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[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨少闻 刘楚吾
用识别5、6碱基序列的17种限制性内切酶,即BamHⅠ、BglⅠ、BglⅡ、DraⅠ、EcoRⅠ、EcoRⅤ、HindⅢ、KpnⅠ、MluⅠ、PstⅠ、PvuⅡ、SalⅠ、ScaⅠ、SmaⅠ、StyⅠ、XbaⅠ和XhoⅠ,对南海海域石斑鱼属(EpinephelusBloch)野生蜂巢石斑鱼(E.merra)、鲑点石斑鱼(E.fario)、青石斑鱼(E.awoara)、赤点石斑鱼(E.akaara)和七带石斑鱼(E.septem-fasciatus)的线粒体DNA(mtDNA)进行RFLP分析。测算出蜂巢石斑鱼、鲑点石斑鱼、青石斑鱼、赤点石斑鱼和七带石斑鱼的mtDNA分子大小分别为(18.52±...
[期刊] 水产学报
[作者]
杨少闻 刘楚吾
In this paper,genetic diversity of intraspecies, and genetic relationship of interspecies in Epinephelus spp.(E.merra,E.fario,E.awoara,E.akaara and E.septemfasciatus) were assessed by using mitochondrial DNA restriction fragment length polymorphisms(mtDNA RFLPs).The samples were collected from the c...
[期刊] 水产学报
[作者]
戴建华 殷文莉 杨代淑 熊全沫
采用差速离心法及ＤＮａｓｅⅠ、ＲＮａｓｅ消化法制备并纯化了鲇（Ｓｉｌｕｒｕｓａｓｏｔｕｓ）肝脏线粒体ＤＮＡ（ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌＤＮＡ，ｍｔＤＮＡ）。用８种限制性内切酶对ｍｔＤＮＡ进行了分析。ＢｇⅡ、ＥｃｏｒⅠ、ＰｓｔⅠ、ＢｇｌⅠ、ＢａｍＨⅠ、ＸｂａⅠ、ＨｉｎｄⅢ、ＸｈｏⅠ在鲇ｍｔＤＮＡ分子上分别具１、１、１、２、２、７、７和０个切点。ｍｔＤＮＡ分子量约１０．８４×１０￣６道尔顿，大小为１７．５４ｋｉｌｏｂａｓｅｐａｉｒｓ。根据单酶和双酶解片段的数目和分子量，建立了鲇ｍｔＤＮＡ的限制性酶切图谱。
[期刊] 水产学报
[作者]
吕子君 陈金涛 王超 谢少林 邹记兴
为研究青石斑鱼种群遗传结构以实现资源保护和可持续利用,实验采用PCR技术对东山湾水域53尾青石斑鱼种群的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区全序列进行扩增并测序,序列长度为956~1 230 bp,变异很大,这可能是由于5'端含有数目不等的重复序列单元(repeat sequence unit,RSU)或者由于碱基的插入和缺失造成的。按照RSU数目的不同,把53个青石斑鱼样本分为3大类:2RSU类(占11.3%)、3RSU类(占77.4%)、4RSU类(占11.3%)。采用MEGA(version 3.0)和DnaSP(version 4.0)软件对序列进行分析,结果显示,53条序列的T、...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
史宪伟 曾凡同 邱祥聘 张亚平
用１８种限制性内切酶对７只云南鹅的线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）进行了限制性片段长度多态（ＲＦＬＰ）分析。１７种酶在所有受试个体表现为一致的限制性态型（ｍｏｒｐｈ），一只灰羽鹅用ＰｖｕＩ消化时出现变异。用１４种限制性内切酶构建了云南鹅ｍｔＤＮＡ的酶切图谱。
关键词：
云南鹅,线粒体DNA,酶切图谱
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
王中铎 刘楚吾 郭昱嵩
取星点笛鲷(白星笛鲷LutjanusstellatusAkuzaki)和千年笛鲷(L.sebaeCuvieretValenci-ennes)肝脏组织,分离纯化其线粒体DNA(mtDNA),用限制性内切酶分析构建了两个种mtDNA的物理图谱,进行了限制性片段长度多态性分析,得到两个种的分歧时间大约为5.1Ma(取序列进化率为每百万年1.5%),发现4种内切酶(BglⅠ、MluⅠ、KpnⅠ、SalⅠ)酶切位点在两种间存在明显差异。这些差异为区分两个种提供了遗传标记,同时也为笛鲷类进化遗传学的研究和育种提供了资料。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
郑乐云
对云纹石斑鱼和赤点石斑鱼及其正反杂交子代的3种线粒体基因(COⅠ、16S rDNA、Cyt b)和核基因Tmo-4c4进行序列分析,其中16S rDNA序列中有明显的插入缺失位点,而其他3个基因序列无插入缺失变异。在12个分析样本中,COⅠ同源序列(387 bp)中共检测到41个核苷酸多态性位点,16S rDNA(529 bp)中有21个核苷酸多态位点,Cyt b(383bp)中有49个核苷酸多态位点。Tmo-4c4(467 bp)有8个核苷酸多态位点。序列差异分析和遗传距离比较结果显示,正反杂交子一代的3个线粒体基因序列与母本基因序列的同源性都为100%,与父本的基因序列同源性分别为COⅠ:...
