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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李玲伟 张志 吴发兴 程伟 杨若松 张燕霞 刘爽 郑辉 李晓成 陈德坤
【目的】分离猪瘟病毒(CSFV)SXCDK株,测定其全基因组序列,研究其分子特性及与其他毒株的亲缘关系,为猪瘟病毒分子流行病学研究积累材料。【方法】从陕西省西安市采集疑似猪瘟病料进行病毒分离,获得猪瘟病毒SXCDK株。根据GenBank上发表的猪瘟病毒全基因序列及相关参考文献,合成11对引物,应用RT-PCR技术分11段扩增CSFV分离株SXCDK基因,拼接后获得其全基因组(GenBank登录号:GQ923951)。利用DNAstar、ClustalX1.83和Mega 4.1等软件,对分离株SXCDK与其他猪瘟病毒毒株的核苷酸和氨基酸序列进行比较分析。【结果】CSFV陕西分离株SXCDK基因...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王晶钰 罗艳 邓小敏 郭抗抗 张彦明
为了研究IBV陕西分离株M基因的遗传变异情况及分子特征,参照NCBI所登录的IBVM基因序列设计了1对引物,应用RT-PCR方法对陕西8株IBV分离株的M基因进行扩增,并构建克隆载体,对阳性质粒测序后进行核苷酸序列及氨基酸序列同源性和进化发生关系分析,并对M蛋白的二级结构和跨膜区进行预测。结果表明,8个IBV分离株间的M基因核苷酸和M蛋白氨基酸同源性分别为92.3%~99.8%和95.4%~100%,分离毒株与参考毒株的M基因核苷酸和M蛋白氨基酸序列同源性分别为87.4%~99.5%和89.4%~99.5%;分离毒株与参考毒株M蛋白的α-螺旋结构主要分布在N端前100氨基酸肽段区,其他的部分主...
关键词：
IBV M蛋白基因 遗传变异 分离株
[期刊] 华北农学报
[作者]
高晓云 顾阳 潘鑫龙 郭小参 崔保安 陈红英
为了确定河南部分地区按照正常免疫程序接种猪伪狂犬病病毒(PRV)基因缺失苗的猪场是否发生了PRV野毒感染,了解新流行株的主要毒力基因g E是否发生变异,利用PCR方法,对南阳、周口、巩义、济源、漯河、原阳等地采集的疑似PRV感染的病料进行检测。对PCR检测为阳性的病料接种猪睾丸细胞,传至6代,分离出9株PRV,克隆其g E全基因并进行序列分析。结果表明,9株PRV均能扩增出1 862 bp的g E基因,且彼此之间同源性为99.9%~100%,与其他PRV毒株同源性为97.5%~99.6%。9株分离株处于一大分支上,且均含有2个氨基酸插入,在448位和510位均发生氨基酸置换。结果表明,分离株均...
关键词：
猪伪狂犬病毒 g E基因 克隆 序列分析
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
刘丽霞 庄天中 潘树德 刘金玲
以辽宁地区某猪场猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)病料为材料,采用RT-PCR方法特异性扩增编码猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)GP3蛋白的ORF3基因全长cDNA,结果该分离株ORF3基因cDNA编码区长765bp,可编码254个氨基酸残基,与美洲型代表株VR-2332和欧洲型代表株LV进行同源性比较,氨基酸同源性分别为87.8%和54.5%,因此推测辽宁分离株属于美洲型。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王晶钰 邓小敏 张彦明 罗艳 李鹏 郭抗抗
用RT-PCR方法对分离于陕西省不同地区的8个鸡肾型IBV毒株的Ⅳ基因分别进行了扩增,将各扩增产物与T载体连接后,转化感受态细胞筛选阳性克隆质粒并进行基因测序,用DNAstar软件将这8个毒株与GenBank收录的7个IBV代表毒株的Ⅳ基因进行了比较分析,研究了其变异情况。结果表明,B01,YL,WH和 YX株与7株代表毒株的同源性较高,而G,BJ,WG,FF株与7个代表毒株的同源性相对较低。氨基酸推导序列比对结果表明,N蛋白突变以散在的点突变形式为主,其中46,48,50,75,78,189,232,236,237,299,301,350,366等位点容易发生突变,突变位点无明显规律性。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨少华 胡北侠 黄艳艳 许传田 颜世敢 张秀美
选取山东2007～2008年的5株NDV流行株,克隆融合蛋白(F)和血凝素-神经氨酸酶(HN)基因全长并测序。结果表明,5个分离株F基因长度为1662 bp,编码553个氨基酸。F蛋白裂解位点的氨基酸序列均为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株F基因裂解位点的氨基酸序列特征。对F基因47～420 nt序列进行比对,发现4株鸡源毒株基因型为Ⅶd,另一鸽源毒株基因型为Ⅵ。5个分离株间F基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为88.8%～99.7%和94%～99.3%,与LaSota、Clone30、F48E9的氨基酸同源性分别为88.4%～89.5%、87.7%～88.8%、90.8%～92....
