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[期刊] 华北农学报
[作者]
孟泉禄 张明军 史金平 付玲娟 刘婷 张全伟 成述儒
为挖掘与绵羊生长性状相关的分子标记基因,探究DLK1多态性与绵羊生长性能之间的关联性。以240头不同品种绵羊(甘肃高山细毛羊、蒙古羊、藏绵羊和小尾寒羊各50头,滩羊40头)为试验对象,分别测定不同品种各年龄段绵羊生长性能指标;采集绵羊血液,提取DNA,运用PCR-SSCP方法结合DNA测序技术分析不同品种绵羊DLK1基因多态性;SPSS 20.0软件分析不同基因型与各绵羊品种不同年龄段生长性能之间的相关性。结果表明,不同品种绵羊DLK1基因均具有多态性,其中共检测到2个等位基因(A和B)和3种基因型(AA、AB和BB),优势等位基因和基因型分别为B和AB;DLK1基因第5内含子30 412 bp处发生G→A单个碱基突变;G30412A突变位点与绵羊1月龄和3月龄的体质量和胸围具有显著相关性(P<0.05),且BB基因型个体表型优于AA基因型个体,突变位点与绵羊体长和体高无相关性(P>0.05)。总之,不同品种绵羊DLK1基因均存在第5内含子上G30412A突变位点,该位点显著影响绵羊1,3月龄的体质量和胸围,其可作为选择甘肃地方绵羊品种生产性状的候选基因。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
赵宪林 曹少杰 王若勇 颜伟俊
【目的】探讨POU1F1基因的多态性与藏羊生长性状之间的关联性,寻找与藏羊生长性状相关的分子标记。【方法】利用DNA测序方法检测藏羊POU1F1基因的多态位点并对其进行基因分型,分析单一多态位点不同基因型及双倍型与藏羊生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因第4内含子上检测出1个多态位点g.14205G>A,在第5内含子上检测出2个多态位点g.15223G>A和g.15286A>G。关联性分析表明,g.14205G>A位点上AA基因型的体质量和体长分别极显著(P<0.01)和显著(PA位点上GG基因型
[期刊] 中国农业科学
[作者]
梁鹏 张天闻 孟科 邵顺成 邹诗凡 荣轩 强浩 冯登侦
【目的】探讨ADIPOQ遗传变异对绵羊生长性状的影响,找到与宁夏优质肉羊培育中生长性状相关的分子遗传标记,为宁夏优质肉羊的分子辅助育种的研究提供依据。【方法】首先利用液相捕获测序技术获得ADIPOQ在杜泊羊、滩羊和小尾寒羊中的变异位点,同时采集383只3个品种的不同杂交后代群体耳组织,采用飞行质谱技术对确定的SNPs位点进行基因分型检测,并使用Haploview软件对多态性位点进行连锁不平衡分析和构建单倍型,与绵羊初生和3月龄的生长性状进行关联分析。【结果】共筛选到7个SNPs位点,且7个位点在杂交后代群体中均表现出多态性,SNP1—SNP7位点的优势基因型分别为CC、GG、GG、CT、AG、GG和AA,优势等位基因分别为C、G、G、C、G、G和A。X~2检验发现,所有位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(除SNP7位点在所有个体中偏离了平衡)。SNP1(F_2代除外)、SNP4、SNP5和SNP6位点在各杂交后代及所有个体中均处于中度多态(0.25≤PIC<0.50),SNP2和SNP3在F_2代及SNP7在H1代群体中均处于中度多态(0.25≤PIC<0.50),而在其他群体中处于低度多态(PIC<0.25)。连锁不平衡分析发现,SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成了两处强连锁,均构建出3种单倍型,组合后分别形成4和6种基因型,其中优势基因型分别为H1H1和H4H6。将SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后产生13种基因型,其优势基因型为H1H1H4H6。单个位点关联分析表明:SNP1位点在F_1代群体中,GG基因型的初生胸围显著高于CG基因型(P<0.05),在H2代群体中,CC基因型的初生体斜长显著高于CG基因型(P<0.05)。SNP2位点在H_1代群体中,CC基因型的初生体高显著低于CG和GG基因型(P<0.05)。SNP3位点在F_1代群体中,AG基因型的3月龄体重显著高于GG基因型(P<0.05),在H_1代群体中,AA基因型的初生体高显著低于AG和GG基因型(P<0.05)。SNP4位点在F_1代群体中,CC基因型的3月龄体重显著高于CT和TT基因型(P<0.05),在F_2代群体中,CT基因型的初生体重和初生胸围显著高于TT基因型(P<0.05),在H_1代群体中,TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型(P<0.05),在H_2代群体中,TT基因型的初生体高和初生体斜长显著高于CT基因型(P<0.05)。SNP5位点在F_2代群体中,AA基因型的初生体高和初生体斜长显著高于GG基因型(P<0.05)。SNP6位点的不同基因型在F_2代、H_1代和H_2代的初生体重、体高、体斜长、3月龄体高和胸围上均有不同程度的显著差异(P<0.05)。