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[期刊] 中国科学技术大学学报
[作者]
侯文韬 王亮 徐达 陈宇星 周丛照
ABC转运蛋白,即ATP结合盒转运蛋白(ATP binding cassette transporters),是一类广泛存在于生物界的主动运输蛋白.它由四个结构域组成:两个跨膜结构域(transmembrane domain,TMD)和两个核酸结合结构域(nucleotide-binding domain,NBD).ABC转运蛋白通过NBD水解三磷酸腺苷(adenosine triphosphate,ATP)将底物逆化学势能经由TMD进行跨膜运输.ABC转运蛋白广泛参与各种生理过程,因为几乎所有具有生理功能的分子都是ABC转运蛋白的底物.人类基因组共编码48个ABC转运蛋白,其功能的异常与人类重大疾病直接相关.本文简要介绍人类ABC转运蛋白的分类和结构特征,并着重关注人类ABC转运蛋白结构与功能研究的最新进展以及与人类重大疾病的关系.
关键词:
ABC转运蛋白 分类 结构 人类疾病
[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘宏毅 陈全助 叶小真 陈慧洁 李慧敏 冯丽贞
[目的]利用生物信息学方法探讨ABC转运蛋白在焦枯病菌对桉树侵染过程中的解毒作用,为揭示桉树焦枯病致病机制奠定基础。[方法]本文利用BLAST、HMMER、Pfam数据库、TCDB数据库在全基因组内对桉树焦枯病菌的ABC转运蛋白进行鉴定和分类,并通过Prot Camp和IBS分别进行亚细胞定位和结构域图绘制,依据同源性对其功能进行推测分析。[结果]表明:桉树焦枯病菌共有70个ABC转运蛋白,它们分属于8个亚族。71%的转运蛋白位于细胞膜,10%位于液泡,其余部分位于线粒体、过氧化物酶体、内质网等内膜系统上
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
邵若玄 沈忆珂 周文彬 方佳 郑炳松
ABC(ATP-binding cassette)转运蛋白家族庞大,种类繁多,包括全转运子和半转运子等2种类型。全转运子的核心单元包括2个核苷酸结构域(NBD)和2个跨膜结构域(TMD),而半转运子只含有1个膜结构域(MSD)和1个NBD。植物ABC转运蛋白不仅参与植物体内激素、脂质、金属离子、次生代谢物和外源物质的运输,并且有利于植物与病原体间的相互作用和植物体内离子通道调控等重要的生理过程的进行,是一类重要的跨膜运输蛋白家族。HUGO系统中ABC家族分为A~H 8个亚族,模式植物基因组测序的完成极大促进了ABC转运蛋白的研究与发现,近几年已从多种植物中克隆了不同亚族的基因并研究其表达与功能...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
杨凡 李治平 董迎辉 任建峰
腺苷三磷酸结合盒转运蛋白(ATP binding cassette transporter, ABC transporter)家族是最古老的膜蛋白家族之一,广泛存在于原核生物和真核生物体内,利用ATP水解释放的能量对氨基酸、脂质、抗生素等物质进行跨膜运输,参与生物体内多种生理活动。目前,对软体动物ABC转运蛋白家族的鉴定,仅在虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)和长牡蛎(Crassostrea gigas) 3种双壳类中有系统研究,对缢蛏(Sinonovacula constricta) ABC转运蛋白家族的鉴定和表达模式分析尚未见报道。利用缢蛏基因组和转录组数据,运用本地及NCBI在线BLAST程序、FGENESH+、SMART、ExPASy、MEGA X、Mev 4.90和MapInspect等生物信息学分析工具,在全基因组水平系统地鉴定出52个缢蛏ABC转运蛋白,并对转运蛋白基因外显子数目、染色体定位等信息进行分析;通过系统进化分析,将缢蛏ABC转运蛋白家族分为8个亚家族,即ABCA~ABCH;通过比较分析不同物种ABC转运蛋白家族,推测基因串联复制事件对软体动物ABC转运蛋白家族成员数目的增加有影响。ABC转运蛋白基因在缢蛏不同发育时期和组织的表达分析显示,ABCC和ABCG亚家族多个基因在缢蛏稚贝时期表达量达到最高值,ABC转运蛋白基因在鳃、肝胰腺与性腺中表达种类较多。软体动物作为第二大动物类群,目前仅有3个物种的ABC转运蛋白得到了系统分类,缢蛏ABC转运蛋白基因家族的系统鉴定与表达模式分析为研究软体动物ABC转运蛋白基因的进化和缢蛏ABC转运蛋白功能提供了基础资料。
关键词:
缢蛏 ABC转运蛋白 序列分析 表达模式
[期刊] 中国卫生经济
[作者]
方俊 韦克俭
疾病费用(Cost of Illness)是由于疾病、残疾、死亡而导致的直接与间接的社会经济损耗。疾病费用研究(Cost of IllnesStudies)是通过对疾病费用的估价,确定疾病对社会经济的影响程度。一、直接费用(Direct Costs)是社会在疾病预防、诊断、治疗、康复
[期刊] 中国科学技术大学学报
[作者]
卫浩 许德晨 崔杨 魏开举 袁斯明 刘扬中
铜转运蛋白hCtr1细胞膜内的C端区域对于细胞的铜转运过程具有重要作用,然而这一结构域对铜离子的捕获和胞内蛋白的铜分布机理尚不清楚.为了研究hCtr1蛋白的C端结构域与铜的结合方式,通过紫外-可见吸收光谱、核磁共振谱和质谱等方法,对C端8肽(C8)与铜离子的结合进行了分析.结果表明,一价铜离子对C8有很高的亲和力(log K=16.6).C8能够结合多个铜离子,其HCH基序中的组氨酸和半胱氨酸残基是铜结合位点,而另一个天冬氨酸残基也可能参与铜结合.进一步研究发现,铜离子能够从C8转移到Atox1.实验数据揭示了铜与hCtr1结合的详情,也有助于理解铜在细胞中的分布.
