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[期刊] 水产学报
[作者]
宋陈 吕毛琳 张郑玮 高泽霞 刘寒
为探究不同鱼类嗅觉器官组成差异及V1Rs基因的进化规律，实验采用组织形态学方法比较了9种鱼类的嗅囊结构特征，并通过比较基因组学和生物信息学手段对V1Rs基因家族进行鉴定、序列结构及进化分析；利用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对泥鳅V1Rs基因的组织表达模式进行分析。结果显示，6种鲤形目鱼类的嗅基板类型均为G型，鲇形目为H型，而鲈形目则有F型和G型两种，嗅基板数量在9种鱼类中差异较大，其中大口黑鲈的嗅基板数量最少，只有7个，黄颡鱼最多，有80个。研究共鉴定出58个完整的V1Rs基因，这些基因属于G蛋白偶联受体家族。V1Rs基因分为6个亚型(V1R1、V1R2、V1R3、V1R4、V1R5、V1R6),9种鱼类基因组中均有1个V1R1和V1R2基因，但翘嘴鲌基因组中缺少V1R3和V1R4基因，鳜缺少V1R5基因，而团头鲂、黄颡鱼和翘嘴鲌各有2个V1R5基因。qRT-PCR结果显示，与对照组相比(肌肉组织)，除V1R3b外，泥鳅V1Rs基因均在雌、雄嗅囊中显著高表达，但在脑和触须中的表达量较低，在性腺组织中，雌、雄泥鳅V1Rs基因表达量存在明显差异，其中，V1R1、V1R4、V1R5、V1R6在精巢中的表达量显著高于卵巢，而V1R3b基因在雌性泥鳅性腺中显著高于雄性，V1R2和V1R3a在雌、雄泥鳅中则没有显著性差异。本研究不仅阐明了不同鱼类嗅囊组织结构和V1Rs基因拷贝数、进化差异，结果也为后续深入探究鱼类异性识别的嗅觉分子基础和V1Rs基因在繁殖中作用机制奠定基础。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈华夏 申国境 王磊 邢永忠
通过分析4个完成测序和注释的植物基因组,系统地分离鉴定了97个水稻、玉米、高粱和拟南芥的CCT结构域基因,并对相应蛋白质的结构和基因之间的系统演化关系进行了分析。结果表明:CCT结构域基因的蛋白质结构和特性在不同物种之间具有广泛的变异;不同基因组中CCT结构域基因通过染色体复制扩展了基因家族成员。根据其CCT结构域分为4组,其中1个亚组集中了绝大部分的禾本科CCT结构域基因,该亚组基因可能特异参与了禾本科作物开花时间的调控。基因家族成员的扩展,蛋白质结构的改变以及基因表达模式的变异共同导致了CCT结构域基因家族成员在物种间和物种内的功能分化。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张国俊 王婷婷 胡利宗 李书粉 高武军
为全面了解苹果基因组中热激转录因子(Hsf)的序列特征及进化,采用生物信息学手段,在苹果全基因组水平上鉴定出50个MdHsf基因,并对其系统发育关系、序列特征、表达情况以及选择压力进行详细分析。系统发育与序列分析显示:与拟南芥和水稻相似,50个MdHsf基因可分为A、B、C 3个亚族;2个或多个MdHsf基因位于同一个末端进化支,说明该基因家族在苹果中发生了物种特异性扩增;尽管MdHsf基因的内含子数目和长度变异较大,但其蛋白的保守基序和功能结构域具有较高的保守性,这可能与功能约束有关。基于EST数目,可
关键词：
苹果 热激转录因子 表达 进化
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
易晓燕 李丰成 郭凯 张冉 李旭凯 王友梅 彭良才 谢国生
从生物信息学和基因表达的角度,鉴定OsGT61家族成员的结构特征和组织表达特性。结果表明,OsGT61家族含有25个成员,分为3个亚类。A、B和C亚类分别含有19、3和3个成员,其基因的外显子数介于1~7个。其蛋白质大小为49.1~73.8ku,pI为5.4~10.4。该家族蛋白质的C端motif较为保守。而且,它们含有Ser/Thr激酶的磷酸化位点分别为9~29个和3~13个,Tyr激酶的磷酸化位点小于7个。但是,该家族成员的糖基化位点相对较少,16个成员存在1~4个O-糖基化位点,3个蛋白存在1~2个N-糖基化位点。基因表达芯片聚类分析和半定量RT-PCR检测表明,OsGT61基因家族主要...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
邹智 杨礼富 安锋 林位夫
LHCI是植物光系统I(PSI)中与色素分子结合的一系列膜蛋白,由Lhca基因家族编码,主要参与光能的捕获与传递。虽然Lhca基因家族已在拟南芥、水稻、杨树等模式植物中得到了系统鉴定,但在以高光效和高生物量著称的大戟科植物中,至今还未见Lhca类基因的报道。研究基于蓖麻、麻风树、木薯和橡胶树等4种大戟科植物已公布的基因组和EST数据对Lhca基因家族进行全面鉴定,并分析了其基因结构、生化特性及进化关系。结果表明,蓖麻、麻风树、木薯和橡胶树分别含有6、6、9和9个Lhca基因,分属于Lhca1、Lhca2、Lhca3、Lhca4、Lhca5和Lhca6等6个亚家族,每个亚家族含有1~2个成员不等...
