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[期刊] 中国水产科学
[作者]
单淇 董仕 吴海防 谷口顺彦
鳙鱼(Aristichthys nobilis)采自江西瑞昌、湖南长沙的天然群体以及天津宁河的人工繁殖群体共127尾,对其线粒体DNA的D-loop区段进行PCR扩增,使用12种核酸内切限制酶酶切。酶切结果显示,在12种内切酶中,8种有酶切位点,2种个体间有变异,为AfaⅠ和HinfⅠ,共得到7种单倍型。依据单倍型频率的组成情况,计算出瑞昌与长沙、宁河群体间的Rogers遗传距离分别为0.728 3和0.500 7,长沙和宁河群体间的Rogers遗传距离为0.813 5。AfaⅠ的酶切类型C和HinfⅠ的酶切类型B组成的单倍型,在长沙群体中占87.5%,而在瑞昌和宁河群体中均为零。由此可以认为...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李献梅 王小芬 崔宗均
末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)是以荧光标记引物PCR为基础,根据末端限制性片段长度区分出微生物群体组成的一种微生物群体图谱法。本文综述了该方法在群体微生物分析上的应用及DNA提取、PCR扩增、酶切和数据分析等步骤的技巧与优化,总结了科学应用该技术的要求以及和多重PCR、gyrB基因等相结合的观点。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
郑立 刘延鑫 赵绪永 靳双星 邓红雨 刘太宇
【目的】研究河南3个驴种(河南小毛驴、长垣驴、泌阳驴)的遗传多样性及其系统发育关系。【方法】采用PCR和测序技术,测定15头长垣驴、20头泌阳驴和14头河南小毛驴共49个个体的mtDNA D-loop区部分序列,采用DNAsp 4.90进行多态性分析,并利用MEGA4.1的邻接(NJ)法构建系统发育树。【结果】长垣驴、泌阳驴和河南小毛驴3个驴种共49个样本的PCR扩增产物长度均为444bp,mtDNA D-loop区的核苷酸多样度分别为2.295%,2.163%和2.799%;单倍型多样度结果分别为0.879,0.629和0.956,表明3个驴品种mtDNA D-loop区均具有较高的多态性,...
关键词:
驴 线粒体DNA D-loop区
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王淞 曹晓霞 谷口顺彦 董仕
采用PCR技术扩增了湖北监利、江西瑞昌、湖南长沙3个长江野生群体和天津宁河1个人工繁殖群体(已繁殖6代)共158尾鲢(Hypophthalmichthys molitrix)mtDNA D-loop区段,并用14种核酸内切限制酶对扩增片段进行酶切。结果显示:所有试验鱼均扩增出约1.6 kb的DNA片段,10种限制酶有酶切位点,共检测出16种单倍型,以单倍型Ⅰ为主,在各群体中所占比例为57.5%~90.0%。鲢4个群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数为0.1885~0.6526和0.001182~0.007570。瑞昌群体与监利群体的Rogers遗传距最小,为0.1250;监利群体与宁河群体...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
梁宏伟 邹桂伟 罗相忠 王长忠 呼光富 李忠
【目的】探讨长江野生鲤、荷包红鲤和兴国红鲤3种中国鲤的遗传变异、亲缘关系及系统进化。【方法】对3种鲤的D-Loop序列进行扩增并测序,分析其遗传多样性,并与GenBank中获取的另外5种鲤鱼的D-Loop序列一起构建进化树。【结果】3种鲤的碱基组成中A+T含量均高于C+G含量;T碱基含量最高,平均为33.5%;C碱基最低,平均为13.7%。在检测的3种鲤上共发现37个突变位点,其中有2个插入,28个转换,7个颠换,碱基的替换有明显偏倚。单倍型多样性指数最高的是长江野生鲤(0.984±0.019),最低的是荷包红鲤(0.113±0.072);核苷酸多样性指数以长江野生鲤最高,为0.00623,荷...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
