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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
耿雪侠 张立 徐敏 邓道贵 张海军
采用PCR产物直接测序法测定了3种中国常见溞属(Daphnia)动物的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)及其侧翼序列。结果表明扩增出的线粒体DNA片段在碱基使用上存在明显偏倚,A+T含量均超过60%,且在重链上多使用T。推测3种中国溞属动物COⅠ基因的终止密码子均为不完整的终止密码子(T__),而隆线溞(D.carinata)及大型溞(D.magna)COⅠ基因的起始密码子可能是(A)CTA,较为少见。基于COⅠ基因DNA或氨基酸序列进行了同源性、进化分歧及密码子使用偏向性等方面的比较,分析结果和采用不同方法构建的分子系统进化树均显示:中国来源的两种溞属动物隆线溞与大型溞亲缘关系较近,显...
关键词：
溞属 线粒体DNA COⅠ基因 系统进化
[期刊] 中国农业科学
[作者]
谢南南 乔勇 赵锦 刘孟军
【目的】建立一种适合枣相关基因侧翼序列延伸的SON-PCR技术。【方法】在原有SON-PCR基础上进行改进,将原有SON-PCR第2轮两段式反应改进为两步式,即第2轮首先加入单引物进行单侧嵌套引物引发5′端进行选择扩增,然后以第1步产物为模板,以少量的第1轮引物和第2轮引物进行特异性扩增,使特异性和效率进一步加强;将原来第2轮扩增模板浓度调整至10 ng·μL-1左右,以适合枣相关基因侧翼序列扩增。【结果】利用该体系对‘骏枣’1条626 bp的片段进行了侧翼序列扩增,获得了1条934 bp的编码富含亮氨酸重复序列的相关片段;同时以其它2条枣基因片段为起始序列进行了侧翼序列扩增,进一步验证了此技...
关键词：
枣 相关基因 SON-PCR 侧翼序列
[期刊] 中国水产科学
[作者]
邵爱华 朱江 陈葵 史全良
以暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)肝脏的线粒体DNA为模板,按照红鳍东方豚(Takifugu rubripes)线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定线粒体细胞色素b(Cyt b)及其侧翼tRNA基因的全序列,结果显示,克隆的暗纹东方Cyt b基因(1 137 bp)及其5′端上游的tRNAGlu基因和3′端下游的tRNAThr基因序列共1 327 bp。用DNA分析软件对暗纹东方与GenBank中10个目13种鱼类的Cyt b序列进行比较分析,显示暗纹东方与这些鱼类的Cyt b基因具有较高的同源性,与同属红鳍东方的同源性最高,为96.1%;与同目不同科的...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
欧阳叙向 黄生强 施启顺 柳小春 张明军 刘鹤翔 邓灶福 何德肆 胡述光 谭胜国
为找寻山羊FSH受体基因的SNP突变位点,进行FSH受体基因的多态性分析和探索该受体基因在山羊多胎中的可能作用,利用比较基因组学的方法,根据绵羊FSH受体基因序列设计引物,以湖南湘东黑山羊基因组为模板,PCR扩增了FSH受体基因5' 端侧翼调控区,通过克隆进行了序列测定及分析,并与牛、绵羊该区段序列进行了比较.结果表明,PCR扩增获得的片段为844 bp,与中国西门塔尔牛该段序列相比,同源性为94.08%,在-364 bp处的左翼发生了多碱基插入,湘东黑山羊该序列有5个碱基的插入,另在-625~-619 bp处的7个碱基缺失;与澳洲绵羊的FSHR基因比较,同源性为93.60%,在-367 bp...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杜怡芳 朱信超 李贤慧 曲宪成