[期刊] 华北农学报
[作者]
孔维龙 张康达 吴俊池 张丽平 潘辉 唐嘉蔚 傅小鹏
为了进一步了解MADS-box家族基因的功能,利用生物信息学的手段,首次对甜菜MADS-box基因进行了全基因组的鉴定,并对其染色体定位、系统发生关系、基因结构、保守元件、表达模式以及蛋白功能联系进行预测和分析。结果表明,甜菜MADS-box基因共34个成员,其中,typeⅠ成员7个和typeⅡ成员27个,typeⅠ进一步分为Mα(3)、Mβ(1)、Mγ(3)3个组;typeⅡ进一步分为MIKCC(22)和MIKC*(5)2个组,MIKCC组可进一步分为AG(2)、AGL12(2)、AP3-PI(4)、B
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
邹智 安锋 杨礼富 王真辉 袁坤
基于已公布的基因组和EST数据,研究对蓖麻、麻疯树、木薯和橡胶树4种大戟科植物的Lhcb基因家族进行系统鉴定,并在此基础上分析其基因结构与进化关系。结果表明,蓖麻、麻疯树、木薯和橡胶树分别含有10、10、13和15个Lhcb基因,分属于Lhcb1、Lhcb2、Lhcb3、Lhcb4、Lhcb5、Lhcb6、Lhcb7和Lhcb8等8个亚家族,每个亚家族包含1～4个成员不等,基因的内含子数目在0～5个之间,部分基因还存在可变剪接形式。进化分析显示,Lhcb1、Lhcb4、Lhcb5和Lhcb7亚族早于单细胞的藻类中就已产生,Lhcb3和Lhcb6亚族在光合生物向陆地进化后产生,Lhcb2亚族存在...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
肖婕 王梦娅 吴绍轩 汪波 胡景杰 包振民
酪氨酸酶蛋白家族(tyrosinase gene family)是一类调控黑色素合成的关键酶,在黑色素细胞形成的过程中起着不可替代的作用,然而Tyr基因家族在东星斑体色形成中的潜在机制尚不清楚。豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)俗称东星斑,是我国重要的热带经济养殖鱼类,但是人工养殖的东星斑因环境等变化而逐渐出现体色变淡或者变黑的现象,严重影响其品质和经济价值。本研究从东星斑全基因组中共筛选鉴定获得5个Tyr基因家族成员,氨基酸序列比对结果显示不同物种间的同源基因保守性较高,尤其是Tyr家族典型的酪氨酸酶功能域在不同物种各成员之间均具有高度保守性。系统发育和共线分析均显示东星斑Tyr基因家族进化过程中存在基因复制和丢失现象。此外,荧光定量PCR结果表明Tyr基因家族所有成员在东星斑黑色个体的皮肤组织中表达量均显著高于红色个体(P<0.05)。本研究初步鉴定和分析了东星斑Tyr基因家族在其体色形成中的作用,旨为深入解析东星斑酪氨酸蛋白酶基因家族的进化及功能机制提供依据。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨雪 刘翠晶 杨美英
【目的】研究禾本科植物谷胱甘肽过氧化物酶（ＧＰＸ）基因家族的序列及其在正常生长和胁迫条件下的表达差异，为揭示ＧＰＸ基因在植物抵抗逆境胁迫中的作用奠定基础。【方法】利用生物信息学方法，分析水稻、短柄草、高粱中１８个ＧＰＸ基因的序列特点、基因结构和系统进化关系；采用反转录ＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）方法，分析１８个ＧＰＸ基因在正常生长以及１－氯－２，４－二硝基苯（ＣＤＮＢ）、双氧水（Ｈ２Ｏ２）、莠去津（ＡＴＲＡｚｉＮｅ）和水杨酸（ＳＡ）处理后，水稻、短柄草和高粱的根、茎、成熟叶、幼叶、叶鞘，以及正常生长条件下发芽２Ｄ后幼苗根和芽中的表达情况。【结果】从水稻、短柄草和高粱基因组中分别鉴定出６，５，７个ＧＰ．．．
