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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
仲岩 张甜 陈钊 程宗明
[目的]本文旨在研究取自欧洲不同生态环境下的森林草莓生态型中的2个NBS-LRR抗病基因，揭示不同生态型中同一基因的遗传变异特征。[方法]选取森林草莓中具有代表性的2个NBS-LRR基因为目的基因，从不同森林草莓生态型中对其进行PCR扩增、测序并得到相应的核苷酸序列。利用ProtParam网站分析其理化性质；利用MEGA v7.0和DNAMAN v7.0对核苷酸序列以及蛋白序列进行多重比对，查找序列突变位点；利用Pfam、SMART、COILS等网站分析基因编码蛋白质的结构域组成；利用MEGA v7.0计算2个基因中不同生态型之间的K_(a)/K_(s)值、Pi值并构建系统进化树，分析其受到的选择压力及遗传进化关系。[结果]以Hawaii4的序列为参照，FvH4＿5g22710和FvH4＿1g15230基因在某些森林草莓生态型中发生了点突变和缺失突变。通过结构域分析可知FvH4＿5g22710基因只在Rx＿N结构域区段发生了突变，而在NB-ARC结构域和LRR基序中没有发生，FvH4＿1g15230基因在其编码的蛋白质RPW8、NB-ARC结构域和LRR基序区段均发生了突变。进化树的拓扑结构显示，来自在同一国家的生态型，其目的基因更偏向于聚类在同一进化枝上；2个基因的平均K_(a)/K_(s)值均小于1，说明它们均受到纯化选择的驱动。[结论] 2个NBS-LRR基因在不同的森林草莓生态型中都有一定程度的变异，这提高了抗病基因的遗传变异程度，可能与提高森林草莓抗病性有一定关联。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张坤 陈璇 杜光辉 郭鸿彦 郭蓉 吕品 郭孟璧 许艳萍 张庆滢 杨明
【目的】为探究两种生态型大麻杂交F_(2)代群体在不同生态环境种植下主要农艺性状间的遗传变异特点。【方法】以‘云麻1号’和‘Dame Blanche’杂交获得的F_(2)代株系群体作为研究对象，在3种生态环境种植下对亲本和F_(2)代分离群体的株高、茎粗和分枝数等10个农艺性状进行测定，并对这些农艺性状进行遗传变异分析、相关性分析及广义遗传力估算。【结果】8个农艺性状在3种生态环境种植下表现出显著差异（P＜0.05）。F_(2)代群体中多数农艺性状平均值介于双亲之间，但群体中各农艺性状变异丰富，在3个生态环境中，10个农艺性状变异系数均超过10%，平均变异系数（3个生态环境下变异系数之和/3）由大到小依次为：第一分枝高>鲜重>分枝长>分枝数>株高>茎粗>叶宽>小叶宽>叶长宽比>叶长。各农艺性状间关系密切，除小叶宽、叶宽、叶长宽比（叶形）3个性状外，其余7个农艺性状在3个生态环境下均两两呈极显著正相关性。株高、分枝数、分枝长等农艺性状分布呈连续正态分布，具有典型的数量性状遗传特征。10个农艺性状广义遗传力变化幅度为29.508%～82.575%，由大到小依次为：分枝长＞株高＞第一分枝高＞叶长＞分枝数＞茎粗＞叶宽＞小叶宽＞鲜重＞叶长宽比，其中分枝长和株高广义遗传力超过80%。【结论】在F_(2)代群体中10个农艺性状变异丰富，表现出广泛的性状分离，各农艺性状间关系密切，具有典型的数量性状遗传特征。本研究初步探讨了两种生态型大麻杂交F_(2)代主要农艺性状遗传分离特征，结论可为大麻不同用途品种选育和相关性状的QTL定位提供理论基础。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李春 王永 李义 丁静
