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[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
赵莹莹 郑先虎 匡友谊 马立鸣 何川 朱晓琛 董婧 魏华 孙效文
为比较不同金鱼品种线粒体基因组的差异,通过PCR对虎头、红头白蛋、红白文、高头红文、墨龙睛、黑水泡眼和红朝天龙共7种金鱼线粒体基因组进行扩增,利用Clustal Omega和Contig Express等软件进行序列的比对和拼接,并利用MEGA 7.0和DNA SP 5.0等软件分析不同品种金鱼的线粒体基因组的基本特征、基因排列以及基因组序列的差异情况。结果表明:7种金鱼线粒体基因组全序列长度均为16580bp,基因排列顺序完全相同,排列紧凑,均含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区);ND6和8个tRNA基因在L链上编码,其他基因均在H链上编码。金鱼线粒体基因组和13个编码蛋白的基因的碱基组成具有AT偏好性,A+T含量分为57.7%和58.1%;预测了金鱼22个tRNA的二级结构,大部分tRNA基因都形成典型的三叶草结构,仅tRNA~(Ser)(AGN)缺少DHU臂。在D-loop区中的识别出1个终止序列区(TAS)、3个中央保守区(CSB-F、CSB-E和CSB-D)和3个保守序列区(CSB-1、CSB-2和CSB-3)。对线粒体基因组的全序列比对结果显示,仅存在4个变异位点,且均为非简约信息位点,其中D-loop区变异位点1个,ND2基因2个,ND5基因1个。7种金鱼的线粒体基因组缺乏简约性信息位点,因此线粒体基因组或基因在金鱼系统发育提供的遗传信息将十分有限。
关键词：
金鱼 线粒体基因组 变异位点
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
申欣 王海青 王敏晓 刘斌
利用长PCR扩增获得太平洋磷虾的线粒体DNA,结合鸟枪法和引物步移法测定太平洋磷虾的线粒体基因组。结果表明,太平洋磷虾线粒体基因组全长为16898bp,在最大非编码区中存在一个串联重复区域(4.7×154bp)。在15个主编码基因中,变异位点数最多的是nad5基因(319～321个),其次为nad4基因(284～285个)和cox1基因(232～233个)。因此,nad5基因和nad4基因可以作为候选的分子标记,用于分析磷虾类不同的物种和群体之间的生物多样性。对比泛甲壳动物的原始排列,太平洋磷虾和南极磷虾线粒体基因组共享3个转运RNA基因(tRNALeu(CUN)、tRNALeu(UUR)和t...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
申欣 田美 孟学平 程汉良
综合分析了软骨鱼10个物种的线粒体基因组全序列,全面揭示软骨鱼线粒体基因组的基本特征、蛋白质编码基因和差异位点等。软骨鱼10个物种线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因,而且其基因排列完全相同。真鲨目和鳐形目线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1(0.019 1~0.156 4),显示出较强的纯化(负)选择。基于线粒体基因组构建的系统发育树结果显示,软骨鱼纲分为两支:全头亚纲和板鳃亚纲。在板鳃亚纲内部,鳐形目和鲼形目聚为一支;真鲨目、鼠鲨目、须鲨目、虎鲨目和角鲨目聚为一支,其亲缘关系为:{[(真鲨目+鼠鲨目)+须鲨目)]+虎鲨目}+角鲨目。软骨鱼线粒体基因组差异位点...
