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[期刊] 淡水渔业
[作者]
周建设 张驰 刘海平 马波 王万良 曾本和 牟振波
为确定DNA条形码技术在西藏水系裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)物种鉴定中的可行性,利用西藏水系所采集260尾裂腹鱼亚科样本,测定其线粒体细胞色素C氧化酶亚基1(COI)基因片段序列,计算遗传距离,构建系统发育树,并与GenBank中相关序列进行比对。260个样本经检测均获得有效COI基因扩增片段,COI基因碱基组成偏倚明显,A+T含量为54.74%,显著高于G+C含量(45.26%)。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,遗传距离阈值设置为0.02时,260个样本可被鉴定到种的为249尾样本,11尾由于样本量少,数据库中存在多个命名,只鉴定到属,其中与形态学鉴定一致的179尾样本,一致率为68.8%,裂腹鱼亚科裸鲤属(Gymnocypris)不能通过COI基因鉴定到种,拉萨裂腹鱼(Schizothoracinae)、异齿裂腹鱼(S.schizothorax o?connori)、巨须裂腹鱼(S.macropogon)3个种之间的遗传距离阈值以0.02不能有效鉴别,而遗传距离阈值以0.01作为这3个种的鉴定标准,可达到有效鉴别的目的。基于邻接法构建系统发育树,裂腹鱼亚科鱼类形成一个支持率较高的单系群,Bootstrap检验支持率为99%,系统进化树聚类方式与以遗传距离值为标准的鉴定结果一致,很好地反映了水系物种间的地理和历史联系。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
程静 陈玉佩 叶嘉文 陈厚桦 陈震翰 梁日深
为从分子水平分析我国蓑鲉亚科（Pteroninae）鱼类分类关系，本研究通过PCR扩增及测序获得了我国8种蓑鲉亚科鱼类COI基因部分序列，结合GenBank下载的6种蓑鲉，最后共14种40个个体线粒体COI基因序列，利用MEGA X计算了序列信息和遗传距离，利用基于最大似然法和邻接法构建分子系统进化树。结果表明：除盔蓑鲉（Ebosia bleekeri）和安狭蓑鲉（Pteroidichthys amboinensis）只有一个样本外，其余12种蓑鲉亚科鱼类的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的69.17倍，显示COI基因可作为蓑鲉亚科鱼类的有效DNA条形码基因。进化树上，蓑鲉亚科部分属并未能聚成属间单系，其中蓑鲉属（Pterois）与短鳍蓑鮋属（Dendrochirus）在进化树上形成多个分支。在蓑鲉属中，翱翔蓑鲉（Pterois volitans）与斑鳍蓑鲉（Pterois miles）聚为一支，两者关系较近，但COI遗传距离为0.042，大于Hebert推荐的0.020作为最小区分物种的遗传距离，支持两者为独立物种的观点。触须蓑鲉（Pterois antennata）、辐蓑鲉（Pterois radiate）和黑颊蓑鲉（Pteois mombasae）聚为一支，独立于翱翔蓑鲉与斑鳍蓑鲉的分支之外，并与短鳍蓑鮋属（Dendrochirus）的花斑短鳍蓑鮋(Dendrochirus zebra)以及盔蓑鲉属Ebosia的种类聚在一起，与近期有关蓑鲉亚科各种属分子聚类研究结果相似。但这三种蓑鲉是否可以从蓑鲉属中独立出来归为Pteropterus属，还需要后续更多的蓑鲉亚科鱼类样品共同研究验证。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨龙 李昂 李步苏 王焕 柳淑芳 庄志猛