关键词：
新城疫病毒 基因型 强毒株
[期刊] 中国水产科学
[作者]
方兵 李槿年 汪天杰 余为一 祖国掌
根据气单胞菌主要黏附素基因(ahal)、溶血素基因(hly)和细胞兴奋性肠毒素基因(alt)完整开放阅读框(ORF)设计3对特异性引物,对6株气单胞菌安徽分离株进行ahal、hly和alt基因的PCR扩增、克隆和测序。测序结果显示,安徽分离株ahal、hly和alt基因的ORF大小分别为1 056~1 068 bp1、482 bp和1 104~1 107 bp,各编码351~355、493和367~368个氨基酸。序列分析显示:(1)属于alt+ahal+hly+毒力基因型的3个安徽分离株间aha1核苷酸序列和推测的氨基酸序列同源性均很高,分别为98.8%~99.3%和97%~97.6%,且与...
关键词：
气单胞菌 安徽分离株 毒力基因 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨泽晓 马玉峰 汪开毓 王印 赵希仑 姚学萍 任冉阳 陈平 胡凌
【目的】了解目前四川省猪圆环病毒２型（ＰＣＶ２）的分子流行病学特征和遗传变异情况，探讨ＰＣＶ２感染的控制对策。【方法】根据ＧｅｎＢａｎｋ中发表的ＰＣＶ２基因组序列设计２对特异性引物，对２０１２－２０１４年临床送检的ＰＣＶ２感染病例材料中的５株ＰＣＶ２全基因组序列进行扩增测序，并利用ＤｎａＳｔａｒ等生物信息分析软件对获得的ＰＣＶ２基因组序列进行分子特性与遗传演变分析。【结果】５株ＰＣＶ２四川株全基因组序列长度都为１ ７６７ＢＰ，均具有滚环复制起点（ＯｒＣ）典型结构。序列比对和进化分析显示，５株ＰＣＶ２四川株的基因序列同源性很高，基因组核苷酸序列及ＯｒＦ１、ＯｒＦ２和ＯｒＦ３基因序列同源性分别为９．．．
关键词：
PCV2 基因克隆 遗传进化分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
余祖华 滕蔓 丁轲 闵亚杰 禹乐乐 宿靖伟 程相朝 罗俊
【目的】了解马立克氏病病毒(Marek’s disease virus,MDV)河南分离株Meq基因的分子特性,为中原地区MDV流行情况提供较详细的信息,为更好地防控MD奠定基础。【方法】应用PCR方法分别扩增了17株MDV河南省野毒分离株的Meq基因片段,克隆测序后,将各毒株Meq基因序列与vv+MDV 648A株、vvMDV RBIB株、vMDV GA株、mMDV疫苗株CVI988株和814株的Meq基因序列进行比对分析。【结果】17株分离株中除HNGS201和HNLC503的Meq基因扩增产物较预期稍大外,其余15个的片段长度为1 020bp,与预期长度相符;MDV河南分离株之间及其与参...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨钦 王长法 杨宏军 杨少华 高运东 仲跻峰 彭广能
根据GenBank上发表的金黄色葡萄球菌β-溶血素基因序列,设计了一对特异性引物。提取临床乳腺炎致病性金黄色葡萄球菌山东株zfb的全基因组DNA为PCR模板,扩增β-溶血素基因,将PCR产物纯化后连接到pMD18-T载体中。测序结果表明,扩增片断含有993 bp的ORF,可编码含330个氨基酸和1个终止子的成熟蛋白,与已报道的金黄色葡萄球菌β-溶血素蛋白的氨基酸组成同源性为99.4%。软件分析显示,克隆的金葡菌β-溶血素是一种依赖于金属离子的磷脂酶。上述结果显示,已获得金黄色葡萄球菌β-溶血素基因,为获得重组金黄色葡萄球菌β-溶血素蛋白及对其结构和功能的研究奠定了基础。
关键词：
金黄色葡萄球菌 溶血素 克隆 表达
