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[期刊] 水产学报
[作者]
赵玲敏 谢潮添 陈昌生 纪德华
为探讨DNA序列标记技术在坛紫菜种质鉴定中的应用,对10个野生坛紫菜种质材料的5.8S rDNA-ITS区进行PCR扩增和序列分析,结果发现扩增的片段长度在1208～1219bp之间,可以分为ITS1区,5.8S区和ITS2区3个部分,其中5.8S区片段的长度完全一致,均为160bp;ITS1区和ITS2区片段的长度也非常接近,只有几个碱基的差异。多重序列比对发现10个种质材料的ITS区(包括ITS1和ITS2)序列都存在一定差异,序列同源性在95.82%～99.73%之间,而5.8S区序列则完全一致,但与其它种紫菜的5.8S区序列有很大差异,序列同源性在79.7%～95.0%之间。由此认为5...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李玉龙 董婧 孙明 王彬 王文波
由于钵水母类生物地理学研究的缺乏以及不同时期形态变异较大等原因,对其分类鉴定比较混乱和困难。为弥补形态学分类的缺陷,采用通用引物PCR扩增法,测定了分布于黄海北部和辽东湾海域海蜇(Rhopilema esculentum)、沙蜇(Nemopilema nomurai)、海月水母(Aurelia sp.)、白色霞水母(Cyanea nozakii)4种大型水母的ITS-5.8S rDNA序列,同时利用Gen Bank数据库中已有的钵水母纲(Scyphomedusae)ITS1(the Ribosomal First Internal Transcribed Spacer)同源序列对其进行序列分析...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
郭照辉 单世平 张德元 刘清术 魏小武 杜东霞
采用梯度浓度驯化方法,从重金属镉污染土壤中分离、纯化1株具有较强镉抗性的菌株(编号为6–5)。经形态观察和生理生化分析、16S rDNA序列同源性比较以及系统发育分析,鉴定该菌株为贪铜菌属细菌,能耐受镉离子的最高浓度为20 mmol/L,在0.54 mmol/L镉离子LB培养基中,该菌株对镉离子的吸附量达72.18%。最低抑制浓度试验结果表明,该菌株对铅、铜、铬、锰、锌也表现出了一定的抗性。
[期刊] 水产学报
[作者]
应成琦 张婷 李信书 田千桃 霍元子 马家海 徐韧 王金辉 何培民
2008年6-7月在青岛近海海域再次发生大量浒苔漂浮现象,并且江苏连云港、如东近海海域也发生了浒苔漂浮现象。实验分别对青岛、连云港、如东海域采集样本进行了nrDNA的ITS全长序列和18S rDNA序列分析及相似性比对。结果表明,青岛、连云港、如东海域主要漂浮种类QD-01(青岛)、QD-02(青岛)、QD-03(青岛)、LY-01(连云港)、RD-02(如东)5个样品的ITS全长序列相似性为100%,表明青岛、连云港、如东三地沿海浒苔漂浮主要种类为同一种浒苔。18S rDNA序列分析结果也支持这个判断。根据相似性比对和BLAST分析结果,如东海域浒苔漂浮种类还发现少量另外2种绿藻(RD-01...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
郑俊斌 张凤英 马凌波 陆亚男
对赤潮多发藻米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)核糖体18S rDNA及其转录间隔(ITS)区序列PCR扩增并测序,获得18S rDNA和ITS基因序列长度分别为1 690 bp和654 bp。结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析,分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域,并用邻接法构建系统进化树,研究各藻种间亲缘关系。遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻(Karena brevis)、微小卡罗藻(Karlodinium micrum)等分类学上较近的藻种18S rDNA序列相似度为97%~99%,远大于微小原甲藻(Prorocentrum minimum...
