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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
吴平 卓侃 罗梅 廖金铃
采用同源克隆的方法,首次从能克服Mi-1抗性的象耳豆根结线虫(Meloidogyne enterolobii)中克隆了Cg-1同源基因,同时克隆了一个爪哇根结线虫无毒种群的Cg-1及其同源基因。基因序列比较结果显示,象耳豆根结线虫中不存在Cg-1基因,即象耳豆根结线虫中只具有不包含CAATGA片段的Cg-1同源序列,进一步表明Cg-1可能是一个无毒基因。对Cg-1基因序列分析的结果表明,Cg-1基因可能是通过其第三个开放阅读框(ORF)编码的多肽或结构性mRNA或两者共同行使生物学功能。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陆秀红 张雨 秦舒婷 黄金玲 张禹 刘志明
根据已知抗病基因的NBS-LRR保守结构域设计简并引物,从抗南方根结线虫病的番茄材料cDNA中克隆抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGAs),并通过qRT-PCR技术检测RGAs与南方根结线虫侵染的相关性。序列分析发现,2条序列具有NBS-LRR保守结构域,分别命名为F5-8和F5-20;保守区域氨基酸比对结果显示,F5-8(GenBank登录号为MG860907)和F5-20(GenBank登录号为MG860908)与已知抗病基因保守区域具有很高的相似性,其中F5-8与Mi-1相应区域氨基酸相似性为94%,F5-20与Hero基因相应区域氨基酸相似性为96%。qRT-PCR结果发现,F5-8和F5-20在接种南方根结线虫2龄幼虫24h后其表达量均发生了变化。初步推测F5-8和F5-20为南方根线线虫侵染相关基因同源序列。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
万新龙 李建洪 彭德良
用PCR方法扩增了16个不同地区和不同作物上根结线虫群体的ITS片段,并进行了克隆、序列测定分析和比对。结果表明:采自北京密云苦瓜和豇豆、北京通州月季以及山东胶州、烟台、潍坊花生上的6个根结线虫群体为北方根结线虫(Meloidogyne hapla),其ITS片段大小为772 bp;来自云南番茄、成都黄瓜和海南石榴上的3个根结线虫群体为爪哇根结线虫(M.javanica),其ITS片段大小为767 bp;来自河北廊坊番茄、北京海淀番茄和浙江黄瓜上的3个根结线虫则属于花生根结线虫(M.arenaria),其ITS片段大小为768 bp;而安徽和县、宿州的番茄以及太和桔梗上的3个根结线虫则属于南方...
关键词：
根结线虫 ITS-PCR 克隆 序列分析
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
王正加 黄有军 夏国华 郑炳松 金松恒 黄坚钦
根据植物花分生组织及花器官形成过程中起重要作用的APETALA1(AP1)基因的高度保守区序列,设计合成一对长度为23 bp的聚合酶链式反应(PCR)引物,以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增出长为486 bp的DNA片段,克隆到pMD18-T载体。测序和序列分析结果表明,获得了山核桃AP1同源基因中的1个片段,该片段序列包含2个内含子,长度分别为86 bp和291 bp,编码区共编码36个氨基酸。其序列已在GenBank中注册(注册号为EU155118),在GenBank中进行同源性检索结果表明,其氨基酸序列与其他植物AP1同源基因的氨基酸序列同源...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
练冬梅 赵志祥 陈绵才 王会芳
