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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
熊慧 黎丹 梁国辉 王智 魏宝阳
采用16S r DNA分子生物学分析方法,分别对试验组(喂食含Cry1Ab蛋白培养基上饲养的果蝇)和对照组(喂食普通培养基上饲养的果蝇)的拟环纹豹雌、雄蛛肠道细菌进行分析。发现,拟环纹豹蛛肠道细菌丰富,雌蛛肠道细菌丰富度大于雄蛛肠道细菌丰富度;优势菌属分别是短杆菌属(Brevibacterium)、短波单胞菌属(Brevundimonas)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、丛毛单胞菌属(Comamonas)、德沃斯氏菌属(Devosia)、希瓦氏菌属(Shewanella)、Leucobacter、杆菌属(Brachybacterium)、梭菌属(Clostridium);Bt蛋白对拟环纹豹蛛肠道细菌多样性有一定的影响,对放线菌属(Actinomycetes)的影响最小,对乳杆菌属(Lactobacillus)和梭菌属(Clostridium)的影响较大。
关键词：
拟环纹豹蛛 Bt蛋白 肠道细菌 多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
左伟勇 陈伟华 邹思湘 张源淑
【目的】在分子水平上探讨伴大豆球蛋白水解肽对肠道双歧杆菌生长的影响。【方法】选取21日龄健康清洁级雄性SD大鼠,随机分为4个处理,每个处理3只,基础日粮预饲1周后,分别灌胃生理盐水(对照组)、伴大豆球蛋白液(Conglycinin组)、伴大豆球蛋白酶水解肽P2组分(P2-PTC组)、伴大豆球蛋白盐酸彻底水解液(HCl-FHC组),各0.5ml,1次/天。除对照组外,各处理组灌胃液体总含氮量相等(折合蛋白含量为0.5mg·ml-1),试验共21d。应用PCR-DGGE技术分析灌胃伴大豆球蛋白酶解肽对大鼠粪样细菌区系变化的影响,并采用连续稀释PCR的方法半定量研究伴大豆球蛋白酶解肽对大鼠肠道双歧杆...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙振丽 宣引明 张皓 蒋明 潘云生 张益明 龚叶平 陆小平 余德山 薛仁宇 胡小龙 曹广力 贡成良
为了探讨南美白对虾（Ｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ Ｂｏｏｎｅ）肠道及其养殖环境中细菌种群组成和分布，采用ｉｌｌｕｍｉｎａ ｍｉｓｅｑ测序平台，基于１６ｓ ｒ ｒｎａ基因的序列测定结果，对南美白对虾肠道及其养殖池塘底泥、水体中细菌的种群结构进行分析。结果显示，在南美白对虾肠道、养殖池塘底泥、水体分别检测到２０６、２６５和２７０个细菌属，其中，有９０个属在３个样品中均可检测到，底泥和水、底泥和虾肠道、水和虾肠道中检测到的共有细菌属分别为１４６、１２８和１１９个，表明养殖池塘底泥、水和肠道中细菌存在密切的相互作用。在底泥、水和虾肠道样品中丰度大于１％的优势菌属分别有２０、１７和１０个；底泥、水体．．．
[期刊] 草业科学
[作者]
李腾飞 刘崇义 靳旭妹 曹馨悦 陈新义 王莹莹 龙明秀
利用渭北果园行间种植的优质牧草,研究不同配比混合干草对奶山羊公羔瘤胃及肠道细菌微生物区系的影响,为渭北旱塬"果–草–畜"生态种养循环模式提供理论基础。选择24只2月龄体重相近且健康的萨能奶山羊公羔,随机分成4组,每组3个重复,每个重复2只羊。以当地传统饲喂方式为对照组(CK),主要为农作物秸秆[玉米(Zea mays)秸秆和小麦(Triticum aestivum)秸秆]、紫花苜蓿(Medicago sativa)和少量田间杂草;3个处理组,分别由两种干草按1:1的比例混合组成,即紫花苜蓿+燕麦(Avena sativa)混合干草(Ⅰ组)、紫花苜蓿+多年生黑麦草(Lolium perenne)(Ⅱ组)、毛苕子(Vicia villosa)+多年生黑麦草(Ⅲ组),饲喂85 d后进行取样测定。