[期刊] 华北农学报
[作者]
樊连梅 李哲斐 韦革宏
为了发挥微生物和植物在重金属矿尾区铜污染土壤的共同修复作用,本研究从陕西省凤县矿尾区天蓝苜蓿根瘤中筛选分离到一株抗重金属铜的菌株,定名为CCNWSX0020。该菌株在YMA琼脂平板上抗铜浓度为3.0mmol/L,TY液体培养基中抗铜浓度为1.4 mmol/L,因此,它是研究根瘤菌抗铜机制的良好菌株。该菌株经生理生化分析、G+C mol%测定、DNA同源性分析及16S rDNA序列相似性比较,鉴定为苜蓿中华根瘤菌(Sinorhizobium melilo-ti),它与苜蓿中华根瘤菌LMG6133的菌株(GenBank登录号为X67222)相似性为99.7%。由于根瘤菌具有独特的生物学地位,即能够...
关键词：
重金属 铜 根瘤菌 16S rDNA
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
刘长远 赵奎华 傅俊范 苗则彦 梁春浩 陈彦 王辉
由CU-PV 07菌株引起的黄瓜细菌性白枯病已成为黄瓜生产上的主要病害。弄清该致病菌株分类地位及基因序列,对做好病害诊断和防治有重要意义。通过症状观察与对致病菌的生理生化分析、16S rDNA序列分析,结果表明:该病害症状为叶片病斑圆形或近圆形,中间白色膜质,四周具晕圈,病部未见菌脓;CU-PV 07菌株菌体杆状,菌体大小为(1.1～5.2)μm×(0.7～2.1)μm;革兰氏染色反应阴性,鞭毛极生1～2根;分析生理生化指标和16S rDNA序列同源性可知,该病菌CU-PV 07菌株与Pseudomonasviridiflava一致,在构建的系统演化树上应为同一个族群。可见,黄瓜细菌性白枯病菌...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张珏锋 陈建明 陈法军 郑许松 陈列忠 俞晓平
【目的】类酵母菌(Yeast-Like-Symbiots,YLS)是存在于褐飞虱(Nilaparvata lugensStl)腹部的一种共生菌,分离获得该共生菌的离体菌株,并鉴定其种属,对于研究褐飞虱致害性变异具有重要意义。【方法】首次运用卵块离体培养的方法、采用改进后的培养基配方,从褐飞虱体内分离到两株共生菌。并运用分子生物学手段,测定离体菌株26S rDNAD1/D2区域序列,分析鉴定菌株种属。【结果】所得菌株与解脂假丝酵母(Yarrowia lipolytica)、嗜盐梗孢酵母(Sterigmatomyces halophilus)的序列相似性分别达到100%和99.8%。【结论】证明...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
牛东红 李家乐 汪桂玲 姜志勇 张文博 沈玉帮 冯冰冰
采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体(江苏射阳、上海崇明、浙江象山)和三个养殖群体(江苏射阳、上海奉贤、浙江象山)的遗传多样性,共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示,三个野生群体之间出现了明显的遗传分化,其中崇明群体遗传多样性最高,其次为射阳群体,象山群体遗传多样性最低,表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化,且单倍型混杂,聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近,这表明长期的养殖过程在一定...
