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[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙春燕 赵元
DNA序列分析是一种广泛用于分析生物遗传多样性的强有力的分子生物学技术。利用该技术有助于了解生物类群之间存在的种属关系并研究生物类群的系统关系。相对于传统的形态分类学,DNA序列分析可从基因和分子水平上对物种的遗传多样性、生物多样性提供可靠而丰富的依据。本文综述了国内外DNA序列分析在黏孢子虫系统学研究和病原检测等方面取得的研究成果,同时也对其应用前景及存在的一些问题进行了分析与探讨。[中国水产科学,2006,13(1):159-164]
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孙广宇 彭友良 李振歧 张天宇
讨论了将核苷酸序列分析应用于真菌系统学研究的优越性,分析了分子系统学在解决一些传统分类学难题中的作用,并对分子系统学与传统形态分类学之间的关系提出了作者的观点。
关键词：
核苷酸序列 系统发育 真菌 核糖体
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
徐庆刚 花保祯
综述了 mt DNA的组成和各部分的进化特点 ,以及它们用于昆虫系统学研究的优点。mt DNA进化快的 CO ～ CO 、ND5和 A+T- rich区部分适合亲缘关系较近类群的系统学研究 ,进化慢的 12 s r DNA、16 s r D-NA和 ND1、ND2部分适合亲缘关系较远类群的系统学研究。并对 m t DNA在昆虫系统学研究中的应用前景作了展望 ,提出了存在的问题
关键词：
线粒体DNA 系统学 PCR 昆虫
[期刊] 运筹与管理
[作者]
陶志富 冯浩洋 陈华友
针对区间值时间序列的异常点检测问题，从区间数据的区间中心和区间半径出发，基于ARIMA的点值时间序列IO型异常点检测原理，构造一类区间值时间序列IO型异常区间的检测方法。其中，对区间值时间序列IO型异常区间的概念和类型进行了具体的界定，给出了区间值时间序列IO型异常区间的检测步骤。最后，针对上证指数2016年1月4日到2018年12月28日每日最高价和最低价构成区间值时间序列且其每日收盘价构成点值时间序列，用所提方法进行IO型异常区间的检测，通过和传统点值异常检测结果的对比分析表明，所提方法能够更有效地识别出金融时间序列中存在的异常状况。
[期刊] 华北农学报
[作者]
李志勇 谢夏青 李兴红 董志平
2009年河北保定和邯郸地区番茄受到一种毁灭性的新病毒危害,对两地5个病样检测,结果均为番茄黄化曲叶病毒,但未检测到卫星DNAβ分子。对保定和邯郸分离物DNA-A全长进行克隆测序,两分离物DNA-A全长均为2 781 bp,这两个分离物DNA-A全长与其他地区番茄黄化曲叶病毒分离物同源性为98.6%～99.8%,发现其基因间隔区变异稍大,与其他地区番茄黄化曲叶病毒分离物同源性为96.2%～99.7%。邯郸分离物与山东分离物(SD-2)亲缘关系最近,保定分离物与南京分离物(JSNJ1)亲缘关系最近。聚类分析表明,中国几个省市分离物有很高的同源性,但可以分为两个分支,邯郸和保定的分离物分别在两个分...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
牛雯雯 王暄 李红梅 鞠玉亮 万文文
【目的】设计禾谷孢囊线虫（Ｈｅｔｅｒｏｄｅｒａ ａｖｅｎａｅ）和菲利普孢囊线虫（Ｈｅｔｅｒｏｄｅｒａ ｆｉｌｉｐｊｅｖｉ）特异性引物，建立同步快速检测这两种线虫的双重ｐＣｒ体系，为中国小麦孢囊线虫（Ｃｅｒｅａｌ Ｃｙｓｔ ｎｅｍａｔｏｄｅｓ，ＣＣｎ）的田间快速诊断与综合治理提供技术支持。【方法】通过比对分析１０种植物寄生线虫２４个群体的线粒体ｄｎａ（ｍｔｄｎａ）Ｃｏｉ序列，分别设计并筛选禾谷孢囊线虫和菲利普孢囊线虫的上游特异性引物Ｈａ ｆ８和Ｈｆ ｆ９，以及下游通用引物Ｈａｆ ｒ８；通过引物浓度比和退火温度的优化，建立针对这两种ＣＣｎ的双重ｐＣｒ检测体系；利用该体系对中国黄淮麦区部分ＣＣｎ样品．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈丽梅 李琪 李赟
