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[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙新颖 万晓媛 刘庆慧 黄倢
为了解中国不同地区白斑综合征病毒的流行变异情况，本研究取用２０１３年３—１２月从７个省市发病地区采集到的６４份ＷＳＳＶ阳性样本，以特异的引物扩增目的片段，通过测序分析不同样本的缺失及变异差异。结果显示，在开放阅读框ＯＲＦ１４／１５的扩增中，分别有６５３０ ｂｐ、６５３３ ｂｐ和５１３８ ｂｐ的片段缺失，而在ＯＲＦ２３／２４扩增中有１２０７０ｂｐ大片段的缺失，不同地区样本中未能成功扩增ＯＲＦ７５，而ＯＲＦ９４的重复单元数目分别为０、３、４、１２不等，ＯＲＦ１２５的重复单元数目为０、７。ＳＮｐ分析表明，含有３个重复单元的ＯＲＦ９４在４８位的碱基为Ｔ、Ｔ、Ｔ，重复单元数为４的在４８位的碱基为Ｔ、Ｔ、．．．
关键词：
WSSV ORF 缺失 变异 PCR
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
秦梦雪 孙新颖 万晓媛 刘庆慧 黄倢
为了解我国白斑综合征病毒(WSSV)流行变异特征,本研究对2015年410月期间在山东、江苏、天津、浙江、海南和广东6省市采集到的57份WSSV阳性的样本,通过特异性的扩增目的片段,根据测序结果分析比较不同地区、不同分离株之间在ORF14/15、ORF23/24上的缺失变异情况,以及ORF75、ORF94和ORF125上的重复单元(Repeat unit,RU)数目差异。结果显示,在ORF14/15扩增中,分别有6530、5908和5725 bp的片段缺失,而在ORF23/24扩增中均有12070 bp大
关键词：
WSSV ORF 缺失 变异
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
秦梦雪 孙新颖 万晓媛 刘庆慧 黄倢
为了解我国白斑综合征病毒(WSSV)流行变异特征,本研究对2015年410月期间在山东、江苏、天津、浙江、海南和广东6省市采集到的57份WSSV阳性的样本,通过特异性的扩增目的片段,根据测序结果分析比较不同地区、不同分离株之间在ORF14/15、ORF23/24上的缺失变异情况,以及ORF75、ORF94和ORF125上的重复单元(Repeat unit,RU)数目差异。结果显示,在ORF14/15扩增中,分别有6530、5908和5725 bp的片段缺失,而在ORF23/24扩增中均有12070 bp大
关键词：
WSSV ORF 缺失 变异
[期刊] 海洋渔业
[作者]
刘晓娉 孙新颖 刘庆慧 万晓媛 黄倢
白斑综合征病毒(WSSV)自暴发以来给全球范围内的对虾养殖产业带来了巨大的损失。为了解我国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖区WSSV的流行变异情况,选取2017年中国部分地区的42个WSSV阳性样本,对ORF14/15、ORF23/24、ORF75、ORF94和ORF125共5个可变区进行PCR特异性扩增,分析其序列的缺失变异和重复单元(Ru)中单核苷酸多态性的变化。研究结果显示,在ORF14/15的扩增中共出现4种缺失片段; ORF23/24只出现11 945 bp的缺失片段; ORF75扩增中,总RUs数目为3、4、9,其中45 bp的RUs在12、27、80位点发生多核苷酸多态性; ORF94的RUs数目为6,其各重复单元在48位发生单核苷酸多态性; ORF125的RUs数目为4、6、7不等,其各重复单元分别在20、27、50、53、61位发生碱基突变。研究结果表明,2017年样本中,WSSV在中国大部分地区均出现一定程度的缺失变异,其中部分可变区表现出缺失情况的稳定性,某些可变区的重复单元数目及SNP表现出地区的差异性以及不稳定性。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙新颖 万晓媛 刘庆慧 黄倢
