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[期刊] 中国水产科学
[作者]
李献儒 柳淑芳 李达 杜腾飞 庄志猛
采用PCR特异性扩增获得中国近海鲱形目(Clupeiformes)2科6属7种的48条线粒体COI基因序列,结合从Gen Bank筛选出的4科40属83种的COI基因序列225条,对鲱形目鱼类的COI条形码基因特征、种内与种间遗传距离及其分子系统进化关系进行了分析,探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性。结果表明,4科41属90种273条COI基因序列的平均碱基组成为T:28.3%、C:28.3%、A:24.2%、G:19.2%,碱基组成表现出明显偏倚性。鲱形目鱼类种间的平均遗传距离为0.131,种内平均遗传距离为0.003,种间距离为种内距离的41倍;系统学分析结果显示,9...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王开杰 徐永江 柳学周 崔爱君 姜燕 王滨 方璐
为了探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ、Ⅱ (CO Ⅰ、CO Ⅱ)和16S rRNA基因在鰤属鱼类物种鉴定和群体划分中的适用性,在黄条鰤(Seriola lalandi)、髙体鰤(Seriola dumerili)、五条鰤(Seriola quinqueradiata)等鰤属鱼类中克隆了3种基因,并进行序列比对与系统进化分析。结果显示, CO Ⅰ、CO Ⅱ和16S rRNA的基因序列均表现出明显的A+T偏倚性; 16S rRNA序列最为保守,变异率仅为5.06%; CO Ⅰ序列的平均核苷酸差异数(k)和核酸多样性指数(Pi)高于CO Ⅱ和16S rRNA, CO Ⅱ的单倍型多样性指数最高, CO Ⅰ序列分化程度更高。比较了鰤属鱼类3种基因的扩增序列,发现CO Ⅰ、CO Ⅱ和16S rRNA均能对我国分布的3种鰤属鱼类进行有效鉴别。另外, CO Ⅰ、CO Ⅱ还可作为不同地理群体黄条鰤的鉴别DNA条形码,而16S rRNA对于不同地理群体的黄条鰤辨识能力不足。在鰤属鱼类中,基于CO Ⅰ、CO Ⅱ、16S rRNA基因计算的种间遗传距离都大于种内遗传距离的10倍以上,系统进化分析显示每个物种都形成单系,表明CO Ⅰ、CO Ⅱ、16S rRNA基因不仅可作为鰤属鱼类物种鉴定和多样性保护的有效DNA条形码, CO Ⅰ、CO Ⅱ还可作为黄条鰤不同地理种群划分和国际资源判别的依据。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王利华 罗相忠 王丹 李伟 李忠 邹桂伟 梁宏伟
为探究线粒体CO I和Cytb基因作为DNA条形码在鲌属鱼类鉴定中的可行性,分别扩增达氏鲌(Culter dabryi)、海南鲌(C. recurviceps)、尖头鲌(C. oxycephalus)、蒙古鲌(C. mongolicus)、拟尖头鲌(C. oxycephaloides)和翘嘴鲌(C. alburnus)六种鲌属鱼类线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome C oxidase subunit I,CO I)和细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)的基因片段,并对六种鲌属鱼类同源序列的碱基组成、种内与种间遗传距离以及系统进化分别进行分析。结果表明:长度为645 bp的COI基因片段中,A、T、G、C 4种碱基平均含量分别为25.65%、28.18%、18.33%和27.84%;长度为970 bp的Cytb序列片段中,A、T、G、C碱基平均含量分别为27.97%、27.93%、14.53%和29.57%。基于CO I基因序列的种间平均遗传距离为3.54%,种内平均遗传距离为0.17%,种间遗传距离为种内遗传距离的20.82倍;基于Cytb基因序列的种间平均遗传距离为5.92%,种内平均遗传距离为0.18%,种间遗传距离为种内遗传距离的32.89倍。基于COI基因的系统进化关系显示除尖头鲌与拟尖头鲌外,其余4种鲌均形成独立分支,而基于Cytb基因的系统发育关系显示六种鲌属均能独立形成分支,鲌属六种鱼能够进行有效区分,将CO I和Cytb作为DNA条形码进行鲌属鱼类的物种鉴定是可行的,联合使用可以获得更好的鉴定效果。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
