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[期刊] 海洋渔业
[作者]
张志东 陈爱华 吴杨平 张雨 陈素华 曹奕 曹广勇 田镇
为揭示文蛤属贝类线粒体基因组CDS序列密码子偏好性,采用CodonW、Excel 2007、SPSS 16.0和MEGA 5.0等软件对文蛤(Meretrix meretrix)、斧文蛤(M.lamarckii)、丽文蛤(M.lusoria)、短文蛤(M.petechialis)以及皱肋文蛤(M.lyrata)5种文蛤属贝类,并以青蛤(Cyclina sinensis)为参照进行分析。结果表明:文蛤属贝类线粒体基因组偏爱使用U结尾的密码子,使用频率最高的是UCU,其次是ACU,而对C结尾的密码子使用频率最低。5种文蛤属贝类密码子的偏好性反映出了彼此的亲缘关系,即文蛤与短文蛤亲缘关系最近,其次是丽文蛤,与皱肋文蛤和斧文蛤的关系较远,与青蛤关系最远。
关键词：
文蛤属 线粒体CDS序列 密码子 偏好性
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
黄长兵 沈萍 侯哲
基于15种蔷薇属叶绿体全基因组图谱，筛选其matK基因并对其密码子偏好性进行分析。结果表明：(1)GC_1、GC_2、GC_3的平均值分别为39.09、31.75、27.98,密码子第1位的GC含量最高，第3位的GC含量最低，具有显著差异性；有效密码子数与第3位密码子的GC含量显著相关；(2)GC_3与GC_(12)的相关性不显著，且密码子的偏好性受自然选择的影响；(3)matK基因的有效密码子数低于预期值，位于标准曲线的下方，说明matK基因密码子的偏好性受到了选择的影响；(4)共计29个密码子的同义密码子相对使用度(RSCU)大于1,其中，有27个密码子均以A/U结尾，仅有2个密码子以G结尾，说明matK基因的密码子偏好以A或者U结尾。RSCU较高的3个密码子为UGA(3.00)、UCU(2.08)、ACU(1.98)。
[期刊] 华北农学报
[作者]
晁岳恩 常阳 王美芳 何盛莲 赵献林 雷振生
研究作物叶绿体蛋白编码基因的编码特点,对指导农作物的叶绿体基因工程研究设计,促进外源基因在受体作物中的高效、稳定表达具有重要作用。为此,综合运用了多种分析软件,对7种大田作物的叶绿体蛋白编码基因进行分析。结果表明:叶绿体蛋白编码基因的总碱基构成在7种作物中差异不大,都是A含量最高,而G,C的含量较低;但在密码子第3位的碱基构成上却有明显差别,3种双子叶作物偏爱以C,T结尾的密码子,而禾本科的4种作物则偏爱以T,C结尾的密码子;RSCU(同义密码子的相对使用度)值显示出禾本科作物有26个密码子具有偏好性,而双子叶作物有25个密码子具有偏好性,但二者之间有22个相同的偏好性密码子。基于RSCU值的...