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
赵耘 刘尚高 陈博文 林志雄
本研究利用对应于 PRRSV ATCC VR-2332株及 LV 株 ORF_5基因保守序列的1对均为25个碱基的引物1005PS、1006PR 对 PRRSV 中国分离株 B_(13)进行 RT-PCR,扩增出了包括完整 ORF_5基因的 DNA 片段,片段长约730bp。将此片段定向克隆入 pUC18载体的 EcoR Ⅰ和 Pst Ⅰ位点之间,获得了 B_(13)ORF_5基因与 pUC18载体的重组质粒。通过 EcoR Ⅰ/Pst1、EcoR Ⅰ/HindⅢ及 PCR 方法证明此重组质粒为 B_(13)ORF_5基因与 pUC18载体的重组质粒。同时,对此 ORF_5基因进行全序列测定,...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张丽青 王爱华 张秀珊 潘丽娜 杜冬华 周静 闫书彩 孙继国
参照GenBank中NDV的核酸序列设计一对引物,利用RT-PCR扩增F基因并得到长约1.7 kb的全基因片段,并将其构建到pMD-19T载体上。核苷酸序列测定结果表明:该基因片段全长1 662 bp,编码553个氨基酸,与Gen-Bank下载的13株参考毒株F基因比较,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.2%~99.2%和96.9%~98.7%;但与LaSota、F48E9及B1等常见疫苗株的氨基酸同源性仅为88.6%~91.5%。NDV分离株F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F-I-G119,属于基因ⅦNDV。
关键词：
新城疫病 F基因 克隆 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张宇 乔涵 徐朋丽 杨兴武 韩昊莹 陈红英
【目的】分析禽心包积水-包涵体肝炎综合征的主要病原禽腺病毒4型(FAV-4)在河南省的流行和遗传变异情况。【方法】对2015年8-10月送检的40份疑似FAV-4感染的病料进行PCR阳性检测,同时根据采集地区与宿主的差异性,选取7份FAV-4阳性样品进行了Hexon全基因的扩增、克隆、测序和遗传进化分析。【结果】通过扩增Hexon基因421bp的片段,成功建立了禽腺病毒4型的PCR检测方法;40份家禽肝脏样品中,PCR检测显示35份为FAV-4阳性,阳性率为87.5%;成功扩增了包含Hexon基因全序列的
[期刊] 西南农业学报
[作者]
谢志勤 谢芝勋 吕华刚
利用IBVS1基因特异性引物对30株IBV毒株进行RT-PCR扩增,产物经纯化后进行测序,并利用DNAstar MegAlign软件分析S1基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列。结果表明,广西分离株GXIB/02与Mass41、Conn、Ark、PA、Del、JMK、H52参考株的核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性均较低,与美国80年代分离的毒株MW34、hotle、cal15、AustT株的序列同源性也很低。这一结果与血清学试验结果相吻合,说明广西分离株GXIB/02与当今流行的标准株以及过去流行的毒株都不相同,是一个新的变异株,由此推断广西已有不同血清型IBV毒株存在,可能导致新的变异株流行。
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