对鱼卵进行种类鉴定,可被广泛地应用于我国沿海海域鱼卵鉴定工作。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
律迎春 左涛 唐庆娟 段高飞 王春霞 李晋 徐洁 薛长湖
为研究线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(Mitochondrial cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因作为DNA条形码鉴定海参品种的可行性,本实验采集了7种海参(Holothuroidea)43个个体并获得其线粒体COⅠ基因序列,利用DNAstar、DNAMAN和MEGA 4.1软件分析计算了7种海参的碱基组成以及不同海参之间的种间遗传距离和种内遗传距离,利用邻接法和最大简约法分别构建了分子系统树。结果表明,海参的种间遗传距离显著大于种内遗传距离,不同海参在系统树中分别形成各自独立的分支,表明以COⅠ作为海参DNA条形码进行品种鉴定具有一定的可行性。在建立海参...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
周建设 张驰 刘海平 马波 王万良 曾本和 牟振波
为确定DNA条形码技术在西藏水系裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)物种鉴定中的可行性,利用西藏水系所采集260尾裂腹鱼亚科样本,测定其线粒体细胞色素C氧化酶亚基1(COI)基因片段序列,计算遗传距离,构建系统发育树,并与GenBank中相关序列进行比对。260个样本经检测均获得有效COI基因扩增片段,COI基因碱基组成偏倚明显,A+T含量为54.74%,显著高于G+C含量(45.26%)。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,遗传距离阈值设置为0.02时,260个样本可被鉴定到种的为249尾样本,11尾由于样本量少,数据库中存在多个命名,只鉴定到属,其中与形态学鉴定一致的179尾样本,一致率为68.8%,裂腹鱼亚科裸鲤属(Gymnocypris)不能通过COI基因鉴定到种,拉萨裂腹鱼(Schizothoracinae)、异齿裂腹鱼(S.schizothorax o?connori)、巨须裂腹鱼(S.macropogon)3个种之间的遗传距离阈值以0.02不能有效鉴别,而遗传距离阈值以0.01作为这3个种的鉴定标准,可达到有效鉴别的目的。基于邻接法构建系统发育树,裂腹鱼亚科鱼类形成一个支持率较高的单系群,Bootstrap检验支持率为99%,系统进化树聚类方式与以遗传距离值为标准的鉴定结果一致,很好地反映了水系物种间的地理和历史联系。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李昂 李明晖 王焕 柳淑芳 庄志猛
为了对沙带鱼（Lepturacanthus savala）进行有效的分类鉴定，明确目前黄海海域是否存在沙带鱼的自然分布，本研究在形态学描述与测量的基础上，利用DNA条形码技术对沙带鱼及其近缘种进行了分析。共采集了来自黄海、东海（台湾海峡）及南海（北部湾）的疑似沙带鱼样品16尾及其近缘种样品1尾，测定并获取DNA条形码序列17条。结合已报道的带鱼科8种鱼类的18条DNA条形码序列对全部样品进行了物种鉴定，运用Kimura 2-parameter（K2P）模型构建了其系统进化关系。研究结果显示：全部疑似沙带鱼样品的DNA条形码序列均与GenBank中沙带鱼（L. savala）的对应序列具有最高的相似性；沙带鱼的种内遗传距离远小于其与同属罗氏沙带鱼（Lepturacanthus roelandti）的种间遗传距离；在系统发育树中，全部的疑似沙带鱼均与已发表的沙带鱼DNA条形码序列聚为一支。研究结果表明，DNA条形码技术可弥补形态学方法在沙带鱼及其近缘种鉴定中的不足，实现沙带鱼的有效鉴定；与此同时，本研究进一步证实了沙带鱼在黄海的存在，为黄海沙带鱼资源的保护和可持续利用提供了科学依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郝豆豆 张勇群 雷鸣 拉多
【目的】基于ITS2条形码技术鉴定藏药材苞叶雪莲,以保证药材质量,确保用药安全。【方法】对采自西藏林芝的苞叶雪莲进行DNA提取,PCR扩增得到ITS序列并测序;所有样品的ITS2序列采用基于隐马尔可夫模型(HMM)的注释方法获得,使用MAGE6.0进行多重序列比对,并构建进化树,同时预测苞叶雪莲ITS2序列的二级结构。【结果】苞叶雪莲及其近缘物种的ITS2序列间存在明显差异,基于ITS2序列的NJ树及ITS2二级结构能将苞叶雪莲及其近缘物种区分开。【结论】ITS2序列可以有效的鉴别苞叶雪莲及其近缘物种,可以为苞叶雪莲的安全用药及合理开发利用提供依据。
关键词：
苞叶雪莲 ITS2 DNA条形码
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李旦 周安佩 张德国 高健 何承忠 李永和
利用AFLP分子标记和DNA条形码技术,对采自贵州省兴仁县和贵州省安顺市的刺梨、无籽刺梨和光枝无籽刺梨共19份样本材料进行鉴定。结果表明:AFLP标记分析19个样本间的遗传相似系数在0.719 0 0.997 2之间,平均相似系数为0.936 5。采用UPGMA法进行聚类分析,将19个样本聚类为2组,刺梨为单独1组,其他18份样本为1组。DNA条形码分析结果显示ITS无变异位点,将4种叶绿体序列片段(psb A-trn H、atp F-atp H、psb I-psb K、trn L-F)合并后以联合序列作为数据分析的基础,19份样本的平均误差为0.000 6,除刺梨外,其他18份样本之间的遗传...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
