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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘庆坡 冯英 董辉
对6种双子叶植物、4种单子叶植物、7种多细胞真核动物、2种单细胞真核生物及1种原核生物(大肠杆菌)的编码序列(CodingDNASequence,CDS)进行了比较研究。结果发现,各供试物种密码子的用法存在明显的位置依赖,编码区域不同区段对密码子选择使用的程度差异很大,表明基因的同义密码子偏性与其编码区不同区域的碱基环境密切相关;基因组差异是造成密码子使用偏性的首要因素。对"翻译起始区"和"翻译终止区"的特征分析发现,大部分供试物种编码序列中的"翻译起始区"碱基偏置强烈,"翻译终止区"相对较弱,暗示"翻译起始区"的密码子使用对提高蛋白翻译的效率和精确性更为重要。不同物种中G+C含量对其同义密...
关键词：
密码子使用偏性 位置依赖 G+C含量
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
黄笑宇 许在恩 郭小勤
密码子使用偏好性是物种在遗传信息传递过程中的一个重要特点,分析物种的密码子使用偏好性对于了解该物种遗传信息的传递规律具有重要意义。应用Codon W软件对毛竹Phyllostachys edulis基因组中的26 103个蛋白质编码基因序列进行了分析,计算了位于密码子3个位置的G+C含量、有效密码子数、同义密码子的使用频率等,确定了毛竹的最优密码子。结果显示:毛竹密码子第1位和第3位的G+C含量明显高于第2位,表现出对以G或C碱基开头和结尾的密码子发生强烈偏向使用,且确定的26种最优密码子均以G/C碱基结
关键词：
植物学 毛竹 密码子偏好性 最优密码子
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王国超 乔军 孟庆玲 刘昱成 杨海波 贺志昊 彭叶龙 谢堃 陈创夫
【目的】分析黄病毒科瘟病毒属的猪瘟病毒(CSFV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)和羊边界病毒(BDV)3种病毒多聚蛋白酶基因密码子的使用特点,初步探讨3种病毒多聚蛋白酶基因的进化及对不同宿主的适应策略。【方法】运用EMBOSS软件的CHIPS和CUSP程序及CodonW在线分子生物学软件,分析CSFV、BVDV和BDV的有效密码子数(ENc),碱基GC含量(Gcall),密码子第1、2、3位GC含量(GC1、GC2、GC3),相对同义密码子使用度(RSCU)及同义密码子第3位的GC含量(GC3s),并对3种病毒多聚蛋白酶基因的ENc进行绘图分析。【结果】CSFV、BVDV、BDV 3种病毒多聚...
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
刘庆慧 黄倢 韩文君
运用EMBOSS(TheEuropeanMolecularBiologyOpenSoftwareSuite)的CHIPS(Condon HeterozygosityinaProteinCodingSequence)和CUSP(Createacondonusagetable)程序对WSSV3个编码蛋白的基因密码子偏爱性分析,分析结果与大肠杆菌、酵母及人的密码子偏爱性进行比较。结果显示,WSSV vp37、WSSV vp39及WSSV vp19的Nc(Effectivenumberofcondons)值为49.897、48.640、46.868。3种蛋白的编码密码子使用频率有较大的差异,其在大肠杆...
