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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
樊蓉 樊军锋 李周岐
【目的】对外观相近、较难区分的4个白杨新品种及其父母本和3个近缘种进行遗传分析并构建指纹图谱,为这些品种在生产应用中的分子鉴定提供技术依据。【方法】采用SRAP分子标记技术,对03-4-9、03-4-22、03-5-17和03-6-11 4个白杨新品种及I-101杨、截叶毛白杨、84K、毛白杨30号、银毛杨共9个白杨品种开展遗传分析及指纹图谱构建。【结果】14对多态性高的SRAP引物对9个白杨品种共扩增出167条条带,平均每对引物扩增条带为11.93条。其中多态性条带143条,多态性比率为85.63%,多态性高。聚类分析表明,9个白杨品种之间的遗传相似系数为0.40~0.76,其中4个白杨新品...
关键词:
杨树 杂种 SRAP 分子标记 指纹图谱
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
郭斌
【目的】对栎属近缘种质进行指纹图谱构建,并分析其遗传结构,为栎属近缘种鉴定及分类提供了重要工具。【方法】以23份栎属近缘种质为研究对象,利用遗传背景差异大的4份种质进行SSR引物筛选,选出9对扩增条带清晰、具有多态性且重复性好的引物对其进行扩增,利用毛细管电泳技术对PCR荧光产物进行检测,采用引物-分子量组合法构建23份种质的指纹图谱,利用NTsys和STRUCTURE软件进行聚类分析和群体遗传结构分析。【结果】9对SSR引物共扩增出78个条带,每个位点的等位标记数4~14个,平均每对引物为8.67个,多态信息含量变幅为0.58~0.82,平均为0.73。聚类分析显示辽东栎、蒙古栎分别聚为两个类群,猩红栎和北美红栎聚为一个类群,群体遗传结构分析显示23份种质为3个亚群体,遗传结构分析与聚类分析结果一致。【结论】23份栎属近缘种质可以划分为辽东栎组、蒙古栎组、猩红栎-北美红栎混合组,辽东栎与蒙古栎是两个独立的分类单位,上述结果为栎属分类、品种鉴定和知识产权保护提供了理论依据。
关键词:
辽东栎 蒙古栎 指纹图谱 遗传结构
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
毕宁宁 侯立娜 王天琪 阮坤非 张静菊 刘忠华
[目的]分析玫瑰及其近缘种之间的遗传多样性并构建指纹图谱,为玫瑰种质资源鉴定与开发利用奠定基础。[方法]在玫瑰的传统品种、杂交繁育品种和国内外引进品种中各选择1种,取其鲜嫩叶片进行转录组测序;基于测序得到的玫瑰转录组数据,使用MISA在reads覆盖的基因组数据中查找玫瑰的SSR位点,并根据SSR位点两端的保守序列使用Primer 3.0设计引物。选取10种玫瑰的DNA作为试验材料,筛选设计、合成后的引物。以48份玫瑰及其近缘种的DNA作为试验材料,利用筛选出的峰值较好的引物进行TP-M13-SSR PCR,并对其扩增产物进行毛细管电泳检测,应用GeneMarker 2.2.0 (SoftGenetics,USA)读取毛细管电泳数据并用Excel进行整理;使用POPGEN VERSION 1.32计算筛选引物的观测杂合度、期望杂合度、Nei's遗传多样性指数、观测等位基因数、有效等位基因数、Shannon信息指数,并用CERVUS version 3.0计算多态性信息含量。利用Powermarker计算玫瑰及其近缘种各种质之间的遗传距离;采用NTSYSpc 2.10e计算每2个种质之间的遗传相似性系数,并绘制UPGMA聚类树状图。最后采用引物与基因型组合的方式构建玫瑰及其近缘种的指纹图谱。[结果]基于玫瑰样品转录组测序数据,使用MISA共检测出48796个SSR位点,分布于139712条Unigene中,碱基重复类型数量最多的为二核苷酸重复和三核苷酸重复,分别为20628和12828个。使用Primer 3.0以SSR位点两端的保守序列为依据初步设计并合成了144对引物;以10个玫瑰品种的DNA作为模板筛选引物,共筛选出峰值较好的28对引物。以48份玫瑰及其近缘种的DNA为试验材料,28对引物在48份试验材料中均能扩增出峰型良好、多态性高的DNA片段;28对引物的观测杂合度、期望杂合度、Nei's遗传多样性指数、观测等位基因数、有效等位基因数、Shannon信息指数和多态性信息含量的平均值分别为0.4101,0.7505,0.7011,5个,3.5116个,1.3442和0.6526。大多数供试样品间的遗传距离为0.6000~0.8000;聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.571时,48份玫瑰及其近缘种被分为两类。运用核心引物法筛选出的4对核心引物可将48份试验材料全部区分开,并构建了其指纹图谱。[结论]开发并筛选出28对多态性较好的SSR引物,可用于后续玫瑰的遗传多样性分析、遗传图谱构建、遗传稳定性鉴定等方面。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李怀志 张峻 李翔 陈火英
利用SRAP技术对36份茄子栽培品种进行了分子鉴定。结果表明:选用25对引物组合对其基因组DNA进行PCR扩增,共获得566条扩增带,其中多态性谱带102条,平均每个引物组合扩增出4.08条多态性条带;品种间‘望哈茄’与‘本溪早紫茄’遗传相似系数最大,为0.986,‘辐射1号’与‘沪紫长茄’间遗传相似系数为0.581。同时使用8对引物组合构建了36个品种的指纹图谱,其中引物FC8ME10可以把‘闽长茄’与其他茄子品种完全区分开。引物SA1OD3可以把‘敦和茄’和‘苏大青茄’同其他茄子品种区分开来。表明:SRAP标记技术能较好地从分子水平揭示出茄子品种的遗传多样性,并能有效应用于茄子品种指纹图谱...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
