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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李革雷 陈昌福 高宇 刘振兴 谭晶晶
采用16SrDNA克隆文库技术,对位于武汉市少潭河水库养殖基地3种养殖模式[根据放养鱼所占比例,草鱼75%、鲢15%、鳙6%、异育银鲫4%,为模式1(MSH1);草鱼75%、鲢15%、鳙3%、匙吻鲟3%、异育银鲫4%,为模式2(MSH2);草鱼75%、鲢15%、匙吻鲟6%、异育银鲫4%,为模式3(MSH3)]水体中细菌多样性进行研究。系统发育分析结果表明:3种养殖模式中细菌的16SrDNA克隆文库的序列总共分布于10个门,分别是变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝藻细菌门(Cyanobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、疣...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙藤芹 汪文俊 梁洲瑞 刘福利 孙修涛 曹原 王飞久
采用基于16S rDNA的高通量测序技术对山东长岛紫菜养殖区的细菌多样性分布进行了研究,并与环境因子进行关联分析,以探究紫菜养殖对环境的影响。结果显示,长岛海区水环境细菌多样性较丰富,呈现由近岸区(CDCNS)、养殖区(CDPF)、外海区(CDCOS)递减的趋势。分别基于所有细菌组成以及相对丰度最高的前20个属/种的聚类结果均显示,CDCNS和CDCOS区聚在一起,明显区别于CDPF区。CDPF区的特异优势菌包括鼠尾菌属(Muricauda)、假单胞菌属(Pseudomonas)、盐单胞菌属(Halomonas)、赤杆菌属(Erythrobacter)、海杆菌属(Marinobacter)。3个区域均未检测到河豚毒素假交替单胞菌(Pseudoalteromonastetraodonis)、柠檬假交替单胞菌(Pseudoalteromonas citrea)等疑似紫菜致病菌。溶解氧(DO)和pH呈现由近岸向外海逐渐降低的趋势,总颗粒悬浮物(TSS)反之。CDPF区氨氮(NH_4~+-N)含量最低,盐度最高。关联分析发现,环境因子与环境微生物之间具有一定的相关性,如嗜氨菌属(Ammoniphilus)的丰度与NH_4~+-N浓度具显著正相关性,CDPF区最低,CDCOS区最高;盐单胞菌属的分布与盐度具显著正相关性,CDPF区盐单胞菌属含量显著高于其他2个海区。研究表明,紫菜养殖海区细菌群落结构特征与环境因子具有关联性,其间的互作机制尚需进一步深入研究。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王振毅 张俊彬
以实验室循环水养殖系统养殖金钱鱼1周和1个月后的2组养殖水体样品(分别为A、B)作为研究对象,滤膜抽滤富集水样中的细菌,提取细菌基因组DNA,采用Mi Seq高通量测序方法测序16S r DNA的PCR扩增产物,进行细菌多样性比较分析、物种组成分析及聚类分析。结果表明:从2个样品测序中获得15 259条有效序列,其中A样品为9 092条,B样品为6 167条;在97%相似度下将其聚类,共产生90个OTUs(operational taxonomic units);多样性指数分析表明,A样品细菌群落多样性明显大于B样品的;样本中的细菌种类包含8个门、16个纲、28个目、38个科、48个属,其中A样品以变形菌门(Proteobacteria)的海单胞菌属(Thalassospira)和弧菌属(Vibrio)占优势,相对丰度分别为14.51%和13.29%,B样品以拟杆菌门(Bacteroidetes)的Aureispira和Dyadobacter占优势,相对丰度分别为44.67%和17.63%。表明随着时间的推移,鱼体生长产生的可溶性代谢产物和溶解性有机物逐渐积累以及水体p H的变化,改变了细菌生长的微环境,出现了细菌种群演替和适应的现象。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
金风杰 蒋德明 王亭芳 孙霏 常忠义 赵云龙 高红亮
【目的】研究南美白对虾养殖池一个养殖周期的底泥细菌多样性,为指导水产养殖提供参考。【方法】于2011年7-9月,采集上海市金山区水产养殖基地南美白对虾养殖池塘的底泥,提取底泥中细菌的总DNA,扩增细菌16SrDNA的V3可变区,采用DGGE指纹图谱技术以及基因测序技术,对该养殖周期的底泥细菌多样性进行研究。【结果】不同月份虾池底泥中存在一定数量的共有优势菌群,7月和8月的共有优势菌群分别为黄杆菌属和绿弯菌门细菌,8月和9月共有优势菌群为梭菌属细菌,7月份和9月份共有优势菌群为拟杆菌门细菌和硫酸盐还原菌;同时,7-9月底泥中还各自分布有除硫单胞菌属、蛭弧菌属、δ-变形菌门、酸杆菌门、厚壁菌门、聚...
