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[期刊] 海洋渔业
[作者]
刘晓娉 孙新颖 刘庆慧 万晓媛 黄倢
白斑综合征病毒(WSSV)自暴发以来给全球范围内的对虾养殖产业带来了巨大的损失。为了解我国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖区WSSV的流行变异情况,选取2017年中国部分地区的42个WSSV阳性样本,对ORF14/15、ORF23/24、ORF75、ORF94和ORF125共5个可变区进行PCR特异性扩增,分析其序列的缺失变异和重复单元(Ru)中单核苷酸多态性的变化。研究结果显示,在ORF14/15的扩增中共出现4种缺失片段; ORF23/24只出现11 945 bp的缺失片段; ORF75扩增中,总RUs数目为3、4、9,其中45 bp的RUs在12、27、80位点发生多核苷酸多态性; ORF94的RUs数目为6,其各重复单元在48位发生单核苷酸多态性; ORF125的RUs数目为4、6、7不等,其各重复单元分别在20、27、50、53、61位发生碱基突变。研究结果表明,2017年样本中,WSSV在中国大部分地区均出现一定程度的缺失变异,其中部分可变区表现出缺失情况的稳定性,某些可变区的重复单元数目及SNP表现出地区的差异性以及不稳定性。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
蔡苗 孙新颖 刘庆慧 万晓媛 黄倢
为探究中国白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)的分子流行病学变异情况,选取2016年1-7月从我国3省9市采集到的47份WSSV阳性样本,提取WSSV核酸后,使用特定引物对目的片段进行扩增,继而进行测序并分析比较不同地区样本的ORF14/15和ORF23/24序列缺失情况,ORF75、ORF94和ORF125的VNTR及SNPs变化情况。结果显示,在ORF14/15的扩增中,有4种缺失片段,分别是6 540 bp、6 530 bp、5 950 bp和5 140 bp,而在ORF23/24扩增中则有3种大片段缺失,分别是12 073 bp、12 070bp和11 945 bp,在所有样本中ORF75的RUs数目分别为11、8、10、3,ORF94的RUs数目分别为5、7、8、11、14,ORF125的RUs数目为4、5、6。SNPs分析结果表明,ORF94片段中含有5个和8个RUs的在48位的碱基均为T,含有7个RUs的在48位的碱基为T、G、G、G、G、T、T,含有11个RUs的在48位的碱基为T、T、T、T、T、T、G、T、G、T、T,含有14个RUs的在48位的碱基为T、T、T、T、G、G、T、G、G、T、T、T、T、T,含有所有RUs数目的ORF125片段在8、18、25、66和69位置的碱基均为G、G、G、G和A,,而在9、50、53、61和63位的碱基则出现了4种变异。研究结果表明,2016年的样本中,WSSV毒株存在一定程度的变异情况。主要表现在ORF14/15和ORF23/24均出现了新的缺失片段,ORF75、ORF94和ORF125的VNTR以及SNPs变异情况也存在明显差异。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙新颖 万晓媛 刘庆慧 黄倢
为研究白斑综合征病毒（Ｗｈｉｔｅ ｓｐｏｔ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｖｉｒｕｓ，Ｗｓｓｖ）在中国不同地区的分子流行病学变异特征，对２０１４年１－８月期间在病害暴发区采集到的４８份ｐＣｒ检测阳性样本，用ｏｒＦ７５、ｏｒＦ９４和ｏｒＦ１２５引物扩增目的片段，连接转化已克隆目的片段，测序分析不同样本ｏｒＦ７５、ｏｒＦ９４和ｏｒＦ１２５重复序列数目的差异。结果显示，不同地区毒株ｏｒＦ７５的重复单元数目有４、１０、１１、１２、１３不等，ｏｒＦ９４的重复单元数目有４和１４，而ｏｒＦ１２５的重复单元数目有０、３、５、６、７不等。结果表明，流行在中国大部分地区的Ｗｓｓｖ存在一定程度变异，毒株间的变异在ｏｒＦ７５、ｏ．．．
关键词：
WSSV 流行病 ORF VNTR
