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[期刊] 水产学报
[作者]
刘笋 王秀华 黄倢
从3株水产动物病原菌鳗弧菌MN、鳗弧菌3101、费氏弧菌培养液中分别获取了分泌性蛋白,进行SDS-PAGE,对表达量较高的5条蛋白区带进行MALDI-TOF/TOF质谱鉴定表明,它们分别是鳗弧菌MN金属蛋白酶(empA-MN)、鳗弧菌3101金属蛋白酶(empA-3101)、锌金属蛋白酶(zinc empA)、费氏弧菌VFMJ11_1094蛋白(VFMJ11_1094)和费氏弧菌ES114的外膜蛋白(OMP)。根据所鉴定的序列设计引物,分别从鳗弧菌MN、鳗弧菌3101和费氏弧菌中扩增出相应基因,克隆后测定emp-MN、empA-3101、zinc empA、VFMJ11-1094和OMP相应基...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
沈桂明 李晨 史成银 贾丹 范超 谢国驷 付泉洁
本研究以引起珍珠龙胆石斑鱼[Epinephelus fuscoguttatus(♀)?Epinephelus lanceolatus(♂)]幼鱼"皮肤溃疡病"的哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)ML01株为研究对象,采用平板膜覆盖技术和柱层析技术,分离、纯化了ML01株的胞外产物及分泌性蛋白。应用毒性试验、质谱分析与分子克隆技术,对纯化的胞外产物和3种主要的分泌性蛋白进行了特性分析与鉴定。结果显示,哈维氏弧菌ML01株的胞外产物(Extracellular products,ECPs)具有酯酶、明
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
张伟妮 周丽 邢婧 战文斌
用十二烷基肌氨酸钠(Sarkosyl)抽提结合超速离心纯化的方法提取了溶藻弧菌SR1、鱼肠道弧菌HQ010223-1和鳗弧菌S010610-1共3株水产动物致病弧菌及其他11株水产动物主要弧菌和4株非弧菌属细菌的外膜蛋白(Outer membrane proteins,OMPs),通过SDS-PAGE分析其外膜蛋白的组成结构。结果表明,3株致病弧菌分别有12、6和6条外膜蛋白带,且分子量主要集中在32~48kD和66~106kD之间。同时,分析其他11株水产动物主要弧菌和4株非弧菌属细菌共15株细菌外膜蛋白的SDS-PAGE图谱发现,11株弧菌的外膜蛋白图谱比较相似,而与非弧菌属细菌爱德华氏菌...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
柯野 杨家臣 屈奇奇 袁小枚 黄镜如
【目的】解析Streptomyces sp. DJ菌株编码的3种角蛋白酶的氨基酸序列、二级结构、三级结构及其功能的关系。【方法】基于DJ菌株全基因组测序结果,利用Bio-edit、DNAMAN、Discovery Studio2.5等软件、https://swissmodel.expasy.org/等网站对其3种角蛋白酶的序列和结构进行了分析和预测。【结果】DJ菌株胞外分泌3种角蛋白酶(K1、K2和K3)均属于S8家族的丝氨酸蛋白酶,信号肽、前导肽和成熟肽在氨基酸残基的组成、极性和长度等方面较一致。3种酶均能以5WSL.1.A为模板进行同源建模,每种酶的3-D结构中均含有6个α螺旋、2个3_(10 )α螺旋和15个β折叠的二级结构;其中K1酶含有2个二硫键,1Ca和2Ca位点,K2和K3各有1个二硫键,1Ca位点;3种酶的Pro270残基位于loop环,而仅有K2的Pro242残基位于loop环中。3种酶底物结合区域主要由疏水性残基构成,偏向于疏水性强的底物。3种酶的底物结合区域比较而言,S1和S2对底物特异性起关键作用;由于3种酶的S1和S2中重要位点残基的不保守性,使其底物特异性具有差异。【结论】DJ菌株中3种角蛋白酶在氨基酸、二硫键、脯氨酸和钙结合等的不同致使酶稳定性的不同;并且由于其表面电荷分布、底物结合区域的差异构成对羽毛水解位点的互补性,这可能是DJ菌株高效降解羽毛的重要原因。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
刘长远 赵奎华 傅俊范 苗则彦 梁春浩 陈彦 王辉
