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[期刊] 林业科学
[作者]
王瑫 李永 朴春根 汪来发 朱天辉
为了解三倍体毛白杨和健杨94树干皮层组织中内生细菌的群落多样性和季节动态变化,利用传统的细菌分离培养,结合16SrDNA序列分析等方法对其进行分析。从2种杨树干部皮层中共计分离纯化细菌菌株532株,分属于26属47种,2种杨树内生细菌组成存在较大差异。其中,从三倍体毛白杨中分离得到18属30个种,以根瘤菌属和芽孢杆菌属为优势菌群;健杨94中分离得到16属22个种,以根瘤菌属、微杆菌属为优势菌群。杨树干部皮层植物内生细菌的多样性丰富。2种杨树内生细菌数量季节变化规律总体表现为夏秋2季均高于冬春2季。2种杨树在4个季节的优势菌群各不相同,随季节变化而变化。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
游玲 魏琴 郭华 张云
【目的】研究山苍子可培养内生细菌的多样性。【方法】利用添加植物组织浸提液的营养琼脂培养基分离山苍子根、茎、叶及果实中的可培养内生细菌,采用16SrDNA序列鉴定法对分离获得的山苍子可培养内生细菌进行鉴定。同一组织内,对16SrDNA序列及形态完全一样的菌株合并冗余,用Clustalx对分离得到的菌株16SrD-NA进行排序,构建Neighbor-Joining系统进化树,并计算Jaccard指数和多样性指数。【结果】共分离得到52株山苍子可培养内生细菌(根23株、茎8株、叶7株、果实14株),分属于芽孢杆菌属(Bacillus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、Paenochrob...
关键词：
山苍子 可培养内生细菌 多样性
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李永 朴春根 郭利民 常聚普 王海明 贺伟 谢守江 郭民伟
为了解健杨94(转基因抗虫杨94)、三倍体毛白杨2个杨树品种干部树皮内生真菌区系及其优势种群的季节变化情况,本研究利用组织分离法从2个杨树品种996块组织中分离内生真菌1 175株,健杨94和三倍体毛白杨分别分离612、563株。利用形态特征和分子生物学方法鉴定为15个属、35个分类单元,包括担子菌1个分类单元,子囊菌34个分类单元。2个杨树品种内生真菌优势种群包括链格孢、葡萄座腔菌、镰孢属真菌、间座壳属真菌等,其中,仅有链格孢、葡萄座腔菌和桑砖红镰孢是两品种共有的优势种群种类,而且优势种群会随季节变化而变化。在两品种的内生真菌中,链格孢、葡萄座腔菌是最为常见的优势种群。
关键词：
内生真菌 优势种群 多样性 树皮
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
胡雲飞 张玥 张彩丽 杨路成 陈暄 庄静 黎星辉
从不同季节的茶树根系和根际土壤中分离得到真菌2 019株,包括茶树根系内生真菌826株、根际土壤真菌1 193株。采用分子生物学鉴定方法,对rDNA-ITS区段进行扩增及分析,共鉴定出13个属28种真菌,其中茶树根系内生真菌12种,根际土壤真菌20种。对不同季节分离得到的真菌进行多样性分析,结果表明:春、夏、秋季分离出茶树根系内生真菌种类分别为12、11、12;3个季节Shannon-Wiener多样性指数差异不明显;而均匀度指数夏季最高,秋季次之,春季最低。春、夏、秋季分离出根际土壤真菌种类分别为18、17、20;3个季节Shannon-Wiener多样性指数及均匀度指数差异均不明显。根际土...
