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[期刊] 中国水产科学  [作者] 郭然  吴玮杰  商艳鹏  仇雪梅  丁君  李翔  田燚  
盐度是影响刺参(Apostichopus japonicas)生长发育最重要的环境因子之一,而microRNAs(miRNAs)可通过与靶基因的m RNA特异性结合,实现对其靶基因的表达调控。为探究Aja-mi R-22和Aja-mi R-27及对应的两个靶基因在刺参低盐海水胁迫下的表达情况,本实验将刺参放入盐度18低盐海水中进行胁迫,取盐度胁迫后的3 h、6 h、12h、24 h、48 h和72 h不同时间点和正常盐度海水中刺参的体腔液,提取RNA和miRNA,利用qRT-PCR技术进行表达分析。结果表明Aja-mi R-22和Aja-mi R-27这两个mi RNA在盐度胁迫后各时段均呈现出上调表达趋势,且都在胁迫后3h达到最大值,分别为对照组的36倍和16倍。Aja-mi R-22和Aja-mi R-27在胁迫后各个表达量都均高于对照组,其中Aja-miR-22在胁迫后3 h、48 h与对照组差异极显著(P
[期刊] 中国水产科学  [作者] 傅意然  田燚  常亚青  莫海波  宋坚  
从刺参(Apostichopus japonicus)低盐转录组数据库中选取与应激(热休克蛋白70基因)和离子传递(甘氨酸转运蛋白基因、锌转运蛋白基因、神经乙酰胆碱受体基因)相关的4个差异表达基因,利用qRT-PCR技术分析这4个基因在不同组织中的表达水平及低盐对其表达丰度的影响。结果表明甘氨酸转运蛋白基因在刺参呼吸树中表达水平最高,肠次之,体腔液表达较低;锌指蛋白基因和神经乙酰胆碱受体基因均在体腔液中表达最高,肠次之,在呼吸树中不表达;热休克蛋白70基因在体腔液中表达量最高,其次是呼吸树和肠组织。低盐胁迫下这4种基因的表达量均随着胁迫时间的延长呈波动性增减,其中甘氨酸转运蛋白在体腔液中的表达...
[期刊] 上海海洋大学学报  [作者] 周昊天  张成硕  王艳玲  赵金良  赵岩  
设计急性胁迫实验,采用实时荧光定量、生物信息学、双荧光素酶报告和体内miRNA抑制的方法,探究miR-192在尼罗罗非鱼应答碳酸盐碱度胁迫中的作用。结果如下:(1)实时荧光定量PCR实验表明,在急性碱胁迫(6g/L NaHCO_(3))尼罗罗非鱼6h后,鳃组织中miR-192的表达显著下调,溶质转运蛋白基因(solute carriers16A7,SLC16A7)表达显著上调(P < 0.05);(2)借助生物信息分析预测到SLC16A7可能是miR-192的靶基因;(3)利用双荧光素酶报告实验发现miR-192会与SLC16A7的3’UTR结合;(4)体内对miR-192抑制后,SLC16A7的表达显著上调(P < 0.05)。综上,本研究证实了miR-192参与了尼罗罗非鱼应答碱胁迫中的调控过程,SLC16A7是miR-192的直接靶基因。本研究为探明miRNAs调控尼罗罗非鱼应答碱胁迫的分子机制提供了一定基础。
[期刊] 林业科学研究  [作者] 王丽丽  赵韩生  孙化雨  董丽莉  娄永峰  高志民  
MicroRNAs(miRNAs)在植物生长发育以及抗逆等过程中起着重要的调控作用。miR164作为植物特有的miRNA,其主要的靶基因是植物NAC转录因子。为揭示毛竹miR164对其靶基因的调控机制,通过茎环引物法和RT-PCR技术,从毛竹(Phyllostachys edulis)中克隆出miR164b成熟序列及其靶基因Pe NAC1。序列分析表明miR164b的靶点位于Pe NAC1编码区,RLM-5'RACE PCR产物测序结果证实切割位点位于靶点的第10-11位碱基之间。组织特异性表达分析表明,毛竹miR164b和Pe NAC1在根、茎、叶及鞘中均表达,其中miR164b在根中表达丰...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 赵静   李长忠   王蓉   马淑兄   贾春艳   王璐   勾化宇   李兰英   陈艳霞   柳芳   祁洪芳   金文杰  
为深入研究青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)面临盐度胁迫时的分子应答机制, 本研究克隆了青海湖裸鲤葡萄糖调节蛋白78 (glucose-regulated protein 78kD, Grp78)基因, 并采用qPCR法检测5‰, 10‰和15‰盐度胁迫后Grp78及其相关基因的应答模式。结果显示, 青海湖裸鲤Grp78的开放阅读框长度为1962 bp, 编码653个氨基酸, 并包含HSP70超家族保守结构域。Grp78在青海湖裸鲤9个组织中均有表达, 其中在肠道、肝脏和心脏中的表达显著高于其他组织(n=3, P<0.05)。在鳃组织中, 随着盐度增加和胁迫时间的延长, Grp78、Hyou1、Prdx1、Nqo1和UBC基因的表达先被抑制, 随后逐渐上调, 而DNAJC2、Cu/Zn-SOD、Mn-SOD和Hmox1基因的表达则先上调后逐渐下调, 随后又上调; 在肾脏和肝脏中, DNAJC2、Cu/Zn-SOD、Mn-SOD、Hmox1和Nqo1基因的表达也呈现类似的先上调后下调再上调的模式。以上结果表明, Grp78及其相关基因对盐度胁迫具有复杂的响应, 可能参与了青海湖裸鲤适应和应对盐度胁迫的过程。此外, Grp78及其相关基因Hyou1、DNAJC2、Hmox1、Nqo1、UBC、Prdx1、Cu/Zn-SOD和Mn-SOD参与了机体抗氧化应激调节, 在减少盐度损伤方面发挥重要作用。