利用16S rDNA技术对瘤胃和盲肠细菌组成进行测定分析。结果显示:1)与CK组相比,Ⅱ组可以显著提高羔羊肠道菌群Alpha多样性(P 0.05)。2)在肠道细菌相对丰度中,3个处理组厚壁菌门相对丰度显著高于CK组(P <0.05)。综上,饲喂不同果园混合干草可以提高羔羊胃肠道细菌群落多样性,增加胃肠道中有益细菌的丰度,减少致病菌的丰度,促进羔羊健康,其中以紫花苜蓿+多年生黑麦草混合干草效果最佳。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
汪毅 闫明磊 李航 黄旭雄 李松林
以商品饲料为对照组(A组)、喷涂市售光合细菌菌液(B组)、红假单胞菌菌液(C组)和红螺菌菌液(D组)饲料为试验组,研究饲料喷涂不同光合细菌对凡纳滨对虾幼虾[(1.21±0.24) g]生长、肝胰腺消化酶活性及肠道微生物群落组成的影响。结果显示:光合细菌处理组(B、C和D组)的增重率高于对照组,但差异不显著(P>0.05); C组和D组对虾肝胰腺淀粉酶活力显著高于对照组(P0.05)。高通量测序结果表明,随着对虾的生长,其肠道微生物丰富度和多样性均提高。摄食喷涂光合细菌饲料后对虾肠道γ-变形细菌纲所占百分比减少,其中C组和D组γ-变形细菌纲比例显著低于对照组(P<0.05)。各组对虾肠道中检测到的占比大于0.5%的主要微生物属有9个,分别为希瓦氏菌属(Shewanella)、气单胞菌属(Aeromonas)、嗜冷菌属(Algoriphagus)、纤维弧菌属(Cellvibrio)、GpXIII、小梨形菌属(Pirellula)、浮霉状菌属(Planctomyces)、假单胞菌属(Pseudomonas)和红细菌属(Rhodobacter)。使用光合细菌没有显著改变对虾肠道微生物群落的整体丰富度和多样性,但在一定程度上丰富对虾肠道微生物属水平的组成。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
余宙 贺韶韶 庄浩楠 袁格格 陈功 于欢
‘BLTY’品系辣椒叶片对1～3龄斜纹夜蛾幼虫有较高的胃毒性。为进一步探明这种胃毒性与肠道细菌群落结构及多样性的相关性，利用illuminationHiSeq技术对斜纹夜蛾3龄幼虫取食胃毒性的‘BLTY’品系、无毒性的‘FXBX’辣椒及人工饲料后肠道细菌16S rRNA的特异性区域进行测序，应用Usearch和R语言软件分析其肠道细菌群落结构、物种丰度及多样性的差异。结果表明，厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）为斜纹夜蛾3龄幼虫肠道细菌的共有优势菌门。相较于取食无胃毒性的‘FXBX’辣椒叶片和人工饲料，取食‘BLTY’ 品系辣椒叶片的肠道菌群Alpha多样性指数显著上升，菌群组成和结构差异显著。在门水平上，变形菌门、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）相对丰度升高；在属水平上，有益菌肠球菌属（Enterococcus）相对丰度降低，而致病菌沙门氏菌属（Salmonella）、布鲁氏菌属（Brucella）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）相对丰度显著升高。KEGG代谢差异分析发现，取食‘BLTY’品系辣椒会使肠道细菌外源化合物的生物降解和代谢通路的相对丰度显著上升。以上结果说明斜纹夜蛾在取食‘BLTY’ 品系辣椒后肠道细菌群落结构和多样性均发生变化，即有益菌的相对丰度下降，而致病菌的相对丰度上升。
关键词：
辣椒 斜纹夜蛾 抗性 肠道细菌 菌群结构
[期刊] 西南农业学报
[作者]
汪波 周子华 杨弘华 李思萍 蔡洁仪 颜亨梅