关键词：
根际土壤 根系 真菌 茶树 多样性指数
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈泽斌 陈兴位 夏体渊 林丽 任禛 靳松 华金珠 李健文
采用稀释涂布平板法，从食用玫瑰花瓣中分离到２１９株内生细菌。利用细菌菌落表征性状和１６Ｓ ｒＤＮＡ序列对这些内生细菌进行了多样性分析。通过数值分析比较了８个菌落形态表征性状，以类平均连锁聚类法的方式进行聚类分析，在３．６０的水平上可分成６个表观群。１６Ｓ ｒＤＮＡ序列分析表明２１９株内生细菌可分为１０个类群。经测序比对分析表明，这２１９株内生细菌分别与ＧｅＮ ＢＡＮｋ中３类细菌中的１０个已知种相似性达到９８．５１％～１００％。其中约氏不动杆菌（ＡｃｉＮｅｔｏＢＡｃｔｅｒ ｊｏｈＮＳｏＮｉｉ）、嗜麦寡养食单胞菌（ＳｔｅＮｏｔｒｏｐｈｏｍｏＮＡＳ ｍＡｌｔｏｐｈｉｌｉＡ）、ｅＮｈｙＤｒｏＢＡｃｔｅ．．．
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
余望寅 姚冠 扎西拉姆 普琼 刘京晶 周湘
【目的】揭示不同栽培环境对铁皮石斛Dendrobium catenatum内生细菌群落结构的影响,解析与石斛多糖含量存在潜在关联的功能菌种。【方法】针对温室人工基质培养和仿野生立木附生培养2种栽培体系下的铁皮石斛C9品系根、茎、叶等各部组织内生细菌,采用Illumina测序平台的Miseq进行高通量测序分析其菌落结构和多样性,同时利用逐步回归法分析内生细菌分布与组织多糖质量分数的关联性。【结果】铁皮石斛在2种栽培环境不同组织中的菌群结构差异显著(P<0.05),附生立木仿野生环境比温室环境下物种丰富度更高。同时,根部所含分类操作单元(OTUs)数量最多(112～630个),叶部则最少(28～73个)。其中,厚壁菌门Firmicutes(16.7%～34.9%)、拟杆菌门Bacteroidetes(8.7%～35.6%)和变形菌门Proteobacteria(15.9%～42.0%)的OTUs占优势。从菌种生理功能上看,固氮相关的菌种如弗兰克菌科Frankiaceae在树培环境下相对丰度更高,推测可能受树培寡氮环境的影响使固氮菌富集。逐步回归分析结果显示:不动杆菌Acinetobacter在根、茎、叶不同组织中的相对丰度与多糖质量分数变化关联度最大,其次为假单胞菌Pseudomonas。【结论】铁皮石斛内生细菌资源相当丰富,而栽培方式影响菌群分布,且与石斛多糖质量分数具有关联性。图4表1参27
[期刊] 海洋渔业
[作者]
刘欢 俞勇 廖丽 刘双 陈波
研究了南极长城湾潮间带海绵共附生可培养细菌多样性及其疑似新种应用有利于放线菌生长的选择性培养基ISP2从长城湾海绵动物组织中分离出120株细菌,基于这些菌株的16S rRNA基因序列开展系统发育分析。结果显示,所分离菌株隶属于三个细菌门五大类群的11个目、22个属,表明长城湾海绵共附生细菌的种属分布较广、多样性非常高。其中红球菌Rhodococcus属占优势,另外包含α-变形菌纲Puniceibacterium属、放线菌门Aeromicrobium属、β-变形菌纲Limnobacter属等罕见种属。16S
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
魏亚情 吴志祥 杨川 兰国玉
【目的】橡胶林是海南重要的森林植被之一，探究海南岛橡胶林土壤细菌群落多样性的季节变化特征及其环境驱动因子，为天然橡胶产业的可持续发展提供科学依据。【方法】使用Illumina Miseq高通量测序法对海南岛橡胶林旱季和雨季的土壤细菌的α、β多样性和群落结构组成及与环境因子的关系进行了分析。【结果】1）共检测到细菌41门、108纲、247目、465科、876属。细菌群落中，优势菌门依次为变形菌门(Proteobacteria)(33.28%)、酸杆菌门(Acidobacteria)(19.27%)、绿弯菌门(Chloroflexi)(13.63%)、放线菌门(Actinobacteria)(12.41%)。2）橡胶林雨季土壤细菌丰富度和多样性均高于旱季，基于Bray–Curtis距离的PCoA分析表明，不同季节土壤细菌群落β多样性差异显著(P=0.001),PERMANOVA分析结果表明，季节变化解释了细菌群落组成差异的2.48%(R~2=0.024 8,P=0.001)。3）细菌多样性与环境因子的线性分析结果表明，细菌α多样性与pH值、全钾(TK)、有效钾(AK)、温度(Tem)、土壤含水量(WC)、降雨(Pre)显著相关(pH:R~2=0.43,P