由CU-PV 07菌株引起的黄瓜细菌性白枯病已成为黄瓜生产上的主要病害。弄清该致病菌株分类地位及基因序列,对做好病害诊断和防治有重要意义。通过症状观察与对致病菌的生理生化分析、16S rDNA序列分析,结果表明:该病害症状为叶片病斑圆形或近圆形,中间白色膜质,四周具晕圈,病部未见菌脓;CU-PV 07菌株菌体杆状,菌体大小为(1.1～5.2)μm×(0.7～2.1)μm;革兰氏染色反应阴性,鞭毛极生1～2根;分析生理生化指标和16S rDNA序列同源性可知,该病菌CU-PV 07菌株与Pseudomonasviridiflava一致,在构建的系统演化树上应为同一个族群。可见,黄瓜细菌性白枯病菌...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨智慧 李宁求 白俊杰 石存斌 潘厚军 叶星 劳海华 吴淑勤
从哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)、溶藻弧菌(V.alginolyticus)、副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)克隆、测定了共19株海水鱼类致病性弧菌外膜蛋白OmpK基因序列,探讨其作为海水鱼类致病性弧菌共同抗原的分子基础。根据已知的弧菌外膜蛋白OmpK序列设计1对简并引物,利用聚合酶链式反应(PCR)方法从19株弧菌总DNA中分别扩增得到约800 bp外膜蛋白OmpK的基因片段,将其克隆到pDM18-T Vector载体筛选阳性重组子进行序列测定。结果显示,OmpK基因分别含有786 bp~849 bp的开放读码框,编码261~282个氨基酸,其核苷酸序列之间的相...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘文波 周斌 黄兵 张秀美 张素芳 陈溥言
根据传染性喉气管炎病毒(ILTV)美国632株TK基因序列设计并合成1对引物,以ILTV烟台株DNA为模板扩增了TK基因,并对其进行了序列测定。将ILTV烟台株的TK基因和TK蛋白分别与ILTV美国632株,英国T horne株,B e ijing E 2株,BHV-1,EHV-1,EHV-2,FHV-1,HHV-1,HHV-2,HHV-3,HHV-4,HVT,M DV-1,M DV-2,PRV和SHV-2的TK基因和TK蛋白比较后发现,其TK基因的核苷酸和TK蛋白的氨基酸同源性分别为24.6%~99.5%和15.1%~98.9%,表明不同ILTV毒株之间TK基因和TK蛋白相对保守,但与其他α...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨俊誉 张志超 韩永花 李婕 张彧 黄琼
应用计算机技术和生物信息学的方法，采用Ｓｉｇｎａｌ Ｐ４．０、ｌｉＰｏ Ｐ１．０、ＴａｒｇｅＴ Ｐ１．０．１、ＴＭＨＭＭ２．０蛋白质分析软件对植物病原细菌ｒａｌＳＴｏｎｉａ ＳｏｌａｎａｃｅａｒｕＭ Ｐｏ８２质粒基因组的１６８０个ｏｒＦＳ编码的分泌蛋白信号肽氨基酸序列进行预测分析。结果表明，质粒基因组的１６８０个ｏｒＦＳ中有１０２个ｏｒＦＳ所编码的蛋白质具有ｎ－端信号肽序列，包括８５个Ⅰ型信号肽，１个Ⅱ型信号肽，１５个ＰｒｅＰｉｌｉｎ－ｌｉｋｅ信号肽和１个细菌素和信息素信号肽，所有的分泌蛋白中具有ｒｒ－ＭｏＴｉＦ信号肽结构的有１４个，且均为Ⅰ型信号肽。在１０２个具有可切割信号肽的分泌蛋白中，有．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
储卫华 陆承平
根据已发表的气单胞菌胞外蛋白酶基因核苷酸序列,设计和合成了一对引物,以嗜水气单胞菌AhJ-1的基因组DNA为模板,通过PCR技术,扩增到约900bp的丝氨酸蛋白酶基因片段,并克隆到质粒载体pGEM-T中进行测序和分析,结果表明扩增的丝氨酸蛋白酶基因片段与已发表的嗜水气单胞菌丝氨酸蛋白酶Ahe2的同源性有87％,扩增片段编码343个氮基酸,推测的分子量为35700,计算机软件分析表明编码的氨基酸有较高的抗原性,可作为核酸疫苗的侯选基因片段。
关键词：
嗜水气单胞菌 丝氨酸蛋白酶基因 克隆
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
沈锦玉 李新华 潘晓艺 尹文林 曹铮