探究拟环纹豹蛛对正十二烷的反应情况，通过记录分析选择停留时间，在不同浓度、距离、温度做单因子影响分析实验。结果表明，在距离５ ｃｍ温度２２℃时，拟环纹豹蛛在浓度１×１０－２ｇ／ｍ Ｌ时的选择停留时间显著高于其它浓度的停留时间（Ｐ＜０．０５），低温的正确停留率低于高温。研究结果得出十二烷作为拟环纹豹蛛猎物体的．．．
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
张文连 黄志坚 殷光文 李清禄
将６０头试验猪随机分为２组，每组３个重复，每个重复１０头猪；对照组和试验组分别饲喂基础日粮和添加０．２％复方陈皮粉的日粮，共计６０ ｄ；饲喂过程中定期采集新鲜粪便，采用变性梯度凝胶电泳（ｄＧＧＥ）和末端限制性内切酶片段长度多态性（Ｔ－ＲＦＬＰ）指纹图谱技术研究饲喂复方陈皮粉对猪胃肠道菌群多样性的影响．结果表明，试验期间试验组的猪基本不腹泻，对照组有部分猪经常腹泻．分别对两组粪便样品的胃肠道微生物进行１６Ｓ ＲｄＮＡ Ｖ３区扩增，再通过ｄＧＧＥ技术进行条带分离，ｄＧＧＥ图谱显示，猪胃肠道菌群物种丰富，两组样品之间存在明显的条带差异．对两组粪便样品胃肠道微生物１６Ｓ ＲｄＮＡ全长进行扩增，用ＭＳＰ．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
潘艳艳 顾晓英 张德民 钱云霞
为了研究饥饿及恢复摄食对花鲈肠道壁及内容物微生物菌群的影响，实验运用末端限制性片段长度多态性（Ｔ－ＲＦＬＰ）技术分析了花鲈经２周饥饿，恢复喂食１周和恢复喂食２周后肠道壁及其内容物菌群特征及多样性的变化。结果显示：饥饿会导致花鲈肠道壁细菌群落发生明显变化，引起差异的主要细菌为Ｔ－ＲＦｓ ４９６、４３７、４５０、１５５ ｂＰ等所代表菌；经２周饥饿，肠壁Ｔ－ＲＦ ４９６ ｂＰ大肠杆菌（ＥｓｃｈＥＲｉｃｈｉａ）相对丰度从实验开始的４３．１１％±３．９５％（ｃ０肠壁组）下降为２１．２５％±９．９７％（ｓ２Ｒ０肠壁组），细菌多样性指数ｈ′、Ｅ′和１／Ｄ均增大；恢复喂食２周后，肠道壁菌群结构逐渐恢复，Ｔ－Ｒ．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李蒋伟 周力 侯生珍 王志有 雷云 贾建磊 桂林生
【目的】本试验旨在研究日粮精粗比对育肥藏羊小肠真菌多样性的影响。【方法】选择210只健康且体况相近早期断奶藏羔羊,随机分成7组,每组30只,分别对其饲喂精粗比为20∶80、30∶70、40∶60、50:50、60∶40、70∶30和80∶20的基础日粮,预饲期10 d,试验期90 d。试验结束后,每组随机选择3只试验羊屠宰,采集肠道食靡。试验采用16S rDNA基因测序测定肠道菌群,分析肠道真菌丰度和多样性指数。【结果】(1)OTU分布:在97%的物种相似度水平下,7组检测样本共得到499个OTU,其中有351个为7组共有OUT。除E组外各组之间OTU组成差异较小,相似度较高;E组肠道真菌特有OTU最高,有76个。(2)Alpha多样性:E组Shannon指数显著高于B、C组(P<0.05);B、C组Simpson指数显著高于其余各组(P<0.05);B组ACE指数显著高于其余各组(P<0.05);Chaol指数中F组显著高于其余各组(P<0.05)。(3)真菌物种分布:门水平下,子囊菌门是各处理组的优势菌门,占肠道真菌比例超过34%,且C、D和F组显著高于A、B组(P<0.05);担子菌门是次优菌门,B组显著高于其余各组(P<0.05);被孢霉菌门A、B组显著高于其余处理组(P<0.05)。科水平下,被孢霉菌科为藏羊肠道真菌中优势菌科,最高占比超过18%,且A、B组中占比较高(P<0.05);丝孢酵母菌科C、D组显著高于其余各组(P<0.05);黏毛菌科则在低精料处理组(F和G组)中分布较广(P<0.05);酵母菌科则B组显著高于其余各组(P<0.05);G组中红菇科相较其他处理组有较多分布(P<0.05)。【结论】综上所述,日粮精粗比对育肥藏羊肠道真菌菌群定植和结构构建具有显著影响。
关键词：
日粮精粗比 藏羊 肠道真菌 ITS