为了验证DNA条形码在鲹科鱼类物种鉴定和系统分类中的适用性，本研究自测6属7种17条序列，同时筛选了BOLD数据库中的有效序列，共获得25属95种273条鲹科鱼类DNA条形码序列，通过BLAST比对、遗传距离和系统关系树，构建了鲹科鱼类的DNA条形码分类系统。结果表明：(1)鲹科鱼类属间、种间、属内种间和种内三级分类单元遗传距离的平均水平分别为0.186、0.169、0.090和0.008，种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的21倍，可见DNA条形码适用于鲹科鱼类分类鉴定；(2)运用DNA条形码技术可以识别出形态鉴定有误的物种，表明DNA条形码可以弥补传统形态学鉴定的局限性，可对鲹科鱼类形态学分类结果进行精准修正；(3)鲹科鱼类DNA条形码分析表明，BOLD数据库中仍存在一定的“同种异名”和“异种同名”现象，建议使用该数据库信息时应严格评估信息的准确性；(4)鲹科鱼类系统发生关系研究对物种的分类地位提出了新的见解，即拟鲳鲹(Parona signata)和镰鳍波线鲹(Lichia amia)亲缘关系较近，支持将二者均归为鲳鲹亚科。本研究丰富了鲹科鱼类DNA条形码数据，完善了鲹科DNA条形码分类系统，为鲹科鱼类物种鉴定和系统分类提供了分子证据。
关键词：
鲹科 DNA条形码 分类鉴定 系统关系
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
席晓晴 鲍宝龙 章守宇
DNA条形码技术是利用一段较短的DNA序列实现快速准确物种鉴定的工具,已成为近年来生物类群的研究热点,并逐步被引进到各个领域。在海洋生物群落生态学中,DNA条形码已被用于海洋生物系统分类、分子遗传多样性、种间亲缘关系、系统进化关系等研究;国外已有学者将其应用到海洋生物食性分析的研究中,国内相关文章较少。本文介绍了DNA条形码的由来、发展以及相关原理和基本实验步骤,并阐述了其优点以及局限性,分析了其在肉食性鱼类胃含物不可辨认种类鉴定中的应用价值,并展望其在未来分类学发展中的应用前景。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王利华 罗相忠 王丹 李伟 李忠 邹桂伟 梁宏伟
为探究线粒体CO I和Cytb基因作为DNA条形码在鲌属鱼类鉴定中的可行性,分别扩增达氏鲌(Culter dabryi)、海南鲌(C. recurviceps)、尖头鲌(C. oxycephalus)、蒙古鲌(C. mongolicus)、拟尖头鲌(C. oxycephaloides)和翘嘴鲌(C. alburnus)六种鲌属鱼类线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome C oxidase subunit I,CO I)和细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)的基因片段,并对六种鲌属鱼类同源序列的碱基组成、种内与种间遗传距离以及系统进化分别进行分析。结果表明:长度为645 bp的COI基因片段中,A、T、G、C 4种碱基平均含量分别为25.65%、28.18%、18.33%和27.84%;长度为970 bp的Cytb序列片段中,A、T、G、C碱基平均含量分别为27.97%、27.93%、14.53%和29.57%。基于CO I基因序列的种间平均遗传距离为3.54%,种内平均遗传距离为0.17%,种间遗传距离为种内遗传距离的20.82倍;基于Cytb基因序列的种间平均遗传距离为5.92%,种内平均遗传距离为0.18%,种间遗传距离为种内遗传距离的32.89倍。基于COI基因的系统进化关系显示除尖头鲌与拟尖头鲌外,其余4种鲌均形成独立分支,而基于Cytb基因的系统发育关系显示六种鲌属均能独立形成分支,鲌属六种鱼能够进行有效区分,将CO I和Cytb作为DNA条形码进行鲌属鱼类的物种鉴定是可行的,联合使用可以获得更好的鉴定效果。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
黄镇宇 章群 卢丽锋 周琪 唐楚林