[目的]本文旨在鉴定森林草莓同源异型域-亮氨酸拉链家族(homeodomain-leucine Zipper,HD-Zip)Ⅰ亚家族的转录因子,分析其序列属性及表达模式,为其进一步功能研究和利用奠定基础。[方法]运用生物信息学方法,鉴定和分析森林草莓HD-ZipⅠ亚家族基因的系统进化关系、蛋白基序、基因结构、复制方式及启动子元件等;利用公共转录组数据和荧光定量PCR技术,分析其在花和早期果实中以及黑暗、脱落酸(ABA)、6-苄氨基嘌呤(6-BA)或水杨酸(SA)处理的离体叶片中的表达模式。[结果]森林草莓HD-ZipⅠ亚家族包含11个基因,它们含有0～3个内含子,相对均匀地分布在第1和3～7号染色体上。全基因组/片段复制是HD-ZipⅠ亚家族基因扩张的主要复制方式。光和激素响应元件是其启动子区所占比例最高的2类顺式作用元件。转录组数据显示,多数HD-ZipⅠ基因在森林草莓除成熟花粉粒和胚之外的花和早期果实组织中表达量较高。5个HD-ZipⅠ亚家族基因的定量结果表明,FvH4_1g20230、FvH4_5g36570、FvH4_5g15520和FvH4_7g32570基因在ABA、6-BA或SA处理3和6 h时有响应;FvH4_7g32570基因在黑暗时被诱导,FvH4_5g36570、FvH4_7g32570、FvH4_1g20230、FvH4_5g15520基因在ABA诱导的离体叶片衰老过程中发生显著的表达变化;而在6-BA处理的叶片中,这5个基因的表达与对照相比均无持续的显著变化。[结论]HD-ZipⅠ亚家族基因很可能在黑暗和ABA诱导的森林草莓离体叶片衰老过程中起重要的调控作用,并参与森林草莓花和早期果实的发育以及激素响应过程。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王俊 张依裕 周辉 赵素阁 李清玄 伍悦 余蓉蓉 刘传朝 张明 周伦虎
为进一步开展番鸭的遗传标记筛选提供参考。采用PCR-SSCP和直接测序技术对2个番鸭群体(天柱番鸭和白羽番鸭)脂联素基因进行了多态性检测。结果表明,引物A1检测到G167A沉默突变,位于外显子1,产生3种基因型:AA、AB和BB,但天柱番鸭群体仅检测到AA基因型;在引物A2检测到内含子T290C突变,产生3种基因型:CC、CT和TT;在引物A4检测到G711A沉默突变,位于外显子2,产生3种基因型:EE、EF和FF;在引物A3没有检测到多态。在2个番鸭群体中,A、C和E均为优势等位基因;3个SNP位点在2个番鸭群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
林莹 韩玉辉 熊思嘉 李泽斌 张欣 顾婷婷
[目的]本研究对森林草莓中组蛋白去乙酰化酶基因(HDAC)进行鉴定和分析,并研究其在生长发育以及逆境胁迫响应过程中的表达变化,为深入研究森林草莓组蛋白去乙酰化调控机制奠定基础。[方法]运用生物信息学方法,对森林草莓中HDAC基因进行鉴定,并进行蛋白结构域、染色体定位、基因复制类型和其他进化分析。利用转录组数据分析森林草莓中HDAC基因在不同组织和发育阶段中的表达变化。运用实时荧光定量PCR对森林草莓中HDAC基因在低温、高温胁迫下的表达变化进行分析。[结果]森林草莓中包含12个HDAC基因,其中RPD3/
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
姜冰洁 傅建军 朱文彬 王兰梅 方敏 董在杰
