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年份: 2018(1)

作者: 亮(1); 国(1); 曹(1); 李(1); 林达(1); 洪(1); 罡(1); 萍(1)

学科: 传(1); 分子(1); 学(1); 遗(1); 遗传(1); 遗传学(1)

机构: 业(1); 业大(1); 中农(1); 传(1); 作物(1); 农(1); 农业(1); 农业大学(1); 华中(1); 国家(1); 国家重点(1); 大学(1); 学(1); 实验(1); 实验室(1); 室(1); 家(1); 微(1); 微生(1); 微生物(1); 微生物学(1); 改良(1); 生物(1); 生物学(1); 良(1); 遗(1); 遗传(1); 重点(1)

基金: 0102500(1); 2016(1); 2016yfa0102500(1); 31771402(1); yfa(1); 专项(1); 专项基金(1); 国家(1); 国家重点(1); 基础(1); 基础研究(1); 基金(1); 基金项目(1); 家(1); 研究(1); 础(1); 科学(1); 科学基金(1); 自然(1); 自然科(1); 自然科学(1); 自然科学基金(1); 重点(1); 项目(1)

期刊: 业大(1); 京(1); 农(1); 农业(1); 农业大学(1); 南京(1); 南京农业(1); 大学(1); 学学(1); 学报(1)

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DLO Hi-C染色体构象捕获技术

[期刊] 南京农业大学学报 [作者] 林达洪萍李国亮曹罡

基因组三维结构在DNA复制、DNA损伤修复、基因转录调控中扮演着重要的角色。Hi-C是目前研究基因组三维结构的主要手段之一,但是存在背景噪音大、试验成本高、试验流程繁琐,缺乏对随机连接噪音的评价等缺陷,因而限制了三维基因组学的发展。为此,我们开发了一种简单经济的染色体构象捕获技术,即DLO Hi-C(digestion-ligation-only Hi-C)。该技术去掉了生物素标记的步骤,只需要2轮简单的酶切酶连反应即可构建高质量的DLO Hi-C测序文库。为了评价文库中的随机连接噪音的比例,我们在文库构建步骤中加入了噪音评价的步骤。研究结果显示,与当前的in situ Hi-C等方法比较,我们的DLO Hi-C试验时间短、试验成本低、测序成本低,有更多的有效交互数据。将DLO Hi-C应用于肿瘤细胞系,我们找到了已知和新的基因组结构变异。所以,我们希望DLO Hi-C技术将对研究染色体的三维构象、基因的转录调控及基因组的组装有重要的促进作用。

关键词：三维基因组染色体构象捕获 Hi-C DLO Hi-C(酶切酶连Hi-C) 染色体易位

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