为深入研究黄鳝Dmrt1基因5′端侧翼序列在性别决定与分化中细胞通路之间的转录调控作用。本研究以黄鳝基因组DNA为模板，PCR扩增出Dmrt1基因5′端侧翼序列，并对该序列进行了生物信息学分析，然后将克隆获得的Dmrt1基因5′端侧翼序列构建到PGL3-enhancer载体中，命名为pGL3-enhancer-Dmrt1,最后将pGL3-enhancer-Dmrt1和内参质粒pRL-TK共转染至HEK293细胞，采用双荧光素酶检测系统对Dmrt1基因5′端侧翼的启动活性进行了检测。实验结果显示：克隆获得的Dmrt1基因5′端侧翼序列为1 519 bp;利用TESS-Transcription Element Search System转录因子结合位点在线预测数据库对黄鳝Dmrt1基因5′端侧翼序列进行预测分析结果表明，该序列存在AP-1、Oct-1、C/EBPa和GATAx等真核生物通用的转录因子结合位点以及与性别相关基因的蛋白结合位点，如SRY、Sox3和Sox5等；双荧光素酶检测结果显示，该5′端侧翼序列具有启动活性。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
龚小玲 岳丽佳 崔忠凯 张晓懿
对鳗鲡属(Anguilla)的美洲鳗鲡(A.rostrata)、欧洲鳗鲡(A.anguilla)、太平洋双色鳗鲡(A.bicolor pacifica)、花鳗鲡(A.marmorata)、澳洲鳗鲡(A.australis)、日本鳗鲡(A.japonica)6种鱼类54个体COⅠ和COⅡ基因片段中1 179 bp和633 bp的序列特征、分子分类的有效性、以及构建的系统关系进行了比较分析,结果表明:(1)COⅠ和COⅡ基因可变位点、简约信息的百分比分别为17.98%、16.45%和12.16%、10.11%,COⅠ较COⅡ基因的变异率高;(2)两种基因序列均表现出明显的反G偏倚(在COⅠ和COⅡ...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
白俊杰 劳海华 叶星 简清 吴淑勤
采用PCR方法从剑尾鱼(Xiphophorushelleri)线粒体基因组中扩增到1段约15.5kb的片段,测定了其中627个碱基的序列。经测序分析表明,该扩增片段包括486bp的D 环的部分序列以及D 环5'端的tRNAthr和tRNApro基因的完整序列。其中486bpD环序列包含3段保守的终止相关序列TAS、与TAS互补的序列以及类似其他鱼类线粒体CSB序列。tRNAthr由线粒体DNA的H链编码,长度为72bp。tRNApro由线粒体DNA的L链编码,长度为69bp。并绘制了这2种tRNA的二级结构图。本研究所测定的基因序列已登录国际GenBank数据库,序号为AF489918。
关键词：
剑尾鱼 线粒体DNA D-环 tRNA
[期刊] 中国水产科学
[作者]
曲宪成 周正峰 崔严慧 刘颖 胡萍华 金一春 尚婧瑨
首先运用PCR-末端加尾法克隆了团头鲂(Megalobrama amblycephala)脑下垂体糖蛋白激素α亚基(Pituitary glycoprotein hormone α subunit,PGPH α)基因5’端侧翼序列;然后利用生物信息学理论对该序列进行了序列分析;最后在序列分析结果的基础上,构建了荧光素酶质粒表达载体。序列分析结果显示,克隆所得到的团头鲂PGPH α亚基基因5’端侧翼序列长1399bp;其序列中包含潜在的TATA盒、GC盒,以及ERE、TRE、CRE、PGBE等对PGPH α亚基基因转录调控起重要作用的转录因子结合位点;启动子区域位于-40~10bp处。利用PCR...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张凤英 马凌波 施兆鸿 马春艳
对采自东海的银鲳(Pampus argenteus)、翎鲳(P.punctatissimus)和中国鲳(P.chinensis)3种鲳属鱼类的线粒体COI基因序列片段进行扩增和序列测定,得到603bp的基因片段,编码201个氨基酸,碱基T、C、A、G平均含量分别为34.2%、22.3%、25.9%和17.6%。所得序列共定义12个单倍型,中国鲳只有1个单倍型,银鲳3个单倍型,翎鲳8个单倍型,在这12个单倍型中共检测到109个变异位点。3种鲳密码子的使用均存在明显的偏向性,且同义密码子使用偏向性高度一致。银鲳和中国鲳的遗传距离最大(0.165~0.168),与翎鲳的遗传距离次之(0.151~0....