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
姜晓梦 袁振 朱方捷 周晶 毛飞 林冬梅 林占熺
采用生物信息学方法鉴定了巨菌草(Cenchrus fungigraminus Z. X. Lin&D.M. Lin&S. R. Lan sp. nov.)中CAMTA(calmodulin-binding transcription activator)转录因子的家族成员，并对其蛋白序列的理化性质、基因结构、保守基序、保守功能结构域、系统进化发育关系、启动子区域顺式作用元件进行了分析；探讨了巨菌草CAMTA((CfuCAMTA))家族成员在干旱胁迫下转录水平的变化，以及CfuCAMTA转录因子对响应干旱胁迫的影响.结果表明：巨菌草CAMTA家族共有15个成员，其中仅CfuCAMTA10和CfuCAMTA11较为稳定，不稳定系数小于40;多数成员为不稳定蛋白质；巨菌草和紫象草CAMTA基因的亲缘关系最近；4个CAMTA转录因子的表达水平随干旱时间的延长，在第14天表达量达到最大，说明这些CAMTA参与了干旱胁迫的响应.
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
牛佳斌 唐凯 夏迎萌 刘同坤 孙小川 段伟科 黄志楠
[目的]本研究旨在鉴定辣椒硝酸盐转运蛋白（NRT）基因家族成员，分析其基本性质、染色体定位、进化关系、在不同组织和果实不同发育阶段中及不同非生物胁迫下的表达特征，以期为辣椒NRT基因功能和抗逆性研究奠定基础。[方法]利用生物信息学方法在辣椒‘遵辣1号’基因组中鉴定NRT基因家族并分析其理化性质、基因结构、染色体定位、共线性、顺式作用元件分布和进化关系等，利用转录组数据分析辣椒NRT基因在不同组织和果实不同发育阶段的表达特征，利用RT-qPCR技术分析在不同非生物胁迫下的表达模式。[结果]辣椒中共包含73个CaNRT基因，不均匀的分布在10条染色体上。系统进化表明，CaNRT基因可分为3个亚家族，同一亚家族具有相似基因结构和保守基序。顺式作用元件分析结果表明CaNRT可能受光、激素、逆境胁迫等多种因素调控。CaNRT1亚家族成员主要在根、茎、叶中表达量较高，CaNRT2亚家族在任何时期表达量都较低，CaNRT3亚家族存在组织表达差异性，主要在根中高表达。逆境胁迫数据表明，CaNRT1.18、CaNRT3.3、CaNRT3.1、CaNRT2.1、CaNRT1.23在低温、高温、干旱、盐和氧化处理下明显响应，所有CaNRT基因在低温处理时均有不同程度的正向响应。[结论]本研究在辣椒基因组中共鉴定获得73个CaNRT基因，筛选出多个在辣椒生长发育和逆境胁迫中具有重要作用的关键基因。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李新福 谢元澄 张庆波 赵兴波 顾垚 朱翔 谢庄 李齐发
根据黄牛DAZL基因序列设计引物,通过PCR扩增和克隆测序获得牦牛睾丸组织DAZL基因编码区序列,利用生物信息学软件分析牦牛DAZL基因编码区序列结构以及与其他物种的系统发育关系。结果表明:牦牛DAZL基因cDNA序列长度为1 782 bp,编码区全长885 bp,编码295个氨基酸,与黄牛的氨基酸序列同源性为98.31%;牦牛DAZL蛋白含有DAZ基因家族所具有的典型的RNA结合域和DAZ重复基序。系统发育分析显示:牦牛与黄牛首先聚为一类,然后与哺乳纲的其他物种相聚,而与鱼纲、爬行纲动物的亲缘关系最远。