关键词：
作物 叶绿体基因 密码子偏好性 聚类分析
[期刊] 水产学报
[作者]
石彩霞 王瑾璞 张丽 刘彦君 魏念文 岳城 郝翠兰
为确定奇异双身虫线粒体基因组基本结构特征并探究奇异双身虫分类地位，同时了解双身虫科物种的密码子偏好性，实验采用二代高通量测序技术获得奇异双身虫线粒体基因组序列，通过线粒体在线注释网站MITOS对线粒体基因组序列进行注释并通过PhyloSuite (version1.2.2)软件对其结构进行分析，同时对奇异双身虫及其他8种双身虫科物种的线粒体蛋白质编码基因的密码子组成情况及密码子偏好性进行分析。结果显示，奇异双身虫的线粒体基因组序列长度为15 713 bp (大非编码区未测全)，A+T含量为68.7%，表现出明显的AT偏向。系统发育树结果显示，基于现有数据双身虫科物种聚为一支，支持双身虫科物种的单系性。对双身虫科物种的密码子使用偏好进行分析，结果显示双身虫科有效密码子数(ENC)为30.632～37.495，相对同义密码子使用度(RSCU)>1的密码子共有18个，偏好以碱基U(T)结尾。PR2-plot分析结果显示，T的使用频率高于A,G的使用频率高于C，突变和选择等因素均可对密码子的使用偏好产生一定的影响。中性绘图分析显示，奇异双身虫和马口鱼拟双身虫受突变压力的影响分别为61.89%和51.31%，其余7种双身虫受突变压力的影响均小于50%。双身虫科密码子偏好性存在略微差异，但都受突变压力、自然选择和碱基组成的共同影响。本研究可以为后续的系统进化研究提供重要依据。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
黄思琦 张麒功 叶泽霖 覃兴化 汪其双 林协全 郑智位 林文锋 邹小兴
【目的】通过叶绿体基因组密码子偏好性，分析5种柏科植物(秃杉、水杉、杉木、福建柏、日本柳杉)的亲缘关系，筛选出与秃杉亲缘相近者作为异种砧木，为秃杉无性繁殖与规模化生产提供理论参考。【方法】通过NCBI下载并筛选5种柏科植物的蛋白编码序列，使用CUSP、CodonW、SPSS、MAFFT等软件分析密码子偏好性形成模式，并构建聚类树和系统发育树。【结果】5种柏科植物叶绿体密码子的A/T碱基均较多，且第3位以A/T结尾为主；有效密码子数基本高于35,密码子使用偏好性总体较弱；由中性绘图分析、ENC-plot分析、PR2-plot分析可得，密码子偏好性的形成同时受自然选择、碱基突变等多种因素影响，且自然选择是主导因素；通过相对同义密码子分析和最优密码子分析确定AAA、CCA、GCU同时为秃杉、水杉、杉木与福建柏的最优密码子，无以G/C结尾的密码子；秃杉与水杉、杉木、福建柏、日本柳杉共有的最优密码子分别为9、7、11、7个，数量上差异较小；基于相对同义密码子使用度与基于蛋白编码序列构建的进化树结构相似，基于全序列和蛋白编码序列构建的系统进化树均显示秃杉与杉木的亲缘关系最为接近。【结论】叶绿体基因组密码子偏好性可用于异砧嫁接中砧木选择方法的优化，杉木与秃杉的亲缘关系相近，推荐使用杉木作为秃杉嫁接的异种砧木。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
付丽枝 杨涌 郭江辉 刘静 王萌 王旋 王东升 于立洋 张海娥
【目的】旨在鉴定3种栗属植物NAC基因家族，同时分析其密码子偏好性，为进一步探究栗属植物NAC基因家族功能提供重要理论依据。【方法】使用生物信息学方法，对3种栗属植物的染色体位置、系统进化关系、蛋白基序、所受选择压力、密码子偏好性等方面进行分析。【结果】本研究共鉴定到333个栗属植物NAC基因家族成员，其不均等分布在各个染色体上；进化树分析显示其分为5个小组；蛋白基序分析显示5个小组都包含保守的Motif 1～Motif 7；共线性分析显示其在基因组内与组间包含极强的共线性关系且多数共线性基因对都在经历纯化选择压力；密码子偏好性分析显示其密码子偏好性较弱；中性绘图分析与ENC-plot绘图分析显示其密码子偏好性受自然选择压力更大；最优密码子分析显示3种栗属植物的NAC基因家族共同包含11个最优密码子，例如CAU、UAA、GUU等；与模式植物比较密码子使用频率发现拟南芥、烟草、番茄均为3种栗属植物合适的外源受体。【结论】本研究全面了解栗属植物NAC基因家族成员的进化关系、选择压力、密码子偏好性等，为今后期通过分子生物学手段提高栗属植物NAC基因表达效率奠定了理论基础。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨秀瑶 张梦洁 尹拓 韩沛辰 杜朝金 张汉尧
