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[期刊] 中国水产科学
[作者]
常亚青 丁君 邢荣莲 宋林生 倪多娇
利用随机扩增多态DNA技术对紫海胆(Anthocidariscrassispina)、海刺猬(Glyptocidariscrenularis)、马粪海胆(Hemicentrotuspulcherrimus)、光棘球海胆(Strongylocentrotusnudus)和中间球海胆(Strongylocentrotusintermedius)等我国最主要的5种经济类海胆基因组DNA的多态性进行初步研究。经20个随机引物扩增,共得到377条扩增片段,片段长度为200～1600bp。根据片段的共享度计算出平均遗传距离并采用UPGMA和NJ两种聚类分析方法进行处理得到系统树。从聚类图可得知长海胆科与疣...
关键词：
海胆 基因组DNA RAPD 亲缘关系
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
申璐 沈火林 柴敏 王银磊 杨文才
番茄(Solanum lycopersicum L.)基因组序列的出现为开发InDel标记提供了基础。本研究选用18个InDel和22个SSR标记对我国的59个和美国的23个鲜食番茄品种的基因组DNA多态性进行比较分析,以探讨InDel标记在分子育种中应用的可行性。结果表明:在82个品种中InDel标记比SSR标记的多态性低;InDel与SSR标记扩增到的条带数在我国的品种中差异显著,但在美国的品种中差异不显著;InDel标记扩增到的条带数在我国的品种和美国的品种间差异极显著。聚类分析发现我国育成的番茄品种间遗传差异非常小,而我国品种与国外品种间遗传差异较大。
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
张立钦 林新春 毛胜凤
采用RAPD PCR技术分析了 4个绿僵菌菌株的DNA遗传多态性。从 1 60条引物中筛选出 2 7条引物 ,对各菌株进行PCR扩增 ,结果 4个绿僵菌菌株共扩增出 334个位点 ,其中多态性位点 2 99个 ,占 89 5 % ,表明各菌株间具有较丰富的遗传多态性。菌株DNA多态性与原寄主和孢子形态表现出明显的相关性 ,但与对松墨天牛幼虫的毒力间未表现出相关性。图2表 4参 7
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘殿林 杨瑞环 哈玉洁
采用SDS法、尿素法、改良SDS法、氯化苄法和CTAB法对黄瓜的基因组DNA进行提取。结果表明,改良SDS法提取的黄瓜叶片DNA具有典型的天然DNA分子的标准紫外吸收光谱特点,其A260/A280在1 7～1 9之间,DNA的产量为450μg/g。用该法提取的黄瓜DNA适合进行RAPD分析。
关键词：
黄瓜 DNA提取方法 RAPD分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨东英 陈宏 张良志 蓝贤勇 张争锋 王新庄 王居强
利用改进的DNA提取方法和PCR-RFLP技术,对南阳牛、秦川牛、西镇牛、鲁西牛(地方黄牛品种)和荷斯坦奶牛等5个牛品种的263头个体lep tin基因外显子3多态性进行了分析。结果表明,牛lep tin基因外显子3长度为330 bp,存在H aeⅢ和Ap aⅠ限制性内切酶的酶切位点,但在这2个酶切位点上无多态性,2种酶酶切片段长度均为70 bp和260 bp。说明牛lep tin基因外显子3在H aeⅢ和Ap aⅠ2个酶切位点上具有保守性。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
薛运波 李兴安 葛凤晨 蒋滢 历延芳 李志勇 王志
【目的】比较和揭示12个长白山中蜂(长白山地方采样点中华蜜蜂)基因组多态性的分布规律。【方法】采用RAPD-PCR技术选择性扩增基因组RAPD位点分子,以NTsys-PC方法建立基因组分子标记系统树状结构和计算基因组分子标记相似系数。【结果】1104号等6个蜂基因组分子标记多态性图谱同时具有240、400、700、和1 500 bp等4个条带,其系统树状结构在相似系数值为0.568时呈现相对独立的一个分支;1083号等6个蜂基因组分子标记多态性图谱同时具有240、400、600和1 200 bp等4个条带,其系统树状结构在相似系数值为0.586时呈现相对独立的另一个分支;相似系数值二维矩阵与系...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