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙新颖 万晓媛 刘庆慧 黄倢
为了解中国不同地区白斑综合征病毒的流行变异情况，本研究取用２０１３年３—１２月从７个省市发病地区采集到的６４份ＷＳＳＶ阳性样本，以特异的引物扩增目的片段，通过测序分析不同样本的缺失及变异差异。结果显示，在开放阅读框ＯＲＦ１４／１５的扩增中，分别有６５３０ ｂｐ、６５３３ ｂｐ和５１３８ ｂｐ的片段缺失，而在ＯＲＦ２３／２４扩增中有１２０７０ｂｐ大片段的缺失，不同地区样本中未能成功扩增ＯＲＦ７５，而ＯＲＦ９４的重复单元数目分别为０、３、４、１２不等，ＯＲＦ１２５的重复单元数目为０、７。ＳＮｐ分析表明，含有３个重复单元的ＯＲＦ９４在４８位的碱基为Ｔ、Ｔ、Ｔ，重复单元数为４的在４８位的碱基为Ｔ、Ｔ、．．．
关键词：
WSSV ORF 缺失 变异 PCR
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙新颖 刘庆慧 万晓媛 黄倢
对虾养殖面临诸多病害威胁，对虾白斑综合征病毒（Ｗｈｉｔｅ ｓｐｏｔ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｖｉｒｕｓ，Ｗｓｓｖ）是养殖对虾主要病原之一，Ｗｓｓｖ不同地理株的变异可能导致Ｗｓｓｖ毒力的变化。为了解２０１４年中国大部分地区Ｗｓｓｖ ｏｒＦ１４／１５和ｏｒＦ２３／２４的变异情况，本研究选择２０１４年１月–８月期间采集的４８份Ｗｓｓｖ阳性样本，用特异引物扩增ｏｒＦ１４／１５和ｏｒＦ２３／２４片段，连接于ｔ载体，转化至ｔｏｐ１０中，筛选阳性克隆，测序分析不同样本之间的缺失差异。结果显示，能够扩增ｏｒＦ１４／１５和ｏｒＦ２３／２４样品的比例分别为４３．７５％和３３．３３％。在ｏｒＦ１４／１５扩增中，分别扩增出．．．
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨星 刘文枝 马杰 周勇 范玉顶 曾令兵
试验扩增、克隆了在湖北地区采集的19份克氏原螯虾(Procambarus clarkii)白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)阳性样品的变异区ORF14/15和ORF23/24基因,通过测序比较分析了湖北各WSSV毒株与Gen Bank公布的标准毒株间在变异区ORF14/15及ORF23/24基因的差异性。结果显示,19份WSSV阳性样品中有部分样品在变异区扩增出ORF14/15、ORF23/24基因片段,变异区基因序列分析发现,与Gen Bank已公布的标准毒株
[期刊] 中国水产科学
[作者]
薛晖 王晓丰 丁正峰 唐建清
为了解白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)在养殖克氏原螯虾(Procambarus clarkii)中的感染流行情况和分子流行病学特征,以及探讨不同病毒株间的遗传进化差异,2008年7月至2010年6月在江苏各主要克氏原螯虾养殖产区共采集了83份样品,应用环介导等温扩增技术(LAMP)检测42份样品为病毒感染阳性,阳性率达50.6%。在此基础上考虑地理和时间因素选取了兴化、盱眙等地的6份样品,PCR扩增、克隆了样品中所携带病毒的变异区和缺失区基因并对其进行了测序。分析结果显示,在变异区除兴化毒株为1 829 bp之外,其余各分离株间差异微小,均在1 4...
关键词：
白斑综合征病毒 变异区 缺失区 序列分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张建武 庄金山 刘长龙 王小敏 袁世山
【目的】对采集自上海、江西、山东、江苏、河南和湖南等省的257份进行了PCV2的检测,确定中国PCV2感染情况及分子特征。【目的】设计一对针对PCV2ORF2的引物,利用PCR对其进行PCV2基因组的检测,对PCV2阳性的样品,进行了ORF2的克隆、序列测定和分析。【结果】结果显示PCV2阳性率为24.51%(63/257),并能从健康猪群中检测的阳性;各PCV2分离株间ORF2核苷酸序列同源性为84.4%～100%,氨基酸同源性为82.5%～100%,与所属群的不同而不同。【结论】中国有2个群的PCV2毒株在流行,以PCV2b群为主(70.97%,22/31),但也有PCV2a群毒株(29....