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张琛 王岩 郑侠飞 李云梦 任幸
利用Illumina MiSeq高通量测序技术分析了网箱养殖花鲈(Lateolabrax japonicus)和日本黄姑鱼(Nibea japonica)肠道细菌组成，同时分析了配合饲料和网箱中海水的细菌组成以确定鱼类肠道细菌与环境之间的关系。花鲈投喂冰鲜鱼，日本黄姑鱼投喂配合饲料。从花鲈和日本黄姑鱼前肠、中肠、后肠、配合饲料和网箱内海水中共鉴定出886个细菌OTU (operational taxonomic unit)，分别隶属8个门、40个属，其中从花鲈和日本黄姑鱼肠道中鉴定出的550个细菌OTUs分别隶属5个门、15个属。在门的水平上，厚壁菌门(Firmicutes)在两种鱼类肠道中均占优势；在属的水平上，梭菌属(Clostridium＿sensu＿ stricto＿1) 在花鲈肠道中占优势，芽孢杆菌属(Bacillus)在日本黄姑鱼肠道中占优势。花鲈与日本黄姑鱼之间肠道细菌的相似性高于日本黄姑鱼肠道细菌与配合饲料中细菌的相似性，也高于花鲈或日本黄姑鱼肠道细菌与其养殖网箱内海水中细菌的相似性。日本黄姑鱼肠道与配合饲料中共有的细菌OTU数多于日本黄姑鱼肠道与网箱内海水中共有的细菌OTU数。综上所述：(1)花鲈和日本黄姑鱼肠道细菌群落分别独立于其养殖网箱内海水细菌群落，日本黄姑鱼肠道细菌群落独立于其配合饲料中的细菌群落；(2)日本黄姑鱼肠道细菌受配合饲料中细菌的影响大于受网箱内海水中细菌的影响。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
闫志强 翟少钦 张邑帆 陈春林
为考察脾虚泄泻大鼠肠道菌群的结构特征和多样性,将24只健康大鼠随机分为对照组和模型组,模型组采用饮食失节加苦寒泻下法进行人工复制脾虚泄泻模型,对照组正常饲喂;试验结束时,采集大鼠肠道内容物,提取微生物总DNA,采用通用引物对细菌16Sr DNA基因的高可变V3–V4区进行PCR扩增,运用Hiseq2500平台进行高通量测序,并对测序序列进行生物信息学分析。结果表明:α多样性指数表明脾虚泄泻大鼠与正常大鼠之间肠道微生物的多样性存在差异,但差异均无统计学意义;在门水平上,2组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,模型组较对照组厚壁菌门、放线菌门、变形菌门及螺旋体门的平均相对丰度均增加,而拟杆菌门的平均相对丰度显著降低(P<0.05);在属水平上,2组的核心菌群均为产粪甾醇真细菌属,模型组较对照组产粪甾醇真细菌属、Jeotgalicoccus的平均相对丰度升高,其中Jeotgalicoccus的显著升高(P<0.05);PICRUSt基因功能预测表明,大鼠肠道微生物以代谢功能为主,主要包括糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢及辅酶和维生素代谢等,2组间各类代谢功能存在差异,但差异均无统计学意义。可见,脾虚泻泄能引起大鼠肠道内菌群的多样性变化,并显著降低肠道内拟杆菌门的平均相对丰度。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
易春燕 杜超 杨明 刘昌华 郝员敏 雷应华 刘旭
【目的】研究眼斑芫菁幼虫肠道共生菌的多样性，并鉴定其相关功能，以探寻眼斑芫菁肠道共生菌在其生长发育中的作用。【方法】分别以人工饲料、蝗卵为食物饲喂眼斑芫菁幼虫，饲养至不同龄期的眼斑芫菁为材料，按相应龄期收集试验所需幼虫，提取眼斑芫菁幼虫肠道细菌基因组DNA，通过16S rDNA全长扩增子测序，分析其肠道细菌的多样性和相对丰度，并探究其肠道共生菌发挥的潜在功能。【结果】获得最终有效序列81 759条，聚类共获得230个OTUs，注释到17个门，27个纲，41个目，71个科，109个属。变形菌门（Proteobacteria）为3个组中的最优势门，各分组样品的优势菌属不相同，劳尔氏菌属为3个组的共同优势菌属。