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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
吴冰月 宋普文 陈华涛 崔瑾 许晓明 陈新
利用同源克隆的方法从大豆品种‘科丰一号’中分离出2个RDR6基因,分别将其命名为GmRDR6a和GmRDR6b基因,并对其进行序列分析、植物组织表达以及抗逆境胁迫表达分析。结果表明:GmRDR6a基因位于大豆基因组的6号染色体上,基因全长为4 389 bp,包含一个长度为744 bp的内含子,其ORF长度为3 615 bp,编码1 204个氨基酸,相对分子质量和等电点分别为297.5×103和4.86;GmRDR6b基因位于大豆基因组的4号染色体上,基因全长为4 002 bp,包含一个长度为387 bp的内含子,其ORF长度为3 615 bp,编码1 204个氨基酸,相对分子质量和等电点分别为...
[期刊] 华北农学报
[作者]
吴冰月 陈华涛 许晓明 崔瑾 陈新
植物中依赖RNA的RNA聚合酶(RDRs)是个大家族,而RNA依赖的RNA聚合酶6(RDR6)是其中的一份子,它能通过基因沉默途径参与植物的生长发育,抗病性等多种生物学过程,对RDR6的结构特点、生物学功能以及作用机制作一介绍,以期为RDR6的进一步研究奠定基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
韩凯凯 严若峰 刘青涛 刘宇卓 李银 赵冬敏 黄欣梅 章丽娇 杨婧 付晨
旨在对鸭坦布苏病毒NS5蛋白功能基团RNA依赖RNA聚合酶进行真核表达,同时对其蛋白结构和功能进行生物信息学分析。首先查找GenBank数据库中收录的DTMUV基因序列,以RdRp基因为研究对象,通过软件设计并合成特异性引物,RT-PCR技术扩增RdRp基因,回收PCR产物并与pCMV-N-Flag真核表达载体相连接,构建真核表达质粒pCMV-Flag-RdRp,将测序无误的质粒转染至BHK-21细胞,通过Western Blot和间接免疫荧光技术检测该蛋白在BHK-21细胞内的表达。同时针对RdRp蛋白,利用生物信息学软件进行序列分析、结构解析及功能预测。通过PCR方法成功扩增RdRp基因,构建的真核表达质粒pCMV-Flag-RdRp经双酶切鉴定证明正确,进一步通过间接免疫荧光技术与Western Blot检测发现,重组质粒pCMV-Flag-RdRp在BHK-21细胞内正常表达,生物信息学分析发现,RdRp蛋白编码606个氨基酸,分子式为C_(3091)H_(4810)N_(870)O_(894)S_(41),编码蛋白亲水性平均系数为-0.536,不稳定指数为42.15,含有丰富的磷酸化位点及O-糖基化位点。其二级结构包含46.37%的α-螺旋、12.54%的延伸链以及35.31%的无规则卷曲。上述结果为进一步研究坦布苏病毒致病性打下了基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈华涛 陈新 顾和平 陈满峰 张红梅 袁星星 崔晓艳
为探明大豆中HKT蛋白基因的耐盐作用机理,从耐盐大豆材料中克隆到GmHKT6;2基因完整的cDNA序列,GmHKT6;2基因的开放阅读框(ORF)全长1 644 bp,编码547个氨基酸。序列比对与进化树分析表明:GmHKT6;2是大豆中的一个新HKT蛋白基因;GmHKT6;2基因在大豆的根、茎及叶中均能表达,150 mmol/L NaCl处理后,该基因在大豆根、茎及叶中的表达被强烈诱导并高效表达。结构域分析结果表明:大豆GmHKT6;2基因拥有10个可能的跨膜结构域(TMD)和阳离子转运蛋白保守结构域,推测其是通过调节相关阳离子的转运来调控大豆的耐盐性。
关键词：
大豆 耐盐性 基因克隆 表达分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
张大勇 易金鑫 胡国民 许玲 袁玲玲 徐照龙 何晓兰 黄益洪 刘晓庆 马鸿翔
XIP(X Intrinsic Protein)亚家族蛋白作为水通道蛋白AQP(Aquaporin)的一个成员,最近在不同植物的基因组或表达序列标签(EST)文库中被鉴定出来。从前期通过Perl程序下载的大豆全基因组水通道蛋白序列中鉴定了一个大豆GmXIP基因,该基因含有一个长385 bp的内含子,且剪接方式是AG/AG,不同于植物普通的GT/AG剪接模式;与其他植物的XIP蛋白的氨基酸序列比对发现该蛋白也具有6个跨膜区,但MIP(Major Instrinsic Protein)家族蛋白保守的"NPA"基序突变为"NPI"和"SPA",暗示该蛋白负责的物质运输与其他植物XIP功能不同;半定量...