关键词：
猪圆环病毒2型 开放阅读框架2 基因型
[期刊] 中国农业科学
[作者]
薛青红 张彦明 刘湘涛 郎洪武 邹敏 高金源 邓永
【目的】为分析2005-2007年间中国部分省区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的分子生物学特征,了解其遗传演化规律,查明中国目前PRRSV流行毒株现状。【方法】应用病毒分离方法从中国4个省份在2005-2007年间采集的81份疑似蓝耳病病料中分离到36株猪繁殖与呼吸综合征病毒,应用RT-PCR方法对36株PRRSV现地分离株的ORF5基因和Nsp2基因进行扩增和序列分析。【结果】36株现地分离株均属于美洲型PRRSV,ORF5基因全长均为603bp,未发现有基因缺失或插入,编码约200个氨基酸,分离株推导氨基酸序列变异主要发生在9～39位;36个分离株中有15株PRRSVNsp2...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张建武 庄金山 袁世山
【目的】对来自2006年猪病流行爆发地的组织样品进行多种病毒的检测,确定引起本次流行的致病病原及PRRSV的分子流行病学特征。【方法】利用(RT-)PCR对采集的样品进行PRRSV北美型和欧洲型、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪血凝性脑脊髓炎病毒(PHEV)、日本乙型脑炎病毒(JEV)以及瘟病毒的检测,对PRRSV阳性的进行ORF5的序列测定并分析。【结果】检测到16份PRRSV北美型阳性样品,PCV2阳性样品2份,其它病毒均未检到。PRRSV ORF5序列分析表明笔者分离到的PRRSV株可分为2个群。【结论】(1)PRRSV与2006年肆虐中国养猪业的猪病流行有直接关系;(2)2006年PRR...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
贾慧茹 吴艳艳 王强 代平礼 周婷
【目的】前期笔者课题组对北京地区蜂群进行了常见病毒感染情况的调查，发现蜜蜂慢性麻痹病毒（ＣｈｒｏｎｉＣ ｂｅｅ ｐａｒａｌｙｓｉｓ ｖｉｒｕｓ，Ｃｂｐｖ）在病蜂群中的检出率显著高于在健康蜂群中的检出率，据此推测可借助病蜂群对Ｃｂｐｖ进行研究。鉴于目前国内Ｃｂｐｖ流行病学数据的匮乏，论文旨在了解中国主要养蜂区病蜂群中Ｃｂｐｖ的分布及遗传变异情况，以期为该病的防控提供依据。【方法】２０１４—２０１５年间从四川、安徽、浙江、河南、山东、山西、黑龙江、北京８个主要养蜂省（市）共采集到１３６份病蜂样品，采用ｒＴ－ｐＣｒ法检测Ｃｂｐｖ的感染情况。每份样品随机选取１０只蜜蜂，取其头部，利用Ｔｒｉｚｏｌ法提取．．．
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
童桂香 黎小正 韦信贤 杨先乐 张益峰 吴祥庆 叶欣宇 黄国秋
为了解广西养殖凡纳滨对虾中白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)的感染流行情况,并探讨WSSV广西株缺失区ORF23/24基因的遗传进化差异及其与各地WSSV毒株间的遗传进化关系,2010年5月至2013年9月在广西凡纳滨对虾主产区北海、钦州和防城港共采集306份患病虾样品,应用世界动物卫生组织(OIE)推荐的套式聚合酶链式反应(nested-PCR)方法进行WSSV检测;选取第一轮PCR为阳性的53份样品进行缺失区ORF23/24基因的PCR扩增,并将12份阳性PCR产物进行克隆、序列测定与比较分析。结果显示:306份患病虾样品中有82份为WSSV感染...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
许瑞胜 何奇松 李春英 冯淑萍 易春华 韦达有 胡丽萍 黄胜斌 胡巧云 熊毅 马琳
【目的】了解广西区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的感染及病毒的遗传变异特点,为更好防控猪流行性腹泻提供科学依据。【方法】应用RT-PCR方法从2012-2016年广西地区25个猪场收集的PEDV病料中扩增出86株PEDV的N基因,并进行序列比对及遗传进化分析。【结果】86株PEDV的N基因核苷酸同源性为94.2%100.0%,与参考毒株核苷酸同源性为94.1%100.0%。N基因遗传进化分析显示广西的PEDV可分为2个群,Cluster2由韩国株DR13、日本株83P-5、中国株CH/S以及本研究的GP35
[期刊] 水产学报
[作者]
邓康裕 史晓丽 张莹雪 孟宪红 孔杰 罗坤 栾生
采用ＲＡＣＥ技术克隆获得中国明对虾ＣＡｓｐＡｓＥ２基因ＣＤＮＡ序列全长，并对该序列进行分析。结果显示，中国明对虾ＣＡｓｐＡｓＥ２基因全长为１５１７ ｂｐ，开放阅读框长９２４ ｂｐ，５＇非编码区长７８ ｂｐ，３＇非编码区长５１５ ｂｐ，命名为ＦＣＣＡｓｐ２。推测该基因编码３０７个氨基酸，预测分子量为３４．２１ ｋｕ，理论等电点为７．６２。同源性和系统进化分析发现，ＦＣＣＡｓｐ２基因与凡纳滨对虾ＣＡｓｐＡｓＥ２和斑节对虾ＣＡｓｐＡｓＥ的相似性分别为８８％和８０％，与其他节肢动物ＣＡｓｐＡｓＥ家族基因聚为一类。荧光定量ＲＴ－ｐＣＲ结果显示，ＦＣＣＡｓｐ２基因在肝胰腺中的相对表达量最高，在肌肉中表达量．．．
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
梁艳 黄倢 张培军
将纯化的WSSV粒子蛋白经SDS-PAGE分离后,对图谱中出现的43kDa蛋白进行质谱分析,发现该蛋白不是WSSV基因组编码,是来自其宿主的蛋白成分,与肌动蛋白有很高的同源性。提示该蛋白的有无及含量多少与纯化病毒粒子的状态有很大关系,可以作为纯化WSSV完整性的参考指标。
关键词：
白斑综合征病毒 宿主 肌动蛋白 质谱分析
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