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[期刊] 中国水产科学
[作者]
汪登强 危起伟 王朝明 罗晓松
以白鲟科和鲟科的13种鲟鱼为研究对象,设计7对特异引物,利用PCR技术扩增鲟形目(Acipenseriformes)鱼类线粒体DNA(mtDNA),扩增片段大小在2～3kb,总长度约为整个mtDNA的97%。同时利用3个限制性内切酶,即MboⅠ、CfoⅠ和HaeⅢ对13种鲟形目鱼类进行限制性酶切片段长度多态性(RFLP)分析。结果总共检出233条电泳带,其中209条有多态现象,表明鲟形目鱼类mtDNA存在广泛变异。但是各个扩增片段的变异程度并不相同,其中NADH脱氢酶亚基基因的RFLP多态性较丰富,其次是细胞色素c氧化酶亚基基因,而两个rRNA基因最贫乏。说明在鲟形目鱼类mtDNA的进化中NA...
关键词：
鲟形目 线粒体DNA PCR-RFLP
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
赵兴波 李宁 吴常信
对太湖猪（二花脸）、大约克猪、北京黑猪、五指山猪、香猪、长白猪、杜洛克猪以及太湖猪与7个品种猪的正反交杂交家系线粒体DNAD－loopPCR－RFLP分析，发现猪的线粒体DNAD－loop约为1500bp，长白猪及部分大约克猪与其他猪品种在AccⅠ酶切位点存在多态性；太湖猪、大约克猪的正反交后代的线粒体DNAD－loop在AccⅠ酶切位点存在多态性，其遗传方式遵循母系遗传特性。
[期刊] 水产学报
[作者]
杨少闻 刘楚吾
In this paper,genetic diversity of intraspecies, and genetic relationship of interspecies in Epinephelus spp.(E.merra,E.fario,E.awoara,E.akaara and E.septemfasciatus) were assessed by using mitochondrial DNA restriction fragment length polymorphisms(mtDNA RFLPs).The samples were collected from the c...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
徐建堂 祁建民 林培清 张高阳 陶爱芬 方平平
为研究红麻叶片叶绿体DNA(cpDNA)非编码区的序列特征,采用改良CTAB方法提取红麻总DNA,以8份红麻光钝感突变体及其4份近缘种基因组DNA为模板,应用8对植物cpDNA通用引物对红麻cpDNA非编码区序列进行PCR扩增,优化cpDNA非编码序列PCR的扩增条件,应用4种限制性内切酶(EcoRⅠ、HindⅢ、TaqⅠ、AulⅠ)酶切扩增片段.结果表明:所筛选的通用引物适用于红麻cpDNA非编码序列扩增,扩增产物经1.5%琼脂糖电泳检测,片段大小为400-2000 bp,共扩增cpDNA片段大小约13000 bp.将PCR扩增产物进行酶切,每个片段均有相同的酶切位点,只有cp4引物对cpD...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
季镭 王金成 杨秀丽 黄国明 林茂松
采用PCR-RFLP技术对来自国内外的10个茎线虫属群体进行了限制性片段长度多态性分析(RFLP),发现甘薯茎线虫(D itylenchus destructor)不同群体间存在基因分化现象。来自山东的2个群体Dell和Dely的酶切图谱与来自其他地区的线虫群体相比明显不同。对甘薯茎线虫的近似种鳞球茎茎线虫(D.dipsaci)以及食菌茎线虫(D.myceliophagus)的分析结果显示,通过ITS-RFLP技术建立的酶切图谱可以很好地将3种茎线虫区分开来。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
吴菲菲 张志宏 代红艳 张叶 常琳琳