SNP7位点在H2代群体中,AA基因型的初生体斜长显著高于GA基因型(P<0.05)。联合所有群体进行分析时发现,SNP2位点CG基因型的初生体重和体斜长显著高于GG基因型(P<0.05),SNP4位点TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型(P<0.05),SNP6位点AA基因型的初生体重显著高于GG和GA基因型(P<0.05)、初生胸围显著高于GG基因型(P0.05)。单倍型组合关联分析发现:H2H3基因型的初生体重和初生体斜长显著高于其他基因型(P<0.05);而SNP5-SNP6单倍型组合中,H5H5基因型的初生体重显著高于H5H6和H6H6(P<0.05)、初生体高显著高于H5H6(P<0.05)、初生胸围显著高于H6H6(P<0.05),H4H4基因型的3月龄体重显著高于H5H5基因型(P<0.05)、3月龄体高和体斜长显著高于H4H6基因型(P<0.05)、3月龄胸围显著高于H4H5、H5H6和H5H5基因型(P<0.05)。SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后,H2H3H4H4基因型的初生体重、体高、体斜长和胸围最高,与其他基因型有不同程度的差异,H1H1H4H6的3月龄体斜长显著低于H1H2H4H4和H2H2H4H4基因型(P<0.05)。【结论】ADIPOQ的遗传变异对绵羊的生长性状具有不同程度的影响,研究中的7个SNPs位点可以作为宁夏优质肉羊选育中生长性状的潜在分子标记。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
黄兴 柴志欣 王会 姬秋梅 信金伟 钟金城
【目的】本研究旨在对西藏牦牛MyoD1基因多态性与体高、体重、体斜长、胸围和管围等生长性状进行关联性分析,以期获得对牦牛重要经济性状具有显著效应的遗传标记。【方法】本研究利用DNA池直接测序、PCR-RFLP与生物信息学技术,对西藏帕里(PL)、斯布(SB)、申扎(SZ)和类乌齐(LWQ)4个牦牛类群(品种)共148头个体的MyoD1基因内含子2及外显子3部分序列进行遗传多态性分析,统计基因和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算纯合度、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数等遗传多态指标,分析不同基因型与体高、体重、体斜长、胸围和管围等生长性状的关联性。【结果】①西藏牦牛MyoD1基因外显子3上存在(C1710T)XmaI酶切位点,多态性检测均存在CC、CT和TT 3种基因型,T/C频率分别为:0.308/0.692、0.400/0.600、0.605/0.395和0.527/0.473,处于中度多态。②适合性检验表明,西藏4个牦牛类群MyoD1基因多态位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。③利用最小二乘拟合线性模型,对各标记基因型生长发育指标(体高、体斜长、胸围、管围和体重)进行差异显著性检验,申扎牦牛该位点TT和CT基因型在生长性状上差异显著(P<0.05),CT基因型胸围均高于CC和TT基因型。【结论】可以将MyoD1上的C1710T基因座作为牦牛经济性状选育的一个重要遗传标记,用于育种改良。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
安清明 周辉通 吴震洋 罗玉柱 Jon G.Hickford
【目的】检测绵羊ADIPOQ基因多态性及连锁现状,评估该基因突变对绵羊生长及胴体性状的影响,以期丰富绵羊相关重要经济性状的分子遗传研究基础。【方法】以8个不同品种的商品绵羊为研究对象,利用PCR-SSCP方法检测ADIPOQ基因Exon-1区和Exon-2区变异,利用GLMs模型进行评估该基因突变对绵羊生长及胴体性状的影响。【结果】绵羊ADIPOQ基因Exon-1区和Exon-2区共检测到13个突变位点,其中Exon-2区发现的c.46T/C突变导致编码氨基酸p.Tyr16His转变。Exon-1区等位基因A1和B1为优势等位基因,Exon-2区等位基因A2和D2为优势等位基因,且两个区域的等位基因均存在种群差异,大多数品种在两个区域中的变异为中度多态(0.25
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王春玲 茆达干 曹少先 张俊 孟晨玲 方永飞 朱冬冬
为了探讨黑素皮质素受体4(melanoeortin receptor-4,MC4R)基因在绵羊中的多态性以及多态位点对绵羊生长性状的影响,对湖羊MC4R基因进行扩增,测序后发现9个碱基置换,选择MC4R基因548位点处C/T的单碱基突变,建立CRSPCR-RFLP分析方法,并对6个绵羊群体(湖羊、东弗里生羊×湖羊(东湖杂交羊)、中国美利奴、Romney、中国美利奴×Romney和阿勒泰)共518个个体进行检测分析。结果表明:在阿勒泰、Romney、中国美利奴×Romney群体中仅检测到CC 1种基因型,在东湖杂交羊和中国美利奴的群体中检测到CC和CT 2种基因型,而在湖羊群体中检测到CC(0....