为探讨中国鲻科鱼类的分类地位,对采自中国8省27个地点的7种鲻科鱼类226个样本的40项测量数据进行了聚类、主成分与判别函数分析;测定了其中57个样本的标准条形码序列,结合Genbank下载的9种鱼类27条序列,构建基于K2P模型的邻接树,并进行遗传距离的计算和ABGD分析。结果发现,在形态方面,不同物种在主成分及判别函数散点图中重叠部分较大,表明对鲻科鱼类的鉴定不能仅依据单一的量度特征。在分子方面,14种鱼类聚类成12个明显的分支,分支间平均遗传距离17.14%(7.26%23.94%),约为分支内平均
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
柳淑芳 李献儒 李达 庄志猛
本研究将基于线粒体ＣＯＩ部分序列的ＤＮＡ条形码和ＤＮＡ芯片技术相结合，以缇科１１属３０种鱼类为研究对象，在比对分析其ＤＮＡ条形码序列的基础上，利用软件ＯｌＩｇＯ ＡｒｒＡｙ ２．１筛选探针，经ＯｌＩｇＯＣＡｌＣ优化探针，去除易形成发夹（ＨＡＩｒｐＩＮ）、茎环（ＳｔｅｒＮ－ｌＯＯｐ）及自身二聚体结构（ＨＯｍＯＤＩｍｅｒＳ）的探针，再利用ＯｌＩｇＯ ＨｅＡｔ ｍＡｐ对探针与靶标序列进行虚拟杂交，共有１４个物种的２４条探针能与靶标序列特异性结合。利用ＤＮＡ条形码芯片技术能将１４个物种鉴定到种，虽然物种识别能力仅占总物种数的４６．７％，但鉴定准确率可达１００％。因此，基于ＣＯＩ基因的ＤＮＡ芯片技术对缇．．．
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王业磷 章群 邓春兴 徐示 裴丽梅 黄志基 罗纯
为明确中国马■科(Polynemidae)鱼类的分类地位,测定了中国7省10个地点马■科鱼类3属5种33条COI基因5′端序列,结合GenBank下载的5属16种41条同源序列,共分析了6属20种马■科鱼类DNA条形码。结果显示,20种鱼类种间平均遗传距离为19.6%,是种内平均遗传距离0.9%的22倍;其中14种形成了单系分支,支持其物种有效性。四指马■(Eleutheronema tetradactylum)和多鳞四指马■(E.rhadinum)种间遗传距离(16.0%)是种内平均遗传距离(1.2%)的13倍,支持将二者作为2个独立物种的分类处理。多鳞四指马■种内遗传距离(2.3%)大于2%,形成了2个自展数据支持率为99%的分支,分支间遗传距离(4.8%)是分支内平均遗传距离(0.1%)的48倍,表明在中国沿海分布的多鳞四指马■有可能存在2个亚种或隐藏种。黑斑多指马■(Polydactylus sextarius)与马达加斯加多指马■(P.malagasyensis)外部形态极为相似,种间遗传距离仅为1.0%,且在分子系统树上镶嵌混杂为一支,仅根据分子数据结果,推测二者可能为同一物种;但由于没有可检视的标本,也不能排除GenBank序列种名注释中形态鉴定出错的可能。马伦氏多指马■(P.mullani)与七丝指马■(Filimanus heptadactylus)也混为1支,分支内遗传距离仅为0.1%;如果不是GenBank序列种名注释出错,则二者应为同一物种。GenBank序列中来源于北部湾的六丝多指马■(P.sexfilis),则可能是黑斑多指马■的错误鉴定。
关键词：
马■科 DNA条形码 COI基因
[期刊] 海洋渔业
[作者]
周琪 章群 唐楚林 徐示 王业磷
鲾科鱼类因鳞片细小易脱落,鳍棘易折断,且部分物种具有性二态特征,导致传统分类鉴定困难。为明确中国鲾科(Leiognathidae)鱼类的分类地位,测量了小牙鲾(Gazza minuta)、G. sp. A、黄斑鲾(Leiognathusbindus)、短吻鲾(L. brevirostris)、颈斑鲾(L. nuchalis)、短棘鲾(L. equulus)、细纹鲾(L. berbis)、带纹鲾(L.striatus)、坚鲾(L. stercorarius)、仰口鲾(Secutor ruconius) 10种147尾中国鲾科鱼类的28个形态参数,消除异增长效应后进行主成分分析、判别分析以及聚类分析,发现不同物种间表观形态上具有较大的相似性,易造成鉴定错误。