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[期刊] 水产学报
[作者]
龚理 时伟 杨敏 司李真 孔晓瑜
核糖体基因在很长一段时间内被认为严格遵循协同进化方式,但是在很多种类中都发现了明显的序列多态性,表明其是非协同进化。为了检测鳎科鱼类核糖体内转录间隔区1(ITS1)序列是否存在多态性,并探究其能否作为种类鉴定的分子标记,本研究克隆获得了5种鳎科鱼类共118条ITS1全序列。结果显示,眼斑豹鳎具有两种差异显著的片段类型,表明其在基因组中遵循非协同进化方式;而在其余4种鳎科鱼类中均没有发现序列多态性,表明其为协同进化。序列分析显示ITS1具有明显的种间长度异质性,最短的序列出现在蛾眉条鳎(412 bp),最长
[期刊] 淡水渔业
[作者]
牟希东 白俊杰 汪学杰 罗建仁
对金鱼(Carassius auratus)核糖体转录间隔区(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示,克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp,其中A、T、G、C 4种碱基的含量分别为17.0%、14.6%、33.0%、35.4%;与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示,其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低,在26.0%~61.6%之间;根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树,所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
邱凡 苏永全 傅蒙娜 王军
鲭科(Scombridae)由15属51种表层洄游性海洋鱼类组成,广泛分布于热带和亚热带海域,是重要的经济鱼类。目前关于鲭科鱼类系统发生学的研究主要基于形态学特征。为了从分子水平上阐明鲭科鱼类的分类与系统进化关系,本研究扩增了鲭科7种鱼类的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因1个含311个碱基的序列区和转录间隔区1(ITS1)的1个含644～692个碱基的序列区。采用多个生物软件对序列碱基组成进行分析,计算了Kimura-2parameter遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数。Cyt b和ITS1序列4种碱基平均含量分别是:A为22.8%、G为16.4%、C为31.2%、T为29.5%和A为1...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
梁日深 王超 邹青 周爱国 邹记兴
测定了7种金线鱼属(Nemipterus)及2种锥齿鲷属(Pentapus)鱼类S7核糖体蛋白基因(S7基因)内含子1部分序列,以二线眶棘鲈(Scolopsis bilineatus)做为外类群初步探讨了其分子进化关系。测序所得S7部分序列为734-746 bp,序列比对后得到同源序列743 bp。其中保守位点386个,变异位点351个,简约性信息位点289个。A+T含量(54.1%)高于G+C含量(45.9%)。基于Kimura 2-Parameter模型计算出7种金线鱼的遗传距离为0.042-0.294。S7序列存在大量碱基插入与缺失,其中日本金线鱼(Nemipterus japonicu...
关键词：
金线鱼属 系统发育 S7核糖体蛋白基因
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王暄 梁中伟 裴世安 乐秀虎 李红梅 彭德良
对采集自江苏省徐州、宿迁、连云港和盐城4个地区的15个小麦禾谷孢囊线虫群体进行核糖体DNA-ITS区的RFLP分析。结果表明:测定的所有群体均具有相同的酶切图谱,既具有与国外"B"型群体(印度群体)相同的AluⅠ和RsaⅠ酶切图谱,同时也具有中国群体独特的HinfⅠ和Tru9Ⅰ酶切图谱("C"型)。采用Neighbor-Joining法(MEGA4.0)构建的ITS序列系统进化树显示:所有15个江苏群体均聚在小麦禾谷孢囊线虫组(Heterodera avenae group)下的小麦禾谷孢囊线虫复合种群(H.avenae complex)分支内,且多数江苏群体与草地孢囊线虫(H.pratens...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王翠霞 徐金茹 习雨琳 白雪菲 温晓蕾 段会军
采用镰刀菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物,PCR扩增冬瓜枯萎病菌核糖体基因ITS区,并对产物进行克隆和序列分析;利用Mega 4.1软件对序列及GeneBank中以葫芦科为寄主的镰刀菌不同专化型ITS序列进行聚类。冬瓜枯萎病菌ITS全长1 063 bp,其中包括18S rDNA一部分序列,5.8S rDNA,ITS1和ITS2全部序列及28S rD-NA部分序列。聚类结果将15个菌株ITS序列划分为2个类群,类群I包括4个菌株,分别为2个西瓜枯萎病菌株和2个甜瓜枯萎病菌株;类群II包括11个菌株,其中冬瓜枯萎病菌株就在该类群中,其余为甜瓜枯萎病菌株5个、西瓜枯萎病菌株3个、黄瓜枯萎病菌...
