【目的】研究禽致病性大肠杆菌(APEC)感染雏鸡小肠炎症相关基因表达的变化。【方法】对14日龄雏鸡腿部肌肉注射0.5mL/羽1×106 CFU/mL的APEC菌液,观察雏鸡的发病情况,并取病变严重雏鸡空肠为测序样品,同时以注射等量生理盐水为对照,采用RNA高通量测序(RNA-Seq)技术,筛选分析感染和未感染APEC雏鸡小肠炎症相关基因表达的变化。【结果】以差异倍数在2倍及以上为标准,从试验组与对照组共筛选出差异表达基因131个。GO分类结果显示,有87个差异基因得到491个GO功能注释,这些基因主要富集

以油茶果实膨大期和油脂合成高峰期的种子为材料,进行转录组测序和表达谱数据库构建,并对油茶种子α-亚麻酸代谢途径相关基因进行分析。转录组测序获得油茶种子α-亚麻酸代谢非冗余基因Unigenes序列共112条,与α-亚麻酸代谢密切相关的不饱和脂肪酸合成途径非冗余基因Unigenes序列94条,包含12种调控α-亚麻酸代谢主要酶基因。表达谱数据分析显示,果实膨大期和油脂合成高峰期的α-亚麻酸合成代谢途径相关基因具有不同的表达模式,参与油茶种子α-亚麻酸的合成及形成多种不饱和脂肪酸的物质转化。采用实时荧光定量PCR方法验证油茶种子LOX,AOS,ACOX,AOC,OPR,AACT,PLA2,HPL,D...

【目的】研究单色光对肉雏鸡小肠黏膜形态结构的影响,为阐明单色光影响肉雏鸡生长发育的作用机理提供形态学依据。【方法】采用LED(Light-emitting diodes)灯作为光源,选用刚出壳AA肉公雏120羽,随机分为4组,分别提供红(660nm)、绿(560nm)、蓝(480nm)和白(400～700nm)4种光源,每个处理设6个重复,每个重复5只,人工光照光强度均为15lx,光照时间23h,试验期7d;分别于0、7d时每个重复随机选取1只,利用组织化学染色方法及免疫组织化学方法检测肉鸡十二指肠、空肠、回肠的黏膜结构变化、杯状细胞数量以及空肠肠腺上皮细胞的增殖细胞核抗原(PCNA)的表达。...

本研究揭示了柔嫩艾美耳球虫感染可以引起鸡肠炎沙门氏菌感染的复发。复发的主要表现为盲肠内容物的肠炎沙门氏菌阳性率和数量再次显著地升高;肠炎沙门氏菌在盲肠中的滞留时间显著延长。这种复发与肠炎沙门氏菌的初始感染量及球虫感染时间有关。肝脏和脾脏阳性率无显著变化。

本试验对柔嫩艾美耳球虫(Eimeria tenella)感染对肠炎沙门氏菌(Salmonella enteritidis)感染的影响进行了研究。实验结果表明:肠炎沙门氏菌和柔嫩艾美耳球虫的相互作用显著;在球虫感染后第4,10,14d 时,柔嫩艾美耳虫球虫感染可显著地(P<0.01)增加盲肠内容物中肠炎沙门氏菌数量。肠炎沙门氏菌和柔嫩艾美耳球虫之间协同作用与肠炎沙门氏菌的感染量大小和感染后的时间显著相关(P<0.01)。柔嫩艾美耳球虫感染并没有显著地提高肝脏、脾脏中肠炎沙门氏菌的阳性率。不同感染量的肠炎沙门氏菌感染对鸡盲肠的球虫病变记分显著影响.

为了挖掘番茄青枯病抗性基因，对青枯菌侵染前后的不同番茄自交系进行转录组测序(RNA-seq)。结果发现，在12个样本中共获得75.02 Gb的高质量数据，以差异倍数(FC)≥2且错误发现率(FDR)

目的测定猪小肠抗菌肽对雏鸡生长指标的影响,在结构上初步探讨猪小肠抗菌肽促进雏鸡生长发育的机理。方法选择体重基本一致的雏鸡60只,随机平均分为2组。试验组,在7、14、21、28、35、42日龄每只雏鸡分别肌肉注射猪小肠抗菌肽0.1ml(100μg.ml-1);对照组,在相应日龄每只雏鸡分别肌肉注射灭菌生理用水0.1ml,在相同饲养条件下进行6周试验。在7日龄和49日龄,采用组织切片检测鸡十二指肠和空肠的绒毛长度、隐窝深度和黏膜厚度。结果试验组雏鸡平均日耗料量(29.82±1.05)g,对照组雏鸡平均日耗料量(28.85±0.79)g,二者无差异(P>0.05);试验组雏鸡平均日增重为(13.5...