徐宗大 赵兰勇 张玲 杨志莹
【目的】从分子水平分析玫瑰的遗传多样性和亲缘关系,并建立玫瑰品种的指纹图谱,为杂交育种、品种分类和品种鉴定提供理论依据。【方法】采用相关序列扩增多态性(SRAP)技术对玫瑰46个品种和4份野生种质进行遗传多样性分析和品种指纹图谱的构建。【结果】15对引物共扩增出264个位点,其中227个为多态性位点,多态性比率为85.98%,说明玫瑰的遗传多样性较为丰富。50份材料的遗传相似系数(GS)为0.6012—0.9852,平均值为0.7835;平均Nei’s遗传多样性指数(H)为0.2665,平均Shannon信息指数(I)为0.4033;4份野生玫瑰种质的H=0.1225,I=0.1787,显著低...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
程保山 万志兵 洪德林
用68对SSR引物扩增了35个粳稻品种(系)的基因组DNA,结果有46对引物在35个品种间具有稳定多态性。有6个品种可用单一特异的SSR标记加以识别,其余29个品种则需要不同的SSR指纹组合才能识别。用12对核心引物构建的SSR指纹图谱能将35个粳稻品种逐一区别开来。35个粳稻品种间遗传相似系数的变异范围为0.27~0.98。采用类平均法进行聚类分析,在相似系数0.82处,可将35个粳稻品种分为4类。聚类分析结果基本上反映了依据系谱分析的品种间亲缘关系。
关键词:
粳稻 微卫星标记 指纹图谱 遗传相似性
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘丹丹 逯晓萍 张瑞霞 温莹 薛春雷 杨凯 任锐 王亚男 韩平安
利用SRAP分子标记技术构建了22份高丹草品种的指纹图谱。该指纹图谱可以准确区分供试的所有22个高丹草品种,置信概率达到99.9 999%,为高丹草品种划分提供了基础。利用筛选出的19个多态性较好的SRAP引物组合对22个高丹草品种进行遗传多样性分析鉴定,共扩增出450个位点,其中多态性位点369个;平均每个引物组合产生23.6个位点和19.4个多态性位点,平均多态性水平为82.2%。通过采用UPGMA方法进行聚类分析,遗传相似系数在0.66~0.94之间,以遗传相似系数0.674为阈值,可将供试材料分为2个类群。
关键词:
高丹草 指纹图谱 遗传多样性 SRAP
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
邵雪花 刘牛 赖多 肖维强 匡石滋
[目的]利用ISSR分子标记技术对28份余甘子种质资源进行遗传多样性分析,并构建其指纹图谱。[方法]从96条ISSR引物中筛选得到9条核心引物,用作广东省农业科学院收集的华南地区28份余甘子品种分子标记,利用UPGMA聚类分析余甘子种质资源遗传多样性,以核心引物UBC809和UBC886组合构建余甘子DNA指纹图谱。[结果]9条ISSR核心引物对28份余甘子样品扩增共得到686条条带,其中多态性条带667条,多态率为97.23%。通过聚类分析将28份余甘子样品聚为4类,其中大果油甘和甜油甘5号遗传分化较大,各单独聚为一类,珍珠油甘、甜油甘2号和甜油甘4号聚为一类,其余23个品种聚为一类。利用核心引物UBC809和UBC886组合,成功构建了余甘子DNA指纹图谱,供试28份余甘子品种(系)每个都有一套唯一的指纹图谱编码。[结论]成功构建了28份余甘子种质的指纹图谱,可用于余甘子种质资源的分类与鉴定,同时可用于余甘子杂交新品种选育。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
李田 郭俊娥 郑成淑 孙霞 孙宪芝
利用来源保守DNA序列多态性(CDDP)标记技术,探讨50个不同花径、瓣型、花色的菊花品种的遗传多样性。筛选的19条CDDP引物,共产生234个条带,平均每条引物产生12.32个条带,其中211个(90.17%)为多态性条带。菊花品种间的SM相似系数变化范围为0.6170~0.9447,平均0.7330。至少需要2条引物组合(WRKYR2和WRKY-R3)可以完全区分50个品种。UPGMA聚类结果表明,所选的菊花品种基本按花径聚类,与瓣型和花色无直接关系。研究表明CDDP技术可有效用于菊花遗传多样性分析和品种鉴定研究。
关键词:
CDDP标记 菊花 品种鉴定 遗传多样性
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
彭继庆 曹福祥 曹基武 董旭杰 刘志明 任锐 熊亚丽 张鹏鸿
利用ISSR-PCR分子标记技术对23个绣球花品种进行遗传多样性研究,从100条引物中筛选出10条引物对供试材料基因组总DNA进行PCR扩增,共扩增出条带123条,其中多态性条带102条,占82.93%,具有较高的多态性。经PoP GeN32软件包分析,23个绣球花品种的平均有效等位基因数为1.493 7,平均NeI’S基因多样性指数为0.290 7,平均ShANNoN信息指数为0.435 7,遗传距离介于0~0.769 1之间,遗传一致度介于0.463 4~1.000 0之间,具有广泛的遗传多样性,梦幻蓝和史欧尼10条引物的扩增结果一致,二者可能为同一个品种。UPGMA聚类将23个品种分成2...
