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[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘本帅 郑圣晗 原小雅 陈颖 张莘 王统苗 陈博雯 张扬 王志秀 常国斌 陈国宏
[目的]DMB2(major histocompatibility complex,class Ⅱ,DM beta 2)基因是鸡MHCⅡ类的典型基因座,通过比较不同鸡品种的DMB2基因序列探究该基因对鸡的免疫反应和抗病性的作用和意义。[方法]本研究对25个不同鸡种的DMB2基因序列进行目标捕获测序,以NCBI上Gallusgallus的DMB2基因序列作为参考序列,通过MEGA6软件进行序列比对分析,筛选出不同鸡种DMB2基因序列上的SNPs和Indels位点以及氨基酸的变化,并根据基因序列的差异构建系统进化树,探究不同鸡种的同源性。[结果]结果表明DMB2基因表现其遗传多态性的同时呈现出较高的保守性,外显子上突变和插入缺失较少。进化树分析显示抗病性较强的鸡种广西黄鸡、SPF-来航鸡、藏鸡、雪山草鸡的同源性较高。[结论]不同鸡种中DMB2基因呈现出较高的保守性,在进化过程中不易发生突变,该基因在鸡的免疫反应中具有重要作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张莘 常国斌 郑圣晗 王统苗 陈博雯 张扬 王志秀 陈国宏
BLEC1基因(C-type lectin-like receptor 1)编码C型凝集素样受体区域,与CD69家族的激活抗原相关,密切联系于禽类的先天性免疫功能。为了探究BLEC1基因在鸡中的遗传多样性以及不同鸡品种之间的抗病性差异,用苯酚和氯仿法提取26个不同鸡品种的DNA,对其BLEC1基因序列进行目标捕获测序,然后以NCBI上红色原鸡的BLEC1基因序列作为参考序列,序列号为NC_006103. 4,通过MEGA 6软件对26个鸡品种的BLEC1基因序列进行序列比对分析,筛选出不同鸡种BLEC1基因序列上的SNPs位点和Indels位点以及对应氨基酸的变化,并根据基因序列的差异运用邻接法系统聚类分析构建进化树。在26个鸡品种中共检测到14个SNPs位点和12个Indels位点,其中有5个SNPs位点和3个Indels位点在外显子上,外显子上的3个Indels位点在鸡种中广泛存在,且Indel1存在于除黑狼山鸡以外的所有鸡种中,这些SNPs位点和Indels位点导致氨基酸发生极大改变,外显子中氨基酸有3个发生错义突变,其余为同义突变。邻接法系统聚类分析将26个鸡品种分为3大类,其中,安卡鸡、SPF-来航鸡和泰和乌骨鸡聚为一类;萧山鸡单独为一类;其余鸡种聚为一类。综上表明,BLEC1基因在我国地方鸡品种中有着丰富的遗传多样性,且与不同鸡种的先天性免疫功能和抗病性相关。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
戴国礼 张兆萍 程慧 张波 焦恩宁 李彦龙 秦垦
【目的】以16个枸杞品种(系)为试材,进行S-RNase基因型鉴定。【方法】利用茄科S基因高度保守区序列设计兼并引物,进行PCR扩增,片段回收、克隆及同源性检索和序列分析,同时,通过田间授粉测定自交亲和指数进行验证。【结果】11个品种(系)为自交不亲和材料,5个为自交亲和材料。共克隆9个S-RNase等位基因,分别为S-BARB2、S-BARB3、S-BARB6、S-BARB8、SBARB9、S-CHIN3、S-CHIN6,并发现2个新的S等位基因,分别命名为S-BARB6n,S-PUMI5un。所克隆获得的9个枸杞S-RNase等位基因均包含了C2、C3、C4保守区,和2个高变异区(Hva和HVb)。【结论】枸杞属植物存在S-RNase等位基因,其基因序列与茄科植物具有一定相似性,枸杞S-RNase基因是控制枸杞自交不亲和性的关键基因。
关键词：
枸杞 自交不亲和性 S基因型
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
吴俊 谷超 张绍铃 张树军 宋宏峰 赵习平 刘铁铮