[期刊] 水产学报
[作者]
王攀攀 谢姝敏 于世豪 陈昊 邢超凡 高焕 阎斌伦
为了进一步分析日本囊对虾两种表型差异类型的系统发育关系，实验系统比较了两种类型线粒体全基因组的基因结构、遗传距离和密码子偏好性等特征。结果显示，两种类型线粒体基因组的基因重叠区、基因间隔和密码子等方面均存在差异。两种类型的线粒体蛋白编码基因核苷酸序列的相似度为91.10%～95.00%，氨基酸序列的相似度为96.15%～100%。两种类型的A+T富集区的同源性只有82.60%，分歧度为15.40%，呈现高度遗传分化。日本囊对虾两种类型蛋白编码基因的核苷酸序列分歧度大于明对虾属和叉肢螯虾属，但氨基酸序列的分歧度小于后者。研究发现，基于cytb基因的种间遗传距离大于种内遗传距离的10倍；基于cox1基因的种间遗传距离分别是类型Ⅰ和类型Ⅱ的种内遗传距离的14.6倍和5.2倍。两种类型的nd1、nd4和nd5基因的Ka/Ks值大于1，表明受到正向选择。基于20种隶属9属的对虾线粒体基因组蛋白编码序列构建系统发育树，结果显示能有效地区分各属对虾，其中日本囊对虾的两种类型首先聚类，再与宽沟对虾聚类。以上结果表明日本囊对虾的两种表型差异类型基本达到物种水平，有必要进一步评估更多的性状差异，以提高两种囊对虾的特异性养殖技术。
[期刊] 水产学报
[作者]
赖瑞芳 张秀杰 李艳和 吴俊颉 杨东辉 王卫民
基于GenBank中团头鲂线粒体基因组全序列和三角鲂、厚颌鲂、广东鲂的部分线粒体基因组序列,设计引物扩增出三角鲂、厚颌鲂和广东鲂3种鱼线粒体基因组全序列,同时对4种鲂属鱼类线粒体基因组全序列进行了比较分析。结果表明,4种鲂属鱼类线粒体基因组基因排列顺序完全相同,排列紧密,均包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区)。除ND6和8个tRNA在L链上编码外,其余的基因均在H链上编码。4种鲂属线粒体基因组13个蛋白质编码基因中,均呈现出较强的A+T偏向性和C碱基偏好。全序列比对结果显示,共有758个变异位点,其中非简约性信...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
闫永斌 程起群
为了明确鲳属鱼类的线粒体全基因组序列结构、寻找有效的种间鉴别分子标记，并剖析其系统发育信息，以期为鲳属鱼类的分类学、进化遗传学和种质鉴定提供参考依据，测定了鲳属5种鱼类（中国鲳Pampus chinensis、灰鲳P. cinereus、银鲳P. argenteus、珍鲳P. minor、翎鲳P. punctatissimus）的线粒体全基因组序列，并结合NCBI数据库中已有的鲳属鱼类线粒体全基因组序列进行分析。结果显示：1）鲳属线粒体基因组全序列长度在16551bp到18062bp之间，其基因组结构与大多数硬骨鱼类一致；比较特别的是，银鲳和镰鲳具有两个tRNA~(Met)结构，珍鲳出现ND1基因重排以及两个重复的D-loop结构。2）银鲳与镰鲳的D-loop区出现重复CSB3结构，灰鲳与翎鲳D-loop区出现重复TAS结构。3）ND2基因条形码及其微型条形码均可将鲳属鱼类区分开，可作为有效的鲳属鉴别分子标记。4）东海区的银鲳与镰鲳应为同一物种，灰鲳可能为翎鲳的同物异名。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
徐纯柱 张洪海 马建章
利用PCR方法和直接测序技术获得的紫貂线粒体基因组全长为16523bp,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码基因控制区(D-Loop区),碱基组成为A32.0%、C27.6%、G14.7%、T25.8%;在编码蛋白质基因的密码子第3位点处具有AC高偏向性(72.6%),并且频繁利用不完全终止密码子T或TA(7个)。将紫貂线粒体基因组序列提交到GenBank,并获得检索号为FJ429093。结合GenBank中已公布的鼬科其他6种动物的线粒体基因组全序列及貂属6种D-Loop区部分序列,分别以虎和狗獾为外类群,应用最大简约法构建鼬科和貂属物种的系统进化树。结...
关键词：
紫貂 线粒体基因组 进化
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
马志杰
系统了解牦牛线粒体基因组(mtDNA)的研究现状,探究其存在的缺陷与不足,为今后更好地开展牦牛基因组学研究提供依据和基础材料。笔者通过查阅近20年有关牦牛mtDNA研究的文献资料,对牦牛mtDNA全序列和部分序列的研究进展进行综述。自20世纪80年代末以来,mtDNA作为一种很好的分子标记已被研究者用于探究牦牛的起源驯化、遗传多样性、迁徙模式、历史发展动态、分类学地位、适应性机理及系统发育关系等问题,并取得了具有结论性的诸多成果。然而,有关牦牛mtDNA全序列基础上的群体基因组学研究、线粒体转录组和蛋白质组学研究、核基因组与线粒体基因组间的互作和调控研究、线粒体基因组与部分性状间的关联分析等内...