采用PCR技术对来自山东荣成、长岛、俄罗斯和日本的刺参(Apostichopus japonicus),来自澳大利亚的黄乳海参(Holothuria fuscogilva),来自冰岛的北大西洋瓜参(Cucumaria frondosa)和来自福建的二色桌片参(Mensamaria interce-dens)的16SrRNA和COI基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度约为500bp和540bp的片段。通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数进行基因序列变异分析。结果表明,根据16SrRNA、COI基因片段进行刺参种内差异比较时,长岛和荣成刺参序列差异最小,和日本刺参序列差异最大;...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
杨璞 陈晓鸣 李萌 文灿
采用Wolbachia的通用引物对白蜡虫优势寄生蜂之一,白蜡虫阔柄跳小蜂(Metaphycus ericeriXu et Jiang)体内Wolbachia的wsp基因进行PCR扩增,以此为模板结合Wolbachia的A大组和B大组的特异性引物进行巢式PCR扩增,结果表明:白蜡虫阔柄跳小蜂被A大组和B大组Wolbachia复合感染,将两种寄生蜂感染的A大组和B大组Wolbachia基因片段以及采用通用引物获得的基因片段分别命名为wMeeriA、wMeeriB和wMeeri,对应的片段长度分别为554、439、599 bp。系统发育分析表明:白蜡虫阔柄跳小蜂感染的Wolbachia分属于A大组以...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
杨璞 朱家颖 谢正华 李萌 陈晓鸣 陈晓庆
采用Wolbachia的通用引物、A大组和B大组的特异性引物对一种新的白蜡虫寄生蜂——长尾啮小蜂(Apros-tocetus sp.)体内Wolbachia的wsp基因进行分子检测,所获得的基因片段分别命名为wApr、wAprA和wAprB,长度分别为620、566和463 bp;基因序列分析表明:wAprA、wAprB与wApr在对应位置序列仅有4个碱基的差异。系统发育分析表明:该寄生蜂仅感染了B大组Dig亚组的Wolbachia。wApr和wAprB基因序列已经递交到NCBI,登录号分别是HQ121415和HQ121417。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
潘晓艺 刘杜鹃 沈锦玉 张宇飞 蔺凌云 王军毅 郝贵杰 姚嘉赟 徐洋 袁雪梅
罗氏沼虾野田村病毒(Macrobrachium rosenbergii nodavirus,MrNV)和双顺反子病毒(M.rosenbergii dicistrovirus,MrDV)是已报道对罗氏沼虾易感的主要致病性病毒,该研究通过建立双重RT-PCR方法对MrDV和MrNV两种病毒同时进行检测。根据MrDV和MrNV基因组序列的保守区分别设计特异性引物,并对双重PCR的退火温度和引物浓度进行优化,在获得优化反应体系和反应条件后,对罗氏沼虾样品进行检测。结果表明,双重PCR最佳退火温度为60℃,反应体系最佳引物终浓度MrNV384为0.1μmol/L,MrDV472为0.05μmol/L,对...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
杨彩霞 张帅宗 孙蓬蓬 高雅 汪绪花 王喆
