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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
郑敏 黄梅清 车勇良 邵良平 陈少莺
根据已发表的猪圆环病毒2型(PCV2)基因序列,分段设计2对PCV2特异性引物,用PCR方法扩增近年从福建省部分发病猪场分离鉴定的7株PCV2的全基因序列并进行比对分析.结果表明:7株PCV2基因组全长1767 bp,与GenBank上发表的17株PCV2参考毒株的同源性为94.7%-99.5%;7株PCV2分离株之间的全基因同源性高达98.4%-99.5%;7株PCV2 ORF2编码蛋白均具有很强的亲水性和抗原性,其核苷酸及推导的氨基酸同源性高达98.9%-99.7%和97.9%-99.6%,与参考毒株的同源性分别为91.1%-99.7%和85%-100%,存在一定的差异.可见,7株PCV2...
关键词：
猪圆环病毒Ⅱ型 全基因组序列 比较
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
卢权威 郭官鹏 崔保安 陈红英 魏战勇 郭敬 吴宇阳 李坤 钞安军
【目的】对河南部分地区疑似猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)感染猪进行病毒分离鉴定,并对分离株的全基因组序列进行分析。【方法】对郑州、焦作两地疑似PCV2感染的猪淋巴结、脾脏和肺脏组织进行PCR检测,对检测为阳性的病料进行PCV2的分离,利用间接免疫荧光试验和PCR扩增进行初步鉴定。用PCR扩增PCV2全基因,经克隆、测序后,用MEGA5.1软件对克隆的序列与GenBank上获取的其他PCV2全基因组进行序列比对。【结果】分离到2株病毒,分别命名为ZHENGZ-12株和JIAOZ-12株。间接免疫荧光试验结果显示,感染病毒的细胞出现了特异的亮绿色荧光...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
温立斌 何孔旺 杨汉春
【目的】确定猪体内存在与猪圆环病毒2型核苷酸序列高度同源的因子。【方法】首先利用PCR方法对来自临床表现为猪断奶后多系统衰竭综合征的猪血清所抽提的DNA进行扩增,根据获得的序列再设计引物进行反向PCR,拼接得到类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列,最后根据P1全基因组序列设计引物扩增其全基因组加以验证。【结果】首次完成了类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列测定。测序结果表明P1因子为环状DNA基因组,全长648个核苷酸,包括3个开放阅读框。除5′端16个核苷酸外,P1因子与国内猪圆环病毒2型BF毒株的核苷酸同源率为98.42%。系统进化分析表明P1与猪圆环病毒有很近的亲缘关系。【结论】猪体...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张梦珂 杜柏槐 陈绍红 刘铀
【目的】本文研究了广东猪圆环病毒2型(PCV2)基因的遗传变异。【方法】采集来自不同猪场疑似PMWS的组织样品15份,用PK-15细胞增殖病毒,并进行间接免疫荧光试验鉴定,采用PCR方法扩增PCV2全基因组序列,分析其核苷酸和氨基酸序列的变异情况。【结果】GD-1和GD-2属于PCV2d亚型,其基因组由1767个核苷酸组成;GD-3,GD-4和GD-5属于PCV2a亚型,基因组由1768个核苷酸组成。5个分离株的核苷酸序列同源性为95.0%~99.9%;PCV2分离株ORF1的核苷酸和氨基酸序列高度保守,其同源性分别为96.8%~100%和99.4%~100%;GD-1和GD-2由702个核苷酸组成,编码233个氨基酸,GD-3、GD-4和GD-5由705个核苷酸组成编码234个氨基酸,5个分离株ORF2的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.9%~99.9%和88.0%~100%。【结论】广东省确实存在PCV2,但可能存在由PCV2b到PCV2d的变异。因此,有必要进一步研究PCV2基因变异对其致病性与Cap蛋白抗原性的影响,为培育和筛选更为有效的疫苗株奠定基础。
关键词：
猪圆环病毒2型 全基因组 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
汤智慧 郭抗抗 张彦明 王津津 李宇立 向华
【目的】分离得到猪圆环病毒2型(PCV-2)陕西杨凌株,测定病毒滴度(TCID50),并进行全基因组序列比对,为研制针对性更强的PCV-2疫苗提供理论依据。【方法】从经PCR检测为猪圆环病毒2型阳性的病料中,分离病毒并接种PK-15细胞,通过PCR检测、间接免疫荧光试验及电镜观察,对分离病毒进行鉴定;用免疫过氧化物酶细胞单层试验(IPMA),测定分离毒株的TCID50,并对其全基因组序列进行测定与分析。【结果】分离得到1株猪圆环病毒2型毒株,分离株在PK-15细胞上的TCID50为10-4.75。全基因组序列同源性比对发现,分离株与一加拿大分离株(DQ200735)同源性最高(99.4%)。【...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈美玲 陈焕春 宋云峰 黄红亮