赵凌侠 李景富 唐克轩 许向阳 开国银
对番茄属 9个种的 43份材料进行了 RAPD分析 ,用 2 6条随机引物 (1 0碱基 )共检测到 1 99个位点 ,其中多态位点1 46个 ,占总扩增位点的 73 .3 6% ,依此进行聚类分析将番茄属分为 4个类群 .遗传丰度、遗传离散度、基因杂合度和 Shan-non表型多样性指数分析结果显示 ,遗传多样性均有野生类群大于普通番茄类群的趋势 ,说明野生类群中存在着更为丰富的可用于番茄遗传改良遗传变异类型
关键词：
番茄属 RAPD 遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
苟本富
采用单酶切和双酶切AFLP技术分别对5种不同蔷薇品种基因组DNA的遗传多态性进行了检测,比较了2种方法的多态性比率。单酶切采用10条人工设计的与接头序列相识别的AFLP选择性引物,用PstⅠ酶切,共获得108个AFLP标记,片段大小在100~2000 bp,得到33个多态位点,多态性位点百分率为30.56%;双酶切采用25对双酶切AFLP引物,在50~600 bp扩增出清晰条带658条,得到182个多态位点,占总扩增带的27.6%。对多态性片段进行统计,计算出不同品种间的相似系数和遗传距离。结果表明:硕苞蔷薇同其它4种蔷薇的遗传距离偏远,且其它四种蔷薇的遗传距离均较近,这与蔷薇品种来源和培育史...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
高利华 马国辅 陈超 邢军 张建生 吴井生
采用混合基因组DNA池PCR扩增和测序技术,对小梅山猪、枫泾猪、大白猪pgr基因的外显子区域进行扫描,共发现1个单核甘酸多态性位点(SNP)。外显子1序列中1 319 bp处发生C→T的碱基突变,即C1319T,未引起氨基酸的变化,属于同义突变;针对突变位点,建立错配PCR–限制性长度多态性(RFLP)方法进行检测,发现3种猪的pgr基因可以分为AA、BB、AB 3个基因型,小梅山和枫泾猪有AA、AB 2种基因型,大白猪中有BB、AB 2种基因型。
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
杨毅 周祖基 张立钦 马良进 林新春 高洁
采用RAPD技术对21个不同来源的寄生松墨天牛Monochamus alternatus的球孢白僵菌Beauveria bassiana菌株的DNA指纹图谱进行了测定。从RAPD结果可知寄生松墨天牛的白僵菌菌株间具有丰富的遗传多态性。聚类分析把21个寄生松墨天牛的白僵菌菌株分为两大类群:①B1,B14,B4,B5,B6,B7,B8,B12,B13,B10,F-263,Bxs,B2,B11,Bf,Bz,B9;②B3,B15,By2,By7。结果表明菌株DNA多态性与采集地之间有一定的相关性,与对松墨天牛幼虫的毒力未表现出相关性。图2表2参11
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
陈浩明1 刘进元2 陈永萱1
用随机扩增的多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）技术对螺原体３个血清组中的４个菌株进行ＤＮＡ多态性研究。ＰＣＲ扩增引物选自Ｏｐｅｒｏｎ随机引物试剂盒中Ｉ、Ｊ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ组的１２０个引物。４个菌株为２３６（第Ⅲ血清组），ＣＲ１和ＣＨ９１１（第Ｉ血清组第２亚组），ＣＣＨ（第ⅩⅩⅣ血清组）。在１２０个引物中有２１个能在４种菌株ＤＮＡ模板上扩增出ＤＮＡ条带，其中在４种模板上皆可扩增出条带的引物有９个。电泳结果显示不同血清组菌株间ＤＮＡ多态性丰富，而同一血清组中菌株的ＤＮＡ扩增图谱差异微小。
关键词：
螺原体 RAPD DNA 多态性
[期刊] 淡水渔业
[作者]
罗宏伟 段辛斌 王珂 唐锡良 陈大庆
