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[期刊] 中国农业科学
[作者]
高世强 张新建 吴茂森 何晨阳
DNA微阵列技术是近年来发展起来的一种功能基因组学研究技术。随着这项新技术的建立和日趋完善及其在植物病理学研究中的应用,为病原细菌致病机理的研究带来了新思路并开辟了新途径。利用DNA微阵列技术,检测病原细菌在不同生长条件下和在侵染植物过程中的基因转录谱,可以从基因组水平上鉴定出新的与毒性和适应性相关的基因及其表达调控网络,有助于阐明这些基因的生物学功能及其机理。本文结合本实验室近几年来的相关研究结果,综述DNA微阵列技术在病原细菌转录谱研究中应用的最新进展。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王冰林 柳俊 李媛媛 谢从华
应用马铃薯晚疫病水平抗性相关的1 009条表达序列标签(ESTs)所制备的cDNA微阵列和荧光信号Cy3,Cy5杂交系统,通过同一样品RNA的自身比较试验及与不同样品RNA的差异分析试验,对该技术的重复性和可靠性进行了验证分析。结果表明,在自身比较试验中,芯片杂交的假阳性率仅为0.79%,相关系数高达0.981 1;在差异分析试验中,同向标记、正反向标记、同一芯片内2个重复杂交结果的相关系数分别为0.966 0,0.889 5,0.980 2。研究结果证实,cDNA芯片技术具有高度的可靠性,可以鉴定出显著差异表达基因,并构建高质量的基因表达数据库,通过3次生物学重复和2次技术重复试验(采用正、...
关键词：
cDNA微阵列 差异表达基因 可靠性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
韦克苏 程方民 董海涛 张其芳 刘奎刚 曹珍珍
【目的】揭示花后高温条件下水稻灌浆过程中胚乳淀粉和蛋白贮藏物代谢相关基因的表达谱,并阐明部分重要功能基因对花后高温胁迫的响应表达模式。【方法】利用人工气候箱设高温(日均温度32℃,日最高温36℃/日最低温28℃)和适温(日均温度22℃,日最高温26℃/日最低温18℃)2个温度处理,并在水稻开花后的不同时期取样,对水稻胚乳贮藏物代谢各类相关基因的表达谱与表达模式进行高通量的cDNA微阵列检测。【结果】在水稻胚乳贮藏物代谢的相关基因中,以对高温胁迫响应表现较迟钝的基因居多,其高温处理与低温处理之间的杂交信号(nARVOL)比值(称R值)大致在0.8—1.2,但随高温处理时间的持续,呈上调或下调差异...
[期刊] 水产学报
[作者]
李明辉 吴风瑞 熊传奇 曾圣 杨世杰 叶凯 蒋汶洮 孙运侣 黄宝锋 魏莹莹 焦静 顾源 王德寿
以pCC2FOS为载体构建尼罗罗非鱼Fosmid基因组文库,共挑选115 200个单菌落,保存在300块384孔样品板中,构建4 800个行池、7 200个列池、300个板池和25个超级池,形成微阵列,并对其进行复制备份。该文库插入片段平均长度约为40 kb,覆盖约罗非鱼基因组的3倍。连续传代实验研究表明,文库具有良好的稳定性。由于构建超级池-板池-行、列池三级池系统形成的微阵列,有助于快速、准确、有效地筛选目的基因,仅需77个PCR反应(超级池25+板池12+行池16+列池24)就能筛选到含有目的基因的一个单克隆,解决了普遍存在的文库筛选难题。通过文库尝试筛选18个与性别分化和生长相关基因,...