[期刊] 水产学报
[作者]
宋平 李小迎 熊全沫
以十一种限制性内切酶对鲢鱼ｍｔＤＮＡ进行单酶完全酶解的切点数：ＳａｌＩ和ＢｇｌⅡ为０；ＰｓｔＩ．ＸｈｏＩ．ＫｐｎＩ和ＳａｃＩ为１；ＨｐａＩ和ＸｂａＩ为２；ＢａｍＨＩ为３；ＢｇｌＩ和ＥｃｏＲＩ为４。以九种限制性内切酶对鳙鱼ｍｔＤＮＡ进行单酶完全酶解，其切点数；ＰｓｔＩ．ＸｈｏＩ．ＳａｌＩ．ＫｐｎＩ．ＢｇｌⅡ均为１；ＨＰａＩ和ＸｂａＩ为２；ＳａｃＩ为３；ＢｇｌＩ为４。采用琼脂糖凝胶电泳法测得鲢鱼ｍｔＤＮＡ分子量为１５９３０±２２０碱基对（ｂｐ）；鳙鱼ｍｔＤＮＡ分子量为１６６５０±１５０碱基对（ｂｐ）。用单、双酶解法和部份酶解法构建了鲢鱼九种酶１８个切点和鳙鱼九种酶１６个切点的限制性内切酶酶切图谱。...
关键词：
链鱼,鳙鱼,mtDNA,限制性内切酶图谱
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李炎璐 陈超 陈建国 翟介明
为探讨石斑鱼杂种优势形成过程中基因组DNA甲基化水平的变化,本研究采用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitiveamplificationpolymorphism,MSAP)技术检测云纹石斑鱼(Epinephelus moara)、鞍带石斑鱼(Epinephelus lanceolatus)及云纹石斑鱼(♀)×鞍带石斑鱼(♂)杂交F_13个群体的基因组DNA甲基化水平,分析杂交F_1与亲本基因组DNA甲基化水平的差异。结果显示,云纹石斑鱼和鞍带石斑鱼的基因组DNA属于甲基化程度较高的类群;云纹石斑鱼、鞍带石斑鱼及其杂交F_1的DNA总甲基化率分别为60.62%、59.38%和55.78%,DNA全甲基化率分别为31.37%、30.67%和29.27%,DNA半甲基化率分别为29.25%、28.71%和26.51%;杂交F_1的DNA总甲基化率、全甲基化率和半甲基化率均低于双亲,并存在极显著差异(P
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈信忠 苏亚玲 龚艳清 黄丽莎 俞秀霞 苏永全
神经坏死病毒(Nervousnecrosisvirus)是导致多种海水鱼类神经性病害的致病原。发病及死亡的石斑鱼除了表现神经异常症状外,无明显的临床病症,体表及内脏组织也未发现明显病变及寄生虫感染。2003年4～8月,应用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术从福建南部人工养殖的5种石斑鱼即紫石斑鱼(Epinepheluslanceolatus)、马拉巴石斑鱼(E.malabaricus)、青石斑鱼(E.awoara)、赤点石斑鱼(E.akaara)和云纹石斑鱼(E.moara)中检出5个神经坏死病毒分离株。检测了76份石斑鱼样品,这些石斑鱼NNV病毒的平均感染率约为90%。对这些病毒的RT...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
成美玲 田永胜 吴玉萍 李振通 张晶晶 王林娜 李文升 马文辉 王晓梅 翟介明 李波
本研究对云纹石斑鱼(Epinephelus moara♀)×鞍带石斑鱼(Epinephelus lanceolatus♂)杂交后代注射通过植物血球凝集素(PHA)及秋水仙素活体注射法制作染色体标本。选用头肾和鳃组织制作细胞悬浊液,并对冷滴片和热滴片法进行比较,结合空气干燥法制作染色体分裂相玻片,经吉姆萨染色后,在显微镜下观察筛选清晰完整的分裂相。杂交子代(俗称云龙斑)选取75个分裂相,统计染色体数目并进行核型分析。结果显示,云龙斑二倍体染色体数为48,其中,19对染色体为端部着丝粒染色体,2对为亚中部着丝
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
成美玲 田永胜 吴玉萍 李振通 张晶晶 王林娜 李文升 马文辉 王晓梅 翟介明 李波