【目的】通过对蒲桃属叶绿体基因组的特征、密码子使用模式以及系统发育分析，探讨蒲桃属系统发育关系及密码子偏好性的形成因素，促进其药用价值进一步开发利用。【方法】本研究以Illumina高通量测序技术获得的红枝蒲桃叶绿体基因组序列和从NCBI直接获取的蒲桃属5个种的叶绿体基因组为研究对象，利用Rstudio及其他软件，分析蒲桃属6个物种叶绿体基因组特征、密码子使用模式和系统发育关系。【结果】蒲桃属叶绿体基因组IR区相对保守，LSC区和SSC区非编码区变异较大，编码区较为保守，但6个物种编码区的ycf1基因表现出明显的变异性；蒲桃属物种大多与桉属聚在同一大支；密码子偏好性分析表明，GC、GC_(1)、GC_(2)、GC_(3)含量均稳定在一个值附近，GC_(3)含量最低仅达28%左右，且RSCU>1的30个高频密码子中有29个以A/U结尾；GC_(3)与GC_(12)的相关系数最大为0.141，未达到显著水平；ENC比值多分布在0.05～0.15。【结论】蒲桃属叶绿体基因组高度保守，与桉属(Eucalyptus）亲缘关系较近。第三位密码子偏好使用A/U结尾，密码子使用模式在受到突变影响的同时，主要受到自然选择的影响。CGU、AGU、AAA、GCU、GGU、GUA、GAA等蒲桃属6个物种的共同最优密码子为蒲桃属叶绿体基因组的最优密码子。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
赵春丽 彭丽云 王晓 陈家兰 王乐 陈何 赖钟雄 刘生财
为明确苋菜AtGAI基因密码子的使用特性,采用CodonW、SPSS软件及EMBOSS在线程序分析苋菜AtGAI基因密码子的偏好性,通过中性绘图、ENc绘图和偏倚分析GAI基因密码子偏好性形成的可能原因。结果表明:1)苋菜AtGAI基因的有效密码子数(ENc)、密码子适应指数(CAI)和GC含量分别为50.75、0.195和41.91%,表明其密码子偏好性较弱,偏好使用A/T结尾的密码子;2)CDS序列及RSCU聚类分析表明,苋菜AtGAI基因与双子叶植物中石竹目含甜菜色素的植物偏好性最相近;3)密码子碱基成分和相关性分析发现,GAI基因的密码子偏好性主要受碱基突变的影响;4)密码子使用频率比较分析发现,酵母真核表达系统更适合苋菜AtGAI异源表达,模式植物拟南芥、烟草、番茄和甜菜均可做为苋菜AtGAI基因的遗传转化受体,其中甜菜是其最理想的遗传转化受体。突变压力是GAI基因密码子偏好性形成的主要因素,苋菜AtGAI基因外源表达和遗传转化时需要根据宿主基因偏好性进行密码子优化和改造。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
刘慧敏 乌云塔娜 杜红岩
杜仲是世界上唯一的硬橡胶树种，是能够替代三叶橡胶的最具开发潜力的胶源植物。本研究以杜仲胶合成下游途径Ｒｅｆ基因为研究对象，运用Ｃｏｄｏｎ Ｗ和ＣＵＳＰＳ等研究Ｒｅｆ基因的密码子组成特点及使用偏好性。研究结果表明，杜仲Ｒｅｆ基因的ＧＣ含量为４９％，密码子第三位碱基的ＧＣ含量为５９％；杜仲Ｒｅｆ基因有２８个偏好使用的密码子，其中约６０％（１７个）的密码子以Ｇ／Ｃ结尾；与大肠杆菌、酵母、拟南芥和烟草的基因组密码子使用偏好性比较，杜仲与拟南芥基因组密码子的使用偏性更为接近，拟南芥更适合作为Ｒｅｆ转基因的受体。本研究为预测杜仲Ｒｅｆ基因的异源表达，适宜表达系统的选择以及Ｒｅｆ基因密码子的改造以提高其在宿．．．
关键词：
杜仲 Ref基因 密码子,偏好性
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
辛雅萱 黎若竹 李鑫 陈丽琼 唐军荣 屈亚亚 杨琳懿 辛培尧 李云芳
