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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨霞 陈陆 王川庆
由于16S rRNA基因序列的保守性和存在的普遍性,应用16S rRNA作为分子指标已逐渐成为微生物检测和分类鉴定的一种强有力工具。文章就该基因的特征、研究方法、检测方法及临床应用与研究的新进展等作以简要综述,同时对存在的问题进行了探讨。
关键词：
16S rRNA 分子指标 细菌分类鉴定
[期刊] 中国农业科学
[作者]
毛华明 马松成 陈静 邓卫东 和天宝
【目的】研究大额牛(Bos frontalis)瘤胃细菌16S rRNA基因序列,为揭示大额牛瘤胃细菌组成的多样性以及开发这一珍稀生物资源提供分子生物学依据。【方法】采用细菌通用引物F27和R1492对目标基因进行PCR扩增,克隆、测序后利用Neighbor-joining方法构建系统进化树。【结果】共获得147个16S rRNA基因序列,在GenBank登录号为DQ673466～DQ673612。按照97%的相似性标准,这些序列被分为86个操作分类单元。有16个序列与已培养菌的序列相似性≥97%,占总序列的10.9%;另有22个序列与已培养菌的序列相似性为90%～97%,占总序列的15%;剩...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
马英 关瑞章 郭松林 邓德波 张俊荣
对从福建省不同鳗鲡养殖场发病鳗鲡肝脏中分离并经感染证实的35株致病菌的16S rRNA基因进行序列测定和系统进化分析。用CTAB法提取各菌株DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,用限制性片段长度多态性分析1、6S rDNA序列分析和系统进化分析对其进行分子鉴定,构建系统进化树。结果表明:35株致病菌分别属于γ-变形菌纲和厚壁菌门2大类群的6个属和1个科,主要种类是气单胞菌属的嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌、简氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌等,占63%;其次是芽孢杆菌属细菌;少量为鲁氏耶尔森菌、弗氏柠檬酸杆菌、克雷伯氏菌属、假交替单胞菌属细菌和肠杆菌科细菌。
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
牛东红 李家乐 汪桂玲 姜志勇 张文博 沈玉帮 冯冰冰
采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体(江苏射阳、上海崇明、浙江象山)和三个养殖群体(江苏射阳、上海奉贤、浙江象山)的遗传多样性,共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示,三个野生群体之间出现了明显的遗传分化,其中崇明群体遗传多样性最高,其次为射阳群体,象山群体遗传多样性最低,表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化,且单倍型混杂,聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近,这表明长期的养殖过程在一定...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈丽梅 李琪 李赟
采用PCR技术对来自山东荣成、长岛、俄罗斯和日本的刺参(Apostichopus japonicus),来自澳大利亚的黄乳海参(Holothuria fuscogilva),来自冰岛的北大西洋瓜参(Cucumaria frondosa)和来自福建的二色桌片参(Mensamaria interce-dens)的16SrRNA和COI基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度约为500bp和540bp的片段。通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数进行基因序列变异分析。结果表明,根据16SrRNA、COI基因片段进行刺参种内差异比较时,长岛和荣成刺参序列差异最小,和日本刺参序列差异最大;...
[期刊] 水产学报
[作者]
甘西 陈明 余晓丽 李莉萍 陈汉忠 徐增辉 雷爱莹 梁万文 黄维义
为了从分子水平上对1株致病性罗非鱼链球菌进行分类学鉴定,利用原核生物16SrRNA基因通用引物对分离纯化的罗非鱼致病性链球菌进行16S rRNA基因的克隆及序列分析。结果扩增出长约1.5 kp目的片段,测序得到1条长度为1 447 bp核苷酸序列。核苷酸相似性分析表明,序列与NCB I公布的海豚链球菌(Streptococcus iniae,S.iniae)SCCF5L菌株16SrRNA基因核苷酸序列相似性最高(99.4%),暂称为中国广西株(S.iniae-CGX)。同时,亲源关系较近的S.iniae、S.difficilis和S.agalactiae代表菌株构建的系统发育进化树显示,所得菌...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
郭奕惠 黄桂菊 喻达辉 李莉好 符云 叶卫
对我国主要养殖的尼罗、奥利亚、莫桑比克、杂交种尼奥(尼罗♀×奥利亚♂)和红罗非鱼(莫桑比克×尼罗)的线粒体16S rRNA部分序列进行了PCR扩增和测序分析,探讨罗非鱼种间亲缘关系和种类鉴别标记。PCR产物经直接测序,5种罗非鱼中大部分个体均获得长546 bp的基因序列。其碱基组成GC含量为47.4%。序列比对分析显示变异位点18个,没有插入/缺失位点,转换/颠换比率为2.7。序列分析表明,红和奥利亚各有2个单倍型,尼奥、莫桑比克与尼罗各有1个单倍型。其中,尼奥与尼罗的单倍型序列相同,莫桑比克与红罗非鱼的1个单倍型序列相同。表明部分红罗非鱼的母本为莫桑比克。UPGMA聚类分析表明,尼奥与尼罗聚...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
兰欣 李杰 李贵阳 肖鹏 莫照兰