采用已报道的菜豆金色花叶病毒属的通用引物ＰＡ／ＰＢ，从辽宁葫芦岛地区的３份番茄样品中扩增到Ｂｅｇｏｍｏｖｉｒｕｓｅｓ的保守区域，获得３个长度约５００ ＢＰ的克隆序列，同源性为９９．５８％．ＤＮＡ－Ａ全基因组序列分析结果显示，３份样品ＤＮＡ－Ａ全长均为２ ７８１ ＢＰ（分别命名为ＬＮｈｕＤ１、ＬＮｈｕＤ２和ＬＮｈｕＤ３分离物），具有典型双生病毒结构，与番茄黄化曲叶病毒（ＴＹＬＣｖ）山东分离物（ＴＹＬＣｖ－［ＣＮ：ｓＤ：ｓＤＷＦ－Ｌ７：１２］，ＫＣ９９９８５０）的核苷酸同源性最高（９９．６％）．根据双生病毒分类标准，认为ＬＮｈｕＤ１、ＬＮｈｕＤ２和ＬＮｈｕＤ３是ＴＹＬＣｖ的辽宁分离物．系统关系树表．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
燕薇 沈中元 唐旭东 徐莉 李前龙 肖圣燕 乐亚杰 付绪亮
【目的】克隆蓝叶虫微孢子虫RPB1(RNA聚合酶II大亚基)基因片段,对其基因及编码的蛋白序列特征进行生物信息学分析,进一步明确蓝叶虫微孢子虫的分类学地位,为深入探究RPB1基因编码蛋白的具体生物学功能奠定基础。【方法】根据家蚕微孢子虫RPB1基因序列,采用Primer Premier 5.0软件设计6对同源引物,利用PCR技术克隆蓝叶虫微孢子虫RPB1基因片段;通过GSDS、SMART、DNAstar、MEGA4.1等生物信息学分析软件对蓝叶虫微孢子虫RPB1基因片段进行系统发育分析。【结果】克隆得到了蓝叶虫微孢子虫RPB1基因片段序列,在Gen Bank登录号为KJ728831。该基因片段...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李云霞 兰芙蓉 常朝阳 郭泽坤
【目的】探讨青藏高原棘豆属植物的系统学关系,为该属植物的研究提供分子系统学方面的资料。【方法】以青藏高原16种棘豆属植物27个地理种群标本为试材,提取其总DNA后,分别对ITS序列和trnL-F序列进行PCR扩增、纯化及测序,并对所测序列进行同源性比对,用Kimura 2-parameter距离模型计算各序列间的进化距离,以乌拉特黄耆(Astragalus hoantchy)和多枝黄耆(A.polycladus)为外类群,利用MEGA软件构建基于ITS序列和trnL-F序列的青藏高原棘豆属植物的系统发育进化树。【结果】ITS序列对位后长度为710bp,有58个简约信息位点,G+C平均含量为54...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
何云蔚 洪霓 徐文兴 王国平
以表现柑桔裂皮病典型症状的罗伯逊脐橙为材料,采用双向电泳、RT-PCR和RNA斑点杂交及组织印迹杂交的方法,对柑桔裂皮类病毒进行了检测,结果表明RT-PCR和2种核酸杂交技术均可用于该类病毒的有效检测。对该类病毒全长RNA的RT-PCR产物进行了克隆和序列分析,该分离株(命名为CEVd-HB分离株)的全长RNA由371个核苷酸组成,与已报道的其它不同来源分离株相似性为90%~99%。
关键词：
柑桔裂皮类病毒 检测 克隆 序列分析
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
吴俊 谷超 张绍铃 张树军 宋宏峰 赵习平 刘铁铮
以11个未知基因型的中国杏品种为试材,根据李属植物S-RNase基因保守区设计2对引物组合检测各品种S-RNase基因,共获得22条等位扩增片段,电泳检测表明所有品种的扩增条带集中在300~1100bp的范围内,且表现出一定的长度多态性。序列分析进一步确定22个S-RNase基因为10个不同的等位基因,其中6个为首次发现,根据Gen-Bank中已登陆的杏S-RNase基因的顺序,分别命名为S19、S20、S23、S24、S25、S26,序列登陆号为:EF185300、EF185301、EU037262、EU037263、EU037264、EU037265。推导氨基酸序列的同源分析表明,杏的S-...
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