[期刊] 华北农学报
[作者]
王玺年 王继卿 刘秀 李少斌 罗玉柱
用PCR-SSCP和测序技术对河西绒山羊、辽宁绒山羊和内蒙古绒山羊3个品种共394个个体的生肌决定因子5(Myf-5)和垂体转录释放因子-1基因(Pit-1)进行遗传多态性分析,并研究基因型对体质量和体尺性状的影响。结果表明:Myf-5基因第1外星子在3个山羊品种中未发现多态性。在Pit-1基因第3外星子中检测到1个SNP(A/G),并存在AA和AB 2种基因型,A等位基因为优势等位基因。最小二乘分析结果表明,AA基因型有较高的产绒量和体质量且达到显著水平(P0.05),但AB基因型个体的表型值明显低于AA基因型,2种基因型在这3个体尺...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
马晓萌 轩俊丽 王慧华 袁泽湖 吴明明 朱才业 刘瑞凿 魏彩虹 赵福平 杜立新 张莉
【目的】基于前期绵羊肉用性状GWAS研究结果,旨在探讨RIPK2基因对乌珠穆沁绵羊生长性状的影响,找到该基因中与绵羊生长性状相关的分子标记,同时对GWAS结果进行验证。【方法】在343只乌珠穆沁绵羊试验群体中,选取其中30个个体的血液DNA样本,以相同浓度组成池DNA,设计引物对RIPK2基因外显子及其上下游1 000bP的调控区进行PCR扩增,PCR产物检测为目的条带后测序。使用DNAMAN和ChRoMAS2软件对测序峰图进行分析,采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点及前期GWAS得到的SNP位点进行基因型分型。使用hAPlovIeW软件对多态位点构建单倍型及连锁不平衡分析。使用SPSS(2...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
康晓龙 张莉莉 王昊升 毛浩 杨润 冯登侦
【目的】本文探讨了FTO基因多态性与不同绵羊群体生长性状的相关性。【方法】采用飞行质谱技术检测了FTO基因在杜泊羊和滩寒杂交群体中的多态性及其与生长性状的相关性。【结果】FTO基因的rs160915957位点的AA基因型个体体重在杜泊和滩寒绵羊群体中分别为极显著(P<0.01)和显著(P<0.05)低于GG型个体。GG型绵羊胸围最大,且GG型杜泊羊胸围显著大于滩寒羊GG型个体(P0.05);不同基因型间,滩寒群体绵羊体高大于杜泊羊,但只有AA型个体在2个群体间显著差异(P0.05)。FTO基因的rs160
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李彦宏 胡深强 王杰 贾先波 赖松家
【目的】探究家兔血管生成素样蛋白4(angiopoietin-like protein 4,ANGPTL4)基因第6外显子内的多态性及其与家兔部分生长性状的关联性。【方法】采用PCR产物测序法检测家兔ANGPTL4基因外显子内的单核苷酸多态性(SNPs)位点,并应用PCRRFLP酶切分型技术对3个家兔品种(天府黑兔、伊拉兔和新西兰兔)共495个群体样本进行酶切分型,分析SNPs与3个家兔品种部分生长性状的关联性。【结果】ANGPTL4基因第6外显子中共检测发现3个遗传变异位点(c.823 G>A为非同义突
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马武 张浩 贾聪俊 阎萍 成述儒 梁春年
【目的】探究无角牦牛脂肪和肥胖相关基因(FTO)多态性与生长性状之间的关联性,以期找到与无角牦牛生长相关的分子标记。【方法】参考GenBank中野牦牛的FTO基因序列,针对其第4内含子和第8内含子设计引物,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对354头无角牦牛的FTO基因进行多态性分析,并运用SPSS 20.0软件分析各基因与体质量、体高、体斜长和胸围等生长性状的相关性。【结果】在无角牦牛FTO基因的第4内含子区域检测出A164506C突变位点,有2个等位基因A和C,有3种基因型(AA、AC和CC),优势等位基因和基因型分别是A和AA,其频率分别为0.694 9和0.485 9;在第8内含子区域检测出G309000A突变位点,共有2个等位基因A和G,有3种基因型(GG、GA和AA),优势等位基因和基因型分别是G和GG,其频率分别为0.926 3和0.858 4。A164506C突变位点为中度多态位点,纯合度较低,处于Hardy-Weinberg平衡状态;G309000A突变位点为低度多态位点,纯合度较高,处于Hardy-Weinberg不平衡状态。A164506C位点与无角牦牛的体高和体斜长具有显著或极显著相关性,AC基因型个体优于AA基因型个体。G309000A位点与无角牦牛的胸围和体斜长具有显著或极显著相关性,GA基因型个体优于GG基因型个体。【结论】FTO基因第4内含子区域A164506C突变和第8内含子区域G309000A突变均与无角牦牛生长性状具有相关性。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