为了研究罗非鱼群体的遗传多样性及其系统进化关系,以尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)、奥利亚罗非鱼(O.aureus)、莫桑比克罗非鱼(O.mossambicus)、吉富罗非鱼(GIFT)和3种红罗非鱼(中国台湾红罗非鱼、马来西亚红罗非鱼、以色列红罗非鱼)7个群体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的序列进行PCR扩增和序列比对,分析7个罗非鱼群体的遗传变异情况。在324个样品中检测出180个多态性位点和98个单倍型,平均单倍型多样性为0.944,核苷酸多样性为0.036。中性检验Tajima’s D值显示GIFT、莫桑比克罗非鱼和奥利亚罗非鱼群体在经历瓶颈效应和/或纯化选择后种群规模扩大。7个罗非鱼群体间的遗传距离为0.000～0.071,种群遗传分化指数(Fst)值为0.016～0.994。AMOVA分析显示,大多数遗传变异来自群体间(70.78%)。研究还发现,本实验中的奥利亚罗非鱼遗传多样性最低,其余6个群体的遗传多样性较丰富。利用COⅠ基因对7个罗非鱼群体的遗传结构进行分析,丰富了罗非鱼种群特别是红罗非鱼的遗传背景数据,对其种质资源利用具有一定的指导意义。
关键词：
罗非鱼 COⅠ基因 群体 遗传多样性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨慧荣 江世贵 周发林 龚世园
利用RAPD技术对取自胶州湾(青岛)、台湾海峡(厦门)和北部湾(海南)3个天然群体的24尾黑鲷(Sparusmacro cephalus)进行群体内与群体间的遗传变异分析。在事先优化的反应条件下,所使用的60个随机引物中,有28个引物扩增出清晰稳定的片段,共计200条,大小在200～2500bp,其中多态性片段135条(多态性片段的比例为67.50%)。青岛、厦门和海南黑鲷群体内的遗传距离分别是0.1068、0.0939和0.1206,相似系数为0.8932、0.9061和0.8794;群体间的遗传距离分别是0.1550、0.1318和0.1228,其中青岛和海南黑鲷群体间的遗传距离最大,青岛...
关键词：
黑鲷 遗传变异 RAPD
[期刊] 水产学报
[作者]
江世贵 杨慧荣 苏天凤 龚世园
Random amplified polymorphic DNA( RAPD) technique was applied to assess the genetic variations among inter- and intra-population of three wild stocks(24 individuals) in Red Sea Bream from Jiaozhou Gulf(Qingdao), Taiwan Strait(Xiamen)and Beibu Gulf(Hainan). Under predetermined optimal reaction condit...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
董清华 王西成 赵密珍 宋长年 葛安静 王静
【目的】探讨草莓EST序列中SSR位点的分布规律,开发草莓EST-SSR引物,并分析其在草莓品种遗传多样性研究中的应用。【方法】从NCBI公共数据库下载草莓表达序列标签(expressed sequence tag,EST)55 750条,利用MISA软件查找SSR位点,并利用Primer3.0 Plus软件设计60对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物进行克隆和测序,以验证其真实性。【结果】55 750条草莓EST序列含有SSR位点的序列1 334条,SSR位点1 490个。其中,二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,...