对三峡库区大银鱼(Protosalanx chinensis)、太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)和短吻间银鱼(Hem isalanxbrachyrostralis)共78尾个体的Cyt b基因全序列(1141bp)进行了分析。结果显示,序列有16个变异位点,总变异率为1.4%,其中13个为简约位点。大银鱼的32尾样本有6个单倍型,太湖新银鱼32尾样本有5个单倍型,短吻间银鱼14尾样本中有3个单倍型。大银鱼、太湖新银鱼和短吻间银鱼的单倍型多样性指数(h)分别为0.804±0.032,0.671±0.061,0.385±0.149;核苷酸多样性指数(π)分别为0.00146±...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
马骞 吴雨薇 王刘永 赵晓龙 周启苓 陈刚 黄建盛
为更好地开发军曹鱼(Rachycentron canadum)高多态性微卫星分子标记，本研究基于军曹鱼全基因组测序结果，利用MISA1.0软件对其简单重复序列(simple sequence repeat， SSR)的位点信息进行检索及分析。结果显示，基因组中共筛选出1～6个核苷酸为重复单元的SSR位点344 820个，其中以单核苷酸重复序列最多(174 146个)，占SSR总数的50.50%；其次为二核苷酸重复和三核苷酸重复序列，分别占SSR总数的30.23%和14.02%。在SSR包含的重复单元中，单核苷酸重复以A/T类型为主，AC/GT是二核苷酸的优势重复单元类型。军曹鱼基因组SSR核心序列重复次数在4～275次范围内波动，单核苷酸SSR重复数为10的最多，二核苷酸SSR重复次数为6的最多。本研究设置长度≥12 bp为筛选高多态性SSR位点的标准，共获得361 684个位点。在上述位点中随机选取100个候选位点进行基因分型检测，利用从中筛选到多态性较高的10个SSR标记分别对北海、陵水、硇洲、徐闻和三亚5个养殖群体进行遗传多样性分析，145尾个体中共检测到69个等位基因，观测杂合度(H_(o))、期望杂合度(H_(e))及多态信息含量(PIC)平均值分别为0.628、0.706及0.653。相关研究结果表明，军曹鱼基因组中SSR位点类型较为丰富、多态性潜能较高，从中筛选获得的多态性SSR标记可为军曹鱼分子标记辅助育种、群体遗传多样性评价等研究提供有力支持。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
强强 畅引东 孙瑛健 贾仡伟 张作刚
【目的】探究玉米大斑病菌（Exserohilum turcicum）基因组简单重复序列（SSR）位点信息特征，并筛选和验证多态性引物，为后续玉米大斑病菌遗传多样分析及遗传图谱的构建奠定基础。【方法】利用MISA软件对已有玉米大斑病菌基因组序列进行SSR位点检索；采用Primer 3.0设计SSR引物，通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对SSR引物多态性进行筛选和验证。【结果】玉米大斑病菌30条染色体基因组中共搜索到12 046个SSR位点，SSR位点平均密度为276.9个·Mb-1。其中：三核苷酸重复型SSR最多，占总SSR数量的31.38%；五核苷酸重复型SSR最少，占总SSR数量的2.10%。全基因组中共检测到203种碱基重复类型，其中，C/G重复类型最多，SSR位点数量为2 299个，占比19.09%，AC/GT次之（1 669个，占比13.86%）。SSR位点的重复次数主要集中在5～16次，占总SSR数量的91.38%；重复次数为10次的SSR位点数量最多，占总SSR数量的18.40%；SSR序列长度范围为10～300 bp，其中，10～20 bp占比最多，占总SSR数量的72.12%。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，从78对引物中筛选出25对扩增性好且多态性高的SSR引物。【结论】玉米大斑病菌基因组含有丰富的SSR位点，具有开发多态性SSR引物的潜力；筛选的25对扩增性好且多态性高的SSR引物可用于后续玉米大斑病菌的鉴定、遗传多样性分析及遗传图谱构建等研究。
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