韩虎峰 代应贵
40尾光唇裂腹鱼(Schizothorax lissolabiatus)采自珠江水系可渡河,采用PCR扩增和直接测序技术对其mtDNA D-loop区481bp的序列进行了测定分析。该序列共计发现了10个变异位点,占分析总位点数的2.08%。定义了10种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.733,单倍型间平均遗传距离(P)为0.0051。核苷酸多样性(π)为0.0027,平均核苷酸差异数(K)为1.301。用单倍型间遗传距离构建的NJ树由2个支系组成。该研究显示光唇裂腹鱼可渡河种群mtDNA D-loop区多态性较低,表明光唇裂腹鱼可渡河种群遗传多样性贫乏,有必要采取综合措施开展光唇裂腹鱼可渡河...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
于晓英 吴铁明 彭尽晖 吕长平 张宏志 丁江南
为了快速准确地进行萱草种质鉴定 ,从 6 4对AFLP引物中随机选出了 3对引物组合 (即EcoRⅠAAC MseⅠCAT ,EcoRⅠACC MseⅠCAT ,EcoRⅠACC MseⅠCAG) ,构建了 5个萱草种质的指纹图谱 .3对引物在 5个萱草材料中 2 0 5个位点上扩增出了条带 ,其中多态性条带 12 8个 ,占扩增条带总数的 6 2 .9% ,5个萱草材料具有较高的遗传多样性 ,并初步认为其中野生重瓣萱草可能来自于萱草H .fulva的自然突变
关键词:
萱草 扩增片段长度多态性 DNA指纹
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘滨 刘新富 刘思涛 孟振 张和森 刘奇 王峰 雷霁霖
采用PCR扩增和DNA测序技术,测定分析了引自冰岛和法国的大菱鲆两个引进群体以及1个国内累代繁养群体共60尾个体的mtDNA D-loop区部分序列的遗传多样性。结果表明,60尾个体中,扩增获得的mtDNA D-Loop区部分序列长度为739~759bp;共检测到46个变异位点,其中单一变异位点17个,简约信息位点29个;共检测出56个单倍型,各群体的单倍型多样度分别为冰岛1.000、法国0.950、累代繁养0.850。3个群体的核苷酸多态性分别为冰岛0.007 97、法国0.011 34和累代繁养0.006 16。各群体间的遗传分化系数分别为冰岛vs法国0.534 41、冰岛vs累代繁养0....
[期刊] 水产学报
[作者]
刘红艳 江世贵 苏天凤 龚世园
利用PCR技术扩增海南海口市、福建厦门市和广东珠海市3个地理群体海捕黄鳍鲷线粒体D-loop基因片段,测定了该基因片段580bp序列。结果发现,3个地理群体内和群体间都存在丰富的DNA序列多态性,共检测到33个多态性核苷酸位点(5.7%),24个个体具有22种单倍型(haplotype)。UPGMA法构建的分子系统树中,海南群体内所有的单倍型聚成一支,福建与广东的单倍型混杂在一起,聚成一支。从序列差异的分析中得出,海南群体与福建和广东群体的亲缘关系较远;福建群体和广东群体亲缘关系较近。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王朝锋 陈宏 雷初朝 孙维斌 党瑞华 张志清
对4头延边牛个体与GenBank中4头朝鲜牛个体的线粒体DNA(mtDNA)D环(D-loop区)910bp全序列进行了比较分析。结果发现,8头黄牛个体mtDNAD-loop序列由8种单倍型组成,单倍型比例为100%,表明2个黄牛品种mtDNA遗传多态性很丰富;在4头延边牛D-loop区序列中,共检测到核苷酸多态位点17个,核苷酸变异率为1.87%;在4头朝鲜牛中共检测到核苷酸多态位点10个,核苷酸变异率为1.10%;延边牛和朝鲜牛mtDNAD-loop全序列突变类型均为转换、颠换和插入/缺失,其中以转换为主;序列分析显示朝鲜牛与延边牛的同源性很高,达98.90%~99.67%,表明朝鲜牛和延...