参照Genbank上公开发表的PCV1 全基因序列设计引物,以质粒pSK PCV为模板扩增出PCV1 ORF2基因,插入pMD18 T载体,对筛选出的阳性质粒进行测序,将测序结果同Genbank上发表的PCV1 基因序列相比较,同源性达97%,再与Genbank 上发表的PCV2 的ORF2 基因序列相比较发现PCV1 ORF2 和PCV2 ORF2的差异表现在两者在核苷酸序列的2个部位互相存在基因缺失现象。将推导出的PCV1 ORF2 的氨基酸序列同PCV2 ORF2进行比较,发现二者在几个功能区相当保守,尤其是N 末端的核定位序列、N 糖基化位点以及酪氨酸磷酸化位点。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
吴美洲 陈芳洲 李中华 万胜锋 叶十一 何启盖
为研究猪流行性腹泻病毒（ＰＥＤＶ）变异株特性，通过细胞培养、细胞病变（ＣＰＥ）观察、ＲＴ－ＰＣＲ、间接免疫荧光实验和透射电镜观察分离鉴定１株ＰＥＤＶ变异株（ＣＨ／ＹＮＫＭ－８／２０１３株）并分析了全基因组序列。运用基因组分段扩增方法，测得该毒株的全基因组序列（ＧＥＮＢａＮＫ登录号为ＫＦ７６１６７５．１）。该毒株Ｓ基因Ｎ端比ＣＶ７７７毒株Ｓ基因的Ｎ端长９ＢＰ，包括１５ＢＰ的插入和６ＢＰ的缺失，表明ＣＨ／ＹＮＫＭ－８／２０１３为变异毒株。同源性分析显示，该毒株的基因组序列与我国广东２０１１年分离毒株ＬＣ的同源关系最近，相似性为９９．６％，与韩国毒株ＫＮＵ－１３０５和美国毒株ＵＳａ／ＭｉＮＮＥＳｏＴ．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨增岐 田小艳 张涌 祝卫国 王旭荣 谢俊良 杨永宁 张锦俊
根据GenBank中猪圆环病毒1型(PCV1)和2型(PCV2)的序列,设计2对PCR引物,对疑似PCV2感染猪的血液、肺脏和淋巴结等病料进行套式PCR扩增检测,并对PCR检测为PCV2阳性的病料进行PCV2分离与鉴定。结果显示,PCV2在PK-15细胞上生长良好,但增殖较慢且不产生细胞病变;在第12代细胞培养物中用间接免疫荧光试验(IFA)和PCR扩增反应均能检测到PCV2,且特异性很强。表明试验分离的病毒为PCV2。
[期刊] 华北农学报
[作者]
禹乐乐 滕蔓 罗俊 迟佳琦 余祖华 柴书军 梁晓晓 张改平 王爱萍
为了解猪源乙型脑炎病毒(JEV)的全基因组结构及其分子进化规律,测定了3个JEV猪源分离株(BSF.ZZ-1、BSF.ZZ-3和CSF.XZ-2D)的全基因组序列,并对它们的氨基酸序列进行了分析。结果表明,CSF.XZ-2D全长为10 976 nt,而BSF.ZZ-1和BSF.ZZ-3全长均为10 977 nt,在后2个毒株基因组的10 701 nt位点处均有1个插入碱基"G"。BSF.ZZ-1、BSF.ZZ-3、CSF.XZ-2D与SA14株核苷酸和氨基酸同源性较高,核苷酸同源性都为99.4%,氨基酸同源性均为99.0%,与猪源分离株HW(HW1)、HWe(HW2)和SH0601的核苷酸与氨...
关键词：
猪 乙脑病毒 全基因组 系统进化分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
王小敏 何孔旺 王东田 周忠涛 茅爱华 俞正玉 汪伟 倪艳秀 温立斌 张雪寒 郭容利 李彬
旨为分离得到1株猪圆环病毒2型毒株,对其生物学特性进行鉴定,测定其TCID50,并进行全基因组比对分析。利用细胞传代的方法对PCR检测为PCV1阴性、PCV2阳性的病料进行病毒分离,分离毒株接种PK15细胞,通过PCR检测和间接免疫荧光进行鉴定。并对分离株的TCID50和全基因组序列进行了测定与分析。成功分离得到猪圆环病毒2型,命名为2010AHCY株,其基因组全长为1 767 bp,在PK15细胞上的TCID50为104.23。全基因组序列分析表明,该分离株与其他参考毒株核苷酸同源性为93.2%～99.9%,与HM038030 PCV2d的同源性最高,为99.9%。系统进化树分析表明,分离株...
关键词：
猪圆环病毒2型 分离 鉴定 遗传变异
[期刊] 中国农业科学
[作者]
马勋 陆承平
设计18对PCR引物分片段扩增猪戊型肝炎病毒新疆分离株swCH25全基因,对两末端采用末端快速扩增方法(RACE)进行扩增,扩增产物克隆到pMD18-T载体并测序。用DNAstar软件进行序列同源性分析,PHYLIP软件绘制基因进化树,在全基因序列的基础上比较猪HEV与其它HEV基因型的差异和人源HEV的关系。结果显示swCH25全序列除去3′poly(A)尾,由7243个核苷酸组成,ORF1～3分别编码含1070,674和114个氨基酸的蛋白质。全基因序列与HEVⅠ、Ⅱ和Ⅲ型同源性73.5%～75.7%,与Ⅳ型的同源性为83.5%～89.8%,其中与Ⅳ型中国人源T1株最高,达89.8%。OR...