关键词：
冬瓜 冬瓜枯萎病菌 ITS
[期刊] 水产学报
[作者]
俞菊华 李红霞 戈贤平 李建林 唐永凯
核糖体DNA通常被选作系统发育研究的分子标记,核糖体DNA中IGS部分序列的变异在一定程度上影响着生物的生长。报道了中华绒螯蟹核糖体DNA全序列的分离和序列特征。中华绒螯蟹核糖体DNA全长11660bp,包括18S(1873bp),ITS1(317bp),5.8S(163bp),ITS2(614bp),28S(4461bp)和IGS(4240bp);不同部分AT含量在40.1%～48.6%之间,低于果蝇(55.8%～80.0%),高于鲤(22.0%～43.7%)。平均100个核苷酸含简单重复序列(SSR)数由高到低依次为ITS2(0.98%),IGS(0.49%),28S(0.38%),ITS...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨叶欣 刘奕 刘超 宋红梅 汪学杰 牟希东
利用核糖体DNA序列探讨了骨舌鱼科(Osteoglossidae)高阶元的分子系统发育关系。采用分子标记技术,分析测定了现存的7种骨舌鱼核糖体基因,获得了巨骨舌鱼(Arapaima gigas)、尼罗异耳骨舌鱼(Heterotis niloticus)、双须骨舌鱼(Osteoglossum bicirrhosum)、费氏骨舌鱼(O. ferreirai)、美丽硬仆骨舌鱼(Scleropages formosus)、乔氏硬仆骨舌鱼(S. jardinii)和硬仆骨舌鱼(S. leichardti)的rDNA全序列,长度分别为11714 bp、8957 bp、12057 bp、11556bp、10377bp、10724bp和10725bp,GC碱基含量为63.78%～66.13%。采用邻接法和贝叶斯推论法分别构建了系统进化树,结果显示,除ITS1外, 18S、ITS2、28S和18S+ITS1+5.8S+ITS2+28S联合序列建树均与传统的分类相符合,研究结果阐明了骨舌鱼科亚科、属和种间的分类关系,核糖体DNA可作为骨舌鱼科的分子标记。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈琳琳 孔晓瑜 周立石 陈丽梅 喻子牛
以相应引物PCR扩增魁蚶(Scapharcabroughtonii)的核糖体转录间隔子ITS 1和ITS 2片段,测序后得到长度分别为461bp和533bp的核苷酸序列(含引物)。其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为21 91%、24 73%、28 20%和25 16%(ITS 1),27 02%、25 52%、25 52%和21 95%(ITS 2)。将这2个片段与其他双壳贝类的相应片段进行比较,发现ITS 1和ITS 2引物在贝类中具有良好的通用性。比较几种贝类的ITS 1片段发现有1～100bp长度不等、弥散状态的插入/缺失;对5种蚶科贝类的ITS 2相应片段进行比较,发现中间有75b...