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
凡婷婷 张佳琦 刘会君 王凤敏 马宇航 吴宇伟 胡恒康 黄有军 李岩 王克涛 黄坚钦 张启香
【目的】研究高效利用氮素基因铵态氮转运蛋白基因JrAMT2,对核桃Juglans regia的品种改良、快速生长及产量形成有重要意义。【方法】以核桃JrAMT2过表达幼苗为实验材料,对JrAMT2基因进行生物信息学分析。通过基因表达量和表型测定对核桃JrAMT2过表达植株生长发育、氮素吸收、叶绿素质量分数、叶绿素荧光进行理化分析。【结果】JrAMT2基因在核桃JrAMT2过表达植株中稳定表达。与野生型相比,核桃JrAMT2过表达株系的株高、节间长、生物量等生长参数显著提高(P<0.05),核桃幼苗的株高、节间长增加,最高可增加68.2%和50.3%,植株地上部分、地下部分生物量显著增加,地上部分最高可增加56.26%(鲜质量)和56.26%(干质量),地下部分最高可增加344.38%(鲜质量)和354.33%(干质量);核桃JrAMT2过表达株系地下部分对铵态氮及硝态氮的吸收显著提高(P<0.05),最高可提高114.1%和70.3%,其中JrAMT2基因介导了铵态氮从地下部分到地上部分的运输,地上部分铵态氮质量分数显著增加(P<0.05),最高可增加59.1%;核桃JrAMT2过表达植株叶绿体表面积与单层细胞表面积比率、叶绿素质量分数显著增加(P<0.05),最高可增加22.94%和74.3%;对叶绿素荧光参数分析,核桃JrAMT2过表达植株叶片放氧复活体活性、量子产额、电子传递效率均显著提高(P<0.05)。【结论】核桃JrAMT2基因在核桃幼苗生长发育、氮素吸收和光合作用中均有积极显著调控的作用,为进一步研究核桃快速繁育提供一定的理论依据,且为筛选优良品种奠定一定基础。图9表2参41
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
陈苗 艾雪 金松恒 江敏利 郑炳松
固醇转运蛋白(SCP-2,也称非特异性脂类转移蛋白)是一类碱性小分子蛋白质,存在于过氧化物酶体中,在体外可以增强质膜间胆固醇和脂类的运输,广泛存在于细菌、古细菌和真核生物中。大量的研究表明,它与多种物质的代谢过程有关,但由于它复杂的结构和功能,其具体作用机制目前仍未被明确阐述。为此,作者着重以真核生物SCP-2家族为例,介绍了SCP-2结构域的进化、结构与功能近年来的研究进展,并对SCP-2基因家族及SCP-2蛋白应用前景作了论述。
关键词:
生物化学 固醇转运蛋白 分子结构 功能
[期刊] 林业科学
[作者]
唐征 杨凯 冯永庆 曹庆芹 沈元月 秦岭
利用RACE技术从板栗短雄花序突变体中扩增得到660bp的板栗脂质转运蛋白(lipid transfer protein,LTP)cDNA片段。该cDNA编码118个氨基酸,具有8个位置保守的半胱氨酸(C)残基及26个氨基酸的信号肽,它与棉花、草莓脂质转运蛋白氨基酸序列相似性为63%,基因序列已提交数据库(GenBank),其登录号分别为FJ490676(基因)和ACL01093(蛋白)。荧光定量分析表明板栗短雄花序突变体较正常雄花序的脂质转运蛋白表达量更高。将板栗脂质转运蛋白基因插入到硫氧还蛋白融合表达载体pET32a(+)中,构建了板栗的原核表达载体pET-LTP,在大肠杆菌菌株Roset...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
黄伟奇 胡昌泉 苏军 朱祯 林文雄 王锋
ATP/ADP转运蛋白(AATP)在质体膜上负责外源ATP的转入,直接关系到质体内ATP浓度,从而可能影响质体内相关的一些重要代谢途径(如淀粉合成).本研究利用4个转基因结构(水稻aatp正反义转基因结构和菊芋aatp正反义转基因结构),采用农杆菌介导法获得了113个转基因水稻克隆.PCR、Southern Blot验证和后代遗传分析表明,外源基因多数以较低拷贝数整合到水稻基因组中.RT-PCR相对定量检测分析表明,插入基因在水稻中高水平表达,且与内源aatp基因在转录水平上存在复杂的相互干扰,反义植株aatp的转录水平比正义株系的低.