本研究对云纹石斑鱼(Epinephelus moara♀)×鞍带石斑鱼(Epinephelus lanceolatus♂)杂交后代注射通过植物血球凝集素(PHA)及秋水仙素活体注射法制作染色体标本。选用头肾和鳃组织制作细胞悬浊液,并对冷滴片和热滴片法进行比较,结合空气干燥法制作染色体分裂相玻片,经吉姆萨染色后,在显微镜下观察筛选清晰完整的分裂相。杂交子代(俗称云龙斑)选取75个分裂相,统计染色体数目并进行核型分析。结果显示,云龙斑二倍体染色体数为48,其中,19对染色体为端部着丝粒染色体,2对为亚中部着丝
[期刊] 水产学报
[作者]
张本 陈国华
测定分析了采集于我国南海不同海域的鲑点石斑鱼、蜂巢石斑鱼、黑边石斑鱼和巨石斑鱼６４个标本的１８种氨基酸含量。结果表明：石斑鱼肌肉中氨基酸总含量、必需氨基酸含量和鲜味氨基酸含量均较高。氨基酸组成的种间和分布海域间的差异不大，而肌肉、卵巢、肝脏、骨骼、鳞片和皮肤等不同组织（器官）间的变化较大。石斑鱼氨基酸组成存在月际变化现象，且随体长的增长而变化。天然的与养殖的石斑鱼氨基酸组成也有一定差异。这４种石斑鱼必需氨基酸含量间的比值相对稳定，从而得出了必需氨基酸的组成模式。
关键词：
石斑鱼,氨基酸,组成
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘丽 刘楚吾 郭昱嵩 董秋芬 徐田军
以中国南海海域青石斑鱼(Epinephelus awoara)为材料,构建青石斑鱼小片段部分基因组DNA文库。以M13通用引物和设计合成的微卫星核心序列引物(CA)15,用PCR法对文库进行筛选,共获得96个微卫星序列,分别分布于28个阳性重组克隆中,其中perfect(完美型)共39个(占40.6%),imperfect(非完美型)30个(占31.3%),compound perfect(混合完美型)7个(占7.3%),compound imperfect(混合非完美型)20个(占20.8%)。同时发现(CA/GT)n序列在青石斑鱼的基因组DNA中含量非常丰富。根据微卫星侧翼序列设计28对引...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王旭蕾 高进 齐鑫 王永波 陈傅晓 刘金叶 符书源
为了解赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)、斜带石斑鱼(E. coioides)、云纹石斑鱼(E. moara)、棕点石斑鱼(E. fuscoguttatus)、鞍带石斑鱼(E. lanceolatus) 5种石斑鱼全基因组中微卫星的分布特征，本研究使用Micro-Satellite (MISA)软件对公共数据库中获取的5种石斑鱼全基因组序列进行微卫星筛选，分析了微卫星重复类型、重复拷贝类别及核心拷贝数的分布特征。结果显示，在5种石斑鱼全基因组中，均筛选出超过28万个微卫星位点，相对丰度介于271～296个/Mb之间，平均长度在22 bp左右，微卫星数量在全基因组中的占比为0.59%～0.67%，其重复类型数量、占比和相对丰度的分布趋势一致，二碱基重复最多，其次为单碱基，且随着重复单元碱基数目的增加而减少。重复拷贝类别A、AC、AAT、AAG、AGC、AATC、AAAT、AGAT、AATG、AGAGG、AAAAT、AAGAT、ACAGAG、AAANNN、AANNNN (N为除A外其他3种碱基)为优势类别。不同重复类型微卫星的拷贝数变化范围较大，但每种重复类型的拷贝数变化趋势一致，即随着拷贝数增加，微卫星数目随之递减，拷贝数为6和12时微卫星数目出现峰值。其中，各个重复类型中均有数量尤为突出的位点：鞍带石斑鱼中T、TA和AGACAG分别重复了502、803和48次，云纹石斑鱼中GAG、CACT和CCACA分别重复了205、652和111次。5种石斑鱼全基因组微卫星分布特征基本一致，鞍带石斑鱼和云纹石斑鱼中存在与其他3种石斑鱼显著差异的重复位点。本研究可为5种石斑鱼高质量微卫星分子标记开发提供数据参考，并为其基因组进化、遗传变异、亲缘关系和新品种选育等方面的工作奠定基础。
关键词：
石斑鱼 全基因组 微卫星 分布特征
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