以8个山楂种的39份种质资源为试材,采用10对叶绿体DNA(chloroplast DNA,cp DNA)通用引物对总DNA进行扩增,并用7种限制性内切酶对PCR扩增产物酶切。结果表明:5对引物(cp01、cp03、cp04、cp05、cp10)在山楂属植物上扩增出特异谱带,2种限制性内切酶(Hinf I和TaqI)的酶切产物在供试材料间存在差异。山楂属种间存在较为丰富的cp DNA PCR-RFLP多态性,但山楂(C.pinnatifida)不同基因型间未检测到变异位点。麻核组(Sect.Sanguineae)的甘肃山楂、光叶山楂、毛山楂、辽宁山楂和羽裂组(Sect.Pinnatifidae...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
曹东伟 蔡宇良 杨娟 赵桂仿
采用三因素五水平正交组合设计,探讨了野生中国樱桃的PCR-RFLP扩增条件及限制性内切酶酶切反应体系,并用PCR-RFLP技术对中国樱桃进行了分子亲缘地理学研究。结果表明,利用42种引物/酶组合,在13个中国樱桃居群中检测出多态位点比率为99.48%;在所有酶切片段中,发现了5种cpDNA单倍型(H1、H2、H3、H4、H5);根据单倍型的地理分布格局,将所研究的中国樱桃居群划分为4个地理单元,地理单元间的基因分化系数(GST)值为0.397,cpDNA基因流(Nm)为0.758;中国樱桃cpDNA总的遗传多样性(Ht)为0.166,地理单元内的cpD-NA遗传多样性(Hs)为0.005。分析...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王淞 曹晓霞 谷口顺彦 董仕
采用PCR技术扩增了湖北监利、江西瑞昌、湖南长沙3个长江野生群体和天津宁河1个人工繁殖群体(已繁殖6代)共158尾鲢(Hypophthalmichthys molitrix)mtDNA D-loop区段,并用14种核酸内切限制酶对扩增片段进行酶切。结果显示:所有试验鱼均扩增出约1.6 kb的DNA片段,10种限制酶有酶切位点,共检测出16种单倍型,以单倍型Ⅰ为主,在各群体中所占比例为57.5%~90.0%。鲢4个群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数为0.1885~0.6526和0.001182~0.007570。瑞昌群体与监利群体的Rogers遗传距最小,为0.1250;监利群体与宁河群体...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张林 吴涛 何力
为探讨不同地理群中华鳖的pomc基因的多态性,建立区分中华鳖不同地理群的分子遗传标记,采用PCR-RFLP的方法扩增得到4个不同地理群(太湖鳖群体、沙鳖群体、台湾鳖群体和黄河鳖群体)中华鳖的pomc基因,比较4个地理群中华鳖的pomc基因的同源性,构建遗传进化树,对其亲缘关系进行分析,并用AccⅡ、BscBⅠ、AsuⅠ和TscⅠ4种限制性内切酶对pomc基因进行酶切分析。结果显示:4个不同地理群的中华鳖均能扩增出786 bp的pomc基因。亲缘关系分析表明:在遗传上台湾鳖和沙鳖亲缘关系较近,而太湖鳖与黄河鳖亲缘关系较近。用酶切分析pomc基因扩增产物,结果表明:用AccⅡ内切酶对4种中华鳖po...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
晏勇 张兴忠
鱼类群体遗传学是要了解鱼类种群的遗传组成与变化及某些渔业实践对鱼类群体遗传结构的影响。所得到的研究数据最好能完全反映一个群体的遗传性状,而不掺杂环境因素的影响。以前的研究方法都是从鱼群的形态特性的比较检测(如侧线鳞数目或相对体高等)来了解鱼类群体的遗传特性,即从表型数据推知潜在的基因型。但是所研究的这些特性对环境的变化非常敏感,这就必然与其遗传信息源DNA的差异不太一致。线粒体DNA分析是直接从其因水平上研究种群的遗传构成,使群体遗传研究从宏观现象进入到微观的分子水平。从八十年代开始各国研究人员运用限制性内切酶测定自
[期刊] 水产学报
[作者]
张岩 肖永双 高天翔 于函
比较分析了钝吻黄盖鲽和尖吻黄盖鲽线粒体基因组COI、Cytb基因以及D-loop片段总长度为1 373 bp的核苷酸序列,两种间共检测到107处核苷酸替换,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是第三密码子位点上的同义替换。核苷酸组成分析结果表明:3个目的片段的鸟嘌呤(G)含量普遍较低,在两个蛋白编码基因第三密码子位点上表现得尤为明显。两种黄盖鲽在线粒体基因组不同片段上存在明显的遗传分化,核苷酸替代速率最快的是D-loop,COI和Cytb核苷酸替代速率基本一致。建议在进行黄盖鲽属鱼类分子系统发育研究时,应该针对不同研究目的选择合适的分子标记。基于Cytb基因片段序列的分析结果表明:钝吻黄盖鲽和尖吻...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