以11个未知基因型的中国杏品种为试材,根据李属植物S-RNase基因保守区设计2对引物组合检测各品种S-RNase基因,共获得22条等位扩增片段,电泳检测表明所有品种的扩增条带集中在300~1100bp的范围内,且表现出一定的长度多态性。序列分析进一步确定22个S-RNase基因为10个不同的等位基因,其中6个为首次发现,根据Gen-Bank中已登陆的杏S-RNase基因的顺序,分别命名为S19、S20、S23、S24、S25、S26,序列登陆号为:EF185300、EF185301、EU037262、EU037263、EU037264、EU037265。推导氨基酸序列的同源分析表明,杏的S-...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
孙建和 陆苹 蒋静
分别用鸡传染性法氏囊病病毒感染和用ConA免疫刺激健康鸡 ,无菌取处理鸡的脾脏 ,匀浆后用Tr izol抽提细胞总RNA ,应用随机引物反转录获得cDNA ,设计引物 ,经PCR扩增获得鸡白介素 - 6 (ChIL - 6 )基因 ,应用pGEM -T载体克隆该基因 ,经测序 ,表明其与GeneBank中公布的唯一的一个ChIL - 6基因为同源基因。
关键词：
鸡 ChIL-6基因 基因克隆
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈文 李素雅 黄艳群 王彦斌 孙桂荣 韩瑞丽 康相涛
TLR3是发现的TLR家族中识别dsRNA的唯一成员,越来越多的数据显示TLR3基因具有重要的抗病毒感染的功能,而关于鸡TLR3的研究较少。本研究通过生物信息学进行了鸡TLR3基因的序列特性分析。结果表明,鸡TLR3至少有两种转录产物,均包含4个编码外显子,一种预测1个896氨基酸蛋白,另一种为缺失大部分外显子3的可变剪接产物,预测编码1个214氨基酸蛋白。TLR3序列比较分析表明,TLR3基因物种间的核苷酸同源性高于氨基酸序列,利用不同物种的TLR3氨基酸进行进化分析,表明TLR3氨基酸序列可很好反映物种间的遗传距离。
关键词：
鸡 TLR3 基因结构 遗传距离
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张春杰 程相朝 李银聚 吴庭才 王淑芳
应用RT-PCR法,对分离于当地典型发病乌鸡群的IBDV(WJ株)进行了VP2基因的克隆与序列分析,并和相关毒株进行了比较。结果表明,WJ株与标准血清 型STC株的核苷酸和氨基酸的同源性只有91.39%和92.74%,而与超强毒株UK661和从当地鸡群中分离的超强毒株HN01株的核苷酸和氨基酸的同源性则较高,其中,与其核苷酸同源性分别为95.43%和95.87%,与其氨基酸同源性均为96.77%。且该毒株的VP2基因序列完全具备超强毒株的主要特征。由此说明,分离于当地发病乌鸡群的IBDV为超强毒株,并和当地流行的鸡IBD超强毒株有较高的同源性,但也有明显的差异。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王友令 袁小远 徐怀英 杨金兴 秦卓明 廖明
从30日龄商品肉鸡腺胃分离到一株具有血凝特点的病毒,经HI交叉抑制试验证实为H9N2病毒,命名A/Chicken/Shandong/KD/09,病毒对SPF鸡无致病性,IVPI为0。对其HA基因进行克隆测序,HA基因氨基酸裂解位点的基序为RSSR↓GL,与弱毒基序一致。A/chicken/Shandong/KD/09分离毒株与参考株HA基因的核苷酸之间的同源性为94.5%～100%,氨基酸序列之间的同源性为95.5%～99.8%。与国外A/ck/Korea/ms96/96、A/Parakeet/chiba/1/97和A/turkey/Wisconsin/1/1966 HA基因核苷酸序列同源性为...
关键词：
H9N2病毒 腺胃 HA基因
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张玉霞 袁小远 徐怀英 亓丽红 翟荣玲 王友令 艾武
从产蛋率下降的蛋鸡群中分离到1株具有血凝性的病毒,经HI交叉抑制试验证实为H9N2病毒,命名为A/Chicken/Shandong/JN/11,病毒对SPF鸡基本无致病性,IVPI为0。对其HA基因进行克隆测序,HA基因裂解位点的序列为RSSR↓GL,与弱毒基序一致;有7个潜在糖基化位点;受体结合位点除198位有变异外,其余均较保守;A/Chicken/Shandong/JN/11分离株分GenBank上发表的近几年来山东参考株HA基因的核苷酸之间的同源性为89.9%~97.4%,氨基酸序列之间的同源性为93.4%~97.5%。系统进化树分析表明,该毒株与近年来国内流行的A/Chicken/z...