席晓晴 鲍宝龙 章守宇
DNA条形码技术是利用一段较短的DNA序列实现快速准确物种鉴定的工具,已成为近年来生物类群的研究热点,并逐步被引进到各个领域。在海洋生物群落生态学中,DNA条形码已被用于海洋生物系统分类、分子遗传多样性、种间亲缘关系、系统进化关系等研究;国外已有学者将其应用到海洋生物食性分析的研究中,国内相关文章较少。本文介绍了DNA条形码的由来、发展以及相关原理和基本实验步骤,并阐述了其优点以及局限性,分析了其在肉食性鱼类胃含物不可辨认种类鉴定中的应用价值,并展望其在未来分类学发展中的应用前景。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
柳淑芳 李献儒 杨钰 杨善军 庄志猛
为建立鲉形目内各物种的快速鉴别方法，本研究扩增了我国４７个鲉形目物种并下载了Ｇｅｎ Ｂａｎｋ上收录的鲉形目共计２３科８５属２３３种８７３条细胞色素Ｃ氧化酶Ｉ基因（ＣＯＩ）序列，分析该基因结构特性。结果表明，鲉形目Ｄｎａ条形码基因的碱基变异中，不变位点５０８个，占总位点数的８２．１％；转换位点７０个，颠换位点４１个，分别占总位点数的１１．３％和６．６％；种内遗传距离为０～０．０１９，平均遗传距离为０．００３？０．００３４；属内种间遗传距离为０．００３～０．２５８，平均值为０．０８６？０．０３８；基于２３３个物种的ＣＯＩ序列构建的系统进化树显示，２２７个物种（９７．４％）能聚为独立分支，且具有较高．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
梁宏伟 孟彦 罗相忠 李忠 邹桂伟
为了探讨线粒体COI基因作为DNA条形码在中国鲿科(Bagridae)鱼类物种鉴定中的有效性,以及系统发育中的适用性,本研究对4属11种鲿科鱼类进行PCR扩增,获得48条线粒体COI基因序列,同时从Gen Bank筛选获得8种鲿科鱼类的12条COI基因序列进行分析。19种鲿科鱼类的COI基因序列特征显示:长度为674 bp的COI序列片段平均碱基组成为24.82%A,30.44%T,27.10%C和17.64%G,碱基组成呈现明显的AT偏倚性(55.26%),具有硬骨鱼类的线粒体COI基因的碱基组成的典型特征。核苷酸位点中有变异位点226个,简约信息位点195个,单一信息位点31个,转换颠换比为3.35。19种鲿科鱼类的种内、种间和属间平均遗传距离分别为0.0041、0.1136和0.1268,种间遗传距离平均为种内遗传距离的27.7倍。在本研究中,鲿科鱼类所有的物种均形成单系,在物种鉴别上与形态学分类结果基本一致,然而鲿科的4个属中只有鱯属形成单系,黄颡鱼属、属和拟鲿属均未形成单系,其进化地位需要进一步研究。线粒体COI基因作为条形码可有效对鲿科鱼类进行物种鉴定,也为鲿科的系统发育提供了参考。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
吴彪 赵庆 刘寒苗 刘志鸿 孙秀俊 孙超 周丽青 杨爱国
DNA条形码基因已经广泛应用在海洋贝类的分类鉴定、系统发育进化、种群遗传分析等领域的研究。为进一步研究评估不同DNA条形码基因在海洋贝类鉴定中的作用,本研究利用从Gen Bank数据库随机下载的帘蛤目COI、16S r RNA、18S r RNA和28S r RNA基因序列,通过传统距离法和单系聚类法结合分析,比较了上述DNA条形码基因在鉴定物种及系统发育进化中的鉴定效率,并以本实验室已获得的部分贝类DNA序列进行了验证。结果表明,根据"10倍法则"和"2%"阈值标准,本研究中COI能够鉴定57.1%物种,16S r RNA能够鉴定60.9%,18S r RNA鉴定16.7%,而28S r RNA无法有效鉴定;多数种COI和16S r RNA基因序列的种间遗传距离和种内遗传距离存在"条形码间隙",而18S r RNA和28S r RNA序列的种间和种内的遗传距离存在显著重叠,没有明显"条形码间隙";聚类分析结果表明,基于COI基因序列,87.9%的个体与同种聚为单系,以16S r RNA序列,65.6%的个体与同种聚为单系,未聚成单系的个体则形成姐妹系,未出现不同种聚为单系现象,能够呈现与形态分类基本一致的系统发生关系;但18S r RNA和28S r RNA呈现的聚类关系相对混乱。相对而言,在鉴定帘蛤目物种时,COI和16S r RNA都能够作为条形码基因,且COI有效性更高,18S r RNA和28S r RNA基因由于种内变异较大,不适于作为条码基因。研究结果为科学选用DNA条形码基因进行帘蛤目贝类的鉴定提供了参考资料。