杨柯 马春艳 马凌波 胡卫国 顾德平
采用PCR-RFLP方法,对2008年引进的SPF凡纳滨对虾群体(G0)与2006年引进亲虾繁育的两代群体(G1、G2)的遗传结构进行了分析。使用AluI、TaqI、M boI、SpeI、SspI共5种限制性内切酶对线粒体DNA控制区进行单酶切分析,酶切得到的单倍型在2~4个之间,三个群体的复合单倍型类型分别有3个、7个和9个,没有为三个群体所共有的复合单倍型,复合单倍型的分布显示群体间差异显著。三个群体(G0、G1、G2)的核苷酸多样度π值逐渐增加,分别为0.033 3、0.128 6、0.134 9,复合单倍型多样度h分别为0.622 2、0.850 0、0.847 0,说明养殖群体的遗传...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
诸廷俊 杨金权 唐文乔
测定了21尾长江口鲚属鱼类mtDNA D-loop区全序列,长度在1 233~1 372 bp之间,其中凤鲚长达1 372 bp,短颌鲚为1 233 bp,刀鲚和湖鲚出现长度的异质性现象,各具有1 271 bp和1 233 bp两种类型。识别了终止序列区、中央保守区和保守区。终止序列区长650~790 bp,包含了多个重复的ETAS,结构为:TACATAT---ATGTATTATAT。全序列21次转换中的17次和9次颠换中的7次都发生于该区。终止区还包含140个多态位点和97个系统发育信息位点,分别占整个D-loop区相应位点的80.9%和78.9%。中央保守区中的CSB-F、CSB-E、CS...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈海港 朱新平 李伟 刘毅辉 赵建 叶朝阳 公月月
本文选择COI基因片段作为分子标记,对部分鲇形目鱼类(Siluriformes)进行系统发育研究。应用通用引物PCR扩增得到13种鲇形目鱼类的134条COI基因,并与Gen Bank中获得15种鲇形目鱼类的51条COI基因进行比对分析。结果显示:鲇形目鱼类COΙ基因存在碱基插入缺失现象较少,为越南隐鳍鲇(Pterocryptis cochinchinensis)、丝尾鳠(Hemibagrus wyckioides)和黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)3种共计5个位点;平均碱基含量A+T(55.5%)显著高于G+C(44.5%)。利用Kimura’s 2-parameter计算28个物种的种间平均遗传距离为0.195,23个物种的种内平均遗传距离为0.006。系统发育树的分析结果表明,Neighbour-Joining(NJ)树较Maximum Likelihood(ML)树更为适合鲇形目鱼类的遗传发育分析;COI基因在科及其以下水平的系统进化关系与传统分类方法所认同的结果一致性较高,达到82.9%以上;在目水平的一致性的可信度较低,仅为71%;半鲿属聚为单系类群,黄颡鱼属、属和拟鲿属三者聚为一支,黄颡鱼属与拟鲿属的亲缘关系较近。
关键词：
鲇形目 线粒体COI基因 系统发育
[期刊] 中国水产科学
[作者]
汪登强 危起伟 罗晓松 方耀林
使用长PCR技术扩增鲟形目(Acipenseriformes)15个种的核糖体DNA(rDNA)18S rRNA基因与28S rRNA基因之间约2.5 kb的片段,并用7个限制性内切酶对该片段进行限制性位点分析。结果显示,使用LATaqDNA聚合酶及GCBuffer结合长PCR技术能够很好地扩增鲟形目鱼类的rDNA。根据酶切图谱可确定93个限制性位点,其中21个为保守位点,72个多态信息位点。HhaⅠ酶切的带型在所有个体中完全一致,提示这些位点对保持rDNA的功能有重要作用。一些酶的酶切产物长度之和大于扩增产物的长度,暗示鲟形目鱼类个体内存在多个rDNA等位基因。对种间遗传距离进行计算,并构建...
关键词：
鲟形目 rDNA PCR 限制性位点
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