【目的】为了明确杧果叶绿体基因组密码子的使用模式,以筛选到的51条CDS蛋白质编码序列为研究对象,进行密码子偏好性分析和对应性分析。同时揭示密码子偏性的影响因素,找出最优密码子,为杧果基因组研究及其遗传改良提供理论基础。【方法】使用CodonW 1.4.2和EMBOSS软件对杧果密码子进行组成分析,获得GC、ENC、RSCU等参数,再进行中性绘图分析、ENC-plot分析以及PR2-plot分析,探究影响密码子使用偏性形成的主要因素,最终获得最优密码子。【结果】1)杧果叶绿体基因组密码子不同碱基位置的GC含量排序分别为GC1(47.25%)> GC2(39.74%)> GC3(29.31%),表明杧果密码子偏好使用以A或T结尾的碱基;2)中性绘图分析中,GC12和GC3的相关系数为0.137,可见这两者的相关性并不显著,说明密码子第3个位置上的碱基可能与前两个位置上的碱基构成不同;3)ENC-plot绘图分析中,大部分基因都离标准曲线有一定距离,表示ENC实际值与ENC预期值之间有一定的差异,说明这些密码子偏好性更多受到选择的影响;4)PR2-plot绘图分析显示,平面图内杧果密码子基因大部分分布在右下方,说明密码子第3位碱基的使用具有偏好性,且各碱基使用频率表现为T高于A、G高于C;5)最终筛选出AGU、UUG、CUU、CAA等17个密码子为最优密码子,其中多数以A或U结尾。【结论】杧果密码子同时受到突变和选择的影响,但更多的是受到选择的作用。通过研究杧果叶绿体基因组密码子使用偏好性特征,探究其密码子偏性的影响因素,找出最优密码子,为杧果基因组水平上的应用和研究提供数据支撑。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
覃兴化 张麒功 汪其双 林协全 黄思琦 邹双全 邹小兴
分析栀子叶绿体基因组密码子的偏好性并探讨其主要影响因素，为栀子叶绿体基因组研究及其遗传改良提供参考依据。利用Codon W1.4.2、CUSP和SPSS 20.0软件统计和计算密码子的碱基含量，分析密码子使用模式。结果表明：栀子叶绿体基因组密码子第3位GC含量(GC3)为28.44%,低于第1(GC1)、2位GC含量(GC2),GC1和GC2分别为47.33%、39.56%;有效密码子数(ENC)为36.78～56.95,平均值为47.42;ENC与GC1、GC2之间的相关性均不显著，与GC3之间呈极显著正相关，相关系数为0.356;GC1和GC2的平均值(GC12)与GC3之间的相关性不显著，相关系数为0.102;45.45%基因的ENC比值频数为0.0～0.1;结合高频及高表达密码子分析结果，最终确定UUU、UUA、UUG等19个密码子为栀子叶绿体基因组的最优密码子。综合分析显示，栀子叶绿体基因组密码子末位碱基偏好以A或U结尾，偏好性弱，其密码子偏好性主要受自然环境选择和突变因素的影响，是多因素共同作用的结果。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
肖明昆 严炜 熊贤坤 沈绍斌 宋记明 易怀锋 张林辉
【目的】为明确云南樟叶绿体基因组密码子使用模式及其成因，确定最优密码子并为其遗传改良提供理论基础。【方法】利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等对云南樟叶绿体基因组中的52条基因编码子序列密码进行分析。【结果】云南樟的ENC值在36.82～57.85之间，表明云南樟叶绿体基因组的密码子偏好性较弱。密码子不同位置上的GC含量表现为GC1(47.61%)> GC2(40.28%)> GC3(30.67%)，且RSCU> 1的密码子有31个，其中有29个以A或U结尾，表明密码子偏好以A或U结尾。中性绘图分析结果显示，GC12与GC3的相关系数为0.040，表明两者相关性不显著。ENC-plot分析表明，基因ENC比值大多数分布在-0.05～0.05区间外，即大部分基因ENC值与预期值差距较大。说明密码子偏好性更多受到选择的影响。PR2-plot分析表明，云南樟叶绿体基因组中的绝大多数基因分布在PR2图的中心点偏右下位置，说明选择是云南樟叶绿体基因组密码子偏好性的关键影响因素。通过构建高低基因表达库，结合高频及高表达密码子最终确定云南樟叶绿体基因组最优密码子12个，分别为，UUA、UCU、ACA、UAU、GCU、UAG、CAA、AAA、GAU、GAA、CGA、AGA，其中，11个以A或U结尾。【结论】云南樟叶绿体基因组的密码子偏好性比较弱，偏好以A或U结尾的密码子。密码子的使用偏好性主要受到选择的影响。研究结果可为云南樟叶绿体基因工程、种源鉴定提供科学依据。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