关键词：
DNA条形码 帘蛤目 比较分析 有效性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
沙忠利 王永良 程娇
中国海口足类动物区系具有丰富的物种多样性,是我国海洋底栖生物中的重要经济类群。口足类的属内种间鉴别特征有的极为相似,仅依靠传统的形态分类方法很难对近缘种和疑难种进行准确的鉴定。DNA条形码技术可以弥补传统形态学鉴定的某些局限,为物种鉴定提供了有效的工具。该研究探讨了利用线粒体COI序列对中国海口足类进行物种鉴定的可行性,共获得口足目4总科6科24属38个种的204条线粒体COI序列,与Gen Bank收录的14种42条口足类同源序列进行比对,结果显示口足类COI基因不存在碱基插入缺失现象,碱基组成偏倚明显,A+T含量(63.5%)显著高于G+C含量(36.5%)。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,结果显示遗传距离随着分类阶元的增高而增大。同物种种内个体间的遗传距离变化范围在0%~3.91%,平均值为0.76%。同属内各物种间的遗传距离变化范围为6.55%~18.99%,平均值为12.91%。同科内不同属间的遗传距离变化范围为9.16%~23.32%,平均值为16.89%。不同科间的遗传距离变化范围为16.52%~26.6%,平均值为21.31%。由此可见,口足类COI基因的种间和种内遗传距离存在明显的间隙。基于COI序列构建的口足类邻接关系树显示所有包含大于1个个体的物种均可形成单系群,且节点支持率均为100%。本研究证明了COI序列作为DNA条形码标准基因在口足类物种鉴定中的有效性。此外,研究发现中国沿海分布的口虾蛄可能至少存在两个隐存种,实证了基于COI序列的DNA条形码技术能够用于口虾蛄隐存多样性的探究。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王开杰 徐永江 崔爱君 姜燕 王滨 柳学周 方璐 薛志勇 毛成全
为建立我国(鱼师)属鱼类快速有效的分子鉴别技术，从DNA条形码角度出发，分析了线粒体细胞色素b (Cyt b)、NADH脱氢酶(ND1和ND2)基因在黄条(鱼师) (Seriola aureovittata)、高体(鱼师) (Seriola dumerili)和五条(鱼师) (Seriola quinqueradiata)等(鱼师)属鱼类物种鉴定和系统进化以及地理区域鉴别中的适用性。结果显示，Cyt b基因表现出明显的A+T偏倚性，ND2基因序列突变速率较高，变异率为20.52%，ND2基因(H_(d)=0.900， P_(i)=0.082)的遗传多样性高于ND1 (H_(d)=0.874， P_(i)=0.077)和Cyt b (H_(d)=0.814，P_(i)=0.061)。比较了(鱼师)属鱼类3种基因序列的结构特征，基于ND1和ND2基因计算的(鱼师)属鱼类种间遗传距离都为种内遗传距离的10倍以上，但Cyt b基因对高体(鱼师)和几内亚(鱼师) (Seriola carpenteri)辨识力不足。系统进化分析显示，每个物种都形成单系分支，3个基因均能对我国3种(鱼师)属鱼类进行鉴别，且都可有效区别来自全球3个不同水域的黄条(鱼师)种群。因此，Cyt b、ND1和ND2基因不仅可作为(鱼师)属鱼类物种鉴定的有效DNA条形码，还可作为不同地理种群划分和种质资源科学保护的依据，为我国(鱼师)鱼养殖产业的持续健康发展和种质资源的可持续利用提供技术依据。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵娜 马春艳 宋炜 冯春雷 王鲁民 张凤英 蒋科技 赵宪勇 马凌波