[期刊] 华北农学报
[作者]
阎文飞 程凡升 姜新强 刘翠霞 朱丹
为研究野大豆TIFY家族基因在野大豆耐盐碱过程中的分子特性及表达特性,以极度耐盐碱野大豆G07256的c DNA为模板,结合前期转录组数据,采用同源克隆的方法,获得了Gs TIFY6B基因,其全长CDS大小为1 047 bp。Gs TIFY6B蛋白编码348个氨基酸,分子量为36. 8 ku,等电点为9. 12,是一个不稳定蛋白。系统进化树分析结果显示Gs TIFY6B与大豆、绿豆、木豆和蔓花生的TIFY家族蛋白同源关系最近,含保守域TIFY和Jas。采用荧光定量PCR技术检测Gs TIFY6B在野大豆不同部位以及盐碱胁迫和激素处理下的转录水平,结果表明,Gs TIFY6B在根中相对表达量最高;在盐胁迫处理下,Gs TIFY6B在野大豆根和叶中的表达量均表现出上调;在碱胁迫处理下,Gs TIFY6B在野大豆叶和根中的表达量表现出先下调后上调表达,推测该基因可能参与野大豆盐碱胁迫防御反应;在ABA胁迫处理下,Gs TIFY6B在野大豆的根中表现出下调表达,而在叶中6,12 h出现上调表达;在MeJA胁迫处理下,Gs TIFY6B在根中先下调后上调表达,而在叶中表现出上调。研究表明,Gs TIFY6B可能通过参与ABA和MeJA信号通路积极响应盐碱胁迫,对后期研究野大豆耐盐碱的分子机制提供了理论基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
殷志新 黄仙德 何建国
从斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)白细胞cDNA文库随机挑选克隆,测定表达序列标签(ESTs),利用BLASTX程序与GenBank中的序列进行比较,得到了1个cDNA,其编码蛋白质与人类DNA聚合酶δ(polδ)的P12亚基有47.7%的同源性,推测它为斜带石斑鱼polδ的12 kD小亚基的cDNA,所编码的蛋白质命名为P12。该cDNA全长619 bp,含1个330 bp的开放阅读框,编码109个氨基酸残基的蛋白质。序列对比表明,斜带石斑鱼的氨基酸序列与人、大鼠、小鼠、拟南芥和裂殖酵母的polδ小亚基有同源性,同时与斑马鱼EST CK680540的编码序列有66.6%...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘盼盼 孟肖冰 付娆 张尧 常玮
[目的]克隆大豆GmCYP85A2基因并进行表达特性分析,为进一步研究GmCYP85A2基因的功能及其对大豆叶柄角的调控机制奠定基础。[方法]以郑豆196作为试验材料,利用同源克隆技术克隆GmCYP85A2基因,对其编码蛋白进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法检测GmCYP85A2基因在大豆植株不同组织(根、茎、叶片、叶柄、花、花芽和豆荚)及不同光照处理时间(0,4,8,12,16,20,24 h)下叶柄中的相对表达量,分析该基因的表达特性。[结果]成功克隆了大豆GmCYP85A2基因,其长1 524 bp,开放阅读框长1 401 bp,编码466个氨基酸;编码蛋白分子质量为53.4 ku,理论等电点(pI)为9.00,具有典型的P450超家族保守结构和蛋白三级结构,亚细胞定位结果表明该蛋白为分泌型蛋白。启动子分析结果表明,该基因转录起始位置ATG上游2 kb的基因组序列含有多个响应光照以及与生长发育、逆境胁迫相关的顺式作用元件。基因表达特性分析结果表明,GmCYP85A2基因主要在花、花芽、豆荚及叶柄中表达,且以花中的表达量最大;在营养生长时期,叶柄中GmCYP85A2的表达量受光照影响而上调,并伴随着叶柄角的变大。[结论]克隆了大豆GmCYP85A2基因,并研究了该基因的表达特性,分析了其在叶柄角调控中的可能机制。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李娜 黄胜 何璟