关键词：
WSSV 密码子 偏爱性
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
原晓龙 王毅 罗婷 李云琴 毕玮 陈伟 李江
【目的】比较思茅松Pinus kesiya var. langbianensis和云南松P. yunnanensis转录组中表达基因的密码子使用模式，为运用基因工程技术改造密码子实现思茅松基因异源表达提供理论依据。【方法】利用Codon W 1.4.2软件分析思茅松不同组织和云南松转录组密码子碱基组成，同时统计和计算其他相关参数，推断其最优密码子并将其与其他物种的密码子使用频率进行比较。【结果】在云南松和思茅松根转录组密码子的碱基组成方面，云南松为GC12(0.50)> GC3s(0.47)，思茅松根为GC12(0.51)> GC3s(0.32)；在思茅松不同组织转录组的碱基组成方面，高产脂树皮为GC12(0.49)> GC3s(0.45)，低产脂树皮为GC12(0.50)> GC3s(0.41)，说明云南松和思茅松不同组织转录组的密码子在第3位上均偏好以AU结尾；它们的CAI值相较于被子植物均较低，这些均说明云南松和思茅松不同组织转录组密码子的偏好性均较弱；且其中性绘图分析和ENC-plot分析说明它们的使用模式均主要受到选择压力的影响；最优密码子分析显示云南松和思茅松根的最优密码子差异较小。通过对思茅松、拟南芥、构巢曲霉、酵母、毛果杨和云南松的密码子使用频率进行比较，发现思茅松与云南松转录组的密码子偏好性极为相似，与构巢曲霉和拟南芥的相对接近，说明构巢曲霉真核表达系统更适合思茅松基因的异源表达。【结论】思茅松和云南松转录组编码序列的密码子使用偏性以选择影响为主，是多种因素共同作用的结果，构巢曲霉是思茅松基因异源表达的最佳表达受体。该结论为今后开展思茅松转基因育种、特定基因的异源表达和生物合成中提高外源基因表达效率提供了理论基础和参考依据。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
黄长兵 沈萍 侯哲
基于15种蔷薇属叶绿体全基因组图谱，筛选其matK基因并对其密码子偏好性进行分析。结果表明：(1)GC_1、GC_2、GC_3的平均值分别为39.09、31.75、27.98,密码子第1位的GC含量最高，第3位的GC含量最低，具有显著差异性；有效密码子数与第3位密码子的GC含量显著相关；(2)GC_3与GC_(12)的相关性不显著，且密码子的偏好性受自然选择的影响；(3)matK基因的有效密码子数低于预期值，位于标准曲线的下方，说明matK基因密码子的偏好性受到了选择的影响；(4)共计29个密码子的同义密码子相对使用度(RSCU)大于1,其中，有27个密码子均以A/U结尾，仅有2个密码子以G结尾，说明matK基因的密码子偏好以A或者U结尾。RSCU较高的3个密码子为UGA(3.00)、UCU(2.08)、ACU(1.98)。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
赵春丽 彭丽云 王晓 陈家兰 王乐 陈何 赖钟雄 刘生财
为明确苋菜AtGAI基因密码子的使用特性,采用CodonW、SPSS软件及EMBOSS在线程序分析苋菜AtGAI基因密码子的偏好性,通过中性绘图、ENc绘图和偏倚分析GAI基因密码子偏好性形成的可能原因。结果表明:1)苋菜AtGAI基因的有效密码子数(ENc)、密码子适应指数(CAI)和GC含量分别为50.75、0.195和41.91%,表明其密码子偏好性较弱,偏好使用A/T结尾的密码子;2)CDS序列及RSCU聚类分析表明,苋菜AtGAI基因与双子叶植物中石竹目含甜菜色素的植物偏好性最相近;3)密码子碱基成分和相关性分析发现,GAI基因的密码子偏好性主要受碱基突变的影响;4)密码子使用频率比较分析发现,酵母真核表达系统更适合苋菜AtGAI异源表达,模式植物拟南芥、烟草、番茄和甜菜均可做为苋菜AtGAI基因的遗传转化受体,其中甜菜是其最理想的遗传转化受体。突变压力是GAI基因密码子偏好性形成的主要因素,苋菜AtGAI基因外源表达和遗传转化时需要根据宿主基因偏好性进行密码子优化和改造。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
刘慧敏 乌云塔娜 杜红岩