关键词：
尼罗罗非鱼 基因组文库 微阵列 基因筛选
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨霞 陈陆 王川庆
由于16S rRNA基因序列的保守性和存在的普遍性,应用16S rRNA作为分子指标已逐渐成为微生物检测和分类鉴定的一种强有力工具。文章就该基因的特征、研究方法、检测方法及临床应用与研究的新进展等作以简要综述,同时对存在的问题进行了探讨。
关键词：
16S rRNA 分子指标 细菌分类鉴定
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
刘军万 李舟军 刘飞飞
从三维微阵列数据集挖掘出的三维聚类,能够分辨出与某些表现型(如疾病)相关的样本,而且能找出与这些表现型相关的候选基因.当挖掘3D微阵列数据矩阵中的3D聚类时往往要考虑同时优化几个目标,而且这些目标经常相互冲突,因此,应用多目标进化算法来求解GST数据集中的3D聚类是可行的.本文基于∈-支配和σ选择操作策略,提出一个新奇的多目标进化三维聚类算法来挖掘三维微阵列数据集中的3D聚类.通过在酵母细胞周期调控基因数据集上应用此算法,实验结果表明我们的方法能发现具有重大意义的高质量的3D聚类.
[期刊] 中国农业科学
[作者]
肖静 杨泽峰 徐辰武
【目的】比较不同监督聚类方法的优劣及其适用场合。【方法】应用2种高斯混合模型聚类法(GMM)、K-最近邻居法(KNN)、二分类支持向量机器法(SVMs)以及5种多分类支持向量机器法(MC-SVMs),分别对计算机模拟数据以及两组实际微阵列数据进行聚类分析,采用假阳性(FP)、假阴性(FN)、聚类的准确性以及马修斯相关系数(MCC)等指标进行评价。【结果】(1)对成千上万基因表达谱数据,在服从高斯分布条件下,2种GMM法聚类准确性最高,且在训练样本容量较小的情况下,GMM-II法聚类准确性优于GMM-I法。(2)相比较而言,多分类MC-SVMs法稳健性较高,适用性最广,其对高维数据不敏感。不仅适...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
赵爽 张宁 陈发棣 沈其荣
夏季草坪斑枯病是由子囊菌纲巨座壳科真菌Magnaporthe poae在夏季高温高湿环境下引起的一种草坪病害。对来源不同的24个Magnaporthe及其近缘种属Gaeumannomyces菌株的ITS1-5.8S-ITS2测序序列进行比较及系统发育分析。结果表明:M.poae及其近缘种属真菌可分为A和B 2个群:A群由M.oryzae和Pyricularia oryzae菌种组成并形成2个分支,二者亲缘关系较近,且具有侵染寄主植物根部和地上部分的能力。B群由M.salvinii、M.poae、M.rhizophila、G.incrustans和G.graminis种内的2个变种(G.gram...
[期刊] 水产学报
[作者]
李小燕 李振兴 林洪 SAMEE Haider 张轶群
采用辣根过氧化物酶(HRP)与3,3′,5,5′—四甲基联苯胺(TMB)—H2O2作为信号示踪系统,建立了一种可视化抗体微阵列检测菲律宾蛤仔过敏原的方法。对孵育时间、抗体浓度等免疫条件进行了优化。采用改良双抗体夹心法,将菲律宾蛤仔过敏原的兔多克隆抗体固定于琼脂糖三维芯片上,依次加入待检样品、菲律宾蛤仔鼠多克隆抗体和HRP-羊抗鼠IgG,孵育后加TMB显色,肉眼观察后,用平板扫描仪获取扫描图象,采用GenePixPro6.0软件分析灰度值。试验结果表明,该方法最低可检出10ng/mL的菲律宾蛤仔过敏原,片内平均变异系数(CV)为5.99%,片间为10.3%;香肠及蟹棒中3个不同浓度的加标回收率为...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙春燕 赵元
DNA序列分析是一种广泛用于分析生物遗传多样性的强有力的分子生物学技术。利用该技术有助于了解生物类群之间存在的种属关系并研究生物类群的系统关系。相对于传统的形态分类学,DNA序列分析可从基因和分子水平上对物种的遗传多样性、生物多样性提供可靠而丰富的依据。本文综述了国内外DNA序列分析在黏孢子虫系统学研究和病原检测等方面取得的研究成果,同时也对其应用前景及存在的一些问题进行了分析与探讨。[中国水产科学,2006,13(1):159-164]
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张新建 高世强 吴茂森 何晨阳
【目的】揭示水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)在侵染水稻叶组织早期的基因表达谱差异。【方法】采用GDPs-Finder计算法,设计了能够覆盖KACC10331基因组全部ORFs的定向引物(GDPs),对Xoo与水稻互作1、3和7d的总RNA进行反转录,对病菌cDNA探针进行Cy3/Cy5选择性标记,与含有371个Xoo致病相关基因的芯片进行杂交。【结果】在水稻侵染的不同时期,Xoo致病相关基因表达谱存在差异。与在NBY中生长相比,Xoo在侵染1、3和7d时分别有42个(18个上调和23个下调)、51个(29个上调和22个下调)和33个(16个上调...
