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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨泽晓 马玉峰 汪开毓 王印 赵希仑 姚学萍 任冉阳 陈平 胡凌
【目的】了解目前四川省猪圆环病毒２型（ＰＣＶ２）的分子流行病学特征和遗传变异情况，探讨ＰＣＶ２感染的控制对策。【方法】根据ＧｅｎＢａｎｋ中发表的ＰＣＶ２基因组序列设计２对特异性引物，对２０１２－２０１４年临床送检的ＰＣＶ２感染病例材料中的５株ＰＣＶ２全基因组序列进行扩增测序，并利用ＤｎａＳｔａｒ等生物信息分析软件对获得的ＰＣＶ２基因组序列进行分子特性与遗传演变分析。【结果】５株ＰＣＶ２四川株全基因组序列长度都为１ ７６７ＢＰ，均具有滚环复制起点（ＯｒＣ）典型结构。序列比对和进化分析显示，５株ＰＣＶ２四川株的基因序列同源性很高，基因组核苷酸序列及ＯｒＦ１、ＯｒＦ２和ＯｒＦ３基因序列同源性分别为９．．．
关键词：
PCV2 基因克隆 遗传进化分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张宇 乔涵 徐朋丽 杨兴武 韩昊莹 陈红英
【目的】分析禽心包积水-包涵体肝炎综合征的主要病原禽腺病毒4型(FAV-4)在河南省的流行和遗传变异情况。【方法】对2015年8-10月送检的40份疑似FAV-4感染的病料进行PCR阳性检测,同时根据采集地区与宿主的差异性,选取7份FAV-4阳性样品进行了Hexon全基因的扩增、克隆、测序和遗传进化分析。【结果】通过扩增Hexon基因421bp的片段,成功建立了禽腺病毒4型的PCR检测方法;40份家禽肝脏样品中,PCR检测显示35份为FAV-4阳性,阳性率为87.5%;成功扩增了包含Hexon基因全序列的
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭小参 崔保安 陈红英 杨明凡 管倩 吕晓丽 王东方
参照GenBank发表的猪IL-2cDNA基因序列,设计1对引物,将河南地方品种淮南猪脾淋巴细胞在伴刀豆球蛋白A(Con A)的刺激下体外培养27 h后,提取激活淋巴细胞总RNA,进行反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增,克隆到pGEM-T Easy载体上并测序。测序结果显示,克隆的HuainanPIL-2 cDNA全长为516 bp,开放阅读框(ORF)包含465bp,编码154个氨基酸,分子量为17.4 kDa,等电点为5.27,疏水氨基酸38.3%,亲水氨基酸42.0%,碱性氨基酸11%,酸性氨基酸23%。此cDNA与已报道的猪IL-2同源性为100%,与猫、牛、鸡、狗、鸭、山羊、马...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
陈晓月 梁华 刘明春 王建民 于立辉 范宏发 赵玉军
根据GenBank登陆的鹅细小病毒B株全基因组的核苷酸序列,设计合成一对引物,用PCR方法对GPV LN-1/06株的主要结构蛋白基因进行克隆,并对克隆的片段进行序列测定,用生物信息学软件进行序列分析。结果表明:所扩增的GPV LN-1/06株的基因长度为1605bp,包括VP3完整的开放阅读框,共编码534个氨基酸。与登录的20株国内和国外的GPV的VP3基因序列进行同源性分析表明,GPV LN-1/06株与其他20株VP3基因的核苷酸同源性较高,从93%至99%,说明GPV的VP3基因较为保守。系统进化树分析表明GPV-LN01/06病毒株与HG5/82为一组,具有较近的亲缘关系。本试验首...
关键词：
鹅细小病毒 结构蛋白基因 克隆 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王晶钰 罗艳 邓小敏 郭抗抗 张彦明
为了研究IBV陕西分离株M基因的遗传变异情况及分子特征,参照NCBI所登录的IBVM基因序列设计了1对引物,应用RT-PCR方法对陕西8株IBV分离株的M基因进行扩增,并构建克隆载体,对阳性质粒测序后进行核苷酸序列及氨基酸序列同源性和进化发生关系分析,并对M蛋白的二级结构和跨膜区进行预测。结果表明,8个IBV分离株间的M基因核苷酸和M蛋白氨基酸同源性分别为92.3%~99.8%和95.4%~100%,分离毒株与参考毒株的M基因核苷酸和M蛋白氨基酸序列同源性分别为87.4%~99.5%和89.4%~99.5%;分离毒株与参考毒株M蛋白的α-螺旋结构主要分布在N端前100氨基酸肽段区,其他的部分主...