关键词：
草莓 EST SSR 遗传多样性
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨雷 杨莉 李莉 郝保春
对8个草莓杂交组合F1的181个株系的果实主要数量性状进行了测定和统计分析,研究和探讨了草莓果实主要数量性状的遗传倾向。结果表明:果实一级序果果重、二级序果果重、最大果重、可溶性固形物含量、果实硬度、维生素C含量均为多基因控制的数量性状,呈连续变异。F1果实一级果重、二级果重、最大果重、果实可溶性固形物含量、维生素C含量都呈现出趋小变异,果实硬度呈现出增大的趋势,趋向变大。
关键词：
草莓 果实 数量性状 遗传分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
余成晨 张伟 徐晓雁 王荣泉 李家乐 沈玉帮
为了分析草鱼(Ctenopharyngodonidella)选育群体不同世代的遗传变异和遗传结构,本研究利用了已建立的一套标准微卫星标记对草鱼长江选育群体F0、F3、F4进行了遗传变异的评估,并与黑龙江选育群体和珠江选育群体进行了遗传变异的比较分析。实验结果表明长江选育群体的各世代均具有高度的遗传多样性(PIC>0.05),且长江选育群体的遗传多样性相对于黑龙江和珠江选育群体的遗传多样性水平更高(P<0.05)。遗传分化指数(Fst)分析结果表明,长江选育群体F0、F3、F4之间遗传分化的水平较低(0
[期刊] 西南农业学报
[作者]
魏环宇 童文杰 蔺忠龙 莫笑晗 张丽芳 何元胜 郑元仙 王继明 许银莲 陈小龙 钟宇 余磊 邓小鹏
【目的】探索烟草NBS-LRR类基因在烤烟(红花大金元)抗病中的分子作用机制。【方法】利用生物信息学手段,参考已知植物抗病基因的NBS-LRR类保守结构域,筛选并合成简并引物,扩增烟草中的NBS-LRR类抗病基因。【结果】获得4条具有连续阅读框和NBS结构域的抗病基因同源序列(TRGAH:MN027515、MN027516、MN027517、MN027518);BLAST X分析显示,均与已知植物抗病基因的NBS区域具有高度相似性,氨基酸相似性为64%～98.89%;聚类分析结果表明,4条TRGAHs与已知植物R基因P-loop-GLPL区域氨基酸序列相似性为29%～52%,包含了non-TIR-NBS-LRR和TIR-NBS-LRR两大类抗病基因。【结论】该研究利用分子克隆技术获得烟草抗病基因同源序列,为进一步筛选和构建烟草抗病候选基因及抗病品种的选育提供科学依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈仕勇 马啸 张昌兵 陈智华 李世丹 郑经红
本研究采用ＲＡＰＤ标记对来自川西北高寒牧区７个披碱草属新品系共１１份材料进行遗传多样性和种间关系分析。试验筛选出的１４条引物对１１份供试材料进行ＲＡＰＤ扩增，结果共扩增出２５５条带，其中多态性的条带数为２０１条，多态性条带比率为７８．８２％。材料间的遗传相似系数变幅为０．４９７～０．９６２，平均值为０．７１４。聚类分析结果能够明显将老芒麦和垂穗披碱草材料分开，同时揭示了不同新品系之间的遗传亲缘关系。其中垂穗披碱草组中Ｚ００５６与其它垂穗披碱草材料间遗传关系较远；老芒麦组中的供试材料之间的遗传关系都较近，其遗传背景比较狭窄。本研究结果将为川西北优良老芒麦和垂穗披碱草种质的鉴定、新种质创制及育种工．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
尹绍武 冯永勤 黄海 廖经球 高磊
运用RAPD技术对方斑东风螺(Babylonia areolata Lamarck)泰国养殖群体和海南养殖群体的遗传多样性进行研究。选取21个10 bp随机引物对方斑东风螺2个群体各20个个体进行RAPD分析,21个引物共检测出222条带。泰国养殖群体的多态位点比例为70.27%,Shannon多样性信息指数为0.1858,Nei’s基因多样性指数为0.249 1,群体内个体间平均遗传相似率为0.7920,平均遗传距离为0.2080;海南养殖群体的多态位点比例为73.87%,Shannon信息指数为0.2044,Nei’s基因多样性指数为0.2615,群体内个体间平均遗传相似率为0.7620,...
关键词：
方斑东风螺 遗传多样性 RAPD
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
黄柳柳 洪德林
研究了自然条件及30℃、12 h光照控制条件下6个生态类型的95个粳稻品种芽鞘长度、不完全叶长度及7 d后苗高3个幼苗性状的遗传变异及其与株高的相关性。结果表明,95个品种中3个幼苗性状都存在真实的遗传变异;3个幼苗性状平均值的大小与生育期长短之间没有明显的对应关系;控制条件下不完全叶长度和苗高小于自然条件下的;在两种条件下,不完全叶长度在不同生态类型之间存在极显著的差异,且与株高存在着显著或极显著的相关性。不完全叶长度可以作为鉴别株高差异大的亲本所配F1杂种种子纯度的幼苗性状。
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