[期刊] 林业科学  [作者] 王丽丽  赵韩生  孙化雨  董丽莉  娄永峰  高志民  
【目的】miRNA作为一种非编码基因在植物生长发育以及抗逆等过程中起着重要的调控作用。通过分析毛竹miR397和miR1432前体序列的结构特点,研究其组织表达特异性,分析其经光照、温度、干旱、Na Cl等非生物胁迫以及激素处理后的表达变化,以期为进一步揭示其功能以及未来竹子抗逆育种的分子设计提供参考。【方法】通过茎环引物法和RT-PCR技术,以毛竹为材料分离miR397和miR1432的前体序列,利用在线平台Web LOGO分析miRNA成熟序列的碱基保守性,用MEGA 6.0软件构建基于miRNA前体的系统进化树。借助在线平台RNAfold Web Server预测二者前体二级结构。直接从...
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 孙文星  南文婷  谷淑华  韩海银  李艳  褚维伟  陈杰  
[目的]探讨过氧化物酶体增殖物激活受体γ(peroxisome proliferator activated receptorγ,pparγ)在肌内和皮下脂肪细胞中的差异表达及其与脂质差异沉积的关系,并从mirNas角度阐述pparγ基因差异表达的机制。[方法]用油红o染色法检测肌内前体脂肪细胞与皮下前体脂肪细胞的分化聚脂能力;采用qrt-pcr与WesterN blot检测pparγ在肌内脂肪细胞和皮下脂肪细胞中的表达水平;通过生物信息学预测靶向pparγ的mirNas,利用qrt-pcr检测候选mirNas在肌内脂肪细胞和皮下脂肪细胞中的表达水平;用双荧光素酶报告系统鉴定候选mirNas与...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 陈啸   陈淑颖   朱渊铭   倪林   邹双全  
【目的】为进一步研究WRKY基因家族在调控栀子盐胁迫中的功能作用、培育栀子抗盐新品种。【方法】利用生物信息学方法对栀子WRKY基因家族成员(GjWRKY)进行全基因组鉴定和相关分析。【结果】共鉴定出47个WRKY基因,非均匀地分布在10条染色体上,通过系统发育树将其分为3大组:Group Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ。GjWRKY基因以串联重复为主要扩增方式,且多数基因成员含有3个外显子。GjWRKY基因家族启动子2000 bp区域含有大量激素类和胁迫类响应顺式作用元件。46个GjWRKY基因在中度(MS)和重度盐胁迫(SS)下具有不同程度的高表达,部分GjWRKY基因产生特异性表达,17个GjWRKY基因表现为上调表达,推测这部分GjWRKY基因可能起正调控作用。【结论】GjWRKY基因在栀子抗盐胁迫中发挥了重要作用。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 彭智文  黄姝  岳武成  陈晓雯  王军  王成辉  
通过对中华绒螯蟹在4个盐度梯度(0、10、20、30)下的胁迫试验,观察了4个类别的10个相关基因,即4个能量代谢相关基因、3个生长相关基因、2个应激性相关基因和1个渗透压调节相关基因的表达情况.结果表明:3个能量代谢相关基因(VATB、UBE、GAPDH)、1个应激性相关基因(GST)和渗透压调节相关基因(NAK)在不同盐度间的表达量存在显著差异(P0.05).应用Best Keeper、Norm Finder和Ge Norm 3个软件对各基因的稳定性进行分析发现:应激性相关基因(GST)和渗透压调节相
[期刊] 海洋渔业  [作者] 刁乐  张凤英  宋炜  马春艳  王伟  谌微  马凌波  赵明  乔振国  蒋科技  
#N/A
[期刊] 中国水产科学  [作者] 钱佳慧  栗志民  刘建勇  艾加林  
采用中心复合设计和响应曲面法研究了盐度和胁迫时间对九孔鲍(Haliotis diversicolor supertexta)?-淀粉酶基因表达量影响的联合效应,旨在为九孔鲍盐度驯化及海区推广提供指导。实验设定盐度范围为2240,时间范围为072 h,建立了盐度、胁迫时间与?-淀粉酶基因表达量之间关系的定量模型,并通过分析明确了盐度和胁迫时间的最优组合。结果表明,盐度对九孔鲍?-淀粉酶基因表达量影响的一次效应不显著(P>0.05),而二次效应极显著(P<0.01),说明盐度与九孔鲍?-淀粉酶基因表达量之间为
[期刊] 中国农业科学  [作者] 汪海洋  郑月  李惠侠  韩兆玉  王根林  
【目的】通过分析西门塔尔牛肌内脂肪和皮下脂肪差异表达miRNA,及对重要的候选miRNA-27b进行靶基因预测及相关生物信息学分析,探索miRNA在动物肌内脂肪生长、发育过程中的作用及其调控机制。【方法】利用miRNA微阵列芯片技术对肌内脂肪和皮下脂肪miRNA表达谱进行检测和分析以筛选差异表达miRNA;qRT-PCR方法验证4个在肌内脂肪显著高表达的候选miRNAs;采用Targetscan生物信息学计算方法预测目标miR-27b(对肌内脂肪沉积可能起重要调节作用)的靶基因,并对靶基因进行GO注释描述、富集分析及KEGG富集。【结果】miRNA芯片分析发现肌内脂肪和皮下脂肪共有88个差异表...