[期刊] 农业现代化研究
[作者]
圣平 于一尊 田晓娟 黄江丽 张志红 丁建南
本文对鄱阳湖７个河口（赣江、抚河、信江、乐安河、昌江、饶河和修河）水体的理化特性进行了分析，并采用细菌１６Ｓ ｒ ｒＮＡ基因Ｍｉ Ｓｅｑ测序的方法对其多样性和组成进行了研究。结果表明，乐安河水体总氮含量最高，信江水体总磷含量最高。乐安河、修河和饶河水体细菌丰度高于其它河口，而修河、昌江和饶河水体细菌多样性则相对较高。水体细菌群落组成分析结果表明，在７个河口水体中变形菌门细菌均占优势，其次为放线菌门和拟杆菌门细菌。而在纲水平，在７个河口水体中β－变形菌纲细菌占优势，其次为α－变形菌纲细菌和放线菌纲细菌。相关性分析结果表明，水体ｐ Ｈ和细菌群落多样性呈显著负相关关系，而总氮和氨态氮含量和细菌群落多．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
吴小梅 林茂 鄢庆枇 江兴龙 张娴
为了更有针对性地防控水产动物细菌性病害的发生和流行,本实验对美洲鳗鲡及其养殖水体耐药细菌的种属特征及耐药情况开展了相关研究。首先采集美洲鳗鲡不同部位(表皮、鳃、肠道)及其养殖水体的样品,经5种抗菌药物平板筛选耐药菌株,然后采用K-B纸片扩散法检测细菌对抗菌药物的耐药性,同时测定耐药菌株的16S r DNA序列,进而分析耐药菌的种属分布和多重耐药性。结果显示,经耐药平板筛选分离纯化得到108株细菌,分别属于气单胞菌属、柠檬酸杆菌属、不动杆菌属等20个属;其中,93.5%的菌株对3种(含)以上的抗菌药物具有耐药性,86.1%的菌株对3类(含)以上的药物具有抗性。对阿莫西林的耐药率高达90.7%,对...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙振丽 宣引明 张皓 蒋明 潘云生 张益明 龚叶平 陆小平 余德山 薛仁宇 胡小龙 曹广力 贡成良
为了探讨南美白对虾（Ｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ Ｂｏｏｎｅ）肠道及其养殖环境中细菌种群组成和分布，采用ｉｌｌｕｍｉｎａ ｍｉｓｅｑ测序平台，基于１６ｓ ｒ ｒｎａ基因的序列测定结果，对南美白对虾肠道及其养殖池塘底泥、水体中细菌的种群结构进行分析。结果显示，在南美白对虾肠道、养殖池塘底泥、水体分别检测到２０６、２６５和２７０个细菌属，其中，有９０个属在３个样品中均可检测到，底泥和水、底泥和虾肠道、水和虾肠道中检测到的共有细菌属分别为１４６、１２８和１１９个，表明养殖池塘底泥、水和肠道中细菌存在密切的相互作用。在底泥、水和虾肠道样品中丰度大于１％的优势菌属分别有２０、１７和１０个；底泥、水体．．．
[期刊] 海洋渔业
[作者]
高权新 李云莉 齐占会 岳彦峰 施兆鸿 彭士明 高阳
近年来,随着海水养殖业的迅猛发展,我国沿海水域生态系统遭受了不同程度的污染。选取我国沿海10个典型养殖水域(大连、唐山、蓬莱、连云港、启东、象山、宁德、东山,湛江、陵水),并以美济礁水域作为对照组(无水产养殖活动),采用宏基因组de novo测序方法系统分析了这些水域微生物的多样性,并进行了对比研究。结果发现,我国典型养殖水域微生物多样性与非养殖水域(美济礁)相比差异较大,美济礁水域微生物多样性明显低于各养殖水域;不同的养殖水域之间,微生物的丰度和多样性亦存在较大的差别;厚壁菌门和变形菌门是这些水域丰度最大的门类,其中厚壁菌门中的芽孢杆菌是其优势菌种。研究结果不仅有助于了解中国沿海典型养殖水域微生物的多样性,并可为评估我国海洋生态系统的污染水平提供基础数据。