关键词：
IBV M蛋白基因 遗传变异 分离株
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘子宁 魏津 汤新明 梁琳 崔尚金
为分析本实验室分离的犬副流感病毒CPIV-BJ01株全基因组序列与其遗传变异情况,对CPIV-BJ01株全长进行分段扩增并测序,拼接获得全基因组序列,与GenBank发布的27株副流感病毒5型分别进行全基因组和包膜糖蛋白(F、SH和HN)核苷酸及氨基酸序列的相似性比对,分析其遗传进化关系。结果显示,CPIV-BJ01毒株与犬源PIV5 1 168-1亲缘关系最近,核苷酸相似性为99.9%,氨基酸相似性为99.8%。CPIV-BJ01的F和HN基因序列变化较为保守,核苷酸和氨基酸变化均在4%以内,其中F蛋白的氨基酸变化形成一处新的O-糖基化位点;CPIV-BJ01株的SH基因序列与其他演化分支毒株差异显著,核苷酸相似性为84.4%～97.0%,氨基酸相似性为31.8%～95.6%。综上,CPIV-BJ01株基因组序列与前人报道的毒株相比,在F、HN基因和部分非编码区存在核苷酸或氨基酸序列的改变,同时F蛋白存在糖基化修饰的改变,均为该毒株所特有,该研究结果丰富了中国CPIV流行株的基因组信息。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
黄泽彬 李润成 尹德明 颜运秋 刘忠华 丁建 汪镇南 余兴龙
从湖南省内多个出现疑似猪"高热病"症状的猪场采集病料70份,采用RT-PCR方法进行分子流行病学调查.结果检出PRRSV阳性病料54份,阳性率高达77.14%(54/70).对其中8份分别来自娄底、浏阳、永州、双峰、益阳、株洲、宁乡和溆浦的病料中的PRRSV基因组Nsp2高变区部分基因片段进行RT-PCR扩增、克隆和序列测定分析.与国内外美洲型PRRSV分离株比较,序列相似性为72.2%～100%,其中,与公布的高致病性PRRSV缺失变异毒株的同源性最高,序列相似性为98.2%～100%.序列分析表明,这些毒株均是天然存在缺失的变异毒株,其Nsp2均有2个部位出现了缺失,分别为编码1个氨基酸的...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王晶钰 邓小敏 张彦明 罗艳 李鹏 郭抗抗
用RT-PCR方法对分离于陕西省不同地区的8个鸡肾型IBV毒株的Ⅳ基因分别进行了扩增,将各扩增产物与T载体连接后,转化感受态细胞筛选阳性克隆质粒并进行基因测序,用DNAstar软件将这8个毒株与GenBank收录的7个IBV代表毒株的Ⅳ基因进行了比较分析,研究了其变异情况。结果表明,B01,YL,WH和 YX株与7株代表毒株的同源性较高,而G,BJ,WG,FF株与7个代表毒株的同源性相对较低。氨基酸推导序列比对结果表明,N蛋白突变以散在的点突变形式为主,其中46,48,50,75,78,189,232,236,237,299,301,350,366等位点容易发生突变,突变位点无明显规律性。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
林俊彬 严俊杰 韩星 赵金 甘颖 苗人云 冯仁才 李斐 赖学飞 仝宗军 甘炳成
【目的】通过分析20份杏鲍菇菌株的遗传多样性和菌丝、子实体的性状，为新型分子标记在杏鲍菇资源保护利用方面提供一定的基础，也为后续主要性状基因的准确定位、杂交育种、表型预测提供理论依据。【方法】以20株全国不同地区收集到的杏鲍菇菌株作为试验菌株，对其进行全基因组重测序，将分析得到的SNP位点作为标记进行遗传多样性分析，并测定其菌丝在PDA培养皿上的生长速度、产量、子实体长度、菌盖直径、菌柄长度、菌柄直径、子实体硬度、子实体脆度、子实体咀嚼性和子实体胶着性，随后对10项性状指标进行主成分分析，将各项性状指标与遗传多样性结果进行联合分析，评价二者的相关性。【结果】当遗传距离大于0.08时，20份杏鲍菇菌株分为6个类群，每个类群的菌株的性状与其他类群相比均有一定的差异且类群内菌株性状比较接近。其中类群Ⅴ所含菌株数量最多，包含13份菌株，且各项性状指标最为突出；其次是类群Ⅱ包含3份菌株，其余几个类群都只包含1个菌株，不同类群之间性状均有差异，类群内差异很小。【结论】国内不同地区的杏鲍菇菌株在遗传多样性、菌丝生长速度、子实体性状和质构方面均有差异，其中各项性状比较优异且均衡的杏鲍菇菌株聚类在类群Ⅴ，说明杏鲍菇中SNP标记与子实体性状有很强的相关性。在育种实践中，可以通过SNP标记预测菌株的性状，以遗传距离比较远、个别性状比较突出的菌株作为亲本进行杂交育种，大大减少育种周期，提高育种效率与精度。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张冲 武小椿 王波 韩青松 杨增岐