[期刊] 华北农学报
[作者]
高静 卢萍 王金妞 金凤 恩和巴雅尔
提取小花棘豆(Oxytropis.glabra DC.)、小叶小花棘豆(O.glabravar.tenuis)、刺叶柄棘豆(O.aciphyllaLedeb.)、砂珍棘豆(O.racemusaTurcz.)、多叶棘豆(O.verticillaris(L.)J.N)、黄毛棘豆(O.ochranthaTurcz.)基因组DNA,扩增其5.8SrDNA/ITS序列并测序,将所测序列与GenBank中疏毛棘豆(O.pilosa)和长白棘豆(O.anertii)5.8SrDNA/ITS序列进行同源性比对,利用MEGA4.0软件采用Neighbor-joining法构建系统发育树,旨在为棘豆属下种间及种下...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨霞 陈陆 王川庆
由于16S rRNA基因序列的保守性和存在的普遍性,应用16S rRNA作为分子指标已逐渐成为微生物检测和分类鉴定的一种强有力工具。文章就该基因的特征、研究方法、检测方法及临床应用与研究的新进展等作以简要综述,同时对存在的问题进行了探讨。
关键词：
16S rRNA 分子指标 细菌分类鉴定
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王海妮 吴云锋 安凤秋 顾沛雯 张昭亮
【目的】枣疯病是枣树上由植原体引起的一种毁灭性病害,遍布于中国华北、西北、华东、华南等25个省(市)的枣区,造成了巨大的经济损失。【方法】经PCR扩增,分别对中国陕西的彬县、阎良、武功、佳县、杨凌,河北沧州和山东德州7个枣区的枣疯病样品和杨凌4个酸枣丛枝病样品植原体16SrDNA基因保守序列和延伸因子tuf基因进行克隆和测序。【结果】获得枣疯病和酸枣丛枝病植原体的16SrDNA基因片段均为1239bp,tuf基因均为851bp。通过序列同源性比较,结果表明中国陕西、河北、山东的枣疯病的病原一致,归属于植原体16SrⅤ-B组。由于枣疯病和酸枣丛枝病的植原体16SrDNA有5个碱基的差异,tuf基...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
窦红霞 张彤晴 许志强 陈婵娟 张鑫 葛家春 黄亚红
分析了日本沼虾(Macrobrachium nipponense)线粒体基因16S rDNA部分序列,并将其与GenBank中的相关4属8个种的16S rDNA序列进行了同源性比对,探讨其系统发育关系。结果显示,在分析的442个比对位点中,变异位点188个,简约信息位点125个,碱基转换与颠换值比为1.134。以鼓虾(Alpheus cylindricus)为外群,分别用MP法、NJ法及ML法构建的长臂虾亚科4属的系统发育关系分支图显示:白虾属(Exopalaemon)首先与长臂虾属(Palaemon)以及小长臂虾属(Palaemonetes)聚在一起,然后与沼虾属(Macrobrachium...
[期刊] 水产学报
[作者]
谢潮添 张元 陈昌生 徐燕 纪德华
为了研究坛紫菜在高温胁迫条件下的分子应答机制,应用引物退火控制(ACP)技术对耐高温型纯系(Z-61)叶状体在高温胁迫条件下的差异表达基因进行筛选时,获得了一条核糖体蛋白S7基因的全长序列,命名为Phrps7(GenBank登录号:JF719273)。该基因序列全长702 bp,包含一个585 bp的开放阅读框,其编码195个氨基酸的核糖体S7蛋白(PhRPS7),蛋白分子式为C984H1604N294O283S2,由5条α螺旋,6个片层及6个环状连接组成,与多个物种的RPS7蛋白具有较高的序列一致性(>55%)。系统进化树分析表明,PhRPS7蛋白与真菌的亲缘关系较近,而与其它物种的亲缘关系...
[期刊] 水产学报
[作者]
梅高尚 纪德华 李兵 徐燕 陈昌生 谢潮添
坛紫菜栽培中经常遭遇高温胁迫危害而产生烂菜现象,为研究坛紫菜在高温胁迫条件下的分子应答机制,分离并克隆高温胁迫应答的相关基因,应用引物退火控制(ACP)技术对耐高温型纯系Z-61叶状体在高温胁迫条件下的差异表达基因进行筛选时,获得一条在高温胁迫条件下表达水平显著降低的基因片段,通过5′-RACE技术获得了它的全长,命名为Phrps15a(GenBank登录号:JN991055.1)。该基因序列全长676 bp,包含一个390 bp的开放阅读框编码130个氨基酸的核糖体S15a蛋白(PhRPS15a),蛋白分子式为C664H1066N188O180S7,由3条螺旋、7个片层及8个环状连接组成,与...
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