[期刊] 华北农学报
[作者]
陶晡 刘彬 司贺龙 赵斌 邢继红 董金皋
hrp基因是植物病原细菌中一类重要的致病基因,一般成簇排列。对14种已完成全基因组测序的植物病原细菌基因组中的hrp基因簇进行了大小、G+C含量、基因组成的BlastP比较。发现它们的大小在18～24 kb,由22～28个基因组成。欧文氏菌属和假单胞菌属的菌株中G+C含量较低,拉尔氏菌属和黄单胞菌属菌株的G+C含量较高。而且,各菌属的基因簇都有其独有的hrp基因,如假单胞菌属是hrpK1、hrpV、hrpA;欧文氏菌属是hrpT、hrpV、hrpA;拉尔氏菌属是hrpZ、hrpX、hrpY、hrpV;黄单胞菌属是hrpE、hrpD6、hpaA。其中,基因hrpA1、hrpA、hrpY和hrpE...
[期刊] 预测
[作者]
陈述云
谱分析在经济预测中的应用陈述云（贵州省统计局５５０００１）在目前比较常见的短期经济预测方法中，精度较高的有ＢＯＸ－ＪＥＮＫＩＮＳ方法（以下间称Ｂ－Ｊ方法）及其改进型，但这类方法要求以高深的统计数学知识为基础，计算工作量大，过程复杂，这在一定程度上限制...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
徐正华 杨晗婕 吴思超 张毅
为进一步压缩检测时长、实现进出口食品快速通关，研制阵列装置用于多毒素同步快速检测。设计并以3D打印技术构建了卧式和立式2种适配于胶体金侧流免疫分析（LFIA）试纸的阵列装置，并对装置的性能进行评价。以阵列装置同时集成黄曲霉毒素B1(aflatoxin B1,AFB1)、玉米赤霉烯酮（zearalenone,ZEN）、赭曲霉毒素A(ochratoxin A,OTA)以及脱氧雪腐镰刀菌烯醇（deoxynivalenol,DON）等4种真菌毒素的LFIA试纸并应用于玉米、玉米面和麦仁等食品的检测。试验结果显示：4种毒素的检测限分别达0.031、0.190、0.780、0.220 ng/mL，回收率为74.42%～112.40%，结果无交叉反应，包括前处理时间在内单一样品的四指标同步检测可在40 min内完成。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘芳 王道营 徐为民 诸永志 曹建民
利用传统平板培养和变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱相结合的方法,对盐水鸭在4℃贮藏期间的细菌多样性进行了分析。传统培养方法结果显示:盐水鸭在贮藏期间细菌数量增加迅速。PCR-DGGE对盐水鸭及平板培养物中的细菌组成分析结果显示:腐生葡萄球菌(Staphylococci saprophyticus)、溶酪大球菌(Macrococcus caseolyticus)、魏斯氏菌(Weissellasp.)、中度嗜盐菌(Halomonas sp.)和盐单胞菌(Cobetia sp.)是盐水鸭的主要细菌,而腐生葡萄球菌、溶酪大球菌和魏斯氏菌是平板培养物中的主要细菌。
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