关键词：
橡胶林 土壤细菌 多样性 季节变化
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李雪艳 张涛 杨红梅 楚敏 高雁 曾军 霍向东 张涛 林青 欧提库尔 李玉国 娄恺 史应武
【目的】本文研究了新疆棉花内生细菌定量在季节及空间上的变化规律,建立了棉花内生细菌的荧光定量PCR检测方法。【方法】利用内生细菌16S rDNA基因特异引物对新疆不同季节及空间的棉花总DNA进行扩增,随后将PCR产物纯化,得到内生细菌的部分16S rDNA序列(长度为370 bp)。以含该序列的重组质粒为标准品,建立标准曲线,并对新疆棉花不同季节和不同空间内生细菌定量。【结果】7个地区的苗期、蕾期、花期、吐絮期内生细菌数量呈现先增加再减小再增加再减小的规律。苗期精河达到最低值,平均值为2.32×10~7copies/g(FRW),蕾期图木舒克平均值最高,达1.35×10~8copies/g(FRW),花期石河子最低,平均值达1.267348×10~7copies/g(FRW),吐絮期库尔勒平均值最高,达2.31×10~8copies/g(FRW)。内生细菌数量在空间上整体为东疆最高,南疆相对较高,北疆最少。东疆哈密苗期最高,平均达3.96×10~8copies/g(FRW),南疆库尔勒吐絮期次之,平均达2.31×10~8copies/g(FRW)。【结论】棉花内生细菌的数量在不同的季节和空间存在差异,整体变化趋势明显。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
刘海林 仲霞铭 汤建华 熊瑛 吴磊 施金金 吴福权 冒红
根据20062007年1周年江苏近海单拖渔业资源调查资料,分析了鱼类群落和多样性的季节变化情况。结果表明,共调查鱼类100种,四季共有种30种。暖温性种类占64%,暖水性种类占21%,冷温性种类占15%,仅星康吉鳗(Conger myriaster)为四季均出现的冷温性种。夏季因沙海蜇(Rhopilema esculentum)暴发导致个别站位渔获量为0,因此H'、J和D值均为0。以生物量计算的多样性指数(H')呈秋季>冬季>春季>夏季的特征;均匀度指数(J)秋季>春季>冬季>夏季;丰富度指数(D)冬季>
[期刊] 林业科学
[作者]
李永 朴春根 贺伟 常聚普 王海明 郭立民 谢守江 郭民伟
利用组织分离法从欧美杨2品种欧美杨107杨、中林46杨中(996块组织)分离内生真菌1252株,107杨和中林46杨分别分离出645株和607株。利用形态特征和分子生物学方法鉴定为17个属、32个分类单元,包括担子菌2个分类单元,子囊菌30个分类单元均为子囊菌。在基于ITS构建的系统进代树上、2杨树品种内生菌均形成5个稳定的分支,包括在囊菌纲2个分支,包括散囊菌纲、类壳菌纲等。2个杨树品种内生真菌优势种群包括链格孢、葡萄座腔菌、镰孢菌、间座壳菌等,其中链格孢、葡萄座腔菌是最为常见的优势种群,2品种内生菌的优势种群会随季节变化而发生变化。
关键词：
内生真菌 欧美杨 树皮 多样性
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
林海燕 刘昌伟 杨勇 张志旭 曾超珍 伍岗 刘仲华