杜仲是世界上唯一的硬橡胶树种，是能够替代三叶橡胶的最具开发潜力的胶源植物。本研究以杜仲胶合成下游途径Ｒｅｆ基因为研究对象，运用Ｃｏｄｏｎ Ｗ和ＣＵＳＰＳ等研究Ｒｅｆ基因的密码子组成特点及使用偏好性。研究结果表明，杜仲Ｒｅｆ基因的ＧＣ含量为４９％，密码子第三位碱基的ＧＣ含量为５９％；杜仲Ｒｅｆ基因有２８个偏好使用的密码子，其中约６０％（１７个）的密码子以Ｇ／Ｃ结尾；与大肠杆菌、酵母、拟南芥和烟草的基因组密码子使用偏好性比较，杜仲与拟南芥基因组密码子的使用偏性更为接近，拟南芥更适合作为Ｒｅｆ转基因的受体。本研究为预测杜仲Ｒｅｆ基因的异源表达，适宜表达系统的选择以及Ｒｅｆ基因密码子的改造以提高其在宿．．．
关键词：
杜仲 Ref基因 密码子,偏好性
[期刊] 华北农学报
[作者]
张欣 尤宏争 李荣妮 朱莉飞 李文通 梁拥军 史东杰 孙砚胜
不同物种间的同义密码子使用偏性存在差异,开展密码子偏好性研究可深入了解基因表达特征,为分子育种提供依据。利用Illumina Hi Seq 2000高通量测序技术获得金鱼的转录组数据,筛选符合条件的编码基因序列(Coding DNAsequence,简称CDS),并通过Codon W软件和CUSP程序对金鱼蛋白质编码基因序列进行了分析,获得编码氨基酸的密码子使用频率,并与人、酵母、大肠杆菌、果蝇、斑马鱼等不同种类的模式生物进行比较。结果表明,金鱼8 143个基因在64个密码子中有28种偏爱密码子,有效密码
关键词：
金鱼 密码子 密码子偏好性 GC含量
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李银聚 吴庭才 张春杰 程相朝 陈溥言
应用RT-PCR方法扩增并克隆了分离自河南省的30株IBDV超强毒和9株弱毒株VP2基因cDNA序列,研究IBDV超强毒和弱毒株的VP2高变区基因不同位点同义密码子的使用情况。结果表明,超强毒株和弱毒株除特定位点的特征性氨基酸不同外,在同义密码子的使用上也有明显的偏爱性。这预示着同义密码子的使用与VP2基因表达及其表达产物的空间结构有关,进而可能影响到IBDV的毒力。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
丁淑金 魏健生 陆莹玲 马福仙 原晓龙 耿云芬 王毅 张汉尧
【目的】分析油麦吊云杉cpDNA的特征和密码子偏好性，为云杉属植物叶绿体基因组学提供研究依据。【方法】通过Ilumina HiSeq测序平台对油麦吊云杉cpDNA进行测序，并利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对其密码子偏性进行分析。【结果】油麦吊云杉cpDNA是一个全长为124 161 bp的环状DNA分子，与典型的具有保守的四分体cpDNA结构不同，油麦吊云杉cpDNA中存在反向重复区域的丢失，其cpDNA的GC含量为38.7%。油麦吊云杉cpDNA包含113个基因，其中蛋白质编码基因76个，核糖体RNA基因4个，转运RNA基因33个，系统发育分析显示，油麦吊云杉和西加云杉聚为一个独特的分支，油麦吊云杉cpDNA密码子不同位置上的GC含量从低到高依次是GC3(49.39%) A、G> C，说明在油麦吊云杉绿体基因组密码子的偏好性受选择、突变等因素的影响。最终UCU、AAA、GGU、GCA、GUU、UGU、UCC、CAU、GCU、CGU、GAA和AUU等12个密码子被确定为油麦吊云杉绿体基因组的最优密码子。【结论】油麦吊云杉cpDNA密码子偏好使用A或U结尾的密码子，选择和突变是其CUB的主要影响因素。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
尚明照 刘方 华金平 王坤波
【目的】通过分析陆地棉叶绿体基因组密码子使用偏性,探讨影响密码子偏性形成的主要因素。【方法】以陆地棉叶绿体基因组为研究对象,利用Mobyle及其它软件,分析叶绿体50个基因密码子的使用模式。【结果】陆地棉叶绿体基因组密码子GC1与GC2之间的相关系数达到极显著水平,GC3含量最低,与GC12的相关系数为0.14,双尾检验未达到显著水平;单个基因ENC比值多分布在-0.05—0.05;对应性分析,第一轴上显示了10.27%的差异,与GC3、ENC的相关系数分别为0.223和-0.147,均未达到显著水平。【结论】陆地棉叶绿体密码子第三位偏好使用嘧啶,而最优密码子多以A或T结尾;密码子使用模式可能...