关键词：
H9N2病毒 HA基因 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
王友令 袁小远 徐怀英 张玉霞 秦卓明
从抗体水平较高、产蛋下降的种鸡群分离到一株具有血凝特点的病毒,经HI交叉抑制试验证实为H9N2病毒,命名A/Chicken/Shandong/LY/08,病毒对SPF鸡无致病性,IVPI为0。对其HA基因进行克隆测序,HA基因氨基酸裂解位点的基序为RSSR↓GL,与弱毒基序一致。A/chicken/Shandong/LY/08分离毒株与GenBank上发表的山东参考株HA基因的核苷酸之间的同源性为95.2%～99.6%,氨基酸序列之间的同源性为95.4%～99.5%。与国外A/ck/Korea/ms96/96、A/Parakeet/chiba/1/97和A/turkey/Wisconsin/1...
关键词：
H9N2病毒 高抗体水平 HA基因
[期刊] 中国农业科学
[作者]
马勋 陆承平
设计18对PCR引物分片段扩增猪戊型肝炎病毒新疆分离株swCH25全基因,对两末端采用末端快速扩增方法(RACE)进行扩增,扩增产物克隆到pMD18-T载体并测序。用DNAstar软件进行序列同源性分析,PHYLIP软件绘制基因进化树,在全基因序列的基础上比较猪HEV与其它HEV基因型的差异和人源HEV的关系。结果显示swCH25全序列除去3′poly(A)尾,由7243个核苷酸组成,ORF1～3分别编码含1070,674和114个氨基酸的蛋白质。全基因序列与HEVⅠ、Ⅱ和Ⅲ型同源性73.5%～75.7%,与Ⅳ型的同源性为83.5%～89.8%,其中与Ⅳ型中国人源T1株最高,达89.8%。OR...
关键词：
戊型肝炎病毒 基因型
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘良国 杨品红 杨春英 王文彬 韩庆
运用PCR扩增、克隆、测序等技术对洞庭青鲫(Carassius auratus var.Dongtingking)、彭泽鲫(C.auratusvar.Pengze)、普通鲫(C.auratus)、红鲫(C.auratus var.red)、日本白鲫(C.auratus cuvieri)等5个鲫品系线粒体DNA ATPase8和ATPase6基因序列的碱基组成、变异情况和分子系统进化进行了比较分析。结果显示:5个鲫品系线粒体DNA ATPase8/6基因序列碱基的平均组成为A:32.6%,C:25.5%,G:12.6%,T:29.4%,序列分歧率为0.5%～4.0%,其中普通鲫和日本白鲫的分歧率...
[期刊] 水产学报
[作者]
王琳 梁旭方 李光照 刘秀霞 林群 白俊杰
从分子水平上探讨了鳜解偶联蛋白1、2(UCP1,2)基因结构、组织表达水平及与产热、脂肪代谢等生理机能的关系。通过与脊椎动物UCP1、UCP2基因序列进行比对,设计简并引物与特异引物进行PCR和RACE扩增、测序、拼接序列,获得UCP1、UCP2的基因组序列和内含子/外显子结构。基因组步行法克隆鳜肝脏UCP1、UCP2基因5′侧翼序列。应用半定量RT-PCR的方法,以β-肌动蛋白作为外参照,在其指数期增长的范围内得到鳜不同组织UCP1、UCP2的相对表达水平。结果表明,UCP1基因组全序列为3146bp,5′侧翼调控区为1333bp,含有5个内含子和6个外显子,开放阅读框(ORF)长942bp...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
王建平 陈吉刚
鱼白细胞介素-2是近年来新发现的一类细胞因子。根据B ird等发表的河豚IL-2基因序列设计一对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增和克隆了红鳍东方鲀(Fugu rubripes)白介素-2的核苷酸序列。该cDNA序列由490nt组成,编码由149个氨基酸组成的前体蛋白。序列分析表明,红鳍东方鲀IL-2核苷酸序列和氨基酸序列与目前已知的其它物种IL-2的核苷酸及氨基酸的同源性分别位于34%~44%和24%~43%之间,N端存在长22个氨基酸的信号肽,含有形成2个链内二硫键的4个半胱氨酸。遗传进化分析表明,红鳍东方鲀IL-2在遗传进化上具有其独立性。
关键词：
红鳍东方鲀 白细胞介素-2 克隆
[期刊] 水产学报
[作者]
柳广东 高天翔 刘进贤 渡边精一
Degenerate primers were designed according to the conserved sequences of NADH dehydrogenase subunit 2(ND2) gene in mitochondrial tRNA~(Met) and tRNA~(Trp) gene respectively,and the complete sequence of the ND2 gene of Eriocheir japonica was determined.The results indicated that the length of ND2 gen...
关键词：
日本绒螯蟹 ND2基因 全序列
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