丁锐 胡兵 宗小雁 韩辰阳 张丽杰 陈旭辉
[目的 ]分析杓兰叶绿体基因组密码子的使用偏好性,探究影响杓兰叶绿体基因组密码子使用偏好性的主要因素,为兰科叶绿体基因组学研究提供参考。[方法 ]从NCBI数据库中下载完整的杓兰叶绿体基因组序列并进行蛋白编码序列筛选,利用EMBOSS在线程序计算各基因及密码子的GC含量,利用CodonW软件计算各基因的氨基酸长度(Laa)、有效密码子数(ENC)、同义密码子相对使用度(RSCU)、最优密码子使用频率(FOP)及各基因密码子的第3核苷酸碱基含量,利用SPSS软件分析各指标之间的相关性,利用Origin软件绘图。[结果 ]杓兰叶绿体基因组编码序列的密码子第3位碱基富含A和T,GC含量仅为29%,ENC值介于37.92～61.00之间,密码子偏好性不强,ENC与GC_2及GC_3均呈极显著相关。RSCU值大于1的密码子有34个,其中,29个以U或A结尾。ENC-plot分析、PR2-plot分析及中性绘图分析表明:影响杓兰叶绿体基因组密码子使用偏好性的主要因素为自然选择。对应性分析结果表明:编码光合系统蛋白基因的密码子具有相似的使用模式,编码其它类型基因的密码子则具有不同的使用模式,并最终筛选出最优密码子16个。[结论 ]本研究明确了自然选择是影响杓兰叶绿体基因组密码子使用偏好性的主要因素,并筛选出杓兰叶绿体基因的最优密码子,研究结果能够对兰科系统发育及叶绿体基因组密码子进化研究提供参考。
关键词：
杓兰 叶绿体基因组 密码子偏好性 兰科
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
丁祥青 陈丝雨 陈佳婷 毕远洋 曾姣艳 邹双全
对11种金花茶植物叶绿体全基因组序列进行蛋白编码序列筛选，利用EMBOSS在线程序、CodonW、Excel、MEGA7、SPSS、TBtools等软件解析了11种金花茶叶绿体基因组密码子使用模式和探讨了其密码子偏好性形成的主要影响因素。结果表明：11种金花茶叶绿体基因组密码子使用偏好性相似，密码子使用偏好性较弱，蛋白质编码区序列富含A/U碱基，密码子第3位以A/U结尾为主。金花茶叶绿体基因组密码子偏好性形成受选择压力、突变压力等多种因素共同影响，主要受选择压力影响。确定了11种金花茶叶绿体基因组的10个相同的最优密码子，分别为GCA、GCU、UGU、GAA、AAA、CUU、UUA、CAA、CGU和GUU。此外，金花茶叶绿体基因组RSCU聚类结果为金花茶的系统进化研究提供了依据。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
吴彦庆 葛金涛 陶俊
在前期克隆芍药AP1基因(登录号为KC354376)的基础上,运用CHIPS、CUSP和Codon W在线程序,分析芍药AP1基因的密码子偏好性,并与其他物种的AP1基因以及模式生物的基因组进行比较。结果表明,芍药AP1基因大部分偏好使用以A/T结尾的密码子,29种偏好密码子(RSCU值>1)中,偏好性较强的有CCA、AGG、TCA、GTT(RSCU值≥2);通过比较12种植物的AP1基因密码子偏好性,发现AP1基因在芒果和梨中的表达水平相对较高,而在芍药和牡丹等植物中的表达水平一般,并且大多偏好以A/T结尾的密码子,这可能与该基因的特殊功能有关;聚类分析结果表明,芍药科中芍药与牡丹聚为一类,...
关键词：
芍药 AP1基因 密码子偏好性
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