链霉菌GEMSM 4(6)的发酵产物具有抗革兰氏阳性菌和阴性菌的活性,同时还对酵母及丝状真菌尤其是植物病原菌,具有较强的抑制作用。本研究利用简并性引物对该链霉菌基因组中可能存在的聚酮合酶(PKS)和非核糖体多肽合成酶(NRPS)基因进行PCR扩增及序列分析,找到了3个NRPS及15个PKS基因的片段,其中PKS基因与Streptomyces violaceusniger Tu 4113的PKS基因序列同源性最高,达到91%~99%;而NRPS基因与数据库中已知的NRPS基因序列同源性仅为60%~62%。为克隆NRPS生物合成基因簇,构建了链霉菌GEMSM 4(6)的基因组细菌人工染色体(BAC...
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈华涛 陈新 顾和平 张红梅 袁星星 崔晓艳
从抗大豆花叶病毒病(SMV)大豆材料科丰1号中克隆到2个编码PR10蛋白的新基因Glyma09g04530和Glyma15g15590,Glyma09g04530和Glyma15g15590基因的ORF全长均为477 bp,编码158个氨基酸。序列比对与系统发生树分析结果表明:Glyma09g04530和Glyma15g15590是大豆中2个编码PR10蛋白的新基因。Glyma09g04530和Glyma15g15590基因在大豆的根、茎及叶中均有表达;接种大豆SMV后,Glyma09g04530和Glyma15g15590基因在大豆科丰1号的叶片中的表达均被强烈诱导并高效表达,显示Glyma...
关键词：
大豆 PR10蛋白 基因克隆 表达分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
李雅轩 李蕊 孟凡臣 蔡明华 胡英考
以拟南芥吡哆醛激酶基因(PK)的蛋白质序列为信息探针,对大豆(Glycine max)EST数据库进行同源搜索和序列拼接,获得了全长为1 102 bp的大豆吡哆醛激酶基因的cDNA序列,经RT-PCR克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆序列一致(GenBank登录号为DQ006813)。该cDNA序列的开放阅读框(ORF)位于第119~1 045位,推测编码308个氨基酸。采用半定量RT-PCR方法研究了该基因的组织特异性表达情况和对强光逆境的反应,结果表明该基因在大豆根茎叶中都有表达,对强光逆境不敏感。将大豆PK基因编码的蛋白序列与马铃薯(Solanum tuberosum,AAY8518...
关键词：
大豆 电子克隆 吡哆醛激酶
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周小琼 丁一琼 左丽 喻德跃
【目的】硫转运蛋白(sulfate transporter,SULTR)参与根系对外界环境中硫酸根(SO42-)的吸收与转运。大豆硫转运蛋白基因GmSULTR1;2b在根中特异表达,其功能是将外界的SO42-吸收转运到植物根系中。文章克隆大豆硫转运蛋白GmSULTR1;2b的启动子,研究该启动子的驱动活性和组织表达情况,从而了解GmSULTR1;2b的调控机制,为提高大豆含硫氨基酸含量提供分子依据。【方法】根据NCBI中GmSULTR1;2b的序列,分析预测该基因上游2 259 bp为启动子,并利用在线数据库PLACE和Plant-CARE预测该启动子序列的调控元件。以大豆品种南农N2899的...