[期刊] 水产学报
[作者]
董传举 张江凡 李胜杰 吕红皂 聂国兴 李学军
为了研究鲤科鱼类最具代表性的二个物种—鲤和草鱼IL17受体基因家族的起源进化,实验采用比较基因组学和生物信息学的方法,分别在鲤和草鱼基因组数据库进行序列比对和注释,然后对得到的基因进行结构域和系统发育学分析,最后在12个不同组织中进行基因表达分析研究。结果显示,在鲤和草鱼中分别注释得到9个和5个IL17受体基因家族成员。系统发育分析显示,该基因家族不存在鱼类特有的基因,在硬骨鱼类中具有一定的保守性。比较基因组学结果显示,与四足动物相比,大多数硬骨鱼类中IL17受体基因没有明显增多。鲤与草鱼等其他硬骨鱼类相比,除IL17RB以外,其余IL17受体基因家族成员均加倍。不同组织的表达分析结果显示全基因组复制后不同基因拷贝的功能发生了分化。研究表明,虽然硬骨鱼经历第三轮全基因组复制,但是由于复制发生时间久远,大多数基因已经发生改变或退化,进而在基因组中丢失。而鲤第四轮基因组复制时间发生在820万年前,复制发生时间较近,故复制后的基因基本得以保留。但是对于一些具有特殊功能的高度保守基因(例如IL17RB),也会发生在极短时间内出现丢失现象。鲤和草鱼健康组织的表达谱分析结果同样表明,鲤IL17受体基因的不同拷贝之间已经发生了快速进化及亚功能化,并且这种现象在鲤四倍体基因组中普遍存在。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王小非 刘鑫 苏玲 孙永江 张世忠 郝玉金 由春香
【目的】从番茄全基因组中鉴定LBD基因,并进行基因进化、基因结构、染色体定位以及组织表达和诱导表达分析,为番茄LBD基因的功能研究与利用奠定基础。【方法】利用番茄基因组数据库,通过生物信息学手段,鉴定番茄LBD家族成员;采用MEGA5软件进行系统进化树分析;通过perl程序、MapDRAW及GSDS工具进行基因结构及染色体定位分析;利用已有的番茄芯片数据进行组织表达谱和基因表达响应分析。【结果】系统分析鉴定了46个番茄LBD家族基因,根据基因结构及系统进化分析将其分成class I与class II两类,细分为5个亚家族(Ia、Ib、Ic、Id与II)。基因定位表明,12条染色体中的10条均有...
关键词：
番茄 LBD基因家族 系统进化 基因表达
[期刊] 华北农学报
[作者]
雷忠萍 贺道华 海江波 邢宏宜 赵俊兴 程雪妮
扩展蛋白具有松驰细胞壁和增加细胞壁柔韧性的功能。为了弄清该基因家族在雷蒙德氏棉中的特征，利用隐马尔科夫模型（ＨＭＭ）在雷蒙德氏棉基因组中进行扩展蛋白家族基因成员的鉴定，获得了３９个扩展蛋白基因家族成员，分布在１２条染色体上。系统发育分析将其归入ＥＸＰＡ、ＥＸＰＢ、ＥＸＬＡ和ＥＸＬＢ共４个亚家族，分别含有２６，４，３，６个基因。各亚家族中扩展蛋白基因具有相对多样化的基因结构；扩展蛋白基因家族在进化中经历了３次扩张；染色体片段重复是该基因家族扩张的主要方式；扩张后纯化选择占主导地位。比较棉纤维发育不同时期及叶片、花瓣的深度测序和基因芯片表达谱，发现大部分扩展蛋白基因参与了雷蒙德氏棉纤维、叶片和花瓣．．．
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