细菌性疾病是中国海水养殖鲆鲽类的主要病害,为全面了解病原菌种类,本研究对1999～2012年从山东、江苏、河北、天津等沿海地区养殖场发病鲆鲽鱼类中分离得到的124株优势菌株进行了16S rRNA基因测序和系统发育学分析。将基因序列与GenBank核酸序列数据库进行相似度比对分析,结果显示,有83株与弧菌属(Vibriosp.)细菌相似度最高,11株与气单胞菌属(Aeromonas sp.)细菌相似度最高,4株与爱德华氏菌属(Edwardsiella sp.)细菌相似度最高,26株为其他15种属的细菌。根据系统发育学分析结果,进一步将66株菌鉴定为16个种,优势种为溶藻弧菌(V. alginolyticus)、哈氏弧菌(V. harveyi)、鳗弧菌(V. anguillarum)、杀鲑气单胞菌(A. salmonicida)和迟缓爱德华氏菌(E. tarda)。选择其中的9株鳗弧菌和4株迟缓爱德华氏菌进行人工感染实验,结果显示,其中7株鳗弧菌和3株迟缓爱德华氏菌对大菱鲆(Scophthalmus maximus)有较强的致病性。研究结果可为阐明中国海水养殖鲆鲽类的流行病发生历史、病原种类、病原监测及疾病控制提供重要参考。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
文菁 胡超群 张吕平 范嗣刚
基于570bp左右的线粒体16SrRNA基因片段,利用3种核酸内切酶(DdeI,Hae Ⅲ和Sty Ⅰ)对16种海参PCR产物进行酶切,分别产生10种、5种和5种单倍型,通过单倍型的组合,即能有效区分16种海参的种类。运用此方法对19种商品海参(包括冻品和干品)进行鉴定,结果表明,9种产品属于错误贴标。本研究建立的PCR-RFLP方法方便、有效,可靠,可为海参产品评估、进出口种类鉴定提供实用高效的方法。本研究旨在为市场海参产品贴标情况的评估提供技术支撑。
[期刊] 水产学报
[作者]
刘萍 段亚飞 毛智超 李吉涛 高保全 李健
为研究中华虎头蟹野生群体的种质资源及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得中华虎头蟹线粒体DNA的16S rRNA和COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较及系统进化分析。16S rRNA和COⅠ基因片段的A+T平均含量分别为67.7%和61.4%,A+T含量显著高于G+C含量。长度为515 bp的16S rRNA基因片段共检测出单倍型4种,多态性位点4个,均为单一变异位点;长度为653 bp的COⅠ基因片段共检测出单倍型11种,多态性位点23个,其中简约信息位点5个和单一变异位点18个。COⅠ基因片段比16S rRNA基因片段具有较大的变异,更适于中华虎头蟹种群的遗传多样性分析。基于16S rRNA...
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
童馨 杜博 喻达辉 龚世园 郭奕惠 黄桂菊 李莉好
PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16SrRNA基因片段序列,得到大约620bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR-RFLP分析结果显示,两个种群的100个样品中98%的个体为其中一种单倍型,只有2%的个体呈另一种单倍型,表明这两个种群的遗传多样性较低。两个单倍型平均碱基组成为:T22.0%,C26.3%,A29.8%,G21.9%,GC含量平均为48.2%。与GenBank中石首鱼科7属9种的11条同源序列比对,得到429个比对位点,其中包括69个简约信息位...
[期刊] 水产学报
[作者]
周发林 江世贵 姜永杰 黄建华 马之明
对中国南海海域5个斑节对虾野生群体三亚群体(SY)、深圳群体(SZ)、阳江群体(YJ)、湛江群体(ZJ)、北海群体(BH)——100个样品的16S rRNA序列进行PCR扩增,并对扩增产物进行了测序。用CLUSTAL_X排序软件对测序所得的100个16S rRNA序列进行比对。通过ARLEQUIN软件对所得100个16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的核苷酸多样性(π)依次分别为0.004 35,0.005 86,0.010 50,0.010 81,0.011 68。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的单...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
姜石生 贺一原 朱道弘 曹元清
摘要对湖南桃江、广东广宁、广西桂林、重庆永昌、四川长宁等5个黄脊竹蝗Rammeacris kiangsu Tsai地理种群线粒体16S rRNA基因进行测序,并经Clustal X同源排序后得506 bp序列。对获得的序列分析表明,A,T,G,C平均含量分别为32.0%,37.7%,17.6%,12.6%,其中保守位点数504个,变异位点数2个,自裔位点2个,所有碱基转换总数为1,颠换总数为1。利用MEGA4.0软件重建系统发生树,发现其中这5个黄脊竹蝗种群分化程度很低。从而可以说明其群体遗传多样性单一。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张俊丽 高天翔 韩志强 郭焱 董崇智
对黑龙江水域的乌苏里白鲑(Coregonus ussuriensis)和由俄罗斯引种的贝加尔凹目白鲑(C.autumnalis migrato-rius)和高白鲑(C.peled)的线粒体细胞色素b(Cytb)和16S rRNA基因片段进行了扩增和序列测定,分析比较了3种白鲑间的序列差异。在402 bp的Cytb基因片段中,3个乌苏里白鲑个体中出现了2种单倍型,种内个体间有2个碱基的差异,而贝加尔凹目白鲑和高白鲑的个体各出现1种单倍型;在577 bp的16S rRNA基因片段中,3个乌苏里白鲑个体出现了2种单倍型,种内个体间存在1个碱基的差异,而贝加尔凹目白鲑和高白鲑2个种的序列完全相同。研究...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
郭晓华 张媛 刘广纯 张卓 王剑峰 方红
将测得的丽金龟亚科(Rutelinae)7个样本的16S rRNA-ND1基因部分序列与GenBank数据库中的11条同源序列进行比较,应用DNAStar5.0和Mega 3.1软件,分析核苷酸序列组成和遗传距离,构建分子系统发育树。结果表明:在获得的810bp序列长度中,变异位点218个,简约信息位点155个;A+T使用表现明显的偏向性(73.3%)。丽金龟亚科9个属间的遗传距离在0.054~0.152之间变动;属内种间的距离为0.021~0.064。中华弧丽金龟(Popillia quadriguttata)和日本弧丽金龟(Popillia japonica)具有十分相近的亲缘关系。以白星...
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