[期刊] 水产学报
[作者]
黄雪贞 钱国英 李彩燕
采用PCR结合DNA测序技术和SSCP技术,分析了中华鳖3个地理群体线粒体DNA(mtDNA)D-loop区部分序列的变异及遗传多样性。在25个个体中,其碱基组成为A+T的平均含量(65.4%)高于G+C(34.6%),共检测到变异位点7个(约占总位点数的5.7%),转换/颠换值为2.76。核苷酸多样性(π)为0.019 95,平均核苷酸差异数(K)为2.453。25个个体分属6个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.707,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.027。6个单倍型构建的UPGMA系统树聚为3个分支。结果表明,中华鳖群体mtDNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,日本...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
麻智芳 潘秋芝 安苗 余科 黄胜 李珊 何孝宽
通过mtDNACytb基因和D-Loop区测序技术,分析了清水江287尾野生斑鳜(Sinipercascherzeri)的遗传结构及遗传多样性,阐明贵州省境内清水江流域野生斑鳜群体的遗传多样性现状。结果表明:分别获得287条斑鳜的完整Cytb基因序列(1141bp)和D-Loop区部分序列(840~841bp);两个基因序列的碱基组成中A+T含量分别为51.6%和64.1%,均高于C+G含量的48.4%和35.9%,多态位点分别有23和44个,单倍型数分别为25和43种;单倍型多样性指数(核苷酸多样性指数)分别为0.821±0.018(0.0020±0.0001)和0.919±0.009(0.0083±0.0003);群体内平均遗传距离分别是0.0021和0.0087;AMOVA分析显示,群体内个体间变异是变异的主要来源(Cytb基因为97.54%,D-Loop区为97.32%);NJ系统发生树显示,Cytb和D-Loop区都聚为两支,两支的单倍型在河流的上中下游均有分布;清水江野生斑鳜群体的mtDNACytb的Fu’sFs值呈显著负值(﹣0.9553(P=0.007)),检测出了种群扩张,据公式推算出清水江斑鳜种群于0.176Ma年前发生了种群扩张,而D-Loop区符合中性进化的假设,未检测到种群扩张。综上所述,清水江野生斑鳜没有发生明显的遗传分化现象,遗传多样性高,呈现出较高的单倍型和核苷酸多态性。研究可为清水江野生斑鳜资源保护和持续发展与利用提供基础的参考材料。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈大庆 张春霖 鲁成 张信
利用PCR技术扩增青海湖3个不同地区(黑马河,布哈河,沙柳河)的青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii(Kessler))线粒体D-loop基因片段,测定该基因片段1 005 bp序列。通过线粒体基因组D-loop区序列比较分析,对比3个不同地区的83尾青海湖裸鲤的遗传结构进行研究,共检测出多态性位点65个,其中有1个插入位点(b3,nt-569),2个缺失位点(s6和b37,nt-169、nt-170),多态性位点数62。3个群体内的多态性位点分别为黑马河51个、布哈河38个、沙柳河39个,平均核苷酸位点差异数分别为9.377、7.782和7.510。结果表明,不同地区的...
[期刊] 水产学报
[作者]
彭珊 代应贵
采用PCR、克隆结合DNA测序技术对分布于贵州清水江的30尾稀有白甲鱼个体mtDNA D-loop 3′端共计478 bp的碱基序列进行了测定分析。该序列共发现了25个多态位点,约占其核苷酸总数的5.23%。其中23个为转换位点(A-G,C-T),2个为转换与颠换同时存在的位点。30尾个体分属18种单倍型。稀有白甲鱼mtDNA核苷酸多样性(π)为0.010 7,平均核苷酸差异数(K)为5.092。单倍型多样度(H)为0.940,单倍型间平均遗传距离(P)为0.014。用单倍型间遗传距离构建的NJ系统树由2个支系组成。稀有白甲鱼清水江种群mtDNA D-loop序列存在着丰富的多态性,表明该种群...
[期刊] 水产学报
[作者]
姬南京 常亚青 赵冲 宋坚 高银雪
为研究中国大连(CD)、朝鲜罗津(KN)和俄罗斯海参崴(RV)3个仿刺参群体的遗传结构,实验采用PCR扩增和测序技术,对3个群体共计71头仿刺参的线粒体D-loop序列进行了分析。结果显示,D-loop序列长度为447~465 bp,平均A+T含量(59.2%)显著高于G+C含量;共检测到119个变异位点,多态位点比例为24.24%,其中简约信息位点为53个,共有40种基因型,群体共享基因型7个。遗传多样性参数分析显示,3个群体均显示出较丰富的遗传多样性;分子方差(AMOVA)分析表明,3个群体间遗传分化较弱或只有中度分化,且93.04%的变异来自群体内。CD群体与RV群体之间遗传距离最远,为...
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