[期刊] 水产学报
[作者]
魏峦峦 沈和定 张雨 方磊 张坤霞 陈诚
采用LA-PCR技术对瘤背石磺线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,瘤背石磺线粒体基因组序列全长13 957 bp,由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和19个长度为2～138 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和8个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为TTG以外,均为典型的起始密码子ATN。COⅢ和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王文明 周开达
对植物细胞质雄性不育分子机理的探索促进了水稻线粒体基因组的研究。线粒体基因组的物理和遗传图谱已经构建。线粒体基因组在不同水稻品种组间存在广泛的多样性。发现线粒体基因组中含有经重排了的叶绿体ＤＮＡ序列；也在核基因组中发现线粒体类质粒ＤＮＡ的同源序列，并且这些同源序列在核基因组中分布于有限的染色体区域。核背景的变换不仅会引起线粒体基因组的结构变异，也会造成线粒体基因的表达差异
[期刊] 水产学报
[作者]
何润泽 周利民 高炳淼 程双怀
为了解轮虫线粒体基因组研究现状和存在的问题，通过对轮虫线粒体基因组研究相关文献的搜索、收集、阅读和归纳总结，通过对轮虫线粒体基因组序列进行分析和统计，提出轮虫线粒体基因组研究发展趋势及应用。随着分子生物学技术特别是测序技术的发展，轮虫线粒体基因组序列测定相关研究也逐步开展起来。目前已经报道的轮虫线粒体全序列有12个记录，共6种物种，主要集中于蛭态轮虫和臂尾轮属轮虫，蛭态轮虫线粒体基因组含1条环形染色体，臂尾轮属轮虫含两条环形染色体。所有轮虫线粒体基因组均含有基本的13个线粒体蛋白质编码基因，2个rRNA编码基因，22个tRNA编码基因(18～32个)。另外，少数轮虫如萼花臂尾轮虫含有额外的cytb基因拷贝。由于轮形动物中的轮虫体型微小，克隆培养困难，研究人员相对较少，轮虫线粒体基因组测序有待进一步深入。线粒体基因组研究中获得的序列可以用于轮虫系统发生关系研究、轮虫线粒体基因组比较学研究、轮虫隐种研究、轮虫分子鉴定研究、轮虫地理谱系学研究。
关键词：
轮虫 线粒体基因组 序列测定
[期刊] 水产学报
[作者]
龚理 张莹 韦丽明 鲁鑫婷 刘炳舰 刘立芹 吕振明
近年来，线粒体基因组被广泛应用于物种鉴定、群体遗传、系统演化及适应性进化等领域。十足目异尾次目是一类体型介于虾类和蟹类之间高度特化的甲壳动物，在海洋生物系统演化研究中具有十分重要的意义。然而，与短尾次目相比，人们对异尾次目线粒体基因组关注度明显不足；迄今为止对该类群线粒体基因组及基因重排现象仍缺乏系统全面的了解。本研究综述了异尾次目线粒体基因组的研究现状，并对GenBank数据库已公布的26种异尾次目线粒体基因组全序列进行了比较分析，总结了该类群线粒体基因组的基本特征。在此基础上，首次分析了该类群线粒体基因组常见的重排类型及可能的重排机制。比较发现异尾次目线粒体基因组均发生了重排，表现为15种不同重排类型；这些重排事件都可以用复制-随机丢失模型和线粒体内重组模型进行合理的解释。综述还对重排现象在异尾次目系统发育中的应用进行了探讨，以期为异尾次目线粒体基因组进化及系统发育研究提供科学依据。
关键词：
十足目 线粒体基因组 基因重排 系统发育
[期刊] 华北农学报
[作者]
保长虹 李昭楠 关却多杰 李长忠 尹格玛 贺彩霞 金文杰 周叶吉 陈艳霞