关键词：
陆地棉 密码子偏性 GC含量 最优密码子
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王宇 唐冬梅 仲伟敏 马玉华 张敏
【目的】为"红阳"猕猴桃种质资源鉴定与分子标记进行辅助育种提供理论基础。【方法】基于红阳猕猴桃全基因组数据,对其进行SSR标记分析以及基因密码子偏性分析。通过生物信息学方法,分别以全基因组及碱基数不小于300 bp的蛋白质编码序列为研究对象,利用GMATA、Codon W和SPSS对红阳猕猴桃进行SSR标记与基因密码子使用偏性分析。【结果】扫描红阳猕猴桃全基因组得到的247 012个SSR单元中,二核苷酸重复单元最多,占87.7%;长度为10 bp的SSR占比最高,为33.4%。红阳猕猴桃基因的GC平均含量、GC12含量和GC3含量分别为47.10%、47.6%和45.87%;红阳猕猴桃的密码子使用模式与大肠杆菌和酿酒酵母密码子使用模式差异较大,与毕赤酵母较接近;中性作图表明,GC3s与GC12无明显相关性;ENC作图表明,大部分基因位于曲线周围;红阳猕猴桃28个最优密码子中,除CGA以A结尾外,其他密码子均以C或G结尾,说明红阳猕猴桃最优密码子偏好使用以C/G结尾的密码子。【结论】红阳猕猴桃全基因组具有丰富的SSR位点,可用于高效、快速地进行SSR引物的开发。红阳猕猴桃基因密码子使用模式受压力突变和自然选择等多重因素的影响;选取毕赤酵母作为红阳猕猴桃基因的异源表达宿主较合适。
关键词：
红阳猕猴桃 SSR标记 密码子偏性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
董新玉 邓浪 张亚春 陈国发 李树锋
【目的】在大蒜(Allium sativum)全基因组中鉴定WOX基因家族，并进行密码子使用偏性分析，为进一步研究大蒜WOX基因家族的功能提供重要依据。【方法】利用生物信息学方法，鉴定分析大蒜WOX基因家族及其密码子使用偏性。基于GEO测序(RNA-seq)数据，分析大蒜WOX基因家族在大蒜鳞茎不同发育时期及其他组织中的表达模式。【结果】从大蒜基因组中鉴定到16个大蒜WOX基因家族。系谱进化分析发现：大蒜WOX基因家族被划分为3个进化支，分别属于远古支、中间支和WUS支。保守结构域分析发现：它们均含有68个氨基酸组成的保守结构域。密码子使用偏性分析发现：该基因家族密码子使用偏性较弱并受GC3s的影响，同时，该基因家族存在27个高频密码子和14个最优密码子，且大多数偏向于A/U结尾。基于RSCU值和CDS序列聚类发现：基于CDS序列聚类能更加准确表达该基因家族之间的进化关系。ENC-Plot和PR2-plot分析发现：该基因家族密码子使用偏性主要受选择压力的影响。最佳外源表达系统发现：拟南芥更适合用于该基因家族的外源表达系统。表达谱分析发现：该基因家族在鳞茎发育不同时期、叶片、假茎和根中存在差异表达。【结论】本研究为进一步弄清大蒜WOX基因家族在大蒜生长发育过程中的作用提供了科学依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
董新玉 邓浪 张亚春 陈国发 李树锋
【目的】在大蒜（Allium sativum）全基因组中鉴定WOX家族基因，并进行密码子使用偏性分析，为进一步研究大蒜WOX家族基因的功能提供重要依据。【方法】利用生物信息学方法，鉴定分析大蒜WOX家族基因及其密码子使用偏性。基于GEO测序（RNA-seq）数据，分析大蒜WOX家族基因在大蒜鳞茎不同发育时期及其他组织中的表达模式。【结果】从大蒜基因组中鉴定到16个大蒜WOX家族基因。系谱进化分析发现：大蒜WOX家族基因被划分为3个进化支，分别属于远古支、中间支和WUS支。保守结构域分析发现：它们均含有68个氨基酸组成的保守结构域。密码子使用偏性分析发现：该家族基因密码子使用偏性较弱并受GC3s的影响，同时，该家族基因存在27个高频密码子和14个最优密码子，且大多数偏向于A/U结尾。基于RSCU值和CDS序列聚类发现：基于CDS序列聚类能更加准确表达该家族基因之间的进化关系。ENC-Plot和PR2-plot分析发现：该家族基因密码子使用偏性主要受选择压力的影响。最佳外源表达系统发现：拟南芥更适合用于该家族基因的外源表达系统。表达谱分析发现：该家族基因在鳞茎发育不同时期、叶片、假茎和根中存在差异表达。【结论】本研究为进一步弄清大蒜WOX基因在大蒜生长发育过程中的作用提供了科学依据。
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