关键词：
海水养殖 微生物多样性 de novo
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
黎谢飞 王永杰
上海市浦东新区滴水湖自建成后,围绕滴水湖水体质量的研究很多,但是滴水湖水体总体细菌多样性特点的研究尚未见报道。本研究结合16S rRNA基因变性梯度凝胶电泳、16S rRNA基因宏基因组学分析的方法来初步探究滴水湖表层水体细菌的多样性特点,以及滴水湖中粪便污染指示菌、致病菌、条件致病菌和水体富营养化典型菌等的存在性和分布情况。研究结果可以说明滴水湖表层水体在采样期内的细菌多样性:(1) 5个水体样品共获得428个OTU,属于17个细菌门,39个纲,81个目,130个科,191个属,282个种。(2)湖水中以放线菌门(Actinobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、浮霉菌门(Planctomycetes)为优势门,占总序列数的97%。(3)在宏基因组中没有检测到水体粪便污染指示菌等相关的序列,在属的水平没有发现沙门氏菌属(Salmonella)、链球菌属(Streptococcus)等致病菌或条件致病菌,只有极少量的序列属于志贺氏菌属(Shigella,0. 1%)。滴水湖表层水体中蓝藻主要为聚球藻属(Synechococcus),没有发现富营养化水体中容易出现的水华蓝藻的序列。可知滴水湖表层水体的细菌多样性特点与淡水湖泊典型细菌多样性特点类似,湖水中没有检出水体污染菌,目前也没有证据表明有蓝藻暴发导致水华的倾向。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张信娣 陈瑛
将红螺菌科的红假单胞菌应用于三角帆蚌(Hyriopsis cum ingii)养殖水体,测定水化学环境因子和微生态群变化情况。结果表明,光合细菌可稳定养殖水体pH,去除氨氮、亚硝基氮、总氮,降低COD,改变水体氮磷比;光合细菌能有效控制异养细菌、弧菌、气单胞菌数量,对真菌的增殖也有一定抑制作用,避免养殖水体水质恶化。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
邓霏 鄢庆枇 黄伟卿 熊何健 王程程 马英
以16S r DNA为分子标记,通过构建克隆文库、限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)分析等技术手段,研究大黄鱼(Larimichthys crocea)网箱养殖水体中细菌的群落结构。样品采自福建省宁德市三都湾富发养殖基地。随机选取5个不同养殖网箱水样混合,取3 L混合水样过滤富集细菌后提取总DNA,用细菌通用引物27F和1 492R扩增其16S r RNA基因,构建克隆文库。从文库中随机挑选154个克隆子进行分析,得到137个阳性克隆,92种RFLP带型。对部分代表性克隆子进行测序的结果表明,大黄鱼养殖水体中细菌多...