采用RT-PCR、cDNA末端快速扩增法(RACE),克隆了象耳豆根结线虫生长发育关键基因actin的全长cDNA序列(登录号:KF534787),并与NCBI核酸数据库进行序列比对,结果表明:序列全长1298 bp,包含一个全长1125 bp的开放阅读框ORF,编码375个氨基酸,起始密码子在82位,终止密码子在1207位,与已知的其它物种的actin具有高度的保守性,与马铃薯腐败线虫和松才线虫actin的同源性分别为99.20%和98.67%,与秀丽隐杆线虫、人类相似性分别达到98.67%和97.33%。系统发育分析表明,象耳豆根结线虫actin可能是β-actin,同时也发现了象耳豆根结...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
熊玉芬 王暄 梁中伟 李红梅
利用RT-PCR和RACE技术克隆了一个松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus)乙酰胆碱酯酶基因Bx-ace-2,该基因cDNA全长为2010bp,有1878bp的开放阅读框(ORF),推测其编码的蛋白有625个氨基酸;Bx-ace-2基因组克隆长为2192bp,含有7个内含子。氨基酸序列比对和同源性分析显示:松材线虫Bx-ace-2编码的乙酰胆碱酯酶与已报道的秀丽小杆线虫ACE-1、ACE-3和ACE-4型乙酰胆碱酯酶的相似性为28%～31%,而与秀丽小杆线虫ACE-2及甘薯茎线虫、南方根结线虫、大豆胞囊线虫、马铃薯白线虫和胎生网尾线虫的ACE-2型乙酰胆碱酯酶的氨基...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
胡先奇 杨艳丽 冯志新 赵峥
运用抗根结线虫基因Mi簇中Mi 1.2的核苷酸序列 ,设计引物 ,对 2 8种烟草进行抗根结线虫基因同源序列的初步分析。在 2 8个烟草中 ,扩增出 10 1条DNA片段 ,大小 0 .1～ 4kb ,主要集中在 0 .5～ 1.5kb之间 ,多态性片段 78条 ,占 77.2 %。将烟草的抗性鉴定结果 ,与Mi 1.2同源序列的相似性对比分析 ,发现抗南方根结线虫 1号小种、3号小种的烟草 ,被扩增的Mi 1.2同源序列片段 ,比感病烟草的多。表明Mi 1.2同源序列多态性 ,与烟草抗南方根结线虫 1号小种、3号小种的特性相关。这一结果和理论上品种与抗病基因相关的DNA条带越多 ,该品种的抗...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郑井元 邹学校 茆振川 陈国华 谢丙炎
【目的】明确辣椒(Capsicum annuum L.HDA149)中与南方根结线虫(Meloidogyne incognita)不亲和互作过程中抗性相关WRKY转录因子的基因结构及其表达模式。【方法】采用RACE结合RT-PCR方法克隆cDNA序列,并根据cDNA序列设计特异引物扩增DNA序列,Southern杂交确定基因拷贝数,实时荧光定量PCR方法分析该基因在线虫侵染后辣椒的不同组织和不同时间点的表达。【结果】从辣椒中克隆到一个WRKY转录因子基因CaRKNIF2(GenBank登录号:GQ253367),该基因编码区全长1662bp,编码553个推定的氨基酸,为单拷贝基因。CaRKNI...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王娟 田建保 杜俊杰 杨廷桢 王骞 孙俊杰 弓桂花
以Y系山定子为试材研究AP1基因,试图为缩短果树童期提供理论依据。根据已登录的苹果AP1基因保守序列设计引物,以Y系山定子的基因组DNA为模板进行PCR扩增,获得1 010 bp的基因片段;PCR产物纯化后,将其连接到pMD18-T载体上,连接产物转化大肠杆菌DH5α菌株感受态细胞,通过蓝白斑筛选、质粒长度和酶切鉴定,获得重组质粒并测序。测序结果表明,该序列有2个外显子、1个内含子及2个内含子的一部分,编码区共编码81个氨基酸;对氨基酸序列保守性分析发现,第13~81个氨基酸为MADS-box基因家族特有的K区域;其氨基酸序列在GenBank中同源性检索表明,Y系山定子与其他植物AP1同源基因...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
赵雷 江海海 赵光辉 刘国华 朱兴全 钱爱东