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 李亚伦   何玉英   王琼   管晨惠   周玉洁   李朝霞  
为探究急性盐碱胁迫下中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis) ABC转运蛋白(ATP-binding cassette transporter) G5基因的表达特征,本研究应用RACE克隆技术获得中国明对虾ABCG5基因,并将其命名为FcABCG5。该基因cDNA全长为2 718 bp,开放阅读框1 923 bp,共编码640个氨基酸,预测的蛋白分子量为71.39 kDa,理论等电点为9.12,预测基因位于内质网上,为疏水性蛋白,包含一个NBD和一个TMD结构域,不包含信号肽。同源性与系统进化分析结果显示,FcABCG5转运蛋白保守性强,与斑节对虾(Penaeus monodon) ABCG5蛋白同源性最高,达到98.91%。组织特异性分析结果显示,FcABCG5在各组织中均有表达,鳃中表达水平最高(P<0.05),眼柄中最低(P<0.05)。盐碱胁迫下,FcABCG5在鳃组织中的表达量呈先升高后下降的趋势,胁迫6 h时达最高值(P<0.05),比对照组高2.12倍,利用dsRNA干扰实验对该基因进行敲降,盐碱胁迫下,沉默FcABCG5基因会使对虾的死亡率高达60%,显著高于对照组40% (P<0.05),说明该基因的表达量越高,对中国明对虾的存活越有利。本研究中受胁迫的中国明对虾FcABCG5表达量高,可能是由于鳃在直接接触盐碱水环境后,通过FcABCG5介导的物质转运启动渗透压调节,应对渗透压失衡。
[期刊] 水产学报  [作者] 李晓晖  冯翠  王巧欣  邹桂伟  梁宏伟  
为了探究miR-17a-5p在鲢低氧胁迫下的功能,在前期鲢small RNA测序的基础上对鲢miR-17a-5p进行靶基因预测及功能富集分析,通过双荧光素酶活性验证其与HIF-1α的靶向关系,并检测低氧胁迫下miR-17a-5p和其靶基因在鲢肝脏、脑、心脏和鳃四个组织中的动态表达特征。结果显示,鲢miR-17a-5p在不同物种间高度保守,预测出381个miR-17a-5p的潜在靶基因显著富集在硫代谢、mTOR信号通路以及萜类骨架的生物合成3个KEGG信号通路上。miR-17a-5p可与HIF-1α mRNA的3′UTR结合,并降低HIF-1α mRNA水平,低氧胁迫下miR-17a-5p的表达呈下降趋势,而HIF-1α表达则呈上升趋势;3个显著富集KEGG通路中的11个miR-17a-5p潜在靶基因在低氧胁迫过程中的不同组织中的表达,尤其是肝脏中的表达,除SGK1外,均呈显著上升趋势。研究表明,低氧胁迫下鲢各组织中miR-17a-5p的表达下调减弱了其对靶基因的抑制作用,进而导致HIF-1α、ddit4和Lrp5等响应低氧胁迫的基因表达上调。本研究为低氧胁迫下鲢miRNA的表达与调控机制提供新见解,也为培育耐低氧的鲢新品系(种)提供了参考。
[期刊] 中国水产科学  [作者] 黄少君  许强华  
为验证Ferritin基因是否对三疣梭子蟹的盐度胁迫具有适应性,利用PCR扩增获得了三疣梭子蟹(Portunustrituberculatus)第六对鳃的Ferritin基因,将该目的基因克隆到表达载体pET28a(+)中,转化大肠杆菌DE3(BL21),并进行IPTG诱导表达。结果表明:经诱导的转pET28-Ferritin重组质粒菌株有特异的表达蛋白条带出现,与预期的理论值(19.448 kD)相符合;高盐胁迫下,转重组质粒的大肠杆菌比转pET28空载质粒存活率显著提高(P<0.001),并且随盐度升高,两者差异越显著。这表明Ferritin基因能够提高大肠杆菌的盐度耐受力,由此推测Fer...
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