测定中国鲾科鱼类10种47尾DNA条形码序列,结合Gen Bank和BOLD下载数据进行联并分析,发现小牙鲾、G. sp. A、黄斑鲾、短吻鲾、颈斑鲾、短棘鲾、细纹鲾、带纹鲾、坚鲾、仰口鲾、曳丝鲾(L. leuciscus)、宽身小牙鲾(G. achlamys) 12种鲾科鱼类105条序列聚类成11个自展数据支持率为100%的分支,分支间平均遗传距离(18. 6%)是分支内(0. 3%)的62倍,支持分支的物种分类地位。短吻鲾和颈带鲾分支间平均遗传距离(8. 1%)是分支内(0. 15%)的54倍,形态与分子均没有重叠,应为2个独立种。牙鲾属G. sp. A与宽身小牙鲾及小牙鲾的种间遗传距离分别是种内遗传距离的35倍和79倍,支持其为独立的物种。另外,发现本研究采集于广东阳江的坚鲾、海南博鳌的带纹鲾和G. sp. A为中国3个新纪录种。
关键词：
鲾科 DNA条形码 形态分类
[期刊] 水产学报
[作者]
易啸 王攀攀 王军 苏永全 毛勇
对虾科包含有26个属,约有200多种对虾,由于同属内的对虾在形态上非常相似,只呈现细微的差别,因此使得只基于形态学对对虾科物种的鉴别非常困难。为确定DNA条形码技术在对虾科物种鉴别的可行性,本研究中,采用线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因研究了32种对虾的核苷酸组成、对虾种间及种内遗传距离,用邻接法构建32种对虾COⅠ基因序列系统发生树。结果显示,对虾COⅠ基因组成偏倚明显,A+T含量(61.5%)显著高于G+C(38.5%)。基于Kimura双参数模型计算,32个物种的种内平均遗传距离为0.00
关键词：
对虾科 DNA条形码 COⅠ基因 鉴别
[期刊] 中国水产科学
[作者]
梁宏伟 孟彦 罗相忠 李忠 邹桂伟
为了探讨线粒体COI基因作为DNA条形码在中国鲿科(Bagridae)鱼类物种鉴定中的有效性,以及系统发育中的适用性,本研究对4属11种鲿科鱼类进行PCR扩增,获得48条线粒体COI基因序列,同时从Gen Bank筛选获得8种鲿科鱼类的12条COI基因序列进行分析。19种鲿科鱼类的COI基因序列特征显示:长度为674 bp的COI序列片段平均碱基组成为24.82%A,30.44%T,27.10%C和17.64%G,碱基组成呈现明显的AT偏倚性(55.26%),具有硬骨鱼类的线粒体COI基因的碱基组成的典型特征。核苷酸位点中有变异位点226个,简约信息位点195个,单一信息位点31个,转换颠换比为3.35。19种鲿科鱼类的种内、种间和属间平均遗传距离分别为0.0041、0.1136和0.1268,种间遗传距离平均为种内遗传距离的27.7倍。在本研究中,鲿科鱼类所有的物种均形成单系,在物种鉴别上与形态学分类结果基本一致,然而鲿科的4个属中只有鱯属形成单系,黄颡鱼属、属和拟鲿属均未形成单系,其进化地位需要进一步研究。线粒体COI基因作为条形码可有效对鲿科鱼类进行物种鉴定,也为鲿科的系统发育提供了参考。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王开杰 徐永江 崔爱君 姜燕 王滨 柳学周 方璐 薛志勇 毛成全
为建立我国(鱼师)属鱼类快速有效的分子鉴别技术，从DNA条形码角度出发，分析了线粒体细胞色素b (Cyt b)、NADH脱氢酶(ND1和ND2)基因在黄条(鱼师) (Seriola aureovittata)、高体(鱼师) (Seriola dumerili)和五条(鱼师) (Seriola quinqueradiata)等(鱼师)属鱼类物种鉴定和系统进化以及地理区域鉴别中的适用性。结果显示，Cyt b基因表现出明显的A+T偏倚性，ND2基因序列突变速率较高，变异率为20.52%，ND2基因(H_(d)=0.900， P_(i)=0.082)的遗传多样性高于ND1 (H_(d)=0.874， P_(i)=0.077)和Cyt b (H_(d)=0.814，P_(i)=0.061)。