为研究白斑综合征病毒（Ｗｈｉｔｅ ｓｐｏｔ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｖｉｒｕｓ，Ｗｓｓｖ）在中国不同地区的分子流行病学变异特征，对２０１４年１－８月期间在病害暴发区采集到的４８份ｐＣｒ检测阳性样本，用ｏｒＦ７５、ｏｒＦ９４和ｏｒＦ１２５引物扩增目的片段，连接转化已克隆目的片段，测序分析不同样本ｏｒＦ７５、ｏｒＦ９４和ｏｒＦ１２５重复序列数目的差异。结果显示，不同地区毒株ｏｒＦ７５的重复单元数目有４、１０、１１、１２、１３不等，ｏｒＦ９４的重复单元数目有４和１４，而ｏｒＦ１２５的重复单元数目有０、３、５、６、７不等。结果表明，流行在中国大部分地区的Ｗｓｓｖ存在一定程度变异，毒株间的变异在ｏｒＦ７５、ｏ．．．
关键词：
WSSV 流行病 ORF VNTR
[期刊] 海洋渔业
[作者]
蔡苗 孙新颖 刘庆慧 万晓媛 黄倢
为探究中国白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)的分子流行病学变异情况,选取2016年1-7月从我国3省9市采集到的47份WSSV阳性样本,提取WSSV核酸后,使用特定引物对目的片段进行扩增,继而进行测序并分析比较不同地区样本的ORF14/15和ORF23/24序列缺失情况,ORF75、ORF94和ORF125的VNTR及SNPs变化情况。结果显示,在ORF14/15的扩增中,有4种缺失片段,分别是6 540 bp、6 530 bp、5 950 bp和5 140 bp,而在ORF23/24扩增中则有3种大片段缺失,分别是12 073 bp、12 070bp和11 945 bp,在所有样本中ORF75的RUs数目分别为11、8、10、3,ORF94的RUs数目分别为5、7、8、11、14,ORF125的RUs数目为4、5、6。SNPs分析结果表明,ORF94片段中含有5个和8个RUs的在48位的碱基均为T,含有7个RUs的在48位的碱基为T、G、G、G、G、T、T,含有11个RUs的在48位的碱基为T、T、T、T、T、T、G、T、G、T、T,含有14个RUs的在48位的碱基为T、T、T、T、G、G、T、G、G、T、T、T、T、T,含有所有RUs数目的ORF125片段在8、18、25、66和69位置的碱基均为G、G、G、G和A,,而在9、50、53、61和63位的碱基则出现了4种变异。研究结果表明,2016年的样本中,WSSV毒株存在一定程度的变异情况。主要表现在ORF14/15和ORF23/24均出现了新的缺失片段,ORF75、ORF94和ORF125的VNTR以及SNPs变异情况也存在明显差异。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙新颖 刘庆慧 万晓媛 黄倢
对虾养殖面临诸多病害威胁，对虾白斑综合征病毒（Ｗｈｉｔｅ ｓｐｏｔ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｖｉｒｕｓ，Ｗｓｓｖ）是养殖对虾主要病原之一，Ｗｓｓｖ不同地理株的变异可能导致Ｗｓｓｖ毒力的变化。为了解２０１４年中国大部分地区Ｗｓｓｖ ｏｒＦ１４／１５和ｏｒＦ２３／２４的变异情况，本研究选择２０１４年１月–８月期间采集的４８份Ｗｓｓｖ阳性样本，用特异引物扩增ｏｒＦ１４／１５和ｏｒＦ２３／２４片段，连接于ｔ载体，转化至ｔｏｐ１０中，筛选阳性克隆，测序分析不同样本之间的缺失差异。结果显示，能够扩增ｏｒＦ１４／１５和ｏｒＦ２３／２４样品的比例分别为４３．７５％和３３．３３％。在ｏｒＦ１４／１５扩增中，分别扩增出．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
薛晖 王晓丰 丁正峰 唐建清
为了解白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)在养殖克氏原螯虾(Procambarus clarkii)中的感染流行情况和分子流行病学特征,以及探讨不同病毒株间的遗传进化差异,2008年7月至2010年6月在江苏各主要克氏原螯虾养殖产区共采集了83份样品,应用环介导等温扩增技术(LAMP)检测42份样品为病毒感染阳性,阳性率达50.6%。在此基础上考虑地理和时间因素选取了兴化、盱眙等地的6份样品,PCR扩增、克隆了样品中所携带病毒的变异区和缺失区基因并对其进行了测序。分析结果显示,在变异区除兴化毒株为1 829 bp之外,其余各分离株间差异微小,均在1 4...