α多样性分析发现，蝗卵饲养的眼斑芫菁二龄幼虫（L.H2）肠道菌群多样性和丰度较四龄幼虫（L.H4）高，且均高于转接入人工饲料饲养的四龄幼虫（L.S4）；α与β多样性分析结果均显示眼斑芫菁肠道内共生菌多样性各组内差异大，组间有一定差异，但不同组之间差异不显著（P＞0.05）。功能分析结果发现，L.S4在氨基酸代谢、核苷酸代谢、环境适应、免疫系统等方面明显高于L.H4和L.H2，且L.S4的氨基酸代谢比L.H4显著增强（P=0.035）。【结论】明确了眼斑芫菁幼虫肠道菌多样性和群落结构受食物影响，其肠道细菌在代谢功能上能协助宿主适应相应的食物。研究眼斑芫菁幼虫肠道细菌多样性与食物之间的关系，为研究眼斑芫菁肠道微生物变化奠定了基础。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
闫志强 翟少钦 张邑帆 陈春林
为考察脾虚泄泻大鼠肠道菌群的结构特征和多样性,将24只健康大鼠随机分为对照组和模型组,模型组采用饮食失节加苦寒泻下法进行人工复制脾虚泄泻模型,对照组正常饲喂;试验结束时,采集大鼠肠道内容物,提取微生物总DNA,采用通用引物对细菌16Sr DNA基因的高可变V3–V4区进行PCR扩增,运用Hiseq2500平台进行高通量测序,并对测序序列进行生物信息学分析。结果表明:α多样性指数表明脾虚泄泻大鼠与正常大鼠之间肠道微生物的多样性存在差异,但差异均无统计学意义;在门水平上,2组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,模型组较对照组厚壁菌门、放线菌门、变形菌门及螺旋体门的平均相对丰度均增加,而拟杆菌门的平均相对丰度显著降低(P<0.05);在属水平上,2组的核心菌群均为产粪甾醇真细菌属,模型组较对照组产粪甾醇真细菌属、Jeotgalicoccus的平均相对丰度升高,其中Jeotgalicoccus的显著升高(P<0.05);PICRUSt基因功能预测表明,大鼠肠道微生物以代谢功能为主,主要包括糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢及辅酶和维生素代谢等,2组间各类代谢功能存在差异,但差异均无统计学意义。可见,脾虚泻泄能引起大鼠肠道内菌群的多样性变化,并显著降低肠道内拟杆菌门的平均相对丰度。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
雷梓妍 吕波 王智
用经镉(Cd)(1.0 mg/L)、Bt(Bacillus thuringiensis)蛋白(0.1 mg/L)和Cd+Bt处理的果蝇饲喂拟水狼蛛(Pirata subpiraticus)，测定拟水狼蛛体内Cd与Bt蛋白的富集状况和抗氧化酶表达水平；利用RNA–seq技术分析Cd+Bt处理蜘蛛的差异表达基因(DEGs)，运用生物信息学方法构建DEGs的富集及调控通路。结果发现，与Cd和Bt处理的拟水狼蛛 (Cd质量分数为6.965 ± 0.21 mg/kg，Bt质量分数为3.82 ± 0.28 μg/kg) 相比，Cd+Bt处理的拟水狼蛛具有更高的Cd质量分数((12.23 ± 0.86) mg/kg)和Bt质量分数((7.98 ± 0.49) μg/kg)(p < 0.05)。此外，与对照组、单一Cd和单一Bt处理的拟水狼蛛的相比，Cd+Bt处理还会提高拟水狼蛛体内的谷胱甘肽过氧化物酶、谷胱甘肽S–转移酶和超氧化物歧化酶的活性(p < 0.05)。通过对Cd+Bt处理和对照组进行转录组测序，得到6914条DEGs，并且与肽链内切酶活性、激素生物合成以及信息素代谢过程相关的基因(519条)都显著下调。共有14条参与卵母细胞减数分裂的基因在Cd+Bt处理下显著下调。通过转录因子和蛋白质互作分析，发现ZBTB等转录因子参与胁迫相关的调控网络，主要影响遗传信息的转录和翻译过程。
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