以从陕西省泾阳县山羊大肠中采集的5条绵羊夏柏特线虫为研究对象,用通用引物JB3及JB4.5扩增绵羊夏柏特线虫的线粒体细胞色素c氧化酶第1亚基(cox1)基因部分序列(pcox1),将测序获得的序列用ClustalX 1.81程序进行比对,并用PAUP程序MP法构建系统发育树。结果表明:所获得的5个绵羊夏柏特线虫样品pcox1序列长度均为393 bp;种系发育分析表明,绵羊夏柏特线虫5个样品位于同一分支,且绵羊夏柏特线虫的pcox1序列种内相对保守(0.5%～2.0%),种间变异显著(9.4%～18.8%),pcox1序列可作为种间变异研究的可靠遗传标记。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
梅眉 黄永红 茆振川 刘志敏 谢丙炎
【目的】对南方根结线虫乳酸脱氢酶基因(mildh)进行克隆分析,并探索mildh沉默对南方根结线虫(Meloidogyne incognita)病害的抑制作用。【方法】在前期研究中,利用生物信息学方法在线虫全基因组中预测了一些线虫RNA干扰(RNAi)表型基因。本研究以预测的线虫ldh设计特异引物克隆南方根结线虫中mildh。对克隆到的mildh序列进行了特征分析后,利用病毒诱导的基因沉默(VIGS)技术,将其导入番茄植株,并接种南方根结线虫,研究mildh基因沉默对根结线虫根结数量影响。【结果】克隆到的mildh包含1个完整的编码框序列,编码315个氨基酸。该基因与预测到的mildh核苷酸序...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
黄利 王宇 董林林 左元梅
南方根结线虫(Meloidogyne incognita)是一种分布广危害严重的植物寄生线虫,有关该线虫发育和侵染植物的分子机制报道较少;秀丽线虫(Caenorhabditis elegans)是第一个模式动物,对其功能基因组进行了详细而深入的研究,因此,利用生物信息学手段寻找和鉴定二者高度同源的基因可为深入阐明寄生线虫侵染植物的分子机制和防治提供重要的科学依据。本研究利用最新公布的南方根结线虫的9 165个Contig序列分别和秀丽线虫的361 207个EST序列、23 973个蛋白质序列进行比对分析,获得了2种线虫高度同源的基因,通过gene ontology分析2 793个高度同源基因表...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王钰 王荣富 何国浩
对根据紫花苜蓿(Medicago truncatula)NBS区域的保守序列等设计的16对简并引物进行优化,筛选出6对简并引物,以甘薯的基因组DNA为模板进行PCR扩增,克隆甘薯抗病基因同源序列(RGA)。结果克隆出342个不同的甘薯RGA,这342个甘薯RGA和已知的抗病基因L6、N、RGC1等具有高度同源性(Evalue
[期刊] 林业科学
[作者]
郭永泽 何新华 李杨瑞 罗聪
Clausena lansium, Citrus sinensis and Poncirus trifoliata belong to the different genus of Rutaceae. On the basis of LEAFY (LFY in brief) gene sequences of C. sinensis and P. trifoliata, a pair of 21 bp primers was designed and used to amplify about a 2 300 bp DNA fragment from C. lansium by PCR. Th...
关键词：
黄皮 LEAFY 克隆
[期刊] 林业科学研究
[作者]
崔丽莉 杨汉奇 杨宇明
以版纳龙竹基因组DNA为模板,采用前人基于水稻CO同源基因Hd1序列的保守区所设计的特异引物COS1和COA1,运用PCR方法扩增出一条1 520 bp的DNA片段,并克隆到pGEM-T载体。测序和序列分析结果显示:该片段含有1个590 bp的内含子,编码区930 bp共编码310个氨基酸;该基因被命名为DxCO1,其DNA序列在G enB ank中的注册号为GQ358925。在G enB ank中进行同源性检索的结果显示:其核苷酸序列与其它禾本科植物CO同源基因的氨基酸序列同源性高达81%~91%;推测的DxCO1蛋白质序列与其它种子植物CO同源基因蛋白质序列的系统发育分析结果显示:DxCO...
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