关键词：
白斑综合征病毒 变异区 缺失区 序列分析
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨星 刘文枝 马杰 周勇 范玉顶 曾令兵
试验扩增、克隆了在湖北地区采集的19份克氏原螯虾(Procambarus clarkii)白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)阳性样品的变异区ORF14/15和ORF23/24基因,通过测序比较分析了湖北各WSSV毒株与Gen Bank公布的标准毒株间在变异区ORF14/15及ORF23/24基因的差异性。结果显示,19份WSSV阳性样品中有部分样品在变异区扩增出ORF14/15、ORF23/24基因片段,变异区基因序列分析发现,与Gen Bank已公布的标准毒株
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
童桂香 黎小正 韦信贤 杨先乐 张益峰 吴祥庆 叶欣宇 黄国秋
为了解广西养殖凡纳滨对虾中白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)的感染流行情况,并探讨WSSV广西株缺失区ORF23/24基因的遗传进化差异及其与各地WSSV毒株间的遗传进化关系,2010年5月至2013年9月在广西凡纳滨对虾主产区北海、钦州和防城港共采集306份患病虾样品,应用世界动物卫生组织(OIE)推荐的套式聚合酶链式反应(nested-PCR)方法进行WSSV检测;选取第一轮PCR为阳性的53份样品进行缺失区ORF23/24基因的PCR扩增,并将12份阳性PCR产物进行克隆、序列测定与比较分析。结果显示:306份患病虾样品中有82份为WSSV感染...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
丁正峰 薛晖 夏爱军 唐建清 刘丽平 刘伟杰
2007年,在从南京采集的患病养殖克氏原螯虾样品超薄切片中发现大量类似对虾白斑综合征病毒(WSSV)颗粒,结合初步的流行病学调查、人工回感实验及PCR检测结果确定导致此次养殖克氏原螯虾大规模死亡的病原为WSSV。利用建立的特异性引物PCR方法,在江苏省内扬州邵伯湖、淮安白马湖、盱眙、南京禄口等多处养殖克氏原螯虾体内均检测到该病毒,且在鳃、心肌、神经、肝脏、肠道、肌肉等多处组织中被检出;未检测到另外两种常见对虾病毒:桃拉病毒(TSV)和传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)。
[期刊] 水产学报
[作者]
邓康裕 史晓丽 张莹雪 孟宪红 孔杰 罗坤 栾生
采用ＲＡＣＥ技术克隆获得中国明对虾ＣＡｓｐＡｓＥ２基因ＣＤＮＡ序列全长，并对该序列进行分析。结果显示，中国明对虾ＣＡｓｐＡｓＥ２基因全长为１５１７ ｂｐ，开放阅读框长９２４ ｂｐ，５＇非编码区长７８ ｂｐ，３＇非编码区长５１５ ｂｐ，命名为ＦＣＣＡｓｐ２。推测该基因编码３０７个氨基酸，预测分子量为３４．２１ ｋｕ，理论等电点为７．６２。同源性和系统进化分析发现，ＦＣＣＡｓｐ２基因与凡纳滨对虾ＣＡｓｐＡｓＥ２和斑节对虾ＣＡｓｐＡｓＥ的相似性分别为８８％和８０％，与其他节肢动物ＣＡｓｐＡｓＥ家族基因聚为一类。荧光定量ＲＴ－ｐＣＲ结果显示，ＦＣＣＡｓｐ２基因在肝胰腺中的相对表达量最高，在肌肉中表达量．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
周俊芳 杨先乐 万夕和 沈辉 房文红
设计合成了靶向对虾白斑综合征病毒(WSSV)基因组不同位点的5个shRNA:RR9、RR1、DP1、DP2和PK1,并在凡纳滨对虾体内实施了RNA干扰(RNAi)抗WSSV增殖的试验。结果显示:5个shRNA不同程度地抑制了WSSV的复制,降低了对虾的死亡率,其中,靶向病毒核糖核酸还原酶的shRNA RR9的RNA干扰效果最佳。
[期刊] 水产学报
[作者]
兰江风 代云佳 林蠡
近年来克氏原螯虾的养殖受到ＷＳＳＶ的威胁，病毒在宿主组织中的绝对定量对于了解病毒的致病性具有重要意义，但克氏原螯虾组织中ＷＳＳＶ的绝对定量分布还有待研究。实验调查了湖北省５个主养区克氏原螯虾ＷＳＳＶ的感染率，结果表明８０％以上克氏原螯虾都携带有ＷＳＳＶ。采用ＷＳＳＶ－ＶＰ２８蛋白特异性抗体对克氏原螯虾提取蛋白进行ＷｅＳｔｅｒｎ Ｂｌｏｔ检测，在ＷＳＳＶ－ＰＣｒ阳性样品中可检测到ＶＰ２８特异性条带，在ＷＳＳＶ－ＰＣｒ阴性样品中没有检测到相应条带。采用实验室建立的ＷＳＳＶ绝对定量ＰＣｒ方法，对携带病毒的克氏原螯虾６个组织（鳃、胃、肠、血淋巴细胞、肝胰腺和心脏）进行检测。结果表明，在鳃、胃和肠可检测．．．
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
闫冬春 董双林 黄倢
2002年采用PCR-核酸探针斑点杂交法检测了乳山对虾养殖场1000余份样品携带白斑综合征病毒(WSSV)的情况。结果显示,639例对虾样品中阳性检出率为26·6%;77例蟹类样品中阳性检出率为18·2%;266例浮游动物样品中阳性检出率为38·3%,3~9月份浮游动物阳性率呈下降趋势,消毒后水体中浮游动物的阳性率仍很高;30例贝类样品检测均为阴性;204例底泥样品中,阳性检出率为17·6%,22例抽滤海水样品检测均为阴性。结果表明,虾、蟹类在传播WSSV中起着重要作用,贝类、海水传播WSSV的可能性很小,浮游动物、底泥在传播WSSV中的作用和机制应引起高度重视。
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