【目的】研究野猪源与家猪源猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syn-drome virus,PRRSV)陕西分离株的遗传变异情况及分子生物学特征。【方法】根据VR-2332和HB-1(sh)/2002毒株序列设计引物,对2株PRRSV陕西分离毒株Shaanxi-1(家猪源)、Shaanxi-2(野猪源)全基因分段进行扩增并测序,将测序结果依次拼接得到病毒的全基因,然后进行序列的比对分析。【结果】PRRSV Shaanxi-1、Shaanxi-2毒株高度同源且均属于美洲型毒株,它们与2006年以前分离的毒株相比存在明显差异(与BJ-...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨少华 胡北侠 黄艳艳 许传田 颜世敢 张秀美
选取山东2007～2008年的5株NDV流行株,克隆融合蛋白(F)和血凝素-神经氨酸酶(HN)基因全长并测序。结果表明,5个分离株F基因长度为1662 bp,编码553个氨基酸。F蛋白裂解位点的氨基酸序列均为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株F基因裂解位点的氨基酸序列特征。对F基因47～420 nt序列进行比对,发现4株鸡源毒株基因型为Ⅶd,另一鸽源毒株基因型为Ⅵ。5个分离株间F基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为88.8%～99.7%和94%～99.3%,与LaSota、Clone30、F48E9的氨基酸同源性分别为88.4%～89.5%、87.7%～88.8%、90.8%～92....
关键词：
新城疫病毒 基因型 强毒株
[期刊] 华北农学报
[作者]
禹乐乐 滕蔓 罗俊 迟佳琦 余祖华 柴书军 梁晓晓 张改平 王爱萍
为了解猪源乙型脑炎病毒(JEV)的全基因组结构及其分子进化规律,测定了3个JEV猪源分离株(BSF.ZZ-1、BSF.ZZ-3和CSF.XZ-2D)的全基因组序列,并对它们的氨基酸序列进行了分析。结果表明,CSF.XZ-2D全长为10 976 nt,而BSF.ZZ-1和BSF.ZZ-3全长均为10 977 nt,在后2个毒株基因组的10 701 nt位点处均有1个插入碱基"G"。BSF.ZZ-1、BSF.ZZ-3、CSF.XZ-2D与SA14株核苷酸和氨基酸同源性较高,核苷酸同源性都为99.4%,氨基酸同源性均为99.0%,与猪源分离株HW(HW1)、HWe(HW2)和SH0601的核苷酸与氨...
关键词：
猪 乙脑病毒 全基因组 系统进化分析
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
梁望旺 杨克礼 伍锐 熊忠良 刘泽文 段正赢 徐涤平
为进一步了解猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)在国内的分子遗传进化情况,对中国大陆1996~2008年间33株PRRSV分离毒株(29株来自GenBank)的GP5序列与国外部分代表毒株进行了分析比较。结果表明,所选PRRSV中国分离毒株中有32株属于北美洲型(NA),并大致可分为2个基因亚群,1株属于欧洲型(EU)。其中,自2006年在我国暴发的高致病性蓝耳病病毒(H-PRRSV)属于亚群1,且与YA株亲缘关系较近;亚群2毒株则与Ingelvac的弱毒疫苗株及其亲本株VR-2332具有较高的同源性。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵晴晴 李群辉 朱杰 钟蕾 刘晶晶 顾敏 王晓泉 刘文博 刘秀梵
【目的】禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)根据其表面糖蛋白血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸(neuraminidase,NA)的不同,可分为16种HA和9种NA亚型。根据其致病力的差异可分为高致病性禽流感病毒(highly pathogenic avian influenza virus,HPAIV)和低致病性禽流感病毒(low pathogenic avian influenza virus,LPAIV)。虽然H4亚型禽流感病毒为低致病性AIV,感染家禽表现为无症状感染,但其对禽类甚至是哺乳动物是一个潜在的威胁,因此必须要加强对H4亚型禽流感...
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