徐龙鑫 朱丽莉 张麟 刘镜 何光中
为研究阿片黑皮质素前体(POMC)在动物采食和能量平衡中的作用,采用DNA测序技术,对关岭黄牛92头个体的POMC基因的多态性进行研究,并分析多态位点与关岭黄牛生长性状的相关性。结果表明:在扩增片段为870 bP的产物中,发现位点138,430,644,668 C→T突变,位点693 A→G突变。多态性结果显示,除430 C→T突变位点处于哈代-温伯格不平衡状态(HWE)(P0.05),5个突变位点的多肽信息含量(PIC)均为中度多态。相关性分析结果表明,644 C→T和668 C→T突变位点的不同基因型与关岭黄牛体斜长表现出差异性显著。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孙菲菲 刘桂芬 万发春 宋恩亮 刘晓牧 谭秀文 孙国强
本试验采用PCR-SSCP方法对渤海黑牛BOLA-DQA2基因的编码区进行分析,研究渤海黑牛BOLA-DQA2基因多态性与生产性状的关系。研究表明,外显子1和外显子5处没有发现多态性位点,外显子2处发现两个多态位点产生4种基因型,外显子3处发现1个多态位点产生3种基因型,外显子4处发现1个多态位点产生3种基因型。外显子2中基因型AA所对应的个体头长、额宽、体高、十字部高显著高于基因型BB、AB、BC(P<0.05),其它生长性状均无显著差异。外显子3、外显子4中生产性状在AA、BB、AB这3种基因型上均无显著差异。DQA2外显子2中等位基因A对渤海黑牛的生产性状起关键作用,可以为渤海黑牛品种选...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
胡文萍 董新龙 田志龙 汤继顺 刘秋月 王翔宇 狄冉 张效生 张金龙 王金玉 储明星
为研究Izumo1基因多态性及与产羔数关系,本研究利用PCR和直接测序法对小尾寒羊和苏尼特羊的Izumo1基因DNA序列进行扩增、测序和BLAST分析,并和本课题组前期绵羊重测序数据进行比对,筛选出Izumo1基因SNP位点。同时,采用Sequenom MassARRAY~?技术进行基因分型,并对其SNP位点的基因型和等位基因频率在各群体中的分布进行研究。结果表明:小尾寒羊Izumo1基因DNA全长序列3 385 bp,苏尼特羊Izumo1基因DNA全长序列3 382 bp;筛选出8个Izumo1基因SNP位点,经过初步筛选,将在小尾寒羊、苏尼特羊、滩羊、萨福克羊、杜泊羊、草原藏羊这6个绵羊品种中位点分布没有差异的SNP位点排除,最终筛选获得的g.54412135A>G和g.54412107C>A 2个位点。Izumo1基因g.54412135A>G位点在多羔和单羔绵羊品种中存在GG、GA和AA 3种基因型,G基因为优势等位基因;g.54412107C>A在多羔品种中存在CC和CA 2种基因型,而在单羔品种中存在CC、CA和AA 3种基因型,C基因为优势等位基因,其基因型频率和基因频率在单、多羔绵羊群体间的分布差异均极显著(PG多态位点在6个品种中的多态信息含量(PIC)都属于低度多态(PICA多态位点在杜泊羊中属于中度多态(0.25A位点的不同基因型与小尾寒羊不同胎次产羔数之间不存在显著关联(P>0.05)。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王继英 姜运良 郭建凤 王诚 张印 武英
为研究FUT I基因对断奶仔猪生长性能的影响,对莱芜黑猪、杜洛克和大约克猪群共752头仔猪样本在FUT I基因M307位点多态性进行检测,并对不同基因型与生长性状的关系进行分析,结果表明:莱芜黑猪、杜洛克和大约克群体在FUT I基因M307位点均存在丰富多态性,且在该突变位点均显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(p<0.01)。莱芜黑猪群体内G基因占优势,而杜洛克和大约克群体内均为A基因稍占优势。3种基因型对杜洛克和大约克仔猪的70日龄保育重(和断奶仔猪腹泻和水肿病密切相关)影响达到显著(p<0.05)或极显著(p<0.01)水平,但对莱芜黑猪的70日龄的保育重无显著影响。结果提示:...
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