[期刊] 中国卫生经济
[作者]
陈金华 王小万
前人对疾病的费用已作了不少研究。常用费用——效益分析(CBA)、费用——效果分析(CEA),以及其它有关方法(如确立优先权Priority等)来研究疾病的费用。为了便于比较各种不同的研究,需要有统一的方法。以往由于研究的背景、所用的方法及资料来源不同,对同一疾病的两个研究可能出现明显的差异。因而不能比较他们的结果。为了说明这个问题,兹举例如下: Levine(1971)在美国对精神病的费用作了5个不同的研究,以便分析该病
[期刊] 水产学报
[作者]
张雪娟
评《水产动物疾病学》《水产动物疾病学》一书已于1993年11月由上海科学技术出版社出版了。它是我国出版的第一本内容包括淡水、海水及海淡水增养殖鱼类、甲壳类、软体类、两栖类和爬行类等水产经济动物疾病的病原、流行情况、症状、病理、诊断、预防和治疗知识的专...
[期刊] 中国科学技术大学学报
[作者]
王子 廖结楼
三磷酸腺苷结合盒式(ATP-binding cassette, ABC)输出转运体是一类典型的蛋白质分子机器,这类分子机器通过门控运动进行“向外打开”(outward-facing, OF)和“向内打开”(inward-facing, IF)构象态之间转换,从而把底物转运输出生物膜外。尽管结构和功能的研究已取得重大进展,但对ABC输出转运体构象门控的分子机制还没有完全理解。由于全原子分子动力学存在长时间尺度问题,因此对ABC蛋白质分子构象变化不能进行完全描述。本文应用粗粒化分子动力学(CG-MD)结合改善的抽样方法,对细菌ABC输出转运体Msb A进行计算模拟研究。本文计算得到的平均力势(potential of mean force, PMF)表明,从OF构象态到IF构象态之间的转变需要经过一个“阻塞态”(occluded state, OC),即Msb A的内门和外门都是关闭的状态。这种阻塞状态对ABC输出功能的方向单一性具有重要意义。我们的CG-MD计算模拟结果显示,随着Msb A的核苷酸结合域(nucleotide binding domain,NBD)的分离,外门的关闭和内门的打开是采用高度协作的方式。基于本文的计算模拟结果,我们提出了一个与目前文献中发表的有很大不同的机械力学模型,揭示了ABC输出转运体通过构象门控运动输运底物的分子机制。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
贺晓燕 龚义勤 徐良 赖德强 温天彩 柳李旺
运用PCR和RT-PCR技术从萝卜中克隆出RsIRT1基因,其cDNA包含一个长度为1 038 bp的开放阅读框,编码345个氨基酸,蛋白质相对分子质量为36.37×103。TMHMM Server v2.0分析RsIRT1蛋白有8个跨膜结构域,推测为一种膜蛋白;蛋白序列同源分析表明,萝卜RsIRT1(AFJ05595)与拟南芥AtIRT1(XP-002869968)、遏蓝菜TcIRT1-P(CAL25151)的遗传距离最近。半定量RT-PCR表达分析表明,正常铁营养时RsIRT1基因在萝卜花瓣、花蕾、叶片和根中均不表达,缺铁胁迫及缺铁加镉(100 mg·L-1)胁迫下表达,且缺铁加镉胁迫下,...
关键词:
萝卜 IRT1基因 镉 表达分析
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
王绍良 张雯宇 高志民 周明兵 杨克彬 宋新章
【目的】鉴定毛竹Phyllostachys edulis磷转运蛋白Ⅰ(phosphate transporter 1, PHTⅠ)家族基因,分析其表达模式。【方法】利用生物信息学方法,鉴定毛竹PHTⅠ家族成员,分析基因启动子调控元件、编码蛋白的理化性质、基因结构、氨基酸保守基序、基因在染色体的位置、组织表达特异性、基因适应性进化及系统进化等。【结果】毛竹中共鉴定出20个PHTⅠ家族基因(PePHTs),分布在10条染色体上,均定位于细胞膜。每个基因都含有1~2个内含子,PePHTs启动子序列中包含干旱、低温等非生物胁迫以及赤霉素等激素类响应元件。毛竹PHTⅠ大部分为碱性蛋白质,分子量为48.61~71.89 kDa,理论等电点为6.84~9.30,疏水性值均大于0,都属于疏水蛋白。基因适应性进化分析显示:大多数PePHTs的选择压力值小于0,说明多数基因受到负选择压力。转录组表达图谱表明:PePHTs在不同组织中的表达存在差异性,说明该基因家族在毛竹生长发育过程中发挥着不同的作用。系统进化树表明:PePHTs都聚类在第Ⅰ亚家族,并且优先和水稻Oryza sativa聚类在同一支上。【结论】PHTⅠ家族在植物吸收和转运磷的过程中扮演了重要作用。本研究结果为深入研究毛竹PHTⅠ家族基因的功能奠定了理论基础。图5表1参45
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