[目的]本研究旨在全基因组范围内识别木霉(Trichoderma guizhouense) NJAU 4742(NJAU 4742)的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),探究lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[方法]用链特异性RNA-seq技术,对重寄生过程中与病原菌互作接触前、后以及独立培养的木霉菌进行转录组测序;构建生物信息学流程,识别lncRNA并用RSEM和DESeq2软件分析lncRNA在重寄生过程中的表达情况;对lncRNA的靶标预测和表达情况进行分析,探索lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[结果]在木霉NJAU 4742中识别了1 676个lncRNA,其中包含1 049个基因间型lncRNA,590个反义型lncRNA,32个正义型lncRNA以及5个内含子型lncRNA。与编码基因相比,lncRNA的外显子数量偏少,序列长度偏短,表达量偏低,在基因组上的跨度偏短。靶标预测结果显示:1 496个lncRNA能够靶向2 269个蛋白编码基因,其中1 492个lncRNA以顺式作用形式靶向2 262个编码基因,4个lncRNA以反式作用形式靶向7个编码基因。GO功能分类结果显示:代谢过程(metabolic process)、催化活性(catalytic activity)和细胞过程(cellular process)是lncRNA靶标分布数量较多的3个类别。KEGG通路分析结果显示:信号转导(signal transduction)、转运与分解代谢(transport and catabolism)和碳水化合物代谢(carbohydrate metabolism)是lncRNA靶标分布数量较多的3类通路。进一步分析发现:147个lncRNA靶向编码碳水化合物活性酶和蛋白酶的基因以及次生代谢物合成相关的基因,其中30个lncRNA在重寄生过程中表达水平发生显著变化,有10个lncRNA的表达和靶标基因显著相关。[结论]木霉在NJAU 4742中存在长链非编码RNA,部分成员参与对病原菌重寄生过程的调控。

采用鸭源贝氏隐孢子虫卵囊经口感染2日龄雏鸡,感染剂量分别为8×10~5,16×10~5,32×10~5,64×10~5个/只,设空白对照组.在 PID5,PID10,PID25各取2只鸡进行病理剖检并取其喉头、气管、法氏囊进行扫描电镜观察.在 PID20和 PID25对各试验组动物进行称重,并在 PID25全剖杀实验动物采摘法氏囊并称重;计算各组动物法氏囊与体重元比.结果表明:接种后第4 d 在各组鸡粪便中查到隐孢子虫卵囊.持续排卵囊时间25 d 左右;排卵囊高峰期分别为8×10~5为 PID8～15,16×10~5为 PID12～16,32×10~5为 PID5～16,64×

采用Ⅰ群禽腺病毒血清4型(FAdV-4)人工感染白羽肉鸡，于感染3、6、12、24 h时检测并分析FAdV-4对肉鸡外周血细胞、血液生化指标和炎症因子的影响.结果表明，3～24 h时，被FAdV-4感染的时间越长，肉鸡外周血细胞病毒载量越高.对于外周血细胞，肉鸡红细胞数与病毒载量呈负相关，感染6 h时较未攻毒组显著减少(P<0.05),甘油三酯浓度较未攻毒组显著下降(P0.05),感染3、12、24 h时较未攻毒组显著增加(P<0.05).可见，感染FAdV-4后，白羽肉鸡的红细胞数、血脂浓度和总蛋白含量下降，白细胞数和血糖浓度升高，极大地促进外周血炎症因子的释放，产生了严重的炎症反应.

【目的】通过RNA-Seq技术筛选不同颜色山羊嘴唇色素代谢相关的候选基因，初步揭示山羊嘴唇黏膜颜色差异形成的分子机理，为动物黏膜色素代谢研究提供理论依据。【方法】以嘴唇等面部可视黏膜颜色存在差异的酉州乌羊（乌黑色）和板角山羊（粉色）为研究对象，采用Illumina Hiseq 2000测序平台对嘴唇黏膜组织进行转录组测序，所得序列经质控、组装后，以|log2(Fold Change)| > 1，qvalue< 0.05为标准筛选差异表达基因，并对差异表达基因进行功能注释和富集分析。【结果】利用RNA-Seq技术共筛选出249个基因差异表达，其中与粉色嘴唇黏膜组织相比，乌黑色嘴唇黏膜组织中上调基因有218个，下调基因有31个。23个差异表达基因被划分在9种TFs家族中，其中14个基因属于含有锌指结构域的转录因子家族。GO功能富集分析结果显示，差异表达基因主要参与离子转运相关生物学过程和分子功能。KEGG代谢通路富集结果显示，差异表达基因显著富集于催产素、钙、cGMP-PKG信号通路，以及肥厚性心肌病、心脏肌肉收缩等7个与肌肉组织功能相关的信号通路，其中钙和cGMP-PKG信号通路与色素代谢密切相关；此外，ASIP等12个基因富集到MAPK信号通路、cAMP信号通路、黑色素合成信号通路（Melanogenesis）等色素代谢核心通路中；CALML6、OXTR、ATP1A2、ATP1B4等4个差异表达基因同时富集到多条与色素代谢相关的通路。qRT-PCR结果与测序结果一致，表明测序结果可靠。【结论】初步确定ASIP基因为山羊嘴唇色素代谢的候选基因，CALML6、OXTR、ATP1A2、ATP1B4等4个基因参与了山羊嘴唇黏膜色素沉积过程，为研究山羊黏膜色素代谢的分子机制提供理论基础，也为探究人类黏膜异常着色的分子机制提供参考。