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵胜男 高美欣 于朝杭 聂凯悦 王浩然 孟杰 朱虹 李帅
FLK(Flowering Locus KH Domain)基因在植物开花调控过程中具有重要的作用，其功能在模式植物拟南芥中已经鉴定。为揭示大豆GmFLK基因功能，从大豆Williams 82中克隆获得GmFLK基因，并对其编码蛋白进行结构分析和生物信息学分析。在烟草叶片中检测该蛋白的亚细胞定位情况，在大豆中分析其表达模式。结果表明，GmFLK基因全长6 806 bp,含有6个外显子，5个内含子，CDS序列长1 341 bp,编码446个氨基酸。蛋白分子量大小为47.031 ku,等电点为5.46。GmFLK蛋白中α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲所占比例分别为24.44%,14.80%和60.76%。进化分析结果显示，GmFLK与Glyma.03g248200同源关系最近，其次为苜蓿Medtr7g115340、花生ArahyQL2VNI、ArahyUPVY9X和拟南芥AtFLK。亚细胞定位结果表明，GmFLK蛋白在细胞核、细胞质和细胞膜中均有表达。GmFLK基因启动子区域含有10类顺式作用元件，其中6类与光反应有关。GmFLK基因在花、叶、根、种子和茎中均有表达，其中在叶和种子中表达相对较高，在花中表达相对较低。GmFLK基因在长日照和短日照条件下表达模式相似，但在一天中不同时间点表达不同，在光照后4 h表达相对较低，在光照后0,12 h表达相对较高，由此推测，大豆GmFLK基因可能参与大豆开花调控途径。
[期刊] 华北农学报
[作者]
李丹 赵存鹏 刘素恩 王凯辉 张晓慧 赵丽英 郭宝生 耿军义
为了研究棉花中AOP2-like(GhAOP2-like)与抗旱耐盐的相关性，根据河北省农林科学院棉花研究所遗传育种研究室前期获得的蛋白质组数据，利用同源克隆法得到了GhAOP2-like的基因序列，用生物信息学方法对GhAOP2-like蛋白的理化性质、结构、亚细胞定位等进行了分析，利用qRT-PCR技术检测了GhAOP2-like的组织特异性表达以及在干旱、盐和激素处理下的表达量变化。结果显示，GhAOP2-like位于D13染色体上，CDS序列长972 bp,编码323个氨基酸。生物信息学分析发现，GhAOP2-like蛋白的分子式为C_(1654)H_(2525)N_(429)O_(478)S_(19),理论等电点为5.20,不含信号肽和跨膜结构域，定位于细胞质中。聚类分析结果显示，棉花与其他物种中的AOP序列被明显分成2组，但与木槿中AOP序列关系最近。根据qRT-PCR的结果，发现GhAOP2-like在根、茎、叶和发育中的种子中都表达，但在根中表达量最高，并且在干旱、盐、GA_3、MeJA和ABA处理下上调表达，但在MeJA处理下表达变化最强烈，说明GhAOP2-like可能通过参与茉莉酸信号通路调节根系的生长从而提高陆地棉的抗逆性。
[期刊] 水产学报
[作者]
杨志刚 姚琴琴 成永旭 施秋燕 杨青 何杰 马明君 王瑶 常东
根据已登录的中华绒螯蟹一种Δ６去饱和酶基因（Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｕｍｂｅｒ：ＪＸ９４６４３４）及菁夜蛾去饱和酶基因（Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｕｍｂｅｒ：ＫＪ６２２０５５．１）的保守区设计引物，通过逆转录Ｐｃｒ以及ｒＡｃｅ技术克隆了中华绒螯蟹另一种Δ６去饱和酶基因ＦＡＤ６－ｂ的全长序列。经序列分析，中华绒螯蟹ＦＡＤ６－ｂ ｃＤｎＡ全长为２ ３１０ ｂＰ，其中开放阅读框（ｏｒＦ）为１ ３２６ ｂＰ，共编码４４２个氨基酸（Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｕｍｂｅｒ：ＫＰ８７６０５８），理论分子量为５０．８６ Ｋｕ，理论等电点为８．４７，ＦＡＤ６－ｂ基因的氨基酸序列与已公布的一条中华绒螯蟹Δ６去饱和酶基因的一致．．．
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