席晓晴 鲍宝龙 章守宇
DNA条形码技术是利用一段较短的DNA序列实现快速准确物种鉴定的工具,已成为近年来生物类群的研究热点,并逐步被引进到各个领域。在海洋生物群落生态学中,DNA条形码已被用于海洋生物系统分类、分子遗传多样性、种间亲缘关系、系统进化关系等研究;国外已有学者将其应用到海洋生物食性分析的研究中,国内相关文章较少。本文介绍了DNA条形码的由来、发展以及相关原理和基本实验步骤,并阐述了其优点以及局限性,分析了其在肉食性鱼类胃含物不可辨认种类鉴定中的应用价值,并展望其在未来分类学发展中的应用前景。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王利华 罗相忠 王丹 李伟 李忠 邹桂伟 梁宏伟
为探究线粒体CO I和Cytb基因作为DNA条形码在鲌属鱼类鉴定中的可行性,分别扩增达氏鲌(Culter dabryi)、海南鲌(C. recurviceps)、尖头鲌(C. oxycephalus)、蒙古鲌(C. mongolicus)、拟尖头鲌(C. oxycephaloides)和翘嘴鲌(C. alburnus)六种鲌属鱼类线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome C oxidase subunit I,CO I)和细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)的基因片段,并对六种鲌属鱼类同源序列的碱基组成、种内与种间遗传距离以及系统进化分别进行分析。结果表明:长度为645 bp的COI基因片段中,A、T、G、C 4种碱基平均含量分别为25.65%、28.18%、18.33%和27.84%;长度为970 bp的Cytb序列片段中,A、T、G、C碱基平均含量分别为27.97%、27.93%、14.53%和29.57%。基于CO I基因序列的种间平均遗传距离为3.54%,种内平均遗传距离为0.17%,种间遗传距离为种内遗传距离的20.82倍;基于Cytb基因序列的种间平均遗传距离为5.92%,种内平均遗传距离为0.18%,种间遗传距离为种内遗传距离的32.89倍。基于COI基因的系统进化关系显示除尖头鲌与拟尖头鲌外,其余4种鲌均形成独立分支,而基于Cytb基因的系统发育关系显示六种鲌属均能独立形成分支,鲌属六种鱼能够进行有效区分,将CO I和Cytb作为DNA条形码进行鲌属鱼类的物种鉴定是可行的,联合使用可以获得更好的鉴定效果。
[期刊] 华北农学报
[作者]
魏亚东 容万韬 赵立荣 王金成 黄国明 郭京泽 孙建华
以穿刺短体线虫、咖啡短体线虫、伤残短体线虫、斯克里布纳短体线虫和落选短体线虫5种短体线虫的18个种群为试验材料,将其测序获得的ITS序列与GenBank中已提交的短体线虫序列进行了Blast比对和系统发育分析,以验证核糖体ITS序列作为DNA条形码的可行性。结果显示,核糖体ITS序列作为DNA条形码可以很好的用于鉴别以上5种短体线虫。
关键词：
短体线虫 ITS 系统发育 DNA条形码
[期刊] 西南农业学报
[作者]
高娅蓉 熊康宁 袁周伟 苑晓伟 谭超 陈晓晓 宋月华
【目的】为更进一步研究小叶蝉亚科昆虫分子鉴定技术提供理论依据和实践基础。【方法】以小叶蝉亚科:叉脉叶蝉族Dikraneurini、小叶蝉族Typhlocybini、小绿叶蝉族Empoascini、斑叶蝉族Erythroneurini、眼小叶蝉族Alebrini昆虫为研究对象,选取其中22种叶蝉测定分析线粒体COI基因646 bp碱基序列,运用Kimura 2-parameter模型分析叶蝉物种间的遗传距离,探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因片段作为DNA条形码准确鉴定小叶蝉亚科昆虫种类的可行性。【结果】变异位点512个,保守位点134个,简约信息位点415个,自裔位点97个。所有位点中A、G、C和T碱基含量分别为27.6%、15.5%、15.3%和41.6%;A+T含量较高,为69.2%,明显高于G+C含量,A+T碱基偏嗜,符合昆虫线粒体基因碱基组成的基本特征。该段序列没有饱和,可以得到准确的进化分析。同物种间和不同物种间的遗传距离分别为0.025～0.044和0.024～0.291,平均为0.358。基于COI基因序列应用邻接法构建系统发育树(NJ树)显示,同一物种聚为同一小支,分支自展值均为100%:近缘种能聚集在一起,且置信度很高(≥97%)。【结论】昆虫COI序列能够区分不同物种,COI基因片段的DNA条形码进行小叶蝉亚科昆虫分类鉴定具有可行性。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘娟 胡冬南 周增亮 刘爽 万松泽
DNA条形码是利用生物体内普遍存在的一个或几个、较短的且标准化的基因片段作为通用片段,通过碱基序列差异来实现物种水平准确鉴定的工具。相对于传统的分类学,DNA条形码技术具有不依赖形态特征和发育阶段、鉴定数字化、快速准确、操作简单规范等优势。已成功应用在生物多样性监控、海关、中药材真伪鉴定、法医鉴定、动植物检疫、生物入侵、食品和药物市场监督等诸多领域。经过15年时间发展,DNA条形码研究已基本确定针对不同生物类群使用不同的通用片段,同时构建了标准的全球生命条形码数字化数据库。目前DNA条形码研究主要集中在如何提高近缘类群物种分辨率和构建区域条形码数据库两个方向。在林业科学研究中,DNA条形码在木材识别、森林群落生态和生物多样性监控与评估等领域发展迅猛,但同时也面临一些问题,如木材DNA降解、整条片段的扩增等,需要在条形码片段选择、数据库构建、数据库与高通量测序技术结合、分析方法改进等进一步深入研究。未来DNA条形码将在林业资源评价、保护和可持续利用等方向具有广阔的应用前景。
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