以碧香早和茗丰作为研究对象，采用高效液相色谱等方法测定茶叶中的化学成分，并运用高通量测序技术对比分析不同茶树品种的鲜叶和根部的微生物群落。结果显示：碧香早和茗丰茶鲜叶的优势细菌门为Proteobacteria、Bacteroidetes等，优势细菌属为Chryseobacterium、Sphingomonas、Rhizobium、Methylobacterium和Aureimonas等；茶树根系中的优势细菌门主要是Proteobacteria、Actinobacteria和Firmicutes等，优势细菌属为Planococcaceae、Rhizobium和Sphingomona；碧香早叶片中内生菌群的丰富度高于茗丰的，茗丰根系中的内生菌丰富度高于碧香早的；茶树根系内生细菌的多样性高于茶鲜叶的；茶树根和叶的内生菌OTU数少于土壤微生物的；同源性分析表明，茶树叶片内生菌主要来源于叶表，而根部内生细菌主要来自土壤；茗丰鲜叶中的茶氨酸、氨基酸、可可碱、咖啡碱、儿茶素、没食子儿茶素没食子酸酯、表没食子儿茶素没食子酸酯、麦芽糖含量均显著高于碧香早的，碧香早鲜叶中的表没食子儿茶素、蔗糖含量和酚氨比显著高于茗丰的；相关性分析结果显示，部分关键细菌属的相对丰度与茶叶中的部分化学成分的含量呈显著正相关或负相关，推测不同的内生菌群可能参与了茶树品质成分的合成，从而影响茶叶的品质。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
林海燕 刘昌伟 杨勇 张志旭 曾超珍 伍岗 刘仲华
以碧香早和茗丰作为研究对象，采用高效液相色谱等方法测定茶叶中的化学成分，并运用高通量测序技术对比分析不同茶树品种的鲜叶和根部的微生物群落。结果显示：碧香早和茗丰茶鲜叶的优势细菌门为Proteobacteria、Bacteroidetes等，优势细菌属为Chryseobacterium、Sphingomonas、Rhizobium、Methylobacterium和Aureimonas等；茶树根系中的优势细菌门主要是Proteobacteria、Actinobacteria和Firmicutes等，优势细菌属为Planococcaceae、Rhizobium和Sphingomona；碧香早叶片中内生菌群的丰富度高于茗丰的，茗丰根系中的内生菌丰富度高于碧香早的；茶树根系内生细菌的多样性高于茶鲜叶的；茶树根和叶的内生菌OTU数少于土壤微生物的；同源性分析表明，茶树叶片内生菌主要来源于叶表，而根部内生细菌主要来自土壤；茗丰鲜叶中的茶氨酸、氨基酸、可可碱、咖啡碱、儿茶素、没食子儿茶素没食子酸酯、表没食子儿茶素没食子酸酯、麦芽糖含量均显著高于碧香早的，碧香早鲜叶中的表没食子儿茶素、蔗糖含量和酚氨比显著高于茗丰的；相关性分析结果显示，部分关键细菌属的相对丰度与茶叶中的部分化学成分的含量呈显著正相关或负相关，推测不同的内生菌群可能参与了茶树品质成分的合成，从而影响茶叶的品质。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
戚珊珊 周礼红 胡久平 刘敏 赵辉 熊燕
【目的】了解西藏多地区土壤可培养细菌的多样性。【方法】采用梯度稀释涂布分离法分离土壤细菌,根据形态特征、生理生化试验去除冗余,对细菌进行16S r DNA序列系统发育分析,鉴定其种属,研究其亲缘关系及多样性。【结果】经形态特征、生理生化试验以及16S r DNA序列测定,38株细菌菌株归属于四个类群,厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes),变形菌门(Proteobacteria),12个科,13个属,包含链霉菌属(Streptom
[期刊] 水产学报
[作者]
刘国才 包文仲 刘振奇 申玉春
鱼塘细菌数量很大且经常波动。总菌数以夏季最多,依次为秋季、春季及冬季;异养菌在水层及底泥中则分别以夏季和秋季较多。异养菌数量与化学需氧量(COD)呈明显正相关。总菌数与 COD也呈正相关。水温与总菌数呈正相关,而水温与异养菌则无相关性。浮游植物与总菌数、异养菌数均无相关性。浮游动物与细菌数量却呈现正相关。细菌繁殖适宜的pH 值为6.4—9.4。促使细菌数量减少的常用水产药物,按其效力大小依次为漂白粉、CuSO_4·FeSO_4 合剂、敌百虫。
关键词：
鱼塘 总菌数 异养菌数
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