关键词：
魁蚶 核苷酸序列 ITS1 ITS2
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
桂仁意 金爱武 高培军 曹福亮
为研究银杏Ginkgo biloba种内核糖体DNA内转录间隔(ITS)区序列的多样性,以具有代表性的10个银杏嫩叶样本为材料,提取基因组DNA后用特异性引物进行PCR扩增,并直接测定其ITS区序列。结果表明,银杏ITS区(内含5.8 S)总长度为1 224-1 226 bp,其中ITS-1长度为821-823 bp,5.8 S长度为162 bp,ITS-2长度为241 bp。在全序列范围内,可变位点有28个,占总核苷酸的2.3%,但简约信息位点仅6个,变异量仅有0.5%。银杏的不同样本之间ITS区序列表现出高度一致。图2参13
关键词：
植物学 银杏 内转录间隔 序列测定
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王源超 丁国云 马志超 李德葆
采用真菌核糖体基因转录间隔区域 (ITS)通用引物 ,PCR扩增棉花疫病菌、辣椒疫病菌核糖体基因的ITS1和ITS2 ,并对PCR产物进行了克隆和序列比较。结果表明 :棉花疫病菌的ITS1和ITS2分别由 2 0 6和 45 3个碱基组成 ,而辣椒疫病菌则分别由 174和 432个碱基组成。棉花疫病菌两个菌株之间ITS1和ITS2的同源性均高达 10 0 % ,而棉花疫病菌和辣椒疫病菌ITS1同源性为 70 9% ,其中中间区域 5 2～ 178bp在两种间变异丰富 ,同源性只有 5 4 3% ;ITS2在两种疫霉菌间的同源性为 70 9% ,变异均匀分布于全长序列中
[期刊] 水产学报
[作者]
武宝生 司李真 孔晓瑜 时伟 杨敏
为了探讨ITS1作为分子标记用于鱼类系统演化的适用性,实验选取鲈形目5科11种鱼类为研究对象,包括尖吻鲈科、射水鱼科、军曹鱼科、剑鱼科和鲹科。通过克隆和测序等技术共获得了348条ITS1序列,长度范围为442661 bp;通过对所有序列的长度、变异位点数量、GC含量、核苷酸多样性及单倍型多样性指数等遗传特征比较分析发现,11种鱼类ITS1序列无论是在种内还是在种间,长度和序列都表现出较为明显的多态性。特别是在军曹鱼中,70条克隆的长度范围为648661 bp,但有一条序列存在55 bp缺失,结合该序列的G
[期刊] 水产学报
[作者]
马朋 刘萍 李健
对脊尾白虾的莱州湾、海洲湾、象山湾3个野生群体共计62个个体的核糖体RNA转录单元内间隔区ITS1基因片段进行克隆和测序,对序列特点进行分析,并结合GenBank数据库中已有的长臂虾亚科ITS1同源序列虾类进行系统分析。结果显示,脊尾白虾的ITS1序列具有长度多态性,其长度为345~384 bp,62条序列GC的平均含量显著高于AT含量;共检测到79个变异位点,39种单倍型,多态位点比例为21.7%;海洲湾群体遗传多样性指数最高,象山湾群体次之,莱州湾群体最低。在脊尾白虾ITS1序列中发现微卫星序列共有8处,重复序列类型为(GC)n、(AG)n、(GGC)n、(GGA)n、(AT)n、(GA)...
关键词：
脊尾白虾 ITS1 遗传多样性 系统进化
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张荣 崔晓艳 孙广宇 康振生
采用nested-PCR技术对小麦蓝矮病植原体核糖体蛋白基因片段进行扩增,并对扩增片段进行了序列测定及分析。结果表明,nested-PCR扩增得到约1.2kb的特异片段,经核苷酸序列测定获得小麦蓝矮病植原体核糖体蛋白基因序列(1136bp);小麦蓝矮病植原体(WBD)与16Sr组中的各亚组代表植原体亲缘关系均达到96%以上,其中与三叶草变叶病植原体(CPh株系)亲缘关系最近,核苷酸同源性为99.7%,归为翠菊植原体(CandidatusPhytoplasmaasteris)16Sr-C亚组,该结果与以前报道的利用16SrDNA的分组结果一致,从亚组水平上进一步确定了小麦蓝矮病植原体的分类地位。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孔晓瑜 张留所 喻子牛 刘亚军 王清印
以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段的A、T、G和C碱基含量分别为 2 3.5 7%、2 0 .0 7%、2 9.4 7%和 2 6 .89% (ITS 1) ,2 7.4 3%、19.2 2 %、2 7.0 5 %和2 6 .30 % (ITS 2 ) ,2 9.2 5 %、2 9.2 5 %、2 3.0 2 %和 18.4 9% (1...
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