本文采用COI基因兼并引物对15种36个南极鱼类DNA进行扩增测序,并结合Gen Bank已有序列进行联配分析,对南极鱼2科22属43种共97条COI基因片段(539 bp)进行序列比较和系统发生关系研究,探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性与可行性。结果分析表明,43种南极鱼科和鳄冰鱼科的鱼类COI基因的平均碱基组成为T:31.9%、G:18.3%、A:22.2%和C:27.6%,具有明显的碱基偏倚性。南极鱼类的种间平均距离为0.157,种内平均遗传距离为0.002,种间平均遗传距离是种内平均距离的79倍;系统分析结果显示,除南极小带腭鱼(Cryodraco antarcticus)和罗斯海小带腭鱼(Cryodraco atkinsoni)外,其余的鱼类皆能够形成独立的分支,且与形态学分支一致。由此可见,DNA条形码对南极鱼亚目鳄冰鱼科和南极鱼科鱼类能够进行有效的物种鉴定,基于COI基因所建的NJ(neighbor-joining)树对物种分类具有较为准确的辨识力。系统发生关系表明,DNA条形码可以对除南极小带腭鱼(Cryodraco antarcticus)和罗斯海小带腭鱼(Cryodraco atkinsoni)外的南极鱼物种进行鉴定,不仅可以作为形态学的辅助手段为南极鱼分类系统的必要补充和佐证,并且可以用于探讨南极鱼类近缘种的系统发育关系。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
程静 陈玉佩 叶嘉文 陈厚桦 陈震翰 梁日深
为从分子水平分析我国蓑鲉亚科（Pteroninae）鱼类分类关系，本研究通过PCR扩增及测序获得了我国8种蓑鲉亚科鱼类COI基因部分序列，结合GenBank下载的6种蓑鲉，最后共14种40个个体线粒体COI基因序列，利用MEGA X计算了序列信息和遗传距离，利用基于最大似然法和邻接法构建分子系统进化树。结果表明：除盔蓑鲉（Ebosia bleekeri）和安狭蓑鲉（Pteroidichthys amboinensis）只有一个样本外，其余12种蓑鲉亚科鱼类的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的69.17倍，显示COI基因可作为蓑鲉亚科鱼类的有效DNA条形码基因。进化树上，蓑鲉亚科部分属并未能聚成属间单系，其中蓑鲉属（Pterois）与短鳍蓑鮋属（Dendrochirus）在进化树上形成多个分支。在蓑鲉属中，翱翔蓑鲉（Pterois volitans）与斑鳍蓑鲉（Pterois miles）聚为一支，两者关系较近，但COI遗传距离为0.042，大于Hebert推荐的0.020作为最小区分物种的遗传距离，支持两者为独立物种的观点。触须蓑鲉（Pterois antennata）、辐蓑鲉（Pterois radiate）和黑颊蓑鲉（Pteois mombasae）聚为一支，独立于翱翔蓑鲉与斑鳍蓑鲉的分支之外，并与短鳍蓑鮋属（Dendrochirus）的花斑短鳍蓑鮋(Dendrochirus zebra)以及盔蓑鲉属Ebosia的种类聚在一起，与近期有关蓑鲉亚科各种属分子聚类研究结果相似。但这三种蓑鲉是否可以从蓑鲉属中独立出来归为Pteropterus属，还需要后续更多的蓑鲉亚科鱼类样品共同研究验证。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
周建设 张驰 刘海平 马波 王万良 曾本和 牟振波
为确定DNA条形码技术在西藏水系裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)物种鉴定中的可行性,利用西藏水系所采集260尾裂腹鱼亚科样本,测定其线粒体细胞色素C氧化酶亚基1(COI)基因片段序列,计算遗传距离,构建系统发育树,并与GenBank中相关序列进行比对。260个样本经检测均获得有效COI基因扩增片段,COI基因碱基组成偏倚明显,A+T含量为54.74%,显著高于G+C含量(45.26%)。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,遗传距离阈值设置为0.02时,260个样本可被鉴定到种的为249尾样本,11尾由于样本量少,数据库中存在多个命名,只鉴定到属,其中与形态学鉴定一致的179尾样本,一致率为68.8%,裂腹鱼亚科裸鲤属(Gymnocypris)不能通过COI基因鉴定到种,拉萨裂腹鱼(Schizothoracinae)、异齿裂腹鱼(S.schizothorax o?connori)、巨须裂腹鱼(S.macropogon)3个种之间的遗传距离阈值以0.02不能有效鉴别,而遗传距离阈值以0.01作为这3个种的鉴定标准,可达到有效鉴别的目的。基于邻接法构建系统发育树,裂腹鱼亚科鱼类形成一个支持率较高的单系群,Bootstrap检验支持率为99%,系统进化树聚类方式与以遗传距离值为标准的鉴定结果一致,很好地反映了水系物种间的地理和历史联系。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张望 陈秀开 彭勇 李正高