关键词：
戊型肝炎病毒 基因型
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘慧芳 张莉娟 李宁求 梁红茹 林强 刘礼辉 牛银杰 付小哲
【目的】对加州鲈弹状病毒弱毒三水株(MSRV-SS-7)及其母源株(MSRV-SS)进行全基因组克隆和测序分析。【方法】采用分段扩增方法对MSRV-SS-7及MSRV-SS基因组核心序列进行PCR扩增,第1轮根据鳜鱼弹状病毒(SCRV)基因序列(NC_008514.1)设计10对引物进行扩增并测序;在第1轮扩增产物测序、拼接基础上,设计8对引物进行第2轮扩增,拼接后获得基因组核心序列。同时用cDNA末端快速扩增法(RACE)获得3′和5′末端序列。采用Vector NTI 8.0对基因组核心序列和末端序列进行拼接,获得基因组全序列,使用Clone Manager 8.0对MSRV-SS-7和MSRV-SS进行序列比对分析;同时使用DNAMAN将基因组G基因序列转换为氨基酸序列,并通过MEGA 5.0与其他鱼类弹状病毒的G蛋白氨基酸序列进行进化树分析。【结果】MSRV-SS-7及其母源株MSRV-SS基因组全长均为11 548 bp,包含N、P、M、G、L等5个结构基因,基因组结构为3′Leader-N-P-M-G-L-Trailer 5′;MSRV-SS-7与MSRV-SS全基因组中共有10处核苷酸不同。G蛋白进化分析表明,MSRV-SS-7及母源株MSRV-SS与SCRV亲缘关系最近,且与鲈鱼弹状病毒属(Perhabdovirus)聚为一支。【结论】克隆分析了MSRV-SS-7的全基因组序列,可以用于后续活疫苗的开发。
[期刊] 华北农学报
[作者]
高晓云 顾阳 潘鑫龙 郭小参 崔保安 陈红英
为了确定河南部分地区按照正常免疫程序接种猪伪狂犬病病毒(PRV)基因缺失苗的猪场是否发生了PRV野毒感染,了解新流行株的主要毒力基因g E是否发生变异,利用PCR方法,对南阳、周口、巩义、济源、漯河、原阳等地采集的疑似PRV感染的病料进行检测。对PCR检测为阳性的病料接种猪睾丸细胞,传至6代,分离出9株PRV,克隆其g E全基因并进行序列分析。结果表明,9株PRV均能扩增出1 862 bp的g E基因,且彼此之间同源性为99.9%~100%,与其他PRV毒株同源性为97.5%~99.6%。9株分离株处于一大分支上,且均含有2个氨基酸插入,在448位和510位均发生氨基酸置换。结果表明,分离株均...
关键词：
猪伪狂犬病毒 g E基因 克隆 序列分析
[期刊] 林业科学研究
[作者]
罗辑 周国英 朱积余
油桐尺蛾核型多角体病毒广西株基因组序列由Sanger测序的方法得到。拼接后获得了121 268 bp序列,GC含量为36.76%。以长度不小于50 aa的序列认定为功能基因,共预测到131个开放阅读框,通过Blast比对,其中87个能注释到功能基因。对基因组序列进重复序列分析,共发现SSR位点174个,同源重复序列1个。在SSR位点中,包含6种长度的重复基序,且以富含AT的重复基序为主。同源重复序列两端为一59 bp片段或其一部分组成的重复序列,两端分别重复12次和7次,中间则为一段与重复片段无关的236 bp片段。与武汉株相比,广西株病毒在37个核心基因中有4个存在蛋白序列长度上的差异,而在...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
曾显成 吴异健 陈家祥 姚金水 吴宝成
采集福州郊区病仔猪的鼻腔黏液、脑、脾脏、肾脏、淋巴结等组织病料,研磨上清接种到非洲绿猴肾(Vero)细胞和狗肾(MDCK)细胞进行病毒分离,通过对分离病毒株进行形态学、血清学、荧光抗体试验、动物接种试验、PCR试验等鉴定,确定所分离的病毒为猪伪狂犬病病毒(PRV),命名为PRV-FZ株.根据GenBank收录的PRV gD基因的序列设计一对引物,通过PCR方法扩增出约1579 bp的目的片段,并将其克隆到PCAGGS载体进行酶切鉴定、核苷酸序列测定和分析.结果表明,目的片段包含一个1203 bp的开放阅读框,编码400个氨基酸组成的多肽,与GenBank中有代表性的5株参考毒株相应基因序列比较...
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