[期刊] 华中师范大学学报(自然科学版)
[作者]
何梦莹 熊英 程凯
为研究3类淡水养殖水体（精养虾蟹池、湖泊养殖水体和精养鱼池）细菌群落结构与硝化速率的关系，通过16S rRNA 基因高通量测序与流式细胞仪分析了15个养殖水体的细菌种群结构和总菌数，并测定了硝化速率。结果表明：淡水养殖水体中的优势菌群门为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Acidobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes），且夏季细菌群落的多样性显著高于春季（P<0.05）。春季的亚硝酸盐氧化细菌（NOB）为Nitrotoga和硝化杆菌（Nitrobacter），其中硝化杆菌的丰度与硝化速率呈显著正相关（P<0.05），且精养鱼池中NOB的丰度显著高于另两类型水体（P<0.05）；夏季NOB以硝化螺菌（Nitrospira）为主，其丰度也与硝化速率显著正相关(P<0.05)，且湖泊散养水体中NOB的丰度显著高于另两类水体（P<0.05）。此外，春夏两季节的黄单胞菌目（Xanthomonadales）的丰度均与硝化速率显著正相关。上述结果说明，养殖水中NOB的分布受季节和养殖水体类型的影响，而硝化速率则受多种细菌的共同影响。
[期刊] 水产学报
[作者]
李士恒 聂志娟 沈雷 邵乃麟 孙毅 徐钢春 徐跑
为探究定期添加EM对蟹鲈混养养殖水质和菌群结构的影响，实验对混养水体进行了Ⅰ期（4月10号）、Ⅱ期（4月20号）、Ⅲ期（4月30号）和Ⅳ期（5月10号）的监测，并通过水质理化指标、16S rRNA基因高通量测序技术分析了每个时期的水质和菌群结构。高通量测序结果显示实验期间水体主要优势菌门为变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、蓝细菌门，其中对照组蓝细菌门的相对丰度在Ⅲ、Ⅳ期显著高于实验组；实验组Ⅰ期最优势菌属为Limnohabitans（20.34%），其余时期皆为微小杆菌属（56.33%、38.11%、17.88%）；对照组Ⅰ期最优势菌属为红育菌属（10.37%），Ⅱ期为微小杆菌属（47.67%），Ⅲ期和Ⅳ期皆为分枝杆菌属，分别为36.01%和42.27%；Sobs和PD指数显示：实验样品在Ⅰ期、Ⅱ期差异不显著，但在Ⅲ期和Ⅳ期实验组显著高于对照组。相比于对照组，添加EM的实验组在整个监测期总氮（TN）显著降低，氨氮（NH_(4)~(＋)-N）在Ⅰ期差异不显著，在Ⅱ期、Ⅲ期和Ⅳ期显著降低。关联分析显示，总氮是对菌群群落影响程度最大的环境因子，其中添加EM实验组的优势菌属微小杆菌属与总磷（TP）呈正相关，与TN、NH_(4)~(＋)-N、NO_(3)~(-)-N、NO_(2)~(-)-N呈负相关，为池塘氨氮、总氮降解的益菌属；本研究表明蟹鲈混养模式下定期添加EM可以改善养殖水体水质，有效抑制蓝细菌，且显著优化菌群结构，具有显著的水体原位修复功能。实现了经济效应和生态效益的双赢，为形成典型池塘混养模式的水质原位生态调控技术奠定基础，促进我国水产养殖业的绿色生态可持续发展。
关键词：
EM 菌群结构 丰富度 原位修复
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李吉方 董双林 文良印 张美昭 张兆琪
在氯化物型盐碱地池塘中 ,采用围隔实验生态学方法对鲤、草鱼、罗非鱼和淡水白鲳等 4种鱼类混养模式的鱼产量、负荷力和搭配比例进行对比研究。结果表明 ,4种养殖模式中吃食性鱼类的日增重率和收获规格都随其本身放养密度的增大而减小 ,而鲢、鳙的日增重率和收获规格则随吃食性鱼类放养密度的增大而增大 ;吃食性鱼类的日增重率以淡水白鲳最快 ,草鱼生长最慢 ;吃食性鱼类的净产量为鲤模式 (CC) >罗非鱼模式 (TH) >淡水白鲳模式 (FP) >草鱼模式 (GC) ,混养的鲢在各种模式中的产量顺序为CC >GC >TH >FP ,鳙为CC >GC >FP >TH。CC、GC、TH、FP模式的总净产量分别为 ...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
连庆安 吉红 钟雷 王涛 张星朗
为了解松浦镜鲤(Matsuura mirror carp)的生长特性,2013年6月5日至11月5日在西北农林科技大学安康水产试验示范站进行了夏花培育、高密度主养、低密度主养以及套养四种模式的池塘养殖实验。养殖期间对试验鱼的体重、体长、全长、头长、体高五个生长参数进行了定期测定。结果表明,在夏花阶段松浦镜鲤体重、体长与日龄均呈指数函数关系,其生长方程分别为W=0.064e0.121t(R2=0.968)、L=1.356e0.037t(R2=0.967),体重与体长之间呈幂函数关系,生长方程为W=0.024L3.263(R2=0.999 6);在高密度养殖条件下鱼种体重和体长与日龄呈指数函数关系...
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