中华鳖(Trionyx sinensis)细菌性疾病主要由气单胞菌感染引起的,通过脱脂奶平板检测及酶活性试验得出温和气单胞菌TL97528株分泌的胞外蛋白酶为丝氨酸蛋白酶,而丝氨酸蛋白酶是气单胞菌的主要毒力因子。根据已发表的嗜水气单胞菌的丝氨酸蛋白酶基因序列保守区域设计引物,PCR扩增出一长度为809 bp大小的特异片段,该序列在Genbank上的登录号为FJ357446。对该序列进行分析发现,已发表的温和气单胞菌(Aeromonas sobria)丝氨酸蛋白酶基因(GenBank登录号为AF253471)同源性为98%、与其他几株已发表的嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
马玉 乔军 孟庆玲 刘田莉 胡政香 陈诚 才学鹏 张金生 陈创夫
本研究对新疆沙湾县疑似绵羊肺炎支原体(MO)感染的病料进行病原的分离鉴定,并对分离株进行形态学、生化和分子生物学鉴定。分离鉴定出MO13株,提取MO分离株的基因组,经PCR技术扩增MO分离株膜蛋白P80基因,将扩增序列与Gen Bank中已知的MO法国14811株膜蛋白P80基因序列进行比较。结果表明,该序列核苷酸的同源性为97.11%,推导氨基酸序列的同源性达到98.28%。该基因存在60处碱基突变,其中24处是同义突变,36处为错义突变,表明MO不同地域分离株膜蛋白P80存在一定的遗传变异。
关键词：
绵羊肺炎支原体 分离 鉴定 P80基因
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
金扩世 陆承平 金宁一
根据已发表的新城疫病毒 (NDV)的核苷酸序列设计了 5对引物 ,采用RT PCR技术 ,分别扩增新城疫病毒长春株基因组中的F、HN、M、P及NP基因 ,并克隆和测定序列。与新城疫弱毒LaSota株和V4株进行同源性比较 ,并对NDV长春株、LaSota株及F48E9株F蛋白分子结构的疏水性及抗原表位分析 ,表明NDV长春株具有新城疫病毒弱毒株的特性。
关键词：
新城疫病毒长春株 结构基因 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
吕春伟 朱峰伟 杨丽金 朱新产
对鹅细小病毒YZ株非结构蛋白1的基因进行克隆、测序、比对及蛋白质结构和功能等生物信息学分析,探究了非结构蛋白1的基因分子特征和理化特性及病理学相关致病机理。通过PCR、质粒克隆及核苷酸序列测定方法获得病毒YZ株非结构蛋白1基因序列,采用DNAsis、Mega 5.10、Blast等多种生物学软件完成核苷酸序列及氨基酸序列和系统进化分析。结果显示,鹅细小病毒YZ株非结构蛋白1的基因全长1 881个核苷酸,编码627个氨基酸。与GPV-GB标准株、MDPV、ChPV、AAV的NS1基因序列存在很高的同源相似性,与MDPV的亲缘关系最近,提示番鸭和鹅细小病毒来自共同的祖先,其宿主的不同而演化为不同的...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
徐进 张辉 肖汉兵 曾令兵
大鲵虹彩病毒(giant salamander iridovirus,GSIV)是近年中国大陆新发现的引起人工养殖大鲵(Andrias davidianus)大规模死亡的病毒病原。为了揭示大鲵虹彩病毒流行株的基因型差异,本研究对2010–2012年采集自全国不同大鲵养殖区域的患虹彩病毒病的大鲵样本进行了分子检测、病毒分离培养以及病毒主衣壳蛋白(major capsid protein,MCP)基因测序与比对分析。结果显示,采自陕西、湖北、湖南、浙江、江西、福建等省的10个样本检测为阳性,通过细胞培养获得10株病毒流行株。对该10株流行株MCP基因的测序与比对分析发现,核苷酸序列相似性达到99....
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
韩长志 王娟
里氏木霉(Trichoderma reesei)QM6a为重要的产纤维素酶工业生产菌株,为明确其内存在的分泌蛋白,对该菌分泌蛋白进行预测,并明确其特征。利用SignalP、ProtComp等5个软件对该菌中9 143条蛋白质序列进行分泌蛋白预测,并对上述分泌蛋白的氨基酸大小分布情况、信号肽长度及其切割位点等性质进行分析。里氏木霉中含有分泌蛋白356个,其氨基酸长度、信号肽长度与其他植物病原菌不同;信号肽切割位点属于A-X-A类型,与其他已经报道的植物病原真菌、细菌以及卵菌中分泌蛋白信号肽切割位点一致。通过
关键词：
里氏木霉 分泌蛋白 信号肽 预测软件
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