比较了(鱼师)属鱼类3种基因序列的结构特征，基于ND1和ND2基因计算的(鱼师)属鱼类种间遗传距离都为种内遗传距离的10倍以上，但Cyt b基因对高体(鱼师)和几内亚(鱼师) (Seriola carpenteri)辨识力不足。系统进化分析显示，每个物种都形成单系分支，3个基因均能对我国3种(鱼师)属鱼类进行鉴别，且都可有效区别来自全球3个不同水域的黄条(鱼师)种群。因此，Cyt b、ND1和ND2基因不仅可作为(鱼师)属鱼类物种鉴定的有效DNA条形码，还可作为不同地理种群划分和种质资源科学保护的依据，为我国(鱼师)鱼养殖产业的持续健康发展和种质资源的可持续利用提供技术依据。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李献儒 柳淑芳 李达 杜腾飞 庄志猛
采用PCR特异性扩增获得中国近海鲱形目(Clupeiformes)2科6属7种的48条线粒体COI基因序列,结合从Gen Bank筛选出的4科40属83种的COI基因序列225条,对鲱形目鱼类的COI条形码基因特征、种内与种间遗传距离及其分子系统进化关系进行了分析,探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性。结果表明,4科41属90种273条COI基因序列的平均碱基组成为T:28.3%、C:28.3%、A:24.2%、G:19.2%,碱基组成表现出明显偏倚性。鲱形目鱼类种间的平均遗传距离为0.131,种内平均遗传距离为0.003,种间距离为种内距离的41倍;系统学分析结果显示,9...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王开杰 徐永江 柳学周 崔爱君 姜燕 王滨 方璐
为了探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ、Ⅱ (CO Ⅰ、CO Ⅱ)和16S rRNA基因在鰤属鱼类物种鉴定和群体划分中的适用性,在黄条鰤(Seriola lalandi)、髙体鰤(Seriola dumerili)、五条鰤(Seriola quinqueradiata)等鰤属鱼类中克隆了3种基因,并进行序列比对与系统进化分析。结果显示, CO Ⅰ、CO Ⅱ和16S rRNA的基因序列均表现出明显的A+T偏倚性; 16S rRNA序列最为保守,变异率仅为5.06%; CO Ⅰ序列的平均核苷酸差异数(k)和核酸多样性指数(Pi)高于CO Ⅱ和16S rRNA, CO Ⅱ的单倍型多样性指数最高, CO Ⅰ序列分化程度更高。比较了鰤属鱼类3种基因的扩增序列,发现CO Ⅰ、CO Ⅱ和16S rRNA均能对我国分布的3种鰤属鱼类进行有效鉴别。另外, CO Ⅰ、CO Ⅱ还可作为不同地理群体黄条鰤的鉴别DNA条形码,而16S rRNA对于不同地理群体的黄条鰤辨识能力不足。在鰤属鱼类中,基于CO Ⅰ、CO Ⅱ、16S rRNA基因计算的种间遗传距离都大于种内遗传距离的10倍以上,系统进化分析显示每个物种都形成单系,表明CO Ⅰ、CO Ⅱ、16S rRNA基因不仅可作为鰤属鱼类物种鉴定和多样性保护的有效DNA条形码, CO Ⅰ、CO Ⅱ还可作为黄条鰤不同地理种群划分和国际资源判别的依据。
[期刊] 水产学报
[作者]
席晓晴 鲍宝龙 章守宇
采用分子生物学手段与传统观测手段相结合的方法,对2014年夏季在马鞍列岛海域捕获的201尾皮氏叫姑鱼进行了胃含物分析。解剖后发现其空胃率较高,传统的观测方法仅获得口虾蛄、日本鼓虾、沙蚕、日本蟳幼体4种胃含物,所获得的胃含物中存在大量不可辨认的虾类、蟹类。针对不可辨认的食物糜提取组织DNA,选用线粒体基因细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mitochondrial cytochrome oxidase subunitⅠ,COⅠ)作为分子标记,在Gen Bank中进行比对分析,并利用MEGA 6.0构建NJ系统进化树,
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