为正确区分青海湖裸鲤和花斑裸鲤，向科学研究及偷捕鱼货物的司法鉴定提供相应的数据支撑。对青海湖裸鲤和花斑裸鲤的线粒体基因组进行测序和生物信息学分析。此外，基于36种鲤科鱼类的线粒体全基因组序列用最大似然法(ML)构建鲤科鱼类系统发育树。结果表明，青海湖裸鲤线粒体基因组全序列全长为16 720 bp,包括13个蛋白编码基因，22个tRNA基因，2个rRNA基因和1个D-Loop控制区，整个青海湖裸鲤线粒体基因组的核苷酸组成为28.68%A、27.29%T、18.16%G及25.87%C,AT偏向性显著(55.97%)。花斑裸鲤线粒体基因组全序列全长为16 760 bp,包括13个蛋白编码基因，22个tRNA基因，2个rRNA基因和1个D-Loop控制区，整个花斑裸鲤线粒体基因组的核苷酸组成为28.63%A、27.22%T、18.26%G及25.88%C,同样具有明显的AT偏向性(55.85%)。青海湖裸鲤和花斑裸鲤线粒体基因组所有蛋白编码基因以ATG作为起始密码子，绝大多数蛋白编码基因以TAG或TAA作为终止密码子，少数以不完全密码子(T--)作为终止密码子，所有的tRNA基因均能形成典型的三叶草结构。系统发育分析结果显示，裸鲤属所有物种都聚为一个类群，并与光倒刺鲃、大理裂腹鱼和扁吻鱼的亲缘关系较近。该研究基于线粒体基因组的系统发育分析未将青海湖裸鲤和花斑裸鲤准确区分，但为重新建立更清晰的鲤科鱼类分类体系奠定了基础。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李昭楠 李长忠 孔令财 保长虹 贺彩霞 金文杰 陈艳霞
【目的】获得三倍体虹鳟线粒体基因组(mtDNA)全序列,揭示其序列的主要结构特征,探究三倍体虹鳟系统发育相关信息,丰富鲑科鱼类mtDNA数据库,为三倍体虹鳟进化和系统发育研究提供参考。【方法】选取健康状况良好且规格相似的三倍体虹鳟3条,采集其背脊上部肌肉组织,提取基因组DNA,检测DNA质量后通过Illumina测序技术对三倍体虹鳟mtDNA进行测序、组装和注释,并进行生物信息学分析;基于已报道的27种鲑科鱼类的mtDNA,运用邻接法(neighbour-joining,NJ)构建鲑科鱼类系统发育树。【结果】三倍体虹鳟mtDNA全长为16 655bp;A+T含量较高(54.06%),G+C含量较低(45.94%),其碱基组成有明显的A/T偏向性。三倍体虹鳟mtDNA包括13个蛋白编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码控制区(D-loop区)。13个蛋白编码基因中,除cox1的起始密码子为GTG外,其他12个基因的起始密码子均为ATG,终止密码子均为TNN;2个rRNA基因总长度为2 606 bp,22个tRNA基因中除trnS1外,其余21个基因均能形成典型的三叶草结构;D-loop区在环状的DNA分子中位于trnF和trnP之间。系统发育树结果显示,28个物种明显分为2个大的支系,鲑亚科的麻哈鱼属、副哲罗鱼属、细鳞鲑属、哲罗鱼属、红点鲑属、鳟属的鱼种聚为一支,其中三倍体虹鳟和虹鳟最先聚为一支,表明其亲缘关系最近;茴鱼亚科茴鱼属和白鲑亚科的白鲑属、柱白鲑属鱼种聚为另一支。【结论】获得了三倍体虹鳟mtDNA,三倍体虹鳟与虹鳟亲缘关系最近。
关键词：
三倍体虹鳟 线粒体基因组 系统进化
[期刊] 水产学报
[作者]
赵莲 李志辉 张培 薛蓓 赖晓芳 高焕 阎斌伦
为获得三疣梭子蟹线粒体全基因组(mt DNA)SNP突变位点,本研究针对其mt DNA全序列设计了179对引物,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对SNP进行了筛查。在179对引物中,有89对引物具有特异性扩增结果;进一步研究表明,89对引物中共有22对引物的扩增区域含有SNP突变位点,共包含24个SNPs。统计结果显示,三疣梭子蟹线粒体基因组中的SNP分布频率为0.15/100 bp,其中转换突变比例为79.1%、颠换突变比例为16.6%;C/T(G/A)突变比率为79.1%、G/T(C/A)突变比
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