关键词:
绣球花 ISSR 遗传多样性 指纹图谱
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘娟 廖康 曼苏尔·那斯尔 孙琪 刘欢 贾杨
【目的】从ISSR分子标记水平分析新疆主栽杏品种(系)的遗传多样性和亲缘关系,构建新疆杏品种(系)的DNA指纹图谱数据库,为杂交育种、品种鉴定和品种分类提供理论依据。【方法】从供试样品中选取表型差异较大的6份材料对100个ISSR引物进行筛选,最终筛选出条带清晰、主带明显、多态性丰富、能够稳定重复且对品种具有较高鉴别力的ISSR特征引物,对48个新疆杏品种(系)进行扩增,采用POPGENE version 1.32软件计算多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s多样性指数(H)和Shannon信息指数(I),及各材料间的Nei’s遗传相似系数(...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈惠端 陈美霞 蔡金月 徐鲜钧 方平平 徐建堂 陶爱芬 牛小平 祁建民
以36个黄麻野生种和栽培种为材料,对其基因组DNA进行相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记分析.结果表明:从50对引物中筛选出扩增带型好、品种间带型差异明显、易于识别的34对多态性引物,共扩增出1845条多态性条带,平均每对引物扩增出51.25条,最后从中筛选出14对核心引物构建了36个黄麻品种的DNA指纹图谱,每个品种均有各自特异的DNA指纹,可为黄麻种质资源分子身份证绘制提供依据.
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
郭娟 樊军锋 梁军
【目的】利用新型分子标记EST-SSR,从分子水平上区分亲缘关系较近、形态上难以区分的5个美洲黑杨品种,并构建其指纹图谱。【方法】采用EST-SSR分子标记,从22对引物中筛选多态性引物,用以鉴别I-69杨、陕林3号、创新杨1号、南抗1号、北抗1号5个美洲黑杨品种,并根据多态性条带计算各品种间的遗传相似系数,构建各自的指纹图谱。【结果】从22对引物中筛选出的17对多态性引物共扩增出86条谱带,其中多态性条带69条,多态性比率为80.23%,有5对引物可以将5个美洲黑杨品种完全区分开;各品种间的遗传相似系数为0.444 4~0.717 2,平均相似系数为0.580 8;构建了各品种的EST-SS...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
缪恒彬 陈发棣 赵宏波 房伟民 石丽敏
【目的】揭示选育出的菊花新品种遗传多样性并建立ISSR指纹图谱,为品种知识产权保护提供依据。【方法】选用21个ISSR引物,对新选育的25个小菊品种的基因组DNA进行随机引物PCR扩增。【结果】共获得122条扩增带,其中多态性谱带114条,占扩增谱带数的93.4%;品种间相似系数变幅在0.282~0.757;平均有效等位基因数为1.6390,平均Nei’s基因多样性指数为0.3620,平均Shannon信息指数为0.5323;在21个引物中,引物ISSR35扩增的谱带可把25个品种完全区分开。【结论】ISSR标记技术能较好地从分子水平揭示出菊花品种的遗传多样性,并能有效应用于菊花品种指纹图谱的...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
贾会霞 胡建军 卢孟柱
以5个美洲黑杨新品种(丹红杨、南杨、中林2025杨、中红杨和全红杨)为实验材料,利用CE-AFLP(毛细管电泳-AFLP)技术,采用EcoR I+3/Mse I+3和Pst I+2/Mse I+3引物组合构建指纹图谱,并进行遗传多样性分析。结果表明:从36对引物组合中筛选出12对扩增条带数目多、稳定且清晰的引物进行扩增,共获得条带数877条,多态性条带数315条,平均多态率为35.92%。采用UPGMA法进行聚类分析,相似系数为0.74~1.00;丹红杨与南杨之间的差异较大;在相似系数0.98时,中林2025杨与中红杨和全红杨分为两类,11条稳定特异的条带可以作为鉴别它们的依据;全红杨和中红杨...
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