[期刊] 淡水渔业
[作者]
付元帅 龙华 陈建武 张燕 汪登强
选用根据人类SRY基因HMG保守区序列、HMG-box序列以及HOX基因保守序列设计的3对引物,分别对白缘(Liobagrus marginatus)、大拟缘(Liobagrus marginatoidesW u(b ig))、小拟缘(Liobagrus margina-toidesW u(sm all))、黑尾(Liobagrus nigricauda)4种鱼的雌雄基因组进行了PCR扩增。结果在4种鱼的雌雄基因组中发现1个1 200 bp左右的SRY基因同源序列片段,3个分别为200 bp、500 bp和1 200 bp左右的SOX基因同源序列片段,2个分别为150 bp和200 bp左右的...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
刘玲 刘福妹 陈肃 林琳 李慧玉 刘桂丰 姜静
以转TaLEA11个株系及野生型对照小黑杨为试材,通过生长性状、叶片解剖结构比较发现,在叶面积、气孔密度、叶片厚度等方面转基因XL11株系明显低于其他参试株系;角质层厚度、栅海比,气孔大小等方面XL11株系显著高于其他参试株系。进而以XL11株系为材料,采用TAIL-PCR方法克隆插入位点的旁侧序列得到AP2/PthRAV(XM_002311402.1)。荧光定量分析发现AP2/PthRAV的相对表达量在XL11株系中显著高于其他转基因株系及野生型平均值的7.78倍,初步认为该株系在生长及叶片解剖结构等性状的改变,可能与AP2/PthRAV上调表达有关。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
彭士明 施兆鸿 侯俊利 张浩 赵峰
利用PCR技术扩增我国3个不同海域(渤海湾、东海的舟山海域、南海的广东沿海)银鲳(Pampus argenteus)线粒体COⅠ的基因片段,得到长度为604bp的片段,比较分析了3个不同地区48尾银鲳线粒体COⅠ基因序列的变异和遗传结构。结果显示,48条序列共检测出多态性位点30个,其中简约信息位点6个,各群体内的多态性位点分别为渤海8个、舟山26个、广东1个;48个个体具有18个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.6622和0.0028。AMOVA分析结果表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的-1.03%,而101.03%的遗传变异源于群体内,3群体总的遗传分化指数(FST)为-0.0...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨立勇 刘灶长 周立国 罗华程 罗利军
【目的】建立一种有效分离T-DNA插入突变体侧翼基因组序列的方法。【方法】分离侧翼的目标基因组序列是利用T-DNA标签法研究植物功能基因组学的一个关键步骤,笔者发展稳定高效的Actail-PCR分离技术。该技术一侧引物来自于T-DNA载体,另一侧引物为一个复性控制引物。复性控制引物在3'端为一个14bp的随机简并引物,在5'端非目标尾部序列接上一个通用引物,中间由5个多聚脱氧次黄嘌呤核苷(poly(dI))连接。【结果】Actail-PCR技术将随机简并引物重新编辑成复性控制引物,在40℃的低严谨条件下,3'端的随机简并引物可以与T-DNA插入突变体的侧翼目标区段随机的结合,扩增得到目标片段,...
[期刊] 水产学报
[作者]
王成辉 李思发 刘至治 龚小玲 黄雷 宋晓 赵岩
对我国长江与移居到英国泰晤士河、美国旧金山湾的3个中华绒螯蟹群体的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅱ(CO Ⅱ)的全序列进行了测定。在693bp的序列长度中,长江群体、泰晤士河群体和旧金山湾群体分别有20、8、7个变异位点;它们的单倍型多样性指数分别为0.8433、0.8158、0.7821;核苷酸多样性指数分别为0.0048、0.0031、0.0039。AMOVA分析表明:长江群体与泰晤士河群体和旧金山湾群体已出了显著的遗传分化,而泰晤士河群体和旧金山湾群体间却未出显著的遗传分化。邻接法(NJ)构建的系统关系树和最小拓展网络分析显示,旧金山湾群体与泰晤士河群体存在一定程度的基因流,旧金山湾的中华绒螯...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄磊 俞咪娜 胡建坤 于俊杰 尹小乐 聂亚锋 陈志谊 刘永锋
【目的】分析稻曲病菌T-DNA插入突变体库中致病力减弱突变菌株B-726的生物学性状,分析其T-DNA插入位点的侧翼序列,克隆因外源基因插入被破坏正常表达的基因,为明确该基因在稻曲病菌致病过程中的作用奠定基础,并为稻曲病防治新途径的制定提供理论依据。【方法】通过测定突变菌株B-726生长速率、产孢能力及致病力检测,分析其生物学性状;Southern杂交分析B-726外源基因插入的拷贝数;利用HiTail-PCR获得T-DNA插入位点的侧翼序列;运用RACE-PCR技术,克隆与插入位点毗邻的基因全长;用半定量RT-PCR分析该基因表达情况。【结果】突变菌株B-726与野生菌株P1相比致病力极显著...
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