为选择出合适的基因差异表达分析流程，本研究基于松辽黑猪和长白猪脂肪转录组数据，对TopHat2、HISAT2、STAR3种比对工具以及DESeq2、edgeR、limma 3种差异表达基因筛选工具的性能进行分析，并结合KEGG通路富集结果进行综合评价。结果表明：1)HISAT2拥有最快的运行速度，STAR拥有最高的唯一比对率。经综合考虑，本研究选取HISAT2数据进行后续差异表达基因筛选分析。2)DESeq2筛选出616个差异基因，edgeR筛选出890个差异基因，limma筛选出829个差异基因，三者有246个差异基因重合。3)DESeq2、edgeR、limma的上调差异表达基因分别富集到110、108和142条通路，其中有72条通路重合，而下调差异表达基因分别富集到190、247和177条通路，其中有158条通路重合。本研究推荐使用HISAT2进行基因组比对。当研究不存在生物学重复时，推荐使用edgeR进行差异表达基因筛选。而为了减少分析过程中的假阳性，可以选择DESeq2或者两个及以上工具的差异表达基因的交集。本研究将有助于研究人员从转录组数据中获得更好、更全面的生物学见解。

本研究利用ＲＮＡ－ｓｅｑ技术对父本、母本、子代不育茶树花三个样本花的转录组进行测定，经组装分析获得４０３ ４６９条高质量的ＵＮｉｇｅＮｅｓ。将获得的ＵＮｉｇｅＮｅｓ与ｓＷｉｓｓ－ＰＲＯＴ、ＴＲｅＭＢＬ、ＣＤＤ、ＰＦＡＭ、ＮＲ和ＫＯｇ库进行ＢＬＡｓＴ，共注释到３０７ ２９１条ＵＮｉｇｅＮｅｓ。ＫＯｇ功能分类显示，有２３ ７３９个ＵＮｉｇｅＮｅｓ被分为２５类。Ｋｅｇｇ通路分析表明，共识别出２６ ９６７个ＵＮｉｇｅＮｅｓ涉及的ＰＡＴｈＷＡｙ有３２８个。ｓｓＲ查找发现，从４０３ ４６９个ＵＮｉｇｅＮｅｓ中找到４６ ４４０个含有ｓｓＲ序列。这些信息为茶树不育基因筛选、不育机理研究以及分子标记开发奠定了基．．．

通过对牙鲆(Paralichthys olivaceus)进行转录组测序(RNA-seq),利用Micro SAtellite(MISA)软件对1~6个碱基重复、碱基数在10 bp以上的微卫星进行鉴定。结果表明,牙鲆转录组水平上,共发现42 183个SSR位点,分布在26 457条Unigene上,发生频率为27.12%,平均密度为339个/Mbp。获得的SSR一共有216种重复基元,其中二核苷酸重复基元类型数量最多,共有17 570个,占所鉴定SSR总数的41.65%。同时用SPSS statistics 20.0软件对牙鲆转录组SSR的多态性进行了评估。

通过对牙鲆（Ｐａｒａｌｉｃｈｔｈｙｓ ｏｌｉｖａｃｅｕｓ）进行转录组测序（ｒＮａ－ｓｅｑ），利用Ｍｉｃｒｏ ｓａｔｅｌｌｉｔｅ（Ｍｉｓａ）软件对１～６个碱基重复、碱基数在１０ ｂＰ以上的微卫星进行鉴定。结果表明，牙鲆转录组水平上，共发现４２ １８３个ｓｓｒ位点，分布在２６ ４５７条ｕＮｉｇｅＮｅ上，发生频率为２７．１２％，平均密度为３３９个／ＭｂＰ。获得的ｓｓｒ一共有２１６种重复基元，其中二核苷酸重复基元类型数量最多，共有１７ ５７０个，占所鉴定ｓｓｒ总数的４１．６５％。同时用ｓＰｓｓ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ２０．０软件对牙鲆转录组ｓｓｒ的多态性进行了评估。