采集了23种鳅科鱼类89尾个体的线粒体COI基因5端序列,分析了碱基组成以及不同鳅科鱼类之间的种间遗传距离和种内遗传距离。结果显示,鳅科鱼类的种间遗传距离显著大于种内遗传距离,表明以COI作为鳅科鱼类DNA条形码进行品种鉴定具有一定的可行性。在建立鳅科鱼类DNA条形码的基础上,设计了主要物种泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)和大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)特异性引物,结果显示,该引物具有较高的特异性和灵敏度,能够实现对泥鳅、大鳞副泥鳅及其混合样品的物种鉴定。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨龙 李昂 李步苏 王焕 柳淑芳 庄志猛
为了验证DNA条形码在鲹科鱼类物种鉴定和系统分类中的适用性，本研究自测6属7种17条序列，同时筛选了BOLD数据库中的有效序列，共获得25属95种273条鲹科鱼类DNA条形码序列，通过BLAST比对、遗传距离和系统关系树，构建了鲹科鱼类的DNA条形码分类系统。结果表明：(1)鲹科鱼类属间、种间、属内种间和种内三级分类单元遗传距离的平均水平分别为0.186、0.169、0.090和0.008，种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的21倍，可见DNA条形码适用于鲹科鱼类分类鉴定；(2)运用DNA条形码技术可以识别出形态鉴定有误的物种，表明DNA条形码可以弥补传统形态学鉴定的局限性，可对鲹科鱼类形态学分类结果进行精准修正；(3)鲹科鱼类DNA条形码分析表明，BOLD数据库中仍存在一定的“同种异名”和“异种同名”现象，建议使用该数据库信息时应严格评估信息的准确性；(4)鲹科鱼类系统发生关系研究对物种的分类地位提出了新的见解，即拟鲳鲹(Parona signata)和镰鳍波线鲹(Lichia amia)亲缘关系较近，支持将二者均归为鲳鲹亚科。本研究丰富了鲹科鱼类DNA条形码数据，完善了鲹科DNA条形码分类系统，为鲹科鱼类物种鉴定和系统分类提供了分子证据。
关键词：
鲹科 DNA条形码 分类鉴定 系统关系
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵庆 吴彪 刘志鸿 刘寒苗 孙秀俊 周丽青 张高伟 杨爱国
DNA条形码旨在通过PCR技术获得一段DNA序列,在物种水平上对现存生物类群和未知生物材料进行识别和鉴定。线粒体细胞色素C氧化酶I(COI)基因是常用DNA条形码基因之一,为研究COI基因作为DNA条形码在贝类系统进化中的评估效果,本文利用PCR技术扩增获得了60个贝类物种的353条COI基因序列,通过聚类法构建了neighbor-joining(NJ)进化树,同时还对7个物种不同地理群体的遗传进化情况进行了分析。结果表明,选用的COI基因引物在大多数贝类中通用性较强,除在珍珠贝目中的扩增效率只有10%以外,在整个研究中扩增效率达到82.7%;60个物种中除太平洋潜泥蛤(Panopea abrupta)、沼蛤(Limnoperna fortunei)和魁蚶(Scapharca broughtoni)等8个物种在进化树中的进化地位与传统系统分类具有一定差别外,其他物种的聚类关系与传统分类基本一致;对7个物种、共26个地理群体的聚类分析发现,COI基因基本能对同一物种的不同地理群体进行聚类,只有极个别群体或群体中的某个个体存在聚类混乱现象。综上所述,COI基因在一定程度上适用于贝类物种鉴